인터루킨-4 신호전달에서 인터루킨-4 수용체 α사슬 상의 ID-1 부위의 기능

윤지희 ( Jee Hee Youn ),이경희 ( Kyung Hee Lee ),황우열 ( Woo Youl Hwang ),백두진 ( Doo Jin Paik ),정호삼 ( Ho Sam Chung ) 대한천식알레르기학회 2003 천식 및 알레르기 Vol.23 No.2

Background:Interleukin (IL)-4 is a pleiotropic cytokine that plays an important role in the pathogenesis of the allergic inflammation and asthma. Upon IL-4 receptor (IL-4R) engage-ment, a variety of signaling mediators, such as JAK kinases and STAT-6, are

옻닭 섭취에 의한 급성전신발진농포증 2예

윤지희 ( Jee Hee Yoon ),이정원 ( Jeong Won Lee ),김지은 ( Ji Een Kim ),김동현 ( Dong Hyun Kim ),박상훈 ( Sang Hun Park ),김우진 ( Woo Jin Kim ),김영 ( Young Kim ),고영일 ( Young Il Koh ) 대한천식알레르기학회 2012 천식 및 알레르기 Vol.32 No.2

Background: Acute generalized exanthematous pustulosis (AGEP) is a rare severe pustular cutaneous eruption associated with fever and leukocytosis. Rarely, intake of lacquer chicken can induce AGEP. Case History: We described two cases of AGEP developed after ingestion of lacquer chicken, which showed a positive patch test and were accompanied by unusual clinical manifestations. Results: One 45-year-old man presented with fever, blood leukocytosis with neutrophilia, maculopapular skin rash and pustular formation, which developed after eating lacquer chicken. Severe hypotension and later elevated hepatic enzymes were accompanied. Patch test to undiluted lacquer was positive. The other 48-year-old man was admitted with fever, maculopapular skin rash and subsequent pustular formation and blood leukocytosis with neutrophilia following ingestion of lacquer chicken. One week later, blood eosinophilia and elevated liver enzymes were found. Conclusion: AGEP may be caused by ingestion of lacquer chicken via Type IV immune hypersensitivity and can be accompanied by hypotension, blood eosinophilia and/or abnormal hepatic function. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2012;32:131-135)

마이크로어레이 데이터 공유 시스템

윤지희(Jee-Hee Yoon),홍동완(Dong-Wan Hong),이종근(Jong-Keun Lee) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회논문지 Vol.9 No.8

최근, 마이크로어레이 실험 데이터의 품질과 재생산성에 대한 신뢰도가 증가하고 있어 마이크로어레이 데이터의 공유 및 활용에 대한 요구가 급속히 증가하고 있다. 그러나 공개되어 있는 국내, 외 마이크로어레이 데이터는 실험 방식, 플랫폼 등에 따라 서로 다른 데이터 항목과 포맷을 가지므로 데이터의 실제적 접근 및 활용이 어려운 상황이다. 본 논문에서는 실험 플랫폼, 데이터 포맷, 정규화 기법, 분석 방식 등이 서로 다른 기존의 마이크로어레이 데이터를 효율적으로 검색, 공유, 통합할 수 있는 마이크로어레이 데이터 공유 시스템을 제안한다. 제안된 시스템은 웹 서비스 기반 기술을 이용하여 분산된 마이크로어레이 데이터를 통합하며, 각 사이트의 사용자는 UDDI를 통하여 검색한 데이터를 표준 MGED 기반의 공통데이터 구조로 자동 변환하여 다운 받을 수 있다. 정의된 공통 데이터 구조는 IDF, ADF, SDRF, EDF로 구성되어 다양한 구조의 마이크로어레이를 통합할 수 있는 템플릿 역할을 수행하며, MAGE-ML, MAGE-TAB, XML Schema 문서로 저장할 수 있다. 또한 제안된 시스템의 자동 데이터 제출기, 파일관리자 등은 마이크로어레이 데이터 공유를 위한 다양한 부가 기능을 제공한다. Improved reliability of microarray data and its reproducibility lead to recent increment in demand of data sharing and utilization among laboratories, but house-keeping and publicly opened microarray experimental data can hardly be accessed and utilized since they are in heterogeneous formats according to the various experimental methods and microarray platforms. In this paper, we propose a microarray sharing method which can easily retrieve and integrate microarray data from different experiment platforms, data formats, normalization methods, and analysis methods. Our system is based on web-service technology. The biologists of each site are able to search UDDI(Universal Description, Discovery, and Integration) registry, and download microarray data with common data structure of standard format recommended by MGED(Microarray Gene Expression Databases) society. The common data structure defined in this paper consists of IDF(Investigation Design Format), ADF(Array Design Format), SDRF(Sample and Relationship Format), and EDF(Expression Data Format). These components play role as templates to integrate microarray data with various structure and can be stored in standard formats such as MAGE-ML, MAGE-TAB, and XML Schema. In addition, our system provides advanced tools of automatic microarray data submitter and file manager to manipulate local microarray data efficiently.

