NGS_SNPAnalyzer: a desktop software supporting genome projects by identifying and visualizing sequence variations from next-generation sequencing data

Dong‑Jun Lee,Taesoo Kwon,Chang‑Kug Kim,Young‑Joo Seol,Dong‑Suk Park,Tae‑Ho Lee,Byung‑Ohg Ahn 한국유전학회 2020 Genes & Genomics Vol.42 No.11

Background Sequence variations such as single nucleotide polymorphisms are markers for genetic diseases and breeding. Therefore, identifying sequence variations is one of the main objectives of several genome projects. Although most genomeproject consortiums provide standard operation procedures for sequence variation detection methods, there may be differencesin the results because of human selection or error. Objective To standardize the procedure for sequence variation detection and help researchers who are not formally trainedin bioinformatics, we developed the NGS_SNPAnalyzer, a desktop software and fully automated graphical pipeline. Methods The NGS_SNPAnalyzer is implemented using JavaFX (version 1.8); therefore, it is not limited to any operatingsystem (OS). The tools employed in the NGS_SNPAnalyzer were compiled on Microsoft Windows (version 7, 10) andUbuntu Linux (version 16.04, 17.0.4). Results The NGS_SNPAnalyzer not only includes the functionalities for variant calling and annotation but also providesquality control, mapping, and filtering details to support all procedures from next-generation sequencing (NGS) data to variantvisualization. It can be executed using pre-set pipelines and options and customized via user-specified options. Additionally,the NGS_SNPAnalyzer provides a user-friendly graphical interface and can be installed on any OS that supports JAVA. Conclusions Although there are several pipelines and visualization tools available for NGS data analysis, we developedthe NGS_SNPAnalyzer to provide the user with an easy-to-use interface. The benchmark test results indicate that theNGS_SNPAnayzer achieves better performance than other open source tools.

가축분뇨를 이용한 SCP 생산 균주의 분리 및 균체 단백질 생산

한석균,고유석,안태영,배동훈 한국미생물생명공학회 ( 구 한국산업미생물학회 ) 1996 한국미생물·생명공학회지 Vol.24 No.6

질소원으로서 계분을 이용하는 균주를 선별하고 계분배지에서 균체의 생육속도가 다른 균주에 비하여 우수한 균주를 분리하였다. 형태·생리학적 특성을 기초로 하여 yeast의 분류 기준과 비교하여 본 균주를 Candida sp.로 동정하였으며 본 균주를 Candida sp. D116으로 명명하였다. Poultry feces extract medium에서 4% 농도의 glucose 첨가가 균체 생육에 효과적이었다. D116 균주를 액체 발효하여 균체생산능, 요산 그리고 가용성 단백질의 변화를 조사하였다. 그 결과 약 60시간이 경과하면 액체 발효 배지내의 거의 모든 가용성 단백질 및 요산의 감소를 보였으며 균체생육은 약 36시간 배양하였을 때 최고조에 도달하였고 그 후에는 점차 감소하는 경향을 보였다. SCP의 대량생산의 결과 50%의 계분혼합 배지와 30℃의 배양 온도에서 36시간 배양하여 균주의 생육수준이 3.8×10^9 CFU/ml 농도의 균체를 생산하였고 200 L의 배양액중 약 870 g-dw의 균체를 얻었으며 생산된 군체의 조단백질 함량은 67%이었다. Production of Single Cell Protein from Poultry Feces. Suk-kyun Han, You-Suk Go, Tae-Young Ahn and Dong-Hoon Bal^1*. Deparment of Microbioligy, College of Natural Sciences, Dankook Univerity, Cheonan 330-714 and Research Center for Molecular Microbiology, Seoul Nationa University, Seoul 151-742, Korea, ^1Department of Food Engineering. College of Engineering, Dankook University, Cheonan 330-714 and Bioproducts Research Center of Yonsei University, Seoul 120-749, Korea - From the soil collected form provincial area of South Korea, a microorganisms which have been shown good growth in the minimal poultry feces extract medium was isolated. Supplement of glucose to the poultry feces extract medium helped the complete degraded during the microbial growth. Maximum cell growth (3.8×10^9 CFU/ml) obtained at 36 hours of incubation after inoculation. Uric acid was degraded faster in minimal medium that in the glucose complement medium. VFA (volatile fatty acid), which are known as major compounds of poultry feces odor, were almost removed from the minimal poultry feces extract medium. Glucose supplement to the minimal medium enhanced the growth of microbial cells. Addition of 4% of glucose and 4% of neopeptone to the minimal poultry feces extract medium helped the maximal growth of cells.

