KRUGLYAK과 LANDER의 유전연관성 비모수 방법과 반복 자료를 고려한 가중 회귀분석법의 비교

최은경,송혜향,Choi, Eun-Kyeong,Song, Hae-Hiang 한국통계학회 2008 응용통계연구 Vol.21 No.1

The ordinary least squares regression method of Haseman and Elston(1972) is most widely used in genetic linkage studies for continuous traits of sib pairs. Kruglyak and Lander(1995) suggested a statistic which appears to be a nonparametric counterpart to the Haseman and Elston(1972)'s regression method, but in fact these two methods are quite different. In this paper the relationships between these two methods are described and will be compared by simulation studies. One of the characteristics of the sib-pair linkage study is that the explanatory variable has only three different values and thus dependent variable is heavily replicated in each value of the explanatory variable. We propose a weighted least squares regression method which is more appropriate to this situation and the efficiency of the weighted regression in genetic linkage study was explored with normal and non-normal simulated continuous traits data. Simulation studies demonstrated that the weighted regression is more powerful than other tests. 형제 쌍(sibpair)의 연속형 형질(continuous traits) 자료를 이용한 유전연관성 검정 법(linkage test)으로서 Haseman과 Elston (1972)의 최소제곱(ordinary least square, OLS) 회귀분석법이 주로 사용된다. 비모수적 방법으로서 제시된 Kruglyak과 Lander (1995)의 검정통계량은 Haseman과 Elston (1972)의 방법에 대응되는 방법처럼 보이지만 실제로는 매우 다르다. 본 논문에서는 Kruglyak와 Lander (1995)의 검정통계량과 Haseman과 Elston (1972)의 검정통계량의 관계를 설명하고 모의실험으로 두 검정통계량의 검정력을 비교한다. 유전연관성에 사용되는 형제 자료의 특징은 한정된 설명변수의 값에 매우 많은 자료가 반복(replicated)되었다는 점이며, 이러한 반복 자료에 더욱 적절한 가중 회귀분석법을 제안한다. 가중 회귀분석법의 효율성을 정규분포 또는 정규분포가 아닌 연속형 형질 모의실험 자료로 알아본 결과 형제 쌍 자료의 유전연관성 검정에서 가중 회귀분석법이 다른 검정법들보다도 검정력이 높음을 확인하였다.

경상분지 쇄설성 퇴적암의 대자율 이방성 연구

최은경,김성욱,황웅기,권현욱,김태형,Choi, Eun-Kyeong,Kim, Sung-Wook,Hwang, Woong-Ki,Kwon, Hyun-Wook,Kim, Tae-Hyung 한국지반공학회 2018 한국지반공학회논문집 Vol.34 No.8

쇄설성 퇴적암의 입자 크기는 암석을 구분하는 기준인 동시에 이방성의 원인이 된다. 이방성은 암석의 강도와 풍화에 영향을 미치는 주 원인 중 하나이다. 경상분지의 영주, 대구, 부산 지역에 분포하는 쇄설성 퇴적암과 화성암을 대상으로 대자율타원체를 결정하고 이방성정도와 모양지수를 통해 이방성을 분석하였다. 외력의 영향이 거의 없는 호성환경에서 퇴적된 사암의 이방성정도는 1.03 이하였다. 단층의 영향을 받은 암석은 1.06, 단층암은 1.14 이상의 이방성 정도를 보였다. 암석의 자기적 이방성은 단층으로부터 거리가 멀어질수록 이방성 정도가 감소하였다. 세립질의 입자로 구성된 이암과 셰일은 일차퇴적구조인 층리가 박층으로 발달하며 이로 인해 단층암과 유사한 크기의 이방성을 보였고 대자율타원체의 모양지수도 편원형을 보였다. 실험 결과로부터 쇄설성퇴적암 중 신선한 이암과 셰일은 단층암과 유사한 이방성을 가지므로 이들 암반과 관련된 구조물의 설계, 시공, 유지관리에서 주의가 필요하다. The grain size of clastic sedimentary rocks classifies the rock types and also causes of anisotropy of the rock. The anisotropy is one of the most important factors that dominates the strength and weathering behavior of rocks. The anisotropy of clastic sedimentary and igneous rocks in the Gyeongsang Basin including Yeongju, Daegu, and Busan were analyzed by magnetic susceptibility expressed by the degree of anisotropy and shape parameter. As the results of the study, the sandstone deposited under lacustrine environment unaffected by the external force shows 1.03 degree of anisotropy. The degrees of anisotropy of the rocks affected by faults and fault rocks show 1.06 and 1.14, respectively. The magnetic susceptibility of rocks is to decrease with the distance from the fault. A fresh mudstone and shale formed by fines show a similar magnitude of the degree of anisotropy to fault rock and correspond to oblate shape parameter due to their sedimentary structure. Due to these reasons, we need attention in design, construction, and maintenance of a structure constructed in mudstone and shale.