웹 서비스 기반의 마이크로어레이 실험 데이터 공유 시스템 설계

이종근(Jong-Keun Lee),홍상균(Sang-Kyoon Hong),홍동완(Dong-Wan Hong),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 강원지부 2007 한국정보과학회 강원지부 학술대회 논문집 Vol.1 No.1

마이크로어레이 데이터베이스는 아직 그 규모가 서열 데이터베이스에 비해 작으며, 활용도 매우 제한적이다. 최근 주요 생물학 분야 저널에서는 실험에 사용된 마이크로어레이 데이터를 의무적으로 공용 데이터베이스에 공개하도록 규정하고 있으며, MAQC 프로젝트 등에 의해 실험 데이터의 질과 재생산성에 대한 신뢰성이 증가하고 있어 금후 마이크로어레이 데이터베이스의 규모 및 활용이 급속히 증가할 것으로 예상된다. 그러나 마이크로어레이 데이터는 데이터 교환 표준이 아직 실용화, 범용화 단계에 이르지 못하고 있어, 현재 부분적으로 공개되어 있는 국내, 외 마이크로어레이 실험 데이터도 이질의 포맷으로 구성되어 있어 실제적 접근 및 활용이 매우 어려운 상황이다. 본 연구에서는 마이크로어레이 데이터의 지능적 검색을 지원하는 웹 서비스 기반의 정보 공유 시스템 개발에 대하여 논한다. 실험 플랫폼, 데이터 포맷, 정규화 기법 등이 서로 다른 기존의 마이크로어레이 실험 데이터를 효율적으로 통합, 검색할 수 있는 시스템 구조를 제안하고 이를 웹 서비스 기반의 시스템으로 구현하는 실질적 방법론을 제시한다.

클라우드 컴퓨팅 기반의 병렬 CNV 검출 알고리즘

홍상균 ( Sang-kyoon Hong ),윤지희 ( Jee-hee Lee ),이은주 ( Un-joo Lee ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1

시퀀싱 기술의 발달로 최근에는 비교적 저렴한 비용으로 개인의 유전체 시퀀싱 데이터를 산출할 수 있게 되었다. 하지만 이를 기반으로 하는 기존의 분석 방법은 매우 고가의 컴퓨팅 환경을 요구하기 때문에 분석을 위한 비용이 매우 높은 문제가 있다. 본 논문에서 클라우드 컴퓨팅 환경의 병렬 CNV 검출알고리즘을 제안한다. 제안하는 방법은 모양 기반의 CNV 검출 알고리즘인 CNV_shape을 MapReduce기법으로 개발한 것으로 시퀀싱 데이터를 레퍼런스 서열에 매핑한 결과로부터 리드 커버리지 (read coverage)를 계산하여 커버리지가 감소하거나 증가하는 일정 길이 이상의 영역을 검출하는 방법이다. 클라우드 컴퓨팅 환경에 적용하고 노드의 밸런싱 유지를 위한 방법으로 파티셔닝 기법을 사용하였다. 또한 실 데이터를 이용한 실험을 통해 제안하는 방법의 효율적 데이터 처리를 보인다.

시퀀스 데이터베이스를 위한 모양기반의 유사 부분시퀀스 검색

이정화(Jeong-Hwa Lee),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 1999 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.26 No.2Ⅰ

시퀀스 데이터(sequence data)에서는 각 데이터 값보다는 전후 그 들 사이의 변화 추세 등이 더 큰 정보로 작용하는 것이 일반적이다. 본문에서는 시퀀스 데이터베이스를 대상으로 하여 주어진 시퀀스 패턴과 모양이 유사한 모든 부분시퀀스를 검색해 내는 새로운 방식을 제안한다. 본 방식에서는 시퀀스 데이터의 모양 추출을 위한 데이터 변환, 유사 모양 패턴 클러스터링, 새로운 유사도 계산 방식 등을 도입함으로써, 기존의 방식이 매우 제한적인 패턴만을 유사패턴으로 간주하던 것에 비하여, 패턴이 데이터축 혹은 타임축으로 각각 확대, 축소, 이동된 경우에도 유사패턴으로 검색이 가능하다.

