인공산성비 처리에 대한 애기장대의 생장반응

박종범(Park Jong-Bum),이석찬(Lee Sukchan) 한국원예학회 1999 Horticulture, Environment, and Biotechnology Vol.40 No.1

애기장대 괴사반점 형성에 미치는 인공산성비의 조직학적 영향

박종범(Jong-Bum Park),이석찬(Sukchan Lee) 한국원예학회 2000 Horticulture, Environment, and Biotechnology Vol.41 No.6

광양만내 해양 바이러스에 대한 엽록소$\alpha$와 박테리아 개체량의 계절적 변이와 상관관계

최은석,김소정,오로라,윤희영,신경순,장만,이석찬,이상섭,이택견,Choi, Eun-Seok,Kim, So-Jung,Oh, Ro-Ra,Yun, Hee-Young,Shin, Kyung-Soon,Chang, Man,Lee, Sukchan,Lee, Sang-Seob,Lee. Taek-Kyun 한국환경생물학회 2004 환경생물 : 환경생물학회지 Vol.22 No.-

광양만내 평균 해양 바이러스 양은 2.0${\times}$$10^{8}$ particles ml$^{-1}$로 매우 풍부했다. 각 계절별 바이러스의 밀도는 여름에 최대 9.0${\times}$$10^{8}$ particles ml$^{-1}$, 겨울에는 최소인 0.7${\times}$$10^{6}$ particles ml$^{-1}$을 기록했다. 광양만내의 바이러스, 박테리아, 식물플랑크톤 생물량의 공간적 분포는 외만 해역에 해당하는 정점 28, 38, 42, 46, 51에서 보다 내만 해역에 해당하는 정점 2, 5, 10, 12, 16, 20에서 많은 것으로 나타났다. 또한 내만 해역에 해당하는 정점 22, 26, 32, 34는 높은 바이러스 밀도를 보였지만 상대적으로 외만 해역에 비해서 낮은 박테리아와 식물플랑크톤의 생물량을 나타냈다. 몇몇 정점의 수심 깊이에서는 박테리아의 밀도가 바이러스의 밀도를 100배 정도 초과했다. 해양 바이러스와 그들의 숙주 생물의 밀도는 계절에 따라 변화했으며, 그들의 계절별 변화는 서로 밀접한 상호연관성을 가졌다. 여름에 바이러스와 박테리아의 밀도는 증가된 반면 식물플랑크톤의 엽록소 $\alpha$ 농도는 평균값을 유지하였다. 겨울에는 바이러스와 박테리아의 밀도가 급속하게 줄어들었고, 마찬가지로 엽록소 $\alpha$의 농도 역시 감소하다가, 곧 다시 증가했다. 바이러스의 밀도는 2001년 8월에 최고점에 도달했으며, 박테리아의 밀도는 2001년 8월과 2002년 6월에 최고값을 가졌다. 반면에 엽록소 $\alpha$의 농도는 2002년 4월에 최대치에 도달했다. 전체 숙주와 바이러스 밀도로 볼 때, 그들의 먹이사슬은 바이러스에 의한 사멸에 의해서 평형 상태로 유지되고, 바이러스의 밀도 또한 평형 상태를 유지하는 것으로 보였다. 이러한 시도는 우리나라 광양만 내에 존재하는 해양 바이러스의 생태적 분포 연구를 다루는 첫 번째 실험으로 사료된다. The marine viral density in the Gwangyang Bay was abundant about 2.0${\times}$10$^{8}$ particles ml$^{-1}$ . For each season, viral abundances were recorded from 9.0${\times}$10$^{8}$ particles ml$^{-1}$ in summer to 0.7${\times}$10$^{6}$ particles ml$^{-1}$ in winter. The spatial distributions of the viral, bacterial and phytoplankton biomass in the Gwangyang Bay were mostly highey in closed estuarine system (Station 2, 5, 10, 12, 16, 20) than open ocean system (Station 28, 38, 42, 46, 51), And the othey closed estuarine system (Station 22, 26, 32, 34) indicated higher viral abundances, lower bacterial and plankton biomass than open oceanic system. In depths of some stations, the bacterial abundances exceeded a hundred fold than viral abundances. Seasonal abundances of marine viruses and their host systems were dynamically changed, and their seasonal variations were closely correlated. In summer, viral and bacterial abundances were increased, and phytoplankton chlorophyll $\alpha$ concentrations were maintained in average values. In winter, viral and bacterial abundances were dramatically decreased, and chlorophyll a concentrations were decreased, but, immediately increased. The viral abundances were peaked in August 2001, and bacteyial abundance, in August 2001 and June 2002, while chlorophyll a concentrations were peaked in April. 2002. In total host and viral abundances, it was seemed that their pools were maintained to steady-states by viral mortality, and viral abundance maintained steady-states. In our assessments, this report is a unique research about marine viral ecology of the Gwangyang Bay in Korea.

