Draft genome sequence of lytic bacteriophage CF1 infecting Citrobacter freundii isolates

김영주,고세영,연영은,임재원,한범구,김현일,안정근,김동혁,Kim, Youngju,Ko, Seyoung,Yeon, Young Eun,Lim, Jaewon,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Ahn, Jeong Keun,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.1

본 연구에서는 돼지 축사 근처 하수 오물에서 분리된 그람 음성균이자 항생제 내성을 쉽게 획득하여 병원성을 띄는 균주인 Citrobacter freundii를 host로 하는 박테리오파지의 유전체 분석을 수행하였다. 본 박테리오파지는 G + C 비율이 42.65%이며, 50,339 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이러한 유전체 DNA에서 89개의 단백질 코딩 유전자가 확인 되었으며, 이 중 55개의 유전자는 BLASTP 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 또한 RNA는 확인되지 않았다. Citrobacter freundii is a facultative anaerobic and a Gram-negative bacterium of Enterobacteriaceae family, and is an opportunistic pathogen. Bacteriophages infecting C. freundii can be an effective treatment for C. freundii infections. Here, the complete genomic sequence is announced for a lytic bacteriophage CF1 infecting C. freundii isolates.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage CP3 infecting anaerobic bacterial pathogen Clostridium perfringens

김영주,고세영,연영은,한범구,김현일,오창식,김동혁,Kim, Youngju,Ko, Seyoung,Yeon, Young Eun,Le, Hoa Thi,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Oh, Chang-Sik,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Clostridium perfringens는 그람 양성, 막대 모양, 혐기성, 포자 형성을 하는 병원균으로서 Clostridiaceae과에 속한다. C. perfringens는 인간의 장관과 척추동물 내에서 식중독을 포함하는 질병을 유발한다. 높은 특이성으로 목표 세균을 죽이는 박테리오파지는 병원세균을 제어하는 방법들 중 하나로 여겨져 왔다. 본 연구에서는 C. perfringens를 감염시킬 수 있는 박테리오 파지 CP3의 유전체 염기서열 초안을 보고한다. 본 박테리오파지의 G + C 비율은 34.0%이며, 52,068 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이 유전체는 74개의 단백질 유전자를 포함하고 있었으며, RNA는 확인되지 않았다. Clostridium perfringens is a Gram-positive, rod-shaped, anaerobic, spore-forming pathogenic bacterium, which belongs to the Clostridiaceae family. C. perfringens causes diseases including food poisoning in vertebrates and intestinal tract of humans. Bacteriophages that can kill target bacteria specifically have been considered as one of control methods for bacterial pathogens. Here, we report a draft genome sequence of the bacteriophage CP3 effective to C. perfringens. The phage genome comprises 52,068 bp with a G + C content of 34.0%. The draft genome has 74 protein-coding genes, 29 of which have predicted functions from BLASTp analysis. Others are conserved proteins with unknown functions. No RNAs were found in the genome.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage SA7 infecting Staphylococcus aureus isolates

김영주,이규민,한범구,김현일,안정근,김동혁,Kim, Youngju,Lee, Gyu Min,Taizhanova, Assiya,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Ahn, Jeong Keun,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.1

포도상구균(Staphylococcus aureus)은 그람양성이고 구형의 박테리아로 Firmicutes 문에 속하며, 피부나 호흡기 감염 그리고 식중독의 주요 감염원 중에 하나이다. 포도상구균을 감염시키는 박테리오파지는 포도상구균 감염에 효과적인 처방으로 쓰일 수 있다. 본 연구에서는 충청남도에 위치한 가축 농장의 오수에서 분리된 포도상구균 박테리오파지 SA7 균주의 유전체 초안을 분석하였다. 본 균주는 G + C 비율이 34.1%이며, 34,730 bp 로 구성된 dsDNA 를 지니고 있었다. 염색체에서 53 개의 단백질 코딩 유전자가 확인되었으며, 이 중 23 개의 유전자는 BLASTp 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 나머지는 가설 단백질 혹은 보존 단백질이었다. Staphylococcus aureus is a Gram-positive and a round-shaped bacterium of Firmicutes phylum, and is a common cause of skin infections, respiratory infections, and food poisoning. Bacteriophages infecting S. aureus can be an effective treatment for S. aureus infections. Here, the draft genomic sequence is announced for a lytic bacteriophage SA7 infecting S. aureus isolates. The bacteriophage SA7 was isolated from a sewage water sample near a livestock farm in Chungcheongnam-do, South Korea. SA7 has a genome of 34,730 bp and 34.1% G + C content. The genome has 53 protein-coding genes, 23 of which have predicted functions from BLASTp analysis, leaving the others conserved proteins with unknown function.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage KP1 infecting bacterial pathogen Klebsiella pneumoniae