약제내성 Mycobacterium tuberculosis의 rpoB 유전자 분석과 클로닝 발현

최은경,권태동,배선준,조해선,홍성갑,Choi, Eun Kyeong,Kweon, Tae-Dong,Bai, Sun-Joon,Cho, Hae Sun,Hong, Seong-Karp 한국정보통신학회 2013 한국정보통신학회논문지 Vol.17 No.4

마산병원과 결핵연구원에서 rifampin 내성균주를 확보하여 기존의 전통방법으로 검사된 항결핵제 내성균의 rifampin 내성관련 유전자인 rpoB (RNA polymerase beta subunit)의 변이를 DNA 염기서열 분석방법에 의하여 분석하였다. 그 결과 국내에서 분리되는 결핵균에서는 기존에 보고된 rpoB 변이부위와는 다른 위치의 DNA 염기 변이가 확인되었고 국내에서 여러 내성 결핵균주에서 변이가 발견되고 있지만 이러한 변이가 리팜핀 내성을 실제로 유발하는지 실험적으로 검증된 바는 없었다. 따라서 이러한 특이 부위의 rpoB변이들이 실제로 리팜핀 내성을 유발하는가를 확인하기 위하여 내성 결핵균주들의 rpoB 변이유전자를 polymerase chain reaction(PCR)으로 증폭하고 이것을 리팜핀 감수성 결핵균주에 cloning(클로닝)하고 발현시켜 rpoB 변이가 리팜핀에 대한 내성을 발생시켰음을 실험적으로 확인하였다. Using DNA sequencing method, we analyzed mutations of rpoB (RNA polymerase beta subunit) rifampin-resistant Mycobaterium tuberculosis strains which were identified by conventional test at Masan National Hospital and The Korean Institute of Tuberculosis. Though it has been reported different mutations of rpoB region of rifampin-resistant M. tuberculosis strains in the south of Korea, it is not confirmed whether these mutations of rpoB region actually express rifampin resistance through experiment. We confirmed experimentally these mutations of rpoB region of M. tuberculosis strains induced rifampin-resistance through ampified rpoB by polymerase chain reaction (PCR) and cloning of mutant rpoB into rifampin sensitive-M. tuberculosis strain.

Lipopolysaccharide 유도된 Raw264.7 세포주에서 전사조절인자 NF-κB와 IRF-1의 공동작용에 의해 조절되는 PD-1 발현연구

최은경,이수운,이수웅,Choi, Eun-Kyoung,Lee, Soo-Woon,Lee, Soo-Woong 한국미생물학회 2013 미생물학회지 Vol.49 No.4

