주황해변해면(Hymeniacidon sinapium) 공생세균 군집의 계절적 차이

정종빈,박진숙,Jeong, Jong-Bin,Park, Jin-Sook 한국미생물학회 2012 미생물학회지 Vol.48 No.4

ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis) 방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다. 그 결과 봄 해면인 경우 23개, 여름인 경우 28개의 ARDRA type을 구별할 수 있었다. 각 type 별로 1-3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다. 봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.8%, 여름 해면에서 67.4%가 각각 관찰되어 두 계절에서 우점 하는 세균그룹으로 나타났으며 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Firmicutes와 Actinobacteria의 경우 봄 해면에서 각각30.2%, 8.3%로 관찰된 반면 여름해면에서는 6.9%, 0%로 관찰되어 여름철에 감소하는 세균 그룹이었다. Betaproteobacteria(4.7%)와 Bacteroidetes (4.7%)는 여름 해면에서만 관찰되었다. H. sinapium 해면에서 봄철에 비해 여름철에 더 다양한 세균그룹을 발견할 수 있었으며 동일한 해면 종일지라도 계절에 따라 공생세균 군집에 차이를 나타냄을 알 수 있었다. Seasonal differences of the cultivable bacterial communities associated with the marine sponge, Hymeniacidon sinapium, between spring and summer were analyzed through the Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA). For the cultivation of the bacterial isolates, modified Zobell and MA media were used. The 16S rDNA of individual strains were amplified and fragmented by using two restriction enzymes, HaeIII and MspI. As a result, 23 ARDRA types from the spring sponge and 28 types from the summer sponge were obtained. The partial sequencing result of 1 to 3 selected strains from each types showed over 94% similarities with the known species from the public database. The bacterial communities from the sponge, captured on spring, contained 4 phyla: Actinobacteria, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Firmicutes. There were 5 phyla observed from the bacterial communities associated with the sponge, captured on summer: Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes. Gammaproteobacteria was predominant group in both spring and summer, accounted for 33.8% of total in spring and 67.4% in summer, showed increase pattern on summer. Because Firmicutes and Actinobacteria participated in 30.2% and 8.3% of the spring sponge while they represented only 6.9% and 0% of the summer sponge, both bacterial groups showed decrease drift on summer. Betaproteobacteria (4.7%) and Bacteroidetes (4.7%) were only observed on the sponge captured on summer. On the sponge, Hymeniacidon sinapium, more diverse bacterial communities were shown on summer than on spring, and even from the same sponge, there were seasonal differences.

재난대응 최적의 In-house Operation

정종빈,김홍선,박경찬,김성문 한국통신학회 2012 정보와 통신 Vol.29 No.5

본 논문에서는 지난 60여 년간의 병원 내(In-house) 프로세스, 그리고 그 안에서의 재난대응과 관련하여 진행 된 연구들을 살펴보고자 한다. 특히, 경영과학 및 계량분석 분야에서 다양하게 다루어진 분야를 크게 1) Planning, 2) Scheduling, 3) Process Design & Patient Flow의 세 가지로 나누어보고, 각 분야에서 지금까지 진행 된 연구들을 소개한다. 조사 결과, 국내 연구 중에는 국내 실정에 맞춘 연구가 부족하고, 또 최근 다양한 학문 분야에서 필요성이 부각 되고 있는 재난대응이 병원 내 프로세스와 밀접한 관련이 있음에도 불구하고 재난대응과 관련된 병원 내 프로세스에 관한 연구는 아직 전반적으로 초기 단계에 있음을 발견했다. 마지막으로, 앞으로의 연구 방향을 제시하고 향후 연구를 위해 관련 자료를 찾을 수 있는 몇 가지 출발점을 제안한다.