녹동균 세포외막 단백질 백신 CFC-1-101의 안정성 및 면역원성 검토 : 임상 제 Ⅰ/Ⅱa상 시험

장인진,김익상,유경상,임동석,김형기,신상구,장우현,박완제,이나경,정상보,안동호,조양제,안보영,이윤하,김영지,남성우,김현수 대한감염학회 1998 감염 Vol.30 No.3

목적 : 제일제당에서는 녹농균의 세포외막 단밸질을 유효성분으로 하는 백신인 CFC-101을 개발하였으며, 동물시험에서 이 백신의 안전성과 유효성을 입증하였다. 본 연구에서는 이 녹농균 백신의 인체에 대한 안전성과 면역원성을 평가하는 동시에 인체 접종시의 최적 투여 용량을 결정하기 위하여 제 I/Ⅱa상 임상시험을 수행하였다. 방법 : 건강한 성인 남자를 피험자로 선별하여 각 용량군에 백신투여자 6명, 위약투여자 2명을 배정하였다. 백신 투여군은 0.25mg, 0.5mg 또는 1.0mg 용량의 녹농균 백신을 7일 간격으로 3회에 걸쳐 근육주사 하였으며, 위약 투여군에게는 세포외막 단백질을 제외한 동일한 성분을 투여하였다. 백신접종 후 국소적 또는 전신적인 반응의 발생여부를 관찰하고, 혈액시료를 체취하여 백신의 역가와 유효성을 검정하였다. 결과 : 녹농균 백신 CFC-101은 모든 접종자에서 양호한 내약성을 보였다. 또한 0.5mg 과 1.0mg 백신 투여군에서는 100%의 항체양전율을 나타내었다. 생성된 항체는 녹농균 세포외막단백질에 특이성을 보였고, 녹농균 감염에 대해 방어효능이 있었다. 결론 : 이와같은 결과로부터 이 녹농균 백신은 인체에 안전하게 투여할 수 있으며, 높은 항체 생성능으로 감염방어 효능을 보이고 0.5mg과 1.0mg이 최적용량인 것으로 판단되었다. Background : We developed a Pseudomonas aeruginosa outer membrane protein(OMP) vaccine CFC-101, and the prophylactic efficacy of which has been demonstrated in animal models. In order to evaluate the safety and immunogenicity of the P. aeruginosa vaccine, we carried out a phase I/Ⅱa clinical trial in healthy male volunteers. Methods : Groups of eight volunteers, including two placebo subjects, were vaccinated intramuscularly with three doses of 0.25, 0.5 or 1.0 mg of the vaccine at one week intervals. Sings of systemic and local reactions observed after vaccination were recorded for each vaccinee for 5 days. Physical examinations were performed on days 0, 1, 7, 8, 14, 15, 21, and 42, and clinical laboratory tests were done on days 0, 3, and 21. Blood samples for assay of serum antibody levels were obtained up to 42 days after the first vaccination. Results : The vaccine was generally well tolerated by all vaccinees, showing no significant side effects. In the three dosage groups, all vaccinees, except one receiving the 0.25 mg dose, showed significant elevation in serum IgG antibody titers against the vaccine proteins, indicating 100% seroconversion in 0.5 and 1.0 mg groups. The human antibodies induced by the vaccine were specific for P. aeruginosa OMPs, as confirmed by western blot analysis and immunoprecipitation assays. The capacity of the human antisera to enhance opsonophagocytic killing activity by polymorphonuclear leukocytes and to confer protection against P. aeruginosa infections indicates that the antibodies elicited by the vaccine have protective efficacy. Conclusion : We conclude that the P. aeruginosa OMP vaccine is safe and effective for human use and its optimal dose to be 0.5 or 1.0 mg.

