MarSel : 대용량 SNP 일배체형 데이터에 대한 연관불균형기반의 tagSNP 선택 시스템

김상준,여상수,김성권,Kim Sang-Jun,Yeo Sang-Soo,Kim Sung-Kwon 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지 A Vol.13 No.1

최근 인간의 다양성과 SNP과의 연관연구에 드는 비용을 줄이기 위해서, 최소의 tagSNP을 선택하는 문제를 해결하기 위한 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 많은 수의 SNP들을 여러 블록으로 분할하여 각 블록 내에서 tagSNP을 선택하는 접근방법이 사용되고 있다. 본 논문에서 구현된 MarSel은 기존의 블록분할 접근 방법의 문제로 볼 수 있는 생물학적 의미의 부족을 해결하고자, 연관불균형(Linkage Disequilibrium, LD)의 개념을 도입한 시스템이다. 기존의 접근방법에서는 생물학적으로 재조합(recombination)이 일어나지 않는 연속된 구간에서도 여러 블록으로 나누어지는 문제가 생겼던 반면, MarSel에서는 연관불균형 계수 |D'|에 의해서 연속된 구간이 하나의 블록으로 유지된 상태에서 tagSNP을 선택하게 된다. 또한 MarSel에서는 각 블록 내에서 tagSNP을 선택 할 때에 엔트로피(entropy) 기반의 최적해 알고리즘을 이용함으로써 최소한의 tagSNP 선택을 보장하게 되며, 기존의 구현된 시스템들보다 더 많은 양의 데이터를 효율적으로 처리할 수 있도록 구현되었기 때문에 염색체 레벨의 연관 연구도 가능하게 해준다. Recently the tagSNP selection problem has been researched for reducing the cost of association studies between human's diversities and SNPs. General approach for this problem is that all of SNPs are separated into appropriate blocks and then tagSNPs are chosen in each block. Marsel in this paper is the system that involved the concept of linkage disequilibrium for overcoming the problem that the existing block partitioning approaches have short of biological meanings. In most approaches, the contiguous regions, which recombinations have LD coefficient |D'| and then tagSNP selection step is performed. And MarSel guarantees the minimum tagSNP selection using entropy-based optimal selection algorithm when tagSNPs are chosen in each block, and enables chromosome-level association studies using efficient memory management technique when input is very large-scale dataset that is impossible to be processed in the existing systems.

제주 성상 S/S MTr #1 행원 풍력단지 전압해석

김상준(Sang-Jun Kim),조민호(Min-Ho Cho),윤기갑(Gi-Gab Yoon),장상옥(Sang-Ok Jang),안정식(Jeong-Shik Ahn) 대한전기학회 2003 대한전기학회 학술대회 논문집 Vol.2003 No.11

Creeping Bentgrass의 생육을 위한 예지물 발효 액상비료의 효과

김상준,김두환,이상국,Kim, Sang-Jun,Kim, Do-Whan,Lee, Sang-Kook 한국잔디학회 2011 한국잔디학회지 Vol.25 No.2

유기질비료(Organic fertilizer)는 천연유기질(Natural organic) 비료와 합성유기질(Synthetic organic) 비료로 구분이 된다(Christians, 2011). 천연유기질비료의 장점은 그동안의 선행 연구를 통해서 많이 보고되어왔다. 그러나 예지물을 이용한 시비효과에 대한 연구결과는 제한적이다. 본 연구는 예지물을 발효시켜 제조된 천연유기질비료로서의 액상비료가 putting green에 많이 사용되고 있는 Creeping bentgrass 생육에 미치는 영향을 알아보기 위해서 수행하였다. 액상비료는 Kentucky bluegrass로부터 수거된 예지물을 모아 부숙 과정 없이 미립자로 분쇄한 후 $28^{\circ}C$에서 약 2개월간 발효시킨 후 생성된 발효액에 유용미생물(Effective Microorganism, EM) 군으로 제조된 활성액을 3% 혼합하여 제조하였다. 잔디에 대한 각 질소의 시비효과는 National Turfgrass Evaluation Program (NTEP)에서 제시한 방법에 준하여 잔디의 품질을 시각적평가를 통해 매 2주마다 조사하였다(1=worst, 9=best, and 6=acceptable). LF와 NO와의 비교에서 고온기간인 8월 20일과 9월 3일에 각각 LF가 NO에 비해 더 좋은 품질을 보여주었다. Urea가 고온기간에 비료피해가 나타난 것에 비교하여 LF의 경우 고온기간동안 비료피해가 나타나지 않았다. Organic fertilizers are divided into natural organic and synthetic organics. The benefits of natural organic fertilizer were reported from the previous researches. However, the limited research results about clippings as a source of natural organic fertilizers were reported. The objective of the research to investigate effects of liquid fertilizer produced from fermented clippings for creeping bentgrass growth. Liquid fertilizer (LF) produced was used for the research to be compared with Urea and two natural organic fertilizers of different source (NO-1 and NO-2). Creeping bentgrass (Agrostis stolonifera L., L-93) was used for the study. Turfgrass quality was measured by visual evaluation every two weeks from June to October, 2011 using a scale of 1 to 9 (1=worst, 6=acceptable, and 9=best). Turfgrass disease damage was measured by percent of area damaged when a turfgrass disease occurred. LF produced lower damage than NO and urea when temperature was high. Although NO-2 produced the highest or equal to the highest turfgrass quality in June and October, LF had the highest or equal to the highest quality from July to September.