류마티스 관절염 환자의 혈중 아연 및 구리 농도와 질병 활성도와의 관계

이명수 ( Myeung Su Lee ),강효종 ( Hyo Jong Kang ),홍승재 ( Seung Jae Hong ),도주호 ( Ju Ho Do ),윤종현 ( Chong Hyeon Yoon ),김완욱 ( Wan Uk Kim ),민도준 ( Do June Min ),윤지희 ( Jee Hee Youn ),박성환 ( Sung Hwan Park ),조철수 ( Ch 대한류마티스학회 2003 대한류마티스학회지 Vol.10 No.4

Objective: To investigate the relationship between serum trace element levels with disease activity in Korean patients with rheumatoid arthritis (RA). Methods: The serum levels of zinc, copper and ceruloplasmin were measured by inductively coupled plasma atomic emission spectrometers in 80 patients with RA, 26 osteoarthritis (OA), and 30 healthy controls (HC). We also measured the levels of zinc and copper in the synovial fluid (SF) of patients with RA. We investigated the clinical parameters simultaneously obtained at sampling of serum and analyzed correlation between serum levels of trace elements and disease activity in RA. Results: In RA, the levels of serum zinc were significantly lower than that of HC, and the levels of serum copper and ceruloplasmin were significantly higher than those of HC. In active RA, the levels of serum zinc were more decreased, and the levels of serum copper and ceruloplasmin were more increased than those of inactive group of RA. The levels of both copper and ceruloplasmin showed positive correlation with the levels of serum ESR and CRP. On the other hand, the levels of serum zinc showed negative correlation with the levels of serum ESR and CRP. Conclusion: Serum zinc levels are significantly lower and serum copper levels significantly higher in patients with active RA and these trace elements were useful parameter of disease activity in RA.

RNA 시퀀싱 데이터를 이용한 병렬 SNP 추출 알고리즘

김덕근 ( Deok-keun Kim ),이덕해 ( Deok-hae Lee ),공진화 ( Jin-hwa Kong ),이은주 ( Un-joo Lee ),윤지희 ( Jee-hee Yoon ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1

최근 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing, NGS) 기술이 발전하면서 DNA, RNA 등의 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식에 관한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 차세대 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식은 마이크로어레이 혹은 EST/cDNA 데이터를 이용한 기존의 분석 방식에 비하여 비용이 적게 들고 정확한 결과를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 그러나 이 들 DNA, RNA 시퀀싱 데이터는 각 시퀀스의 길이가 짧고 전체 용량은 매우 커서 이 들 데이터로부터 정확한 분석 결과를 추출하는 데에 많은 어려움이 있다. 본 연구에서는 클라우드 컴퓨팅 기술을 기반으로 하여 대용량의 RNA 시퀀싱 데이터를 고속으로 처리하는 병렬 SNP 추출 알고리즘을 제안한다. 전체 게놈 데이터 중 유전자 영역만을 high coverage로 시퀀싱하여 얻어지는 RNA 시퀀싱 데이터는 유전자 변이 추출을 목적으로 분석되며, SNP(Single Nucleotide Polymorphism)와 같은 유전자 변이는 질병의 원인 규명 및 치료법 개발에 직접 이용된다. 제안된 알고리즘은 동시에 실행되는 다수의 Map/Reduce 함수에 의해서 대규모 RNA 시퀀스를 병렬로 처리하며, 레퍼런스 시퀀스에 매핑된 각 염기의 출현 빈도와 품질 점수를 이용하여 SNP를 추출한다. 또한 이 들 SNP 추출 결과에 대한 시각적 분석 도구를 제공하여 SNP 추출 과정 및 근거를 시각적으로 확인/검증할 수 있도록 지원한다.

Cyclophosphamide가 흰쥐 골수의 기질세포에서 Laminin-1의 발현에 미치는 영향

이창훈,정호삼,백두진,황세진,김원규,윤지희,김종관,Lee, Chang-Hun,Chung, Ho-Sam,Paik, Doo-Jin,Hwang, Se-Jin,Kim, Won-Kyu,Youn, Jee-Hee,Kim, Chong-Kwan 한국현미경학회 2002 Applied microscopy Vol.32 No.4