김영주,방인아,연영은,박준영,한범구,김현일,김동혁,Kim, Youngju,Bang, Ina,Yeon, Young Eun,Park, Joon Young,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative, rod-shape bacterium causing disease in human and animal lungs. K. pneumoniae has been often found to gain antimicrobial resistance, thus it has been difficult to treat K. pneumoniae infection with antibiotics. For such infection, bacteriophage can provide an alternative approach for pathogenic bacterial infection with antimicrobial resistance, because of its sensitivity and specificity to the host bacteria. Bacteriophage KP1 was isolated in sewage and showed specific infectivity to K. pneumoniae. Here, we report the draft genome sequence of Klebsiella pneumoniae phage KP1. The draft genome of KP1 is 167,989 bp long, and the G + C content is 39.6%. The genome has 295 predicted ORFs and 14 tRNA genes. In addition, it encodes various enzymes which involve in lysis of the host cell such as lysozyme and holin. Klebsiella pneumoniae는 그람 음성균에 속하고 막대 형태를 가지며 인간이나 동물의 폐에 감염하여 병을 일으키는 균이다. K. pneumoniae는 흔히 항생제 내성을 나타내는데 이로 인해 항생제를 통한 치료가 어려워지게 된다. 이런 상황에서 숙주 균에 특이적이고 민감하게 반응하는 박테리오파지는 항생제 내성균의 치료에 대한 대체적인 접근법으로 제안될 수 있다. 박테리오파지 KP1은 하수처리장에서 분리되었으며 K. pneumoniae에 대해 특정적인 감염성이 있다. 본 연구에서는 Klebsiella pneumoniae 박테리오파지 KP1의 유전체 초안 분석을 수행하였다. KP1의 유전체 초안은 167,989 bp의 길이, 39.6%의 G + C 비율로 구성되어있다. 295개의 예측된 ORF들과 14개의 tRNA 유전자를 가지고 있다. 또한 이들은 lysozyme, 그리고 holin과 같은 다양한 세포 용해 관련 효소들을 포함하고 있다.

T-스티프너로 보강된 CFT 기둥-H형강보 접합부의 내진성능

김영주,채영석,신경재,오영석,문태섭,Kim, YoungJu,Chae, Young Suk,Shin, Kyung Jae,Oh, Young Suk,Moon, Tae Sup 한국강구조학회 2003 韓國鋼構造學會 論文集 Vol.15 No.6

The paper presented the seismic performance of T-stiffener moment connections for use in steel moment-resisting frames. The connections were strengthened by welding the vertical and horizontal clement of the T-stiffener to the beam flange and column f1ange. Finite clement analysis and experiments were conducted to determine the behavior of T-stiffener-reinforced connections. The results of the finite element analysis confirmed the effectiveness of the T-stiffener, whose horizontal element lengthened to mitigate local stress concentrations of the beam flange on the horizontal stiffener. Full-scale specimens were also tested cyclically to study hysteresis behavior. The main parameters used were the ratio of the T-stiffener to beam strength and the shape of the horizontal element. As the length of the horizontal element increased, the deformation capacity of the connections enhanced. Likewise, all specimens behaved according to the Ramberg-Osgood curve and showed stable hysteresis behavior. 이 논문은 모멘트 저항골조의 접합부에 이용하기 위한 T-스티프너로 보강된 접합부의 내진성능에 관해 나타냈다. 접합부는 보플랜지와 기둥플랜지에 T-스티프너의 수평 및 수직요소가 용접되어 보강되었다. T-스티프너 접합부의 거동을 명확히 파악하기 위해 유한요소해석과 실험이 수행되었다. 유한요소해석결과, T-스티프너의 수평요소의 길이가 길어짐에 따라 T-스티프너는 보플랜지와 수평요소사이의 응력집중을 줄이는데 효과적임을 나타냈다. 또한, 접합부의 이력 거동을 파악하기 위해 실대형 접합부 실험을 실시하였다. 주요 변수는 보에 대한 T-스티프너의 강도비와 수평요소의 형상이다. 수평요소의 길이가 길수록 접합부의 변형능력은 증가하였고, 모든 실험체는 방추형의 안정된 이력거동을 나타내었다.