계방산 눈측백(Thuja koraiensis Nakai.)의 출현 특성

정종빈,박필선 한국임학회 2012 산림과학 공동학술대회 논문집 Vol.2012 No.-

제주도에 서식하는 Petrosia corticata 해면의 배양가능한 공생세균 군집구조의 계절적 차이

정종빈,박진숙,Jeong, Jong-Bin,Park, Jin-Sook 한국해양바이오학회 2015 한국해양바이오학회지 Vol.7 No.2

The community structure of cultivable bacteria associated with the marine sponge, Petrosia corticata, collected from Jeju Island in summer (September) of 2012 and winter (January) of 2013, were compared by the PCR-ARDRA method. Bacterial strains were cultured for 4 days at $26^{\circ}C$ on Zobell medium and marine agar medium. After PCR amplification of 16S rRNA gene of individual strains, the restriction enzymes MspI and HaeIII were used to make restriction patterns. As a result, 24 ARDRA patterns from the summer sponge and 20 ARDRA patterns from the winter sponge were obtained. The sequencing result of 1-3 selected strains from each pattern showed over 98% similarities with the known sequences from the public database. At the phylum level, the bacterial community structures of both sponges (summer and winter) were identical qualitatively and composed of 4 phyla : Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes. Alphaproteobacteria accounted for 42.5% of total in summer sponge and 25.2% in winter, decreasing in the winter sample. Gammaproteobacteria accounted for 27.5% of total in summer sponge and 35.2% in winter, increasing in the winter sample. At the genus and species level, summer sponge had more diverse bacterial communities than winter sponge. Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes increased in the winter sample.

열대 해양 해면 Cinachyrella sp.와 Plakortis sp.의 공생세균 군집의 계통학적 다양성

정종빈,박진숙,Jeong, Jong-Bin,Park, Jin-Sook 한국미생물학회 2015 미생물학회지 Vol.51 No.1

2012년 2월 남태평양 미크로네시아 축(Chuuk)에서 채집한 두 종의 해양해면 Cinachyrella sp.와 Plakortis sp.의 공생세균의 군집구조를 PCR-DGGE 방법을 사용하여 조사하였다. Cinachyrella sp.와 Plakortis sp. 해면의 total genomic DNA에서 16S rRNA gene-V3 부분을 증폭하여 DGGE를 수행하였으며, 두 종의 해면에서 서로 다른 밴드 패턴이 나타났다. DGGE밴드로부터 16S rRNA gene의 부분 염기서열을 분석한 결과, 알려진 균주의 염기서열들과 87-100%의 유사도를 나타내었다. Cinachyrella sp.의 공생세균 군집구조는 Actinobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, 그리고 Proteobacteria (Alpha-, Gamma-, Delta-), 6강으로 구성되었다. Plakortis sp.의 공생세균 군집구조는 Actinobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Spirochaetes 그리고 Proteobacteria (Alpha-, Gamma-, Delta-), 7강으로 구성되었다. 두 종의 해면에서 Actinobacteria, Chloroflexi와 Proteobacteria가 공통적으로 존재하였으나 주요 세균군집은 서로 다른 것으로 나타났다. 즉 Cinachyrella sp.의 경우 Proteobacteria가, Plakortis sp.의 경우, Chloroflexi가 주요 세균 군집이었다. 동일지역에서 채집한 서로 다른 두 종의 해면은 각각 다른 공생세균 군집구조를 나타내어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는 것으로 나타났다. The bacterial community structures of two marine sponges, Cinachyrella sp. and Plakortis sp., collected from Chuuk in the South Pacific in February 2012 were analyzed by PCR-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) fingerprinting. After isolation of the total genomic DNAs from the sponges, the V3 regions of the 16S rRNA genes were amplified and subjected to DGGE profiling. The two species of sponges displayed different DGGE band patterns. The sequences derived from the DGGE bands revealed 85-100% similarities to known bacterial species in the public database. The bacterial community of Cinachyrella sp. was composed of 6 classes: Actinobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, and Proteobacteria (Alpha-, Gamma-, Delta-). The bacterial community of Plakortis sp. included 7 classes: Actinobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Spirochaetes, and Proteobacteria (Alpha-, Gamma-, Delta-). Though Actinobacteria, Chloroflexi and Proteobacteria were commonly found in both sponges, the predominant bacterial communities differed between the two. Namely, the predominant bacterial groups in Cinachyrella sp. and Plakortis sp. were Proteobacteria and Chloroflexi, respectively. The sponge-associated bacteria are sponge host-specific, as each of the tested sponges from the same geographical location had different predominant bacterial diversity.

서울 도심공원과 국립수목원 내 목본 수종의 개화 특성

정종빈 ( Jong Bin Jung ),장정원 ( Jeong Won Jang ),변준기 ( Jun Gi Byun ),황희숙 ( Hee Suk Hwang ),윤주은 ( Ju Eun Yoon ),오승환 ( Seung Hwan Oh ) 한국임학회 2014 산림과학 공동학술대회 논문집 Vol.2014 No.-