골수내 정상적인 혈구형성은 줄기세포와 주위의 미세환경 사이에 일어나는 상호작용에 의해서 좌우된다고 알려져 있다. 이때 미세환경은 성장요소, 기질세포 및 기질세포가 분비한 세포외기질의 복잡한 망상구조로 이루어져 있다. 골수의 세포외기질은 거대분자로 구성되어 있으며 이중 구성요소의 일부인 당단백이 혈구형성의 조절에 주요한 요소가 된다고 많은 학자들이 주장해 왔다. 골수의 기질을 이루고 있는 망상세포, 지방세포, 섬유모세포, 혈관내피세포 및 혈관주위세포 등이 분비하는 세포외기질에 여러종류의 laminin 동형체가 함유되어 있으며 여러 종류의 혈구형성에 주요한 역할을 한다는 연구보고가 있다. 저자는 골수내 종양을 치료하기 위해 빈번히 사용되는 cyclophosphamide가 골수에 미치는 영향을 규명하고자 실험동물의 혈구형성에 영향을 미치는 laminin-1의 발현의 변화를 골수의 기질세포에서 추적하고자 하였다. 건강한 SD계 흰쥐를 실험동물로 사용하여 cyclophosphamide를 체중 kg당 75 mg을 복강내로 1회 투여하고 3일, 1주, 3주 및 5주 후 희생하여 골수조직을 채취하여 면역조직염색법으로 염색하여 laminin-1의 골수내 분포의 변화를 관찰하였고, 일부 조직은 전자현미경표본을 제작하여 1차 항체(rabbit anti-laminin)로 반응시킨 후 직경 12 nm의 금과립이 섞인 제2차 항체(biotinylated goat anti-rabbit IgG)로 다시 반응시키고 uranyl acetate로 단일염색 후 전자현미경으로 관찰하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. Cyclophosphamide 투여 후 3일 경과군의 흰쥐 골수조직은 정맥동이 확장 되었고, 일부 조직이 괴사되었으며, 혈구형성세포가 감소되었다. 망상조직과 지방세포사이의 조직에서 laminin-1의 면역반응이 강하게 나타났다. 2. Cyclophosphamide 투여 후 1주, 2주 및 5주 투여군의 골수에서 laminin-1의 약한 면역반응이 기질조직에 계속되었고 혈구형성세포의 수는 증가되었다. 3. Laminin-1의 면역반응을 나타내는 금과립은 cyclophosphamide 투여 3일군의 골수 기질세포에서 가장 많은 수가 관찰되었고, 투여 1주, 3주 및 5주군에서는 금과립의 수량이 감소되었다. 이상과 같은 실험결과는 cyclophosphamide가 흰쥐에 투여되었을 때 골수의 혈구형성의 미세환경을 유지하는 기질세포의 laminin-1의 발현을 증가시키는 것으로 생각되었다. The purpose of the present study is to investigate whether stromal cells supporting specific microenvironment for hematopoiesis of bone marrow are affected by toxicants and therapeutic drugs such as antibiotics and anticancer drugs and whether laminin-1 is associated with such effects. SD rats were intraperitoneally injected with 75 mg/kg of cyclophosphamide which is widely used to treat infant's solid tumor, leukemia and myeloma and sacrificed after 3 days, 1 week, 3 weeks or 5 weeks of injection. The bone marrow extracted and paraffin-sectioned was analyzed using immunohistochemical staining. A part of tissues was subjected to electron microscopy following reaction with rabbit anti-laminin antibody, biotinylated goat anti-rabbit IgG conjugated with 12 nm gold particles, and staining with uranyl acetate. 1. The bone marrow tissue at day 3 post injection with cyclophosphamide displayed dilated venous sinus, partial necrotic death, and decreased number of hematopoietic cells. Laminin-1 was intensively stained in the reticular and adipose tissues. 2. Up to 5 weeks post injection, laminin-1 was stained at a low level in the stromal tissue of bone marrow and the number of hematopoietic cell was increased. 3. Deposition of the gold particle which represents laminin-1 expression was observed at the highest level in the stromal cells of bone marrow obtained 3 days after injection, and decreased after 1 to 5 weeks. These results suggest that stromal cells which play a role in supporting microenvironment for bone marrow hematopoiesis augment induction of laminin-1 expression and activation upon administration of cyclophosphamide.

RNA-Seq 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석

공진화(Jin-Hwa Kong),이종근(Jong-Keun Lee),이은주(Un-Joo Lee),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 2011 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.38 No.1A

선택 스플라이싱 (alternative splicing)은 mRNA (messenger RNA)의 전구체인 pre-mRNA가 mRNA로 전사될 때 pre-mRNA의 엑손 영역들 (exons)이 여러 가지 유형 (pattern)으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플라이싱에 의해 하나의 유전자로부터 서로 다른 mRNA가 만들어 지고 서로 다른 이소형의 단백질 (protein isoforms)이 생성된다. 현재까지 알려진 선택 스플라이싱의 유형은 약 7가지 종류가 있으며, 유전자의 돌연변이 및 질병과 밀접한 연관성을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing : NGS) 기술로 생성된 RNA-Seq 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 RNA-Seq 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 RNA-Seq 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 (junction) 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트 (transcript)의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 보이기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 인간 유전자 영역에서의 선택 스플라이싱 유형 추출 실험을 수행하였으며, 검증된 선택 스플라이싱 DB와 비교, 검증하였다.