벼의 엽신 및 캘러스에서 Cytokinin 유도성 A-type 및 C-type Cyclin 유전자의 발현 분석

이홍근,최승호,황현식,박정안,이택견,박종범,오정균,이석찬,Lee Honggun,Choi Seungho,Hwang Hyunsik,park Jungan,Lee Taekkyun,Park Jongbum,Auh Chungkyoon,Lee Sukchan 한국식물생명공학회 2005 식물생명공학회지 Vol.32 No.1

세포 주기의 조절에 있어 중요한 역할을 담당하고 있는 cyclin 유전자들을의 발현 양상을 벼에서 유도한 캘러스와 엽신을 이용하여 관찰하였다. 특히 캘러스를 이용한 분석결과 2,4-D와 kinetin이 조합된 배지 러에 7일 동안 암 배양한 후 이를 cytokinin만이 첨가된 배치로 옮겼을 때 A-, B-, C-type cyclin 유전자들의 발현이 더 증가되었다. 또한 벼실생의 각 기관에서 cyclin 유전자의 발현양을 조사한 결과 다른 기관들에 비해 잎에서 A-, B, C-type cyclin 유전자들이 더 많이 발현하였으나 잎에 cytokinin의 종류와 농도를 다르게 처리하여 24시간동안 배양한 결과에서는 zeatin을 제외하고는 cytokinin의 종류와 양이 cyclin 유전자들의 발현에 큰 영향을 미치지 못함을 알 수 있었다. 본 실험에서는 벼 cyclin유전자의 발현과 식물생장조절제 처리와의 상관 관계에 대해서 조사하였다. The expression patterns of cyclin genes, which play a crucial role on cell cycle control, were analyzed with rice calli and leaf blades from seedlings. When callus was transferred from media containing the combinations of 2,4-D and kinetin under the dark conditions to medium supplemented with cytokinin-only on 7 days after the cultures, the expression levels of A-, B- and C-type cyclins from callus were increased significantly. Despite the fact that cyclin genes were well expressed on leaf blades rather than other organs in rice seedlings, rice leaf blades grown on the medium containing various combinations and concentrations of cytokinin for 24 hours had no major effect on the expression patterns of cyclins except zeatin. The relation between cytokinin regulation and the expression of cyclins of rice is discussed.

열처리와 Shoot-Tip Grafting에 의한 감귤 바이러스 무독묘 생산

김대현,심혜경,권혁모,현재욱,김광식,이진경,이석찬,Kim Daehyun,Shim Hyekyung,Kwon Hyeogmo,Hyun Jaewook,Kim Kwangsik,Lee Jinkyung,Lee Sukchan 한국식물생명공학회 2005 식물생명공학회지 Vol.32 No.1