In-line 타입 해저 세퍼레이터의 액-액 분리특성 연구

김영주(Youngju Kim),우남섭(Namsub Woo),한상목(Sangmok Han),김현지(Hyunji Kim),이왕도(Wangdo Lee),허선철(Sunchul Huh) 대한기계학회 2017 대한기계학회 춘추학술대회 Vol.2017 No.11

The implementation of subsea separation and liquid boosting are becoming a common development scheme for the exploration of deep water fields. Subsea separation system is an attractive and economic solution to develop subsea offshore fields producing fluid without hydrate or wax. Subsea separation system should be reliable to ensure successful operation in a wide range of multiphase flow regime without need for developments. A subsea separator can avoid or simplifying costly surface platforms of floating vessels as well as being an efficient tool to enhance hydrocarbon production. In this study, multiphase(liquid-liquid) flow characteristics inside in-line type subsea separator is investigated for the design of subsea separation system.

무선통신채널 적응적 열차제어 방법 연구

김영주(Youngju Kim),오세찬(Sechan Oh),윤용기(Yongki Yoon) 한국통신학회 2023 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2023 No.6

지역 재난관리에서 역량기반 계획수립(CBP) 접근방법에 관한 연구

김영주 ( Kate Youngju Kim ),임승빈 ( Suhng-bin Lim ) 서울대학교 한국행정연구소 2018 行政論叢 Vol.56 No.3

본 연구는 재난관리 분야에서 역량기반 계획수립(Capability-Based Planning, CBP) 접근 방법이 왜 강조되고 있는지를 미국의 THIRA-SPR 프로세스 고찰을 통해 CBP의 유용성을 검토하고 우리나라 지역 재난관리에 주는 시사점을 도출하고자 하였다. 재난관리에서 CBP는 크게 세 가지 유용성을 가진다고 한다. 우선 전략적 관리(strategic management) 측면에서 조직들이 중장기적 재난관리 목표를 설정하고, 역량분석을 통해 각종 사업에 대한 효율적인 예산투자가 가능하다. 둘째, 지역의 위험특성을 정확히 반영한 CBP가 이루어지기 위해서는 다양한 이해관계자들의 참여와 의사결정이 전제되어야 한다는 점에서 조직 간 협력(inter-organizational collaboration)을 강화한다. 셋째, 반복적인 교육훈련이나 실제 재난경험을 통해 재난관리 단계별 역량이 잘 준비되고 있는지를 지속적으로 모니터링하고 개선하도록 함으로써 조직학습(organizational learning)을 촉진시킨다. 우리나라 자치단체들이 CBP 접근방법을 실질적으로 적용하기 위해서 1) 한국 특성에 맞는 재난관리 역량 개념의 정립과 역량요소 구분, 2) 교육훈련 기반의 재난관리 전문인력 분류 기준 마련, 3) 공공 및 민간부문이 모두 참여하고 토론하는 문화 조성, 4) 위험성 평가, 재난 시나리오 등의 기반구축을 제안하였다. This study explores the benefits and implications of the capability-based planning (CBP) approach to local emergency management systems by looking into the US’s THIRA-SPR process. CBP is defined as planning that aims, under uncertainty and complexity, to provide capabilities suitable for future challenges and circumstances. The study found first that CBP helps local communities invest their finite resources efficiently in emergency preparedness with goal identification and capability analysis for the long term. Second, CBP strengthens inter-organizational collaboration as it requires a whole community to communicate risks and build consensus. Last, CBP develops organizational learning by improving capabilities with repetitive training and exercise. This study offers the following suggestions for fostering the CBP approach to emergency management in Korean local communities: identify and categorize capability elements in the Korean context, provide standardized training and exercise procedures and curricula for professionalization, foster discussion and engagement among stakeholders, conduct community risk assessment, and develop risk scenarios.