담석증

김상준,Kim, Sang-Jun 한국건강관리협회 1993 건강소식 Vol.17 No.3

고성능 Belite 시멘트 콘크리트의 철근 부착성능

김상준,조필규,허준,최완철,Kim, Sang-Jun,Cho, Pil-Kyu,Hur, Jun,Choi, Oan-Chul 한국콘크리트학회 1998 콘크리트학회지 Vol.10 No.6

고성능 belite 시멘트 콘크리트에 대한 부착특성에 대하여 코\ulcorner리트의 강도, 슬럼프, 배근위치, 피복두께 등의영향요인을 보단부시험체와 이음길이 보시험체를 통해 연구하였다. 동일한 압축강도의 1종 보통 포틀랜드 시멘트 콘크리트에 비해 부착강도는 약 10%증가하였고 압축강도 600kg/$\textrm{cm}^2$의고강도 belite 콘크리트에서 부착강도가 대체로 {{{{ SQRT { f'c} }} }}에 비례하였다. 유동성에 있어서 높은 슬럼프에 비해 ACI 318-95 규준에서 제시하는 상부근 계수 1.3이하의범위에 있었으며 이것은 고유동 belite 콘크리트가 블리이딩이나 골재분리가 적은 것으로 보여졌다. 또한 고강도 belite시멘트 콘크리트를 사용한 이음길이 보시험체에서 부착강도는 기존 예측식의 값보다다소 높게 나타났으며, 실리커흄, 플라이애쉬를 사용한 고강도 콘크리트 부착강도의 기존연구결과인 낮은 값과 차이를 보였다. 이상의 결과로 고유동, 고강도 belite 시멘트 콘크리트는 철근과의 부착성능이 다른 재료에 비해 양호한 것으로 나타났다. Bond strength of reinforcing bar to high-perfomance concrete using belite cement is explored using beam end test specimens. The key parameters for the bond test are slump of concrete, top bar effect, and strength of concrete in addition to concrete cover. The test results show that the specimens with belite cement concrete show approximately 10% higer bond strength than those with portland cement concrete. The results also show that the bond strength from the high strength concrete is function of the square root of concrete compressive strength. Bond strength of the top bar is less than bond strength of bottom bar, but the ratios of the bond strength of bottom-cast bars to those for top-cast bars are much less than the modification factor for top reinforcement found in the ACI 318-95 code. Comparisons with other reported tests identified that belite cement increased bond strength while silica fume or flyash used in high strength concrete decreased bond strength. The high-strength and high-slump concrete with belite cement performs well in terms of bond strength to reinforcing steel.