바이러스에 감염된 감귤나무를 생육상에서 주간 $40^{\circ}C$, 야간 $30^{\circ}C$로 열처리한 후 발생한 신초를 $0.3\~0.7\;\cal{mm}$ 로 잘라내어 기내에서 치상한 탱자 (P. trifoliata) 대목에 접목하는 열처리와 경정접목 (shoot-tip grafting)을 병행한 방법으로 무독묘 생산에 성공하였다. 감글 바이러스 즉, citrus tristeza virus (CTV), satsuma dwarf virus (SDV) and citrus tatter leaf virus (CTLV) 에 대한 무독화율은 각각 $75.7\%,\;100.0,\%\;82.6\%$ 였다. 경정접목 시 접수크기는 $0.3\;\cal{mm}$ 이하 일때 바이러스 무독화율이 높았으나 절목 후 활착율은 저하되었다. 열처리 후 경정배양 (shoot-tip culture)을 하여 1 개월 후에 활착율을 조사한 결과 Yuzu (C. junos)는 $74.6\%$, 그리고 early satsuma mandarin (Iwasagi)은 $13.3\%$를 나타내었다. 그러나 항바이러스제인 rivabirin을 첨가한 후 무독효과를 보기 위하여 후대배양 중에 온주밀감의 특성상 갈변되어 고사함으로서 무독묘를 생산하지 못했다. Virus-free stocks was produced by the combination of the heat treatment of virus infected plant and shoot-tip grafting (STS). To produce virus-free stocks, the plants infected with citrus viruses were used for virus-free stock production using the modified method of STG in thermotherapy at $40^{\circ}C$ for 16 hours in the light, and at $30^{\circ}C$ for 8 hours of darkness for 4 weeks. Trifoliate orange (P. trifoliata) were used as rootstock seedling for STG. Percentages of virus-free stocks against citrus tristeza virus (CTV), satsuma dwarf virus (SDV) and citrus tatter leaf virus (CTLV) were $75.7\%,\;100.0,\%\;82.6\%$ respectively. Shoot tip size for successful STG were as small as possible. Less than $0.3\;\cal{mm}$ of shoot tips gave the hight efficiency of virus free plants but survival rates were low. And, survival rate after shoot-tip culture was analyzed and the rates were dependant on the cultivars; Yuzu cultivar showed the hight survival rate ($74.6\%$) and early satsuma mandarin (Iwasagi) was $13.3\%$ as the lowest cultivar. But citrus trees were not succeed to grown, turned brown, and died.

쥐 해마의 유전자 발현 그리드 데이터를 이용한 특징기반 유전자 분류 및 영역 군집화

강미선(Mi-Sun Kang),김혜련(HyeRyun Kim),이석찬(Sukchan Lee),김명희(Myoung-Hee Kim) 한국정보과학회 2016 정보과학회논문지 Vol.43 No.1

뇌의 유전자 발현 정보는 영역별 기능과 밀접한 관련이 있어 이를 분석하기 위해 다수의 유전자들 간의 발현 정도 및 발현 위치 정보와의 관계에 대한 연구가 이루어지고 있다. 본 논문에서는 컴퓨터 기술을 통해 알렌 뇌과학연구소에서 제공하는 약 2만여개의 쥐 뇌 유전자 발현 정보 중 뇌의 해마 영역을 중점적으로 분석하여 유전자들을 자동으로 분류해내고 발현 위치 정보를 기반으로 군집화하여 가시화하는 방법을 제안한다. 이를 통해 해마 내 전체적으로 발현되는 유전자들과 특정 영역에만 발현되는 유전자들을 분류할 수 있었고 그 중 특정 영역에 발현되는 유전자들의 위치정보 기반으로 군집화된 데이터를 뇌 지도와 함께 관찰 할 수 있었다. 본 연구는 뇌의 기능과 영역과의 관계성 관련 생물학적 연구를 위한 실험군 선정작업에 이용되어 실험설계시간을 줄일 수 있고 기존에 알려진 뇌의 해부학적 구조보다 더욱 세분화된 구조를 발견할 수 있는 가능성을 제시할 것으로 기대된다. Brain gene expression information is closely related to the structural and functional characteristics of the brain. Thus, extensive research has been carried out on the relationship between gene expression patterns and the brain’s structural organization. In this study, Principal Component Analysis was used to extract features of gene expression patterns, and genes were automatically classified by spatial distribution. Voxels were then clustered with classified specific region expressed genes. Finally, we visualized the clustering results for mouse hippocampal region gene expression with the Allen Brain Atlas. This experiment allowed us to classify the region-specific gene expression of the mouse hippocampal region and provided visualization of clustering results and a brain atlas in an integrated manner. This study has the potential to allow neuroscientists to search for experimental groups of genes more quickly and design an effective test according to the new form of data. It is also expected that it will enable the discovery of a more specific sub-region beyond the current known anatomical regions of the brain.