신규 채널의 시장 진입에 관한 연구

김영주(Youngju Kim),정재민(Jaemin Jung) SBS 2013 미디어경제와 문화 Vol.11 No.1

이 연구는 방송시장에 새롭게 진입하는 채널이 갖추어야 할 조건을 정책, 시장구조, 사업자 전략, 시청자 요인 차원에서 분석한 논문이다. 이를 위해 한국과 미국의 지상파 네트워크 방송사와 종합편성 채널을 사례로 진입시점에 각 방송사가 처했던 환경과 조건들을 분석하였다. 진입시기와 환경 자체는 상이하지만, 미국의 Fox와 한국의 SBS는 규제정책 완화와 규모의 경제 실현, 그리고 차별화된 콘텐츠 전략을 통해 시장 진입과 안착에 성공할 수 있었던 것으로 분석된다. 광고시장의 확대와 새로운 채널을 요구하는 시청자 수요도 긍정적으로 작용했다. 반면 미국의 UPN, WB, CW는 정책 환경의 변화보다는 사업자의 필요에 의해 출범하면서 가맹사 확보에 실패했고 프로그램 차별화도 성공적이지 못했다. 한국의 경인방송은 정책적 지원이 부족했고, 협소한 지역광고시장에 머물며 규모의 경제를 달성하지 못했다. 종편 채널의 경우 성패를 진단하는 것은 시기상조지만 시장규모에 비해 과도한 수의 채널 허가, 지상파의 지배력, 유료방송 시장의 과도한 경쟁구조, 프로그램과 편성 차별화의 부족으로 인해 진입 이후 계속 어려움을 겪고 있는 것으로 판단된다. This study examines factors affecting market entry of new channels in broadcasting industry. Specifically, what factors worked as positive or negative in the dimensions of policy, market structure, business strategy, and audience were explored. FOX and SBS were successful owing to deregulation, economies of scale, and differentiated programming. They were also benefited from expanding advertising market and audience needs for new channels. Meanwhile, WB, UPN and CW driven by the players’ needs rather than favorable changes of policy and market structure failed to attain audiences and advertisers. OBS also failed to overcome the barriers due to lacking supportive policy. General Programming Channels have difficulty due to the dominant big networks, fierce competition in paid TV market, failure in program differentiation, and competition with other GPCs launched simultaneously. Although the factors leading to successful market entry are complex and inconclusive, articulating those factors would contribute to minimize government and market failure and increase audience welfare.

일반논문 : 재난관리 조직의 협력수준과 조직효과성에 관한 연구

김영주 ( Youngju Kim ),문명재 ( M Jae Moon ) 서울대학교 한국행정연구소 2015 行政論叢 Vol.53 No.3

이 연구는 재난관리 조직의 민관 협력과 공공부문 협력수준이 조직효과성에 미치는 영향을 중앙과 지방의 재난관리 공무원들의 인식조사 결과를 중심으로 탐색하였다. 근무지별, 과거 재난관련 업무 수행중의 재난경험 유무별 협력수준과 조직효과성의 집단간 평균비교를 실시한 결과, 중앙부처 공무원이 지방자치단체 공무원에 비해 중앙-지방정부 간 협력을 더 긍정적으로 인식하였고, 재난경험이 없는 공무원이 예방대비 성과와 유관기관 간 협력에 대해 긍정적으로 인식하는 경향이 강하게 나타났다. 이러한 분석결과는 재난관리 부문에 종사한 공무원에 대한 심층면접에 근거해서, 지자체 재난관리 현실과 문제점에 대해 중앙과 지방정부 간 적극적인 대화와 정보교류의 기회가 확대되어야 하며 재난 경험이 있는 공무원이 자신의 경험을 그렇지 않은 공무원들과 공유하거나 다양한 재난상황에 대해 조언할 수 있는 정기적인 모임이 필요함을 시사한다. 아울러 재난관리 조직의 협력수준과 조직효과성의 영향관계를 파악하기 위해 다중회귀분석을 시행한 결과, 민관 협력과 유관기관 간 협력 변수가 인지된 예방ㆍ대비 성과와 인지된 대응ㆍ복구 성과에 통계적으로 유의한 긍정적 영향을 미치는 것으로 나타났다. 통계분석 결과와 전ㆍ현직 재난관리 공무원의 심층면접을 바탕으로, 재난관리 조직들은 재난관리 전 과정에서 공공부분의 유관기관뿐 만 아니라 민간부문과의 유기적 연계장치를 만들어 운영하거나 재난관리 공무원의 업무 연속성 확보를 통한 의사소통 향상이 중요하다는 결론을 도출하였다. This study examines the effects of collaboration on organizational effectiveness in emergency management. Collaboration falls into three modes: public-private collaboration, inter-agency collaboration, and inter-governmental collaboration. Based on ANOVA and multiple regression analysis of National Emergency Management Employee Survey Data, key posited hypotheses are tested. First, central government officials appear to value inter-governmental collaboration more than local government officials do. Second, those with no previous disaster experience perceive the ex-ante performance as well as inter-agency collaboration more positively than those with disaster experience. Last, public-private collaboration is positively associated with perceived ex-ante disaster management performance and perceived ex-post performance, as is collaboration among agencies. The implications of the results and limitations of the study are also discussed in the conclusion.