Programmed Death-1 (PD-1) is one of the important immune-inhibitory molecules which was expressed in T cells, B cells, NKT cells, and macrophages activated by various immune activating factors. Lipopolysaccharide (LPS), the major component of the outer membrane of Gram-negative bacteria, is one of the crucial immunogens for PD-1 expression. However, there are only a few reports on the expression mechanisms of PD-1 in innate immune cells. In this study, we investigate the expression mechanisms of PD-1 in LPS-stimulated Raw264.7 cell lines by RT-PCR, Western Blot, flow cytometry as well as ChIP assay and co-immunoprecipitation. When Raw264.7 cells were stimulated with LPS, PD-1 expression was greatly up-regulated via PI3K and p38 signaling. Primary macrophages isolated from LPS-injected mice were also shown the increased expression of PD-1. In promoter assay, NF-${\kappa}B$ and IRF-1 binding regions in mouse PD-1 promoter are important for PD-1 expression. We also found that the co-activation of NF-${\kappa}B$ and IRF-1 is indispensable for the maximum PD-1 expression. These results indicate that the modulation of PD-1 expressed in innate immune cells could be a crucial for the disease therapy such as LPS-induced mouse sepsis model. Programmed Death-1 (PD-1)은 중요한 면역조절분자들 중 하나로 다양한 면역활성인자에 자극된 T 세포, B 세포, NKT 세포 및 대식세포에서 발현된다. Lipopolysaccaride (LPS)는 그람음성세균의 세포벽구성물질로 PD-1 발현을 유도하는 중요 면역원들 중 하나로 알려져 있다. 그러나 선천면역세포에서 PD-1 발현기전에 관한 연구는 미비한 실정이다. 본 연구에서는 LPS에 의해 자극된 Raw264.7 세포주를 대상으로 PD-1 발현 및 발현조전기전을 RT-PCR, Western Blot, 유세포분석기, ChIP assay 및 co-immunoprecipitation 방법으로 조사하였다. Raw264.7 세포주가 LPS로 자극되었을 때 PI3K 및 p38 신호전달경로를 경유하여 PD-1 발현이 크게 증가되었다. 또한 LPS 주사된 생쥐의 비장유래 대식세포에서도 PD-1 발현이 증가됨을 확인 하였다. PD-1 유전자의 프로모터 분석을 통해서 NF-${\kappa}B$ 및 IRF-1 결합부위가 PD-1 발현에 중요함을 알 수 있었다. 또한 PD-1 발현을 극대화하기 위하여 전사조절인자 NF-${\kappa}B$ 및 IRF-1의 공동활성이 필수적임을 확인하였다. 본 연구결과는 LPS 유도 생쥐패혈증모델에서 선천면역세포에 발현된 PD-1분자의 제어를 통한 질병 연구에 유용한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

저온에서의 indium hydroxide에서 indium oxide로의 상전이

최은경,이원준,한규성,김응수,김진호,황광택,황해진,심광보,조우석,Choi, Eun-Kyoung,Lee, Won-Jun,Han, Kyu-Sung,Kim, Ung-Soo,Kim, Jin-Ho,Hwang, wang-Teak,Hwang, Hae-Jin,Shim, Kwang-Bo,Cho, Woo-Seok 한국결정성장학회 2018 한국결정성장학회지 Vol.28 No.2

Indium hydroxide powder was prepared by precipitation method. The reaction temperature ($150{\sim}250^{\circ}C$) and the holding time at each reaction temperature (1~72 h) were used as experimental variables. The particle size, microstructure and crystal phase of each prepared powder were observed through X-ray diffraction (XRD), Transmission electron microscope (FE-TEM) and BET. In this study, we investigated the phase and microstructural change induced by heat treatment of indium hydroxide nanoparticles at various temperatures for different holding times. Indium hydroxide 분말이 침전법으로 제조되었다. 반응온도($150{\sim}250^{\circ}C$)와 각 반응온도에서의 유지시간(1~72 h)이 실험 변수로 사용되었다. 각각의 제조된 분말을 X-선 회절 분석기(XRD)와 투과전자현미경(FE-TEM), BET를 통해 입자크기, 미세구조 및 결정상을 관찰하였다. 본 연구에서는 침전법에 의해 제조된 Indium hydroxide가 열처리 시 반응온도와 각 반응온도에서의 유지시간에 따라 어떻게 Indium oxide로 상전이 거동을 하는 지를 고찰하였다.

단삼(丹蔘)이 간성상세포의 섬유화 억제에 미치는 영향

최은경,이장훈,김영철,우홍정,Choi, Eun-Kyung,Lee, Jang-Hoon,Kim, Young-Chul,Woo, Hong-Jung 대한한방내과학회 2008 大韓韓方內科學會誌 Vol.29 No.2