신경선호 기록을 위한 PZT기반 마이크로 드라이브

박상규(Sangkyu Park),박현준(Hyunjun Park),박석호(Sukho Park),김병규(Byungkyu Kim),신희섭(Hee-sub Shin),이석찬(Sukchan Lee),김희수(Huisu Kim),김은태(Euntai Kim) 대한전기학회 2005 대한전기학회 학술대회 논문집 Vol.2005 No.10

신경신호 기록을 위한 PZT기반 마이크로 드라이브

박상규(Sangkyu Park),박현준(Hyunjun Park),박석호(Sukho Park),김병규(Byungkyu Kim),신희섭(Hee-sub Shin),이석찬(Sukchan Lee),김희수(Huisu Kim),김은태(Euntai Kim) 대한전기학회 2005 대한전기학회 학술대회 논문집 Vol.2005 No.10

식물 바이러스의 진단과 분포를 연구하기 위한 Tissue Printing Hybridization (TPH)의 이용

이석찬 성균관대학교 생명과학자원연구소 1997 生命資源科學硏究 Vol.4 No.2

Members of geminivirus group are characterized by circular single stranded (ss) DNA genomes of 2.5 to 3 kb and a unique geminate capsid morphology. BCTV is only member of geminivirus group II and has broad host range including 44 dicot families. BCTV was originally identified into phloem-specific by electronmicroscopy with spinach-BCTV systems but recetly BCTV was identified on the other tissues except phloem in BCTV-Arabidopsis systems. Virus localization is very important to understand BCTV life cycle including BCTV movement, DNA replication mechanism and symptom development. Detection of viruses from crop plants is also critical goal for virologists as well as farmers to improve quality and quantity of crops. These should be easy and simple. Tissue printing hybridization (TPH) was developed to detect and localize the virus from tissues without any extraction of DNA or proteins. This TPH showed that BCTV was not the phloem-limited and BCTV distributions were organ-specific in N. benthamiana.

Lignification in Response to Pseudomonads Infections on Arabidopsis

Lee, Sukchan 성균관대학교 생명과학자원연구소 1996 生命資源科學硏究 Vol.3 No.2

Lignin is the one of the most abundant biopolymers on earth and is resistant to degradation by most microorganisms. Arabidopsis thaliana which have been treated with Pseudomonas strains rapidly accumulates lignin with thioglycolic acid and induces peroxidase enzyme activities with guaiacol substrate. The responsiveness of Arabidopsis leaves to Pseudomonas is dependent on stages of infiltrations and strains of Pseudomonas. In avirulent strain infiltrated leaves, there were two types of resistant symptoms. Pc 83-1 induced HR but Pst 1065 did not induce any symptom at all. Pc 83-1 infiltrated plants started lignin accumulation as early as 12 H AI. In case of virulent strains, Psm 4326 and Pst DC3000 also induced lignin (48 HAI) but in later stage and with smaller amount than Pc 83-1 did. These responses shown in virulent strain infiltrated plants may not be the same response observed in avirulent strains. Peroxidase activity assay showed that there were very strong correlations between lignification and plant resistance against Pseudomonas. Pc 83-1 infiltrated plants showed very strong peroxidase induction 12 HAI. Virulent strains such as Psm 4326 and Pst DC3000 also induced peroxidase activity but much lower and slower than Pc 83-1. The differential regulation of expression of peroxidase enzymes following Pseudomonas infiltration suggests that there might be different isoenzymes of peroxidase which play a role for avirulent symptom development and for virulent symptom development. And these isoenzymes of peroxidase may have specific functional roles in the biosynthesis of disease-lignin.