고출력 CW Nd:YAG 레이저를 이용한 CSP 1N 박판재 절단시 공정변수의 절단표면특성에 미치는 영향

안동규,김민수,이상훈,유영태,박형준 한국공작기계학회 2004 한국공작기계학회 추계학술대회논문집 Vol.2004 No.-

The objective of this research work is to investigate the influence of process parameters, such as power of laser, travel speed of laser and material thickness, on roughness and striation of the cut surface for the case of cutting of CSP IN sheet using high power Nd:YAG laser with continuous wave (CW). In order to find the practical cutting region and the relationship between process parameters on the roughness and the striation, several laser cutting experiments are carried out. From the results of experiments, the allowable cutting region and an optimal cutting speed for each cutting condition have been obtained to improve the quality of the cut surface. In addition, it has been shown that the surface roughness is related to the number of striation and depth of valley of the cut surface.

딤플형 내부구조체를 가진 Isb 판넬의 정적 굽힘 특성

안동규,문경제,한길영 朝鮮大學校 機械技術硏究所 2006 機械技術硏究 Vol.9 No.1

본 연구에서는 덤플형 내부 구조제를 가진 ISB 판넬의 굽힘 및 파손 특성을 분석/고찰하고자 한다. 딩플형 내부 구조체를 가진 ISB 판넬의 설계조건에 따른 변형 형상, 최대하중 및 최대하중에서의 변위와 같은 특성치 및 파손 형태를 분석하기 위하여 정적 3접 굽힘 시 험을 통한 하중-변위 곡선과 파손 형상을 얻었다. 또한, 본 실험 결과를 이용하여 ISB 판 넬 설계 변수의 굽힘 특성 및 파손 모드 영향성을 분석하였다. 본 연구 결과 딩플형 내부 구조체를 가진 ISB 판넬의 굽힘 및 파손 특성은 덤플형 내부구조체의 반경비와 ISB 판넬 의 재료 방향에 따라 제어 가능함을 알 수 있었다. The objective of this pater is to investigate into bending and failure characteristics of ISB panel with dimple shapes as inner structures. Through three-points bending test, the force-displacement curve and the failure shape are obtained to examine the deformation pattern, characteristic data including maximum load and displacement at the maximum load and failure pattern for the ISB panel. In addition, the influence of design parameters for ISB panel on the bending stiffness and failure mode has been found. From the results of the experiments, it has been shown that bending and failure characteristics of the ISB panel can be controlled by the ratio of radius and the direction of the material.

정신분열병 및 정신분열형 장애에 대한 올란자핀의 효과와 안전성

안용민,강대엽,권준수,김창윤,김철응,반건호,신영민,이기철,이동우,이중서,조현상,채정호,김용식 大韓神經精神醫學會 2001 신경정신의학 Vol.40 No.4