Objectives : This study was performed to investigate the anti-fibrogenic effect of Salvia miltiorrhiza on rat hepatic stellate cells. Materials and Methods : Hepatic stellate cells(HSC-T6) were treated with various concentrations of Salvia miltiorrhiza extract for 24 hours. It was extracted either with distilled water or 50% EtOH. After the treatment, cell viability, proliferation, procollagen levels and the mRNA of the collagen type 1a2 and ASMA were measured Results : The viability and proliferation of the hepatic stellate cells were decreased as concentration increased. The mRNA expression decreased consistently with the volume of the secreted procollagen with the extraction made with distilled water. This indicates the herb has inhibitory effect on fibrogenesis of the liver by regulating one of the fibrosis associated genes in transcription. However it increased in 50% EtOH extraction, which shows that a more stable reaction is expected of the extraction made with distilled water than the extraction made with 50% EtOH. The production of procollagen was decreased by a low-concentration treatment with Salvia miltiorrhiza, but increased by a high concentration. It seemed that the cells were responding to Salvia miltiorrhiza in low- concentration, thus producing smaller amounts of collagen. When the drug was administered in high enough concentration to give direct toxicity to cells, an overproduction of collagen was observed. Conclusion : These results suggest that Salvia miltiorrhiza is a possible candidate for the treatment of cirrhotic patients as well as for patients with chronic hepatitis when extracted with water in the proper concentrations.

품질개념의 확대가 기업성과에 미치는 영향

최은경,김형욱,박재흥 ( Eun Kyong Choi,Hyung Wook Kim,Chae Heung Park ) 한국품질경영학회 1997 품질경영학회지 Vol.25 No.2

Modified Five Field Technique for Primary and Postop Breast Cancer Irradiation

최은경,장혜숙,이병용,Choi, Eun-Kyung,Chang, Hye-Sook,Yi, Byong-Yong The Korean Society for Radiation Oncology 1991 Radiation Oncology Journal Vol.9 No.2

유방암의 근치적 또는 수술후 방사선 조사시 치료해야 할 부위는 유방과 주위임파 조직으로 매우 복잡한 3차인적 구조이다. 여러 방향의 조사에 의한 조사부위의 중복을 피하고 부작용을 최소화하기위한 여러 방법이 시도돼 왔으나 계산과정이나 치료방법이 매우 복잡하여 여러가지 문제점이 있었다. 이에 저자들은 Asymmetric jaw를 이용하고 gantry, collimator와 couch를 적절히 회전시켜 조사야가 만나는 부분에서 beam의 divergence를 없애줌으로써 가장 이상적으로 치료할 수 있는 방법을 소개하고자 한다. 5문 조사 방법은 다음과 같은 장점을 가진다. 1. 모든 조사야의 set up이 같은 위치에서 시행되므로 환자의 위치변동에 의한 target volume의 변화를 막을수 있다. 2. Half beam block을 사용하지 않아도 된다. 3. 조사야가 만나는 선(match line)에서 beam의 divergence가 없으므로 정확하다. 4. 계산이 쉽고 환자 set up이 용이하다. 5. 매일 치료를 같은 방법으로 정화하게 반복할 수 있다. In breast cancer, the treatment volume presents a relatively complex three dimensional structure. Effective radiation therapy requires the delivery of adequate dose to a large target volume using complex beam arrangements. The technique proposed here is our department's method using asymmetric jaw with appropriate couch, collimator and gantry rotation. This technique has the following advantages: 1) all treatments are given in a single clinical set up 2) it does not require half beam blocks 3) it produces exact geomatric match 4) it is very convenient and easy to use 5) it has daily reproducibility.

GIS 기반의 도심지 지반침하지도 작성 사례

최은경,김성욱,조진우,이주형,Choi, Eun-Kyeong,Kim, Sung-Wook,Cho, Jin-Woo,Lee, Ju-Hyung 한국지반공학회 2017 한국지반공학회논문집 Vol.33 No.10