본 연구는 기온 차이에 따른 서울 도심공원과 국립수목원 내 주요 목본 수종들의 개화 특성을 비교하고자 수행하였다. 연구 대상지는 서울특별시 노원구에 위치한 느티울근린공원과 경기도 포천시에 위치한 국립수목원 내 전시원이며, 두 지역에 공통적으로 식재된 개나리, 단풍나무, 벚나무, 산수유, 산철쭉, 진달래 등 6분류군을 대상으로 2011년부터 2013년까지 매년 개화시작일과 낙화완료일, 개화기간 등을 기록하였다(Day of Year, DOY). 또한 두 지역에서 수집된 기온 자료를 이용하여 Nuttonson의 온량지수(Tn)와 일적산온량지수(YDI)를 산출하여 비교하였다. 연구 결과, 두 지역 모두 산수유(도심공원: 평균 86 ± 1일, 수목원: 평균 98 ± 3일)가 가장 빨리 개화하였고 그 다음 개나리, 진달래, 벚나무, 단풍나무 순이었으며 산철쭉(도심공원: 평균 112 ± 4일, 수목원: 평균 124 ± 3일)이 가장 늦게 개화하였다. 개화시작일의 경우 도심공원 내 조사 대상들이 평균 12-14일 정도 빨리 개화하는 것으로 나타났다. 개화기 무렵인 DOY 100일 때 도심공원의 지난 3년 간 평균 Tn은 76.1 ± 7.9인 반면 수목원의 경우 평균 34.4 ± 5.2로 개화기 무렵 도심공원 내 Tn이 높게 측정되었다. YDI도 Tn과 같은 경향을 보였다. 지난 3년 간 수종별 개화기간은 산수유는 평균 26일(수목원: 21일), 개나리는 평균 28일(20일), 진달래는 14일(17일), 벚나무는 15일(10일), 단풍나무는 17일(14일), 산철쭉은 19일(11일)로 도심공원에서 평균 3-8일 정도 길게 지속되었다. This study aimed to investigate phenological differences among six woody plants (Forsythia koreana, Acer palmatum, Prunus serrulata var. spontanea, Cornus officinalis, Rhododendron yedoense f. poukhanense, R. mucronulatum). We monitored flowering dates of each species in two regions, in Seoul Neutiul urban park and Korea National Arboretum for three years from 2011 to 2013. Also, Nuttonson`s index (Tn) and Year Day Index (YDI) were calculated from daily temperature data. According to the results, the earliest flowering species was C. officinalis (urban park: DOY 86 ± 1, arboretum: DOY 98 ± 3) followed by F. koreana, R. mucronulatum, P. serrulata var. spontanea, A. palmatum, while R. yedoense f. poukhanense was the late blooming species (urban park: DOY 112 ± 4, arboretum: DOY 124 ± 3). Flowering dates in urban park were earlier than that in arboretum by 12-14 days in average. On DOY 100, average Tn was higher in urban park (76.1 ± 7.9) than in arboretum (34.4 ± 5.2). YDI showed same tendency with Tn. The blooms in urban park seemed to last longer than in arboretum by 3-8 days. Flowers last 26 days (21 days in arboretum) in C. officinalis, 28 days (20 days) in F. koreana, 14 days (17 days) in R. mucronulatum, 15 days (10 days) in P. serrulata var. spontanea, 17 days (14 days) in A. palmatum, 19 days (11 days) in R. yedoense f. poukhanense.

유클리드 거리를 이용한 최적 포트폴리오 예측 모형

김홍선,정종빈,김성문 한국경영과학회 2016 한국경영과학회 학술대회논문집 Vol.2016 No.10

포트폴리오 선정 모형은 높은 수익률을 낮은 위험으로 얻는 최적 투자비중 포트폴리오를 찾는 모형이다. 하지만 실제 투자 상황에 모형을 이용할 때는 입력 변수인 위험자산의 기대수익률의 예측 오차로 인해 최적이 아닌 포트폴리오를 구성하게 된다. 기존 연구에서는 포트폴리오 선정 모형의 실제 투자 상황에서의 유용성을 높이기 위해 예측 오차에 의한 부정적인 영향을 줄이는데 집중하였으나 뚜렷한 성과를 거두지 못했다. 본 연구에서는 기존의 수익률 중심의 성과 평가 방식과 더불어 포트폴리오 선정 모형이 최적 포트폴리오와 얼마나 가까운 선택을 했는지에 따라 모형의 성과를 측정하는 방법을 제안한다. 투자 시점에 모형이 구성한 포트폴리오와 사후 알 수 있는 당시의 최적 포트폴리오 간의 거리를 정의하고 측정하여, 그 거리가 작을수록 최적에 가까운 포트폴리오를 구성한 모형으로 평가한다. 또한, 측정된 거리를 바탕으로 추적 신호를 이용해 다양한 포트폴리오를 결합하여 최적 포트폴리오를 예측하는 모형을 제시하였다. 결과적으로 최적 포트폴리오와의 거리가 가까우며, 수익률 측면에서도 샤프지수가 높은 우수한 포트폴리오를 얻을 수 있었다.