연구목적 : 본 다기관 공동임상연구는 국내 환자를 대상으로 새로운 항정신병약물인 올라자핀의 치료 효과와 안전성을 확인하고자 시행되었다. 방 법 : 1999년 7월부터 2000년 3월까지 국내 10개 병원에 방문한 정신분열병 및 정신분열형 장애 105명을 대상으로 비대조 개방 임상연구를 시행하였다. 중등도 이상의 정신병 증상을 지니거나, 부작용으로 약물교체가 필요한 경우 또는 기분장애 증상의 치료가 필요한 환자를 대상으로 하였다. 2∼7일간의 약물 배설기간 후에 1일 10mg의 올란자핀을 투여하였고, 이후로 3∼7일 간격으로 용량을 조절하여 총 8주간 투여하였다. 치료 효과는 PANSS(Positive and Negative Syndrome Scale), BPRS(Brief Psychiatric Rating Scale), CGI(Clinical Global Impression-Severity), MADRS(Montgomery-Asberg Depression Rating Scale), HAM-A(Hamilton Rating Scale for Anxiety)로 판정하였다. 안전성 평가는 자발적인 이상반응 보고, 활력징후와 혈액 검사 및 SAS(Simpson-Angus Scale), BARS(Barnes Akathisia Rating Scale), AIMS(Abnormal Involuntary Movement Scale)척도를 이용하였다. 결 과 : 105명중에서 85.7%인 90명이 8주간의 치료를 완료하였다. 평균 최빈 용량은 일일 16.1(±4.7)mg이었고, 종료시점에서의 BPRS전체 점수가 기저 상태에 비해 40%이상 감소된 반응군은 69.5%이었다. PANSS의 양성 증후군과 일반정신병리 뿐만 아니라 음성 증후군 소척도에서도 유의한 감소를 보였으며, 이 감소들은 치료 초기부터 나타나서 8주간 지속되었다. 43.8%의 피험자가 중등도 이상의 우울증상을 같이 지니고 있었으며, 올란자핀에 의해 MADRS와 HAM-A가 유의하게 감소하였다. 치료 기간 동안에 활력징후에는 뚜렷한 변화가 없었으나 체중은 8주간 지속적으로 증가하였다. SAS와 AIMS는 감소하였으며, 정좌불능증을 제외한 나머지 추체외로 증상의 발생비율도 낮았다. 임상적인 증상이나 징후를 동반하지 않는 ALT/SGPT의 상승을 보였지만 프로락틴을 포함하는 대부분의 혈액 검사상 뚜렷한 이상 변화는 없었다. 결 론 ; 비록 본 임상연구가 비대조 개방 임상연구로서 많은 제한점을 가지고 있지만, 올란자핀이 기존 약물에 내약성을 보이거나 기분증상을 동반하는 정신병에 치료 효과가 있었다. 그리고 기존 항정신병약물 치료시에 문제가 되었던 추체외로 증상과 고프르로락틴 혈증을 포함하는 대부분의 부작용면에서 안전성을 보여 주었다. Objective : This multicenter clinical trial was carried out to investigate the efficacy and the safety of olanzpine for the treatment of Korean patients. Mothod : 105 patients with schizophrenia and schizophreniform disorder, visited at 10 mental or university hospitals, had received an open and non-comparative treatment with olanzapine for 8 weeks. Patients had psychotic or depressive symptoms with the severity above moderate degree or intolerable side effects to previous antipsychotics. After a wash-out period of 2-7 days, 10mg olanzapine was prescribed initially to all the patients, and then the dosage could be adjusted within the range of 5-20mg/day of olanzapine by 3-7 days. Results : 90(85.7%) of 105 patients completed the 8-weeks trial and the mean modal dose of olanzapine was 16.1(±4.7%)mg/day. At the end of the trial, 73 patients(69.5%) were classified as responder, which was defined as 40% or more improvement in BPRS(Brief Psychiatric Rating Scale) score comparing to baseline. There was a significant reduction in the scores of PANSS(Positive and Negative Syndrome Scale)and subscales including negative symptom scores and CGI. Also weekly analysis showed that the reductions in scores were kept on for the whole period of the trial. 43.8% of all the patients had depressive symptoms at the baseline and total scores of MADRS(Montgomery-Asberg Depression Rating Scale) and HAM-A(Hamilton Rating Scale for Anxiety) were also reduced after the trials. Vital signs revealed no clinically significant changes but continuous weight gain was observed during the treatment with olanzapine. The scores of SAS(Simpson-Angus Scale) and AIMS(Abnormal Involuntary Movement Scale) for assessing the EPS(extrapyramidal symptoms)and tardive dyskinesia respectively were significantly decreased and only a few patients reported EPS as adverse events. Although mild and clinically non-significant of ALT/SGPT was observed, most laboratory parameters including plasma prolactin level showed to significant changes during the trial. Conclusions : Although this trial had many limitations because it was a non-comparative and open study, olanzapine showed high efficacy on the positive, negative and depressive symptoms in schizophrenia and schizophreniform disorder.In addition to that, olanzapine showed a substantially favorable safety profile, such as low incidence of EPS and hyperprolactinemia.