자연사면의 붕괴를 예측하기 위한 위험지도는 지형학적, 수문학적 및 지질학적 요소의 조합으로 구성된다. 지형적인 요소는 수치고도모형(DEM)으로부터 추출하여 작성된 방위도, 경사도, 곡률, 지형지수를 포함하며, 풍화대의 심도를 반영하고 있다. 수문학적 요소는 토양배수(soil drainage), 습윤지수가 불안정성을 판단하는 주요 요소이다. 그러나 대부분의 도시 지역은 평야(저지대)에 위치하므로 지형요소와 수문요소만으로 위험지도를 작성하기는 어려운 것으로 판단된다. 본 연구에서는 도심지와 같은 평탄한 저경사 지역의 붕괴 위험을 판단하기 위하여 고수계, 토양심도(풍화토심도)와 지하수 수위 데이터 등과 같은 다양한 자료를 수집하여 해석 요소로 사용하였으며, 위험지도의 신뢰성을 판단하기 위하여 강남구와 여의도 지역에서 과거 발생한 재해 기록과 비교하여 분석을 진행하였다. 기존에 작성된 재난안전연구원의 재해위험도는 지형적인 요소만이 반영되었으므로 도심지는 대체로 안정된 지역으로 분류되고 있고, 과거 붕괴 이력이 반영되지 않았다. 본 연구에서 제시된 붕괴위험도는 풍화대 심도, 토양 배수조건, 지하수 조건, 고수계 등을 입력자료로 추가하였다. 그 결과 실제 붕괴가 발생한 지점에서 취약성이 증가하는 결과를 보였다. 실제 붕괴이력과 지반침하지도의 결과를 비교 분석한 결과 기존 방식에 의한 붕괴위험 지도에서는 3등급은 12%, 4등급은 88%로 분석되었으나, 도심지 특성을 고려한 지반침하지도에서는 2등급 2%, 3등급 29%, 4등급 66%, 5등급 2%으로 재해취약성의 변화가 잘 나타났으며, 실제 붕괴가 발생한 지점에서 위험도가 증가하였고 상당한 유의성을 나타내었다. The hazard maps for predicting collapse on natural slopes consist of a combination of topographic, hydrological, and geological factors. Topographic factors are extracted from DEM, including aspect, slope, curvature, and topographic index. Hydrological factors, such as soil drainage, stream-power index, and wetness index are most important factors for slope instability. However, most of the urban areas are located on the plains and it is difficult to apply the hazard map using the topography and hydrological factors. In order to evaluate the risk of subsidence of flat and low slope areas, soil depth and groundwater level data were collected and used as a factor for interpretation. In addition, the reliability of the hazard map was compared with the disaster history of the study area (Gangnam-gu and Yeouido district). In the disaster map of the disaster prevention agency, the urban area was mostly classified as the stable area and did not reflect the collapse history. Soil depth, drainage conditions and groundwater level obtained from boreholes were added as input data of hazard map, and disaster vulnerability increased at the location where the actual subsidence points. In the study area where damage occurred, the moderate and low grades of the vulnerability of previous hazard map were 12% and 88%, respectively. While, the improved map showed 2% high grade, moderate grade 29%, low grade 66% and very low grade 2%. These results were similar to actual damage.

Hyperfractionated Radiotherapy and Concurrent Chemotherapy for Stage III Unresectable Non Small Cell Lung Cancer : Preliminary Report for Response and Toxicity

최은경,김종훈,장혜술,김상위,서철원,이규형,이정신,김상희,고윤석,김우성,김동순,김원동,송군식,Choi, Eun-Kyung,Kim, Jong-Hoon,Chang, Hye-Sook,Kim, Sang-We,Suh, Cheol-Won,Lee, Kyoo-Hyung,Lee, Jung, Shin,Kim, Sang-Hee,Ko, Youn-Suk,Kim, Woo-Sung The Korean Society for Radiation Oncology 1995 Radiation Oncology Journal Vol.13 No.2