산림부문 기후변화 적응 정보의 실효성 제고를 위한 고찰

박고은,정종빈,최원일,김은숙,양희문 한국기후변화학회 2023 한국기후변화학회지 Vol.14 No.6

Forest is one of the representative territorial ecosystems which contributes to mitigate climate change by absorbing carbon in the air and also is exposed to climate change pressure. Due to forest is under climate change pressure, adaptation is necessary to forest sector to sustain or enhancing forest ecosystem services and contribution to mitigation. Considering long-life span of forest ecosystem, the effects of adaptation measures in the forest emerges in long-term, while the climate change can affect the forest immediately. Therefore, scientific information-based decision making on adaptation is needed to avoid maladaptation. This study aims to examine the conditions for producing information supporting adaptation of Korea's forestry sector and suggest matters to be considered to increase the effectiveness of the information. The duty of the climate change impact assessment and vulnerability in forest sector has been legislated since 2015. And the standardized methodology on investigating and assessing impact in forest sector has been developed. Regarding facilitate the effectiveness of adaptation information, we found challenges as following points; establishment of vulnerability assessment mechanism, integrative impact assessment, strengthen research on monitoring and assessment after adaptation action, establishment of adaptation feedback loops, sustaining developing methodology on investigation and assessment, and the other relevant efforts to enhance quality of impact assessment.

Effects of experimental early canopy closure on the growth and reproduction of spring ephemeral Erythronium japonicum in a montane deciduous forest

김현정,정종빈,장유림,성주한,박필선 한국식물학회 2015 Journal of Plant Biology Vol.58 No.3

Spring leaf flush and changes in the understory radiation in montane deciduous forests are major determinants of the life cycle of spring ephemerals, which complete their epigeous growth before canopy closure in spring. We compared the growth, carbon allocation, and reproduction of a spring ephemeral, Erythronium japonicum (Balrer) Decne., between the ambient (control) and early shade treatments in the field during the flowering (early-May), fruiting (mid- May), and fruit ripening periods (late-May), under the assumption of early spring canopy closure due to climate change. Carbon allocation was investigated using a 13C labelling experiment. Both sterile (non-flowering) and fertile (flowering) E. japonicum under the shade treatment showed higher specific leaf area and earlier leaf senescence than those in the ambient conditions (p < 0.05). The flowering E. japonicum concentrated on biomass allocation to the aboveground vegetative organs prior to fruiting and to reproductive and storage organs from fruiting. E. japonicum used carbohydrates stored during the previous year for vegetative growth, while the current-year photosynthates were used for the current-year reproduction. Carbon allocation to fruit began earlier under the shade treatment, demonstrating that E. japonicum allocated the current-year photosynthates more to reproduction than to vegetative organs under the early shade conditions. However, the seed size (p = 0.012) and germination rate (p = 0.008) were significantly lower under the shade treatment than under the ambient conditions, implying a potential decrease in viable seed production in the shorter high-light period. The earlier leaf flush could be a critical threat to the population maintenance of spring ephemerals such as E. japonicum.

계급불균형자료의 분류: 훈련표본 구성방법에 따른 효과

김지현,정종빈 한국통계학회 2004 응용통계연구 Vol.17 No.3

두 계급의 분류문제에서 두 계급의 관측 개체수가 심하게 불균형을 이룬 자료를 분석할 때, 흔히 인위적으로 두 계급의 크기를 비슷하게 해준 다음 분석한다. 본 연구에서는 이런 훈련표본 구성방법의 타당성에 대해 알아보았다. 또한 훈련표본의 구성방법이 부스팅에 미치는 효과에 대해서도 알아보았다. 12개의 실제 자료에 대한 실험 결과 나무모형으로 부스팅 기법을 적용할 때는 훈련표본을 그대로 둔 채 분석하는 것이 좋다는 결론을 얻었다. Given class-imbalanced data in two-class classification problem, we often do over-sampling and/or under-sampling of training data to make it balanced. We investigate the validity of such practice. Also we study the effect of such sampling practice on boosting of classification trees. Through experiments on twelve real datasets it is observed that keeping the natural distribution of training data is the best way if you plan to apply boosting methods to class-imbalanced data.