제주도 주변해역에서 발생하는 해양사고의 유형과 원인에 관한 연구

안영화,최찬문,김동근 제주대학교 해양연구소 2001 해양자원연구소연구보고 Vol.25 No.-

초음파 센서를 이용한 무궤도 반송차의 위치 및 방향제어

안중환,김화영,임한석,김동신 부산대학교 공과대학 1989 硏究報告 Vol.38 No.-

The system that could control a position and a direction of a vehicle by means of supersonic sensors was developed. It is composed of a microcomputer, two couples of supersonic sensor, a vehicle, a power supply and interfaces. Two senders are located at a distance on the vehicle and two receivers are located at two reference coordinate points. Supersonic propagation time from each sender to each receiver was conveniently measured in terms of the repeating number of a short machine language program. Experimental results showed that a repeating number was nearly linear with a corresponding distance. Using four measurements, the present position and direction of the vehicle were calculated .And the amounts of distance to be moved and angles to be rotated to get a destination position and direction were calculated. These data were used for controlling the vehicle driven by two wheel step. Judging from movement tests, the controllability and the accuracy of position an direction of a vehicle using supersonic sensors were quite satisfactory.

RV 형 자동차 Console Box 사출성형공정 해석 및 최적 게이트 선정

안동규,김대원,한길영 朝鮮大學校 機械技術硏究所 2007 機械技術硏究 Vol.10 No.1

본 연구에서는 BE 분석하였다. 또한, 본 대상 금형의 게이트 위치와 개수의 제품 생산성 영향성 및 형체력 상관관계를 분석하였다. 최종적으로 해석결과와 분석결과들을 이용하여 제품에 적합한 최적의 게이트 M 기반의 사출성형 해석을 통하여 RV 형 자동차 콘솔 박스(Console Box) 제작용 사출성형 금형의 게이트 위치와 게이트 개수를 결정하였다. 사출성형 해석시 금형 설계 변수를 게이트 위치와 개수로 선정하고, 게이트 위치와 개수의 변화에 따른 제품의 충진 특성, 압력 특성 및 제품의 웰드라인 생성과 수축/팽창 특성 변화를 정량적으로 위치와 게이트 개수를 도출하였다. The objective of this research work is to determine the gate location and the number of gates of the injection mould for the console box of RV cars using injection molding analysis based boundary element method (BEM). The gate location and the number of gates have been selected as design parameters of the mould. The influence of the gate location and the number of gates on filling characteristics, pressure characteristics, the formation of weld lines, and volumetric shrinkage/expansion characteristics has been quantitatively investigated. In addition, the effects of the gate location and the number of gates on the productivity of products and the clamping force of the mould has been evaluated. Finally, the optimum gate location and the number of gates for the target mould have been obtained.

제주도 주변해역에서 발생하는 해양사고의 유형과 원인에 관한 연구

안영화,최찬문,김동근 제주대학교 해양과환경연구소 2001 해양과환경연구소 연구논문집 Vol.25 No.-

1.380 marine incidents occurred in the adjacent sea of Jeju Island, between 1990 - 1999, these were analysed using data from the National Maritime Police Agency. The occurrence rate of marine incidents is fishing vessels about 93%, which of form is the engine troubles 61.6% of the whole and these are human factors resulting from careless operation and poor engine maintenance, this accounted for the main pattern of incidents and great number of them occurred with fishing vessels per a year average are about 138, that if higher than the another seas. On research about marine security kind of work present condition of fish vessel crew in Juju Island is that each long line and books occupy 42% the whole license of crew is that small vessel driver 60%, six degree 35% and most of marine incidents in the fishing vessel cause frequently the engine troubles, propeller troubles lack of ability of repair and crews almost posses the small license