목적 : 절제 불가능한 제 3기 비소세포성 폐암에서 다분할 방사선 치료와 MVP 복합 항암요법의 동시 치료에 의한 종양관해율, 급성부작용, 생존기간에 미치는 효과를 알아보기 위하여 1993년 8월부터 전향성 연구(Prospective study)를 시작하였다. 방법: 본 연구는 제 III기의 비소세포성 폐암중 절제가 불가능한 환자를 대상으로 하여 다분할 방사선치료(120 cGy/fx, BID)를 6,480 cGy 시행하며 동시에 방사선치료 제1일과 28일에 2회의 MVP (Mitomycin C $6mg/m^2,$ Vinblastine $6mg/m^2,$ Cisplatin $60mg/m^2$) 복합 항암 요법을 시행하였다. 1994년 11월까지 등록된 62명의 환자에 대한 분석을 시행하였다. 병기는 IIIa 환자가 6명이고 나머지 56명은 IIIb 환자였으며 이중 흉막액이 있었던 환자는 11명, 쇄골상 임파선 전이가 있었던 환자는 10명으로 대부분의 환자가 IIIb 중에서도 진행된 환자였다. 조직학적 유형은 편평 상피암이 41명으로 $66\%$ 선암도 11명으로 $18\%$를 차지하였다. 결과: 52명의 환자중 끝까지 치료를 마친 환자는 48명으로 이 study의 compliance는 $77\%$이었다. 48명의 환자중 2명은 치료중 치료와 관계된 백혈구 감소로 인한 폐렴으로 사망하였다. 치료의 효과를 판정할 수 있었던 46명의 환자중 완전 관해(CR)는 10명으로 $22\%$의 높은 완전 관해율을 보였다. 부분 관해(PR)는 24명 $(52\%)$ 으로 다분할 방사선 치료와 동시 병행 MVP 항암요법에 의한 부분관해 이상의 관해율은 $74\%$ 이었다. 급성부작용 판정이 가능했던 46명중 가장 빈도가 높은 금성 부작용은 백혈구 감소로 1차 항암요법후 10명이 Grade 3, 4명이 Grade 4의 백혈구 감소를 보였으며 2차 항암요법에는 11명이 Grade 3, 9명이 Grade 4의 백혈구 감소를 보여 치료기간이 3일에서 5일 정도 지연되는 결과를 나타냈고 이중 2명은 폐렴으로 인한 패혈증으로 사망하였다. 치료중 체중감소를 보인 환자는 26명 $(54\%)$ 이었으며 이중 9명에서는 치료전에 비해 $10\%$ 이상의 체중감소를 보였다. 치료 1개월후 찍은 CT상 6명에서는 Grade 1의 방사선 폐렴이 관찰되었고 3명에서는 Grade 2로 Steroid 치료후 호전되었다. 결론: 이상의 결과 다분할 방사선 치료와 MVP 항암요법의 동시 치료가 이전의 항암요법후 다분할 방사선 치료하는 Sequential 방법에 비하여 높은 관해율을 보이고 특히 $22\%$의 높은 완전 관해율이 관찰되어 이 연구를 계속 진행함으로써 더 좋은 결과를 얻을 것으로 생각되며 급성 부작용에 대하여는 입원을 통한 Nutrition support와 G-CSF 등을 이용하여 백혈구 감소를 막을 수 있을 것으로 생각된다. Lung cancer study group at Asan Medical Center has conducted the second prospective study to determine the efficacy and feasibility of MVP chemotherapy with concurrent hyperfractionated radiotherapy for Patients with stage III unresectable non-small cell lung cancer(NSCLC). All eligible Patients with stage III unresectable NSCLC were treated with hyperfractionated radiotherapy(120 cGy/fx BID. 6480 cGy/54fx) and concurrent 2 cycles of MVP(Mitomycin C $6mg/m^2,$ d2 & d29.Vinblastine $6mg/m^2,$ d2 & d29, Cisplatin $60mg/m^2,$ dl & d28) chemotherapy. Between Aug. 1993 and Nov. 1994, 62 patients entered this study; $6(10\%)$ had advanced stage IIIa and $56(90\%)$ had IIIb disease including 11 with pleural effusion and 10 with supraclavicular metastases. Among 62 patients, $48(77\%)$ completed planned therapy. Fourteen patients refused further treatment during chemoradiotherapy. Of 46 patients evaluable for response, $34(74\%)$ showed major response including $10(22\%)$ with complete and $24(52\%)$ with partial responses. Of 48 patients evaluable for toxicity, $13(27\%)$ showed grade IV hematologic toxicity but treatment delay did not exceed 5 days Two patients died of sepsis during chemoradiotherapy. Severe weight loss(more than $10\%)$ occurred in 9 patients$(19\%)$ during treatment. Nine patients$(19\%)$ developed radiation pneumonitis Six of these patients had grade 1 (mild) Pneumonitis with radiographic changes within the treatment fields Three other patients had grade 11 Pneumonitis, but none of these patients had continuous symptoms after steroid treatment. Concurrent chemoradiotherapy for patients with advanced NSCLC was well tolerated with acceptable toxicity and achieved higher response rates than the first study, but rather low compliance $rate(77\%)$ in this study is worrisome. We need to improve nutritional support during treatment and to use G-CSF to improve leukopenia and if necessary. supportive care will be given as in patients, Longer follow-up and larger sample size is needed to observe survival advantage.