KSLA 2020 기획 - 전문도서관을 위한 법률 제·개정 방안

김상준,박계숙,Kim, Sang-Jun,Park, Gye-Suk 한국전문도서관협의회 2020 KSLA bulletin Vol.11 No.-

국내 학술지의 국제적 유통 활성화에 관한 연구 - 의학과 생명과학 분야를 중심으로 -

김상준,Kim Sang-Jun 한국문헌정보학회 2006 한국문헌정보학회지 Vol.40 No.2

오픈 엑세스 학술지의 등장과 같은 학술 커뮤니케이션 변화에 따라 국내 학술지의 현황을 조사하고, 품질을 높이며, 유통을 활성화시키는 연구는 매우 중요하다. 본 연구는 의 생명 분야 국내 학술지의 구독, 소장, 이용, 인용 등 국제적 유통 활성화 방안의 제시를 목적으로 수행되었다. 이를 위해 3개 그룹 각 30종씩 모두 90종의 학술지를 대상으로 도출된 4개 국제적 유통 활성화 요인으로 구분하여 34개 세부 조사도구를 문헌과 홈페이지 및 데이터베이스를 이용하여 조사하였다. 연구결과 국내 학술지가 국제적 유통망에 진입하여 활성화되기 위해서는 국제적 수준의 학술지를 발행하고, 학술지의 국제적 존재 인식과 이용률을 제고하고, 학술지의 국제 구독률과 소장률을 향상시키고, 전자 원문의 신속하고 편리한 제공과 정보화 기술을 확보하도록 학술 커뮤니케이션 관계자가 모두 노력해야만 한다. It is essential to conduct an analysis of superior journals, facilitate the international distribution of domestic journals, and determine an effective way to promote a journal's international distribution. This study seeks to determine an effective approach to the international distribution of Korean medical and life science journals and investigates the bibliographies, home pages, and databases about four international distribution factors with regard to 90 journals arranged into three categories. For the effective way of distributing domestic journals internationally, we should develope Korean journals with international standards, record the journals' articles in international and domestic databases, raise the rate of international subscription and holding journals. and publish electronic journals linking their electronic files with many databases.

본태성 고혈압 환자들에서 스트레스지각과 혈청 Cholesterol 간의 관계

김상준,고경봉,Kim, Sang-Jun,Koh, Kyung-Bong 한국정신신체의학회 1993 정신신체의학 Vol.1 No.1

This study was aimed at investigating the relationship of stress perception and psychopathology with biological variables such as systolic and diastolic blood pressure. serum total cholesterol high density lipoprotein and triglyceride in 50 adult patients with essential hypertension and 50 normotensive individuals. Both of the groups were matched to each other regarding age, sex, the level of education and BMI(body mass index). Stress perception and psychopathology between the two groups were compared using GARS and SCL-90-R scales. Biological variables such as blood pressure(systolic. diastolic), serum total cholesterol, high density lipoprotein and triglyceride were measured in all the subjects. The results were as follows ; 1) Hypertensive patients scored significantly higher than normotensive individuals in stress perception related to unusual happenings, change or no change in routine and overall global area, respectively. 2) Regarding psychopathology, hypertensive patients scored significantly higher than normotensive individuals in depression. hostility and interpersonal sensitivity. respectively. 3) Systolic blood pressure had a significantly positive correlation with scores of stress perception related to sickness and injury, and change or no change in routine, respectively. Diastolic blood pressure had a significantly positive correlation with scores of stress perception related to change or no change in routine. 4) In hypertensive patients. the level of serum total cholesterol had a significantly positive correlation with scores of stress perception related to unusual happenings. However, the level of serum triglyceride had a significantly negative correlation with scores of stress perception related to changes in relationships, sickness or injury, and change or no chang in routine. 5) There were no significant correlations between scores of stress perception and biological factors in the normotensive group. 6) The level of serum triglyceride correlated negatively with phobic anxiety in hypertensive group. whereas it correlated positively with PSDI in normotensive group. In conclusion, these results suggest that hypertensive patients have higher level of stress perception and psychopathology than normal individuals. In hypertensive patients, their stress perception is suggested to be correlated with serum cholesterol.

치은비대에서 비외과적 치료의 효과

김상준,이재관,엄흥식,장범석,Kim, Sang-Jun,Lee, Jae-Kwan,Um, Heung-Sik,Chang, Beom-Seok 대한치주과학회 2009 Journal of Periodontal & Implant Science Vol.39 No.1

Purpose: It is well recognized that gingival enlargement is induced by unwanted effect associated with three major drugs/drug groups - phenytoin, cyclosporine, and the calcium channel blockers. The present case report describes the effect and limitation of non-surgical treatment in gingival enlargement cases. Materials and methods: Three cases included 2 drug-influenced gingival enlargement patients and a idiopathic gingival fibromatosis patient. For the drug-influenced gingival enlargement patients, the medication was replaced with other medication. And then, all the patients were treated non-surgically. Results: Drug-influenced gingival enlargements had been reduced after non-surgical treatment and the results were well-maintained. In the idiopathic gingival fibromatosis case, non-surgical treatment resulted in only limited reduction of gingival enlargement, and surgical periodontal treatment was unavoidable. Conclusion: These case reports indicated that non-surgical periodontal treatment with change in medication was effective in the treatment of drug-influenced gingival enlargements. Non-surgical approach can be considered as the primary management to reduce the gingival enlargement. If non-surgical treatment encounters a limitation, surgical treatment should be considered.

우리나라의 기계설비 기술자와 자격제도

김상준,Kim, Sang-Jun 한국설비기술협회 1993 설비 : 공조ㆍ냉동ㆍ위생 Vol.10 No.2