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        • KCI등재후보

          경남한우 도체형질의 유전모수 추정에 관한 연구

          선두원 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.3

          This study was performed to determine the impact of genetic factors on improving Korean cattle(Hanwoo). The data of 65,299 steers, slaughtered in Gyeongsangnam-do from 2009 to 2020, were used in the analysis. The genetic parameter was estimated with 120,066 subjects including the ones with pedigree using REMLF90. As a result, the heritability of each trait was manifested as follows; carcass weight, eye muscle area, back fat thickness and marbling score as 0.34, 0.26, 0.32, and 0.57, respectively. The genetic correlation of carcass weight and eye muscle area was 0.634, showing a high degree of positive correlation. Eye muscle area and back fat thickness manifested a low degree of negative correlation at –0.028. Eye muscle area and marbling score showed positive correlation at 0.503. Marbling score showed a high heritability at 0.57, which indicated that current direction of improvement focuses on improving the meat quality, in so much that it would be possible to improve the meat quality efficiently. The improvement of Hanwoo must continue in this era of liberalization. The quality improvement among all efforts is deemed important. The studies for improvement must be conducted persistently. 본 연구는 한우의 개량에 있어서 유전적 요인이 미치는 영향에 대하여 알아 보기 위하여 실시하였다. 경남지역에서 2009년부터 2020년까지 출하 도축된 거세우 65,299두의 자료를 분석에 이용하였으며 혈통이 존재하는 개체를 포함하여 120,066두를 이용하여 유전모수를 추정하였으며, 유전모수 추정에는 REMLF90 분석법을 사용하였다. 본 연구의 결과를 살펴보면 각 형질의 유전력은 도체중, 배최장근단면적, 등지방두께 및 근내지방도가 각각 0.34, 0.26, 0.32 및 0.57로 나타났다. 그리고 도체중과 배최장근단면적의 유전상관은 0.634으로 고도의 정의 상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께가 –0.028의 저도의 부의 상관을 나타내었으며 배최장근단면적과 근내지방도가 0.503으로 정의상관을 나타내었다. 근내지방도의 유전력이 0.57로 고도의 유전력으로 나타났으며 이는 현재의 개량방향이 육질개량위주로 이루어지고 있고 그만큼 육질개량을 효율적으로 진행할 수 있을 것으로 사료된다. 지금처럼 개방화시대에 한우의 개량은 꾸준하게 이루어져야 하며 그 중에서도 품질개량이 중요할 것으로 사료되고 개량을 위한 연구가 지속적으로 이루어져야 할 것으로 사료된다.

        • KCI등재후보

          Estimation of Genomic Breeding Value using gBLUP model in ASREML : Practice of ASREML, PLINK, GCTA and R

          Yeong Kuk Kim,Doo Ho Lee,Soo Hyun Lee,Ji Min Kang,Seung Hwan Lee 한국동물유전육종학회 2020 한국동물유전육종학회지 Vol.4 No.1

          Genomic information is now useful to identify quantitative trait loci (QTL) which is associated with economic traits as well as to predict genetic potential for individual in Animal Breeding Industry. Especially, genomic BLUP (gBLUP) is one of the useful model to estimate genomic breeding value (gEBV) with genomic relationship matrix (GRM). Genomic relationship matrix will be estimated from genomic information such as single nucleotide polymorphism (SNP) which is similar to numeric relationship matrix estimated from pedigree information used in traditional BLUP. The matrix defines the genetic covariance between individuals based on observed similarity using genomic information, rather than on expected genetic similarity from pedigree. Therefore, gBLUP would be given to better prediction accuracy in livestock breeding. 1.GRM (genomic relationship matrix)을 구성할 때 대립유전자의 빈도는 매우 중요하다. 그 이유는 전체적인 matrix의 scale을 조절하기 때문이다. VanRaden이 제안한 최초의 GRM에서는 기초집단의 대립유전자의 빈도를 이용하여 GRM을 구성한다. 그러나, 최근 Forni et al. (2013)에 의하면 base population의 대립유전자의 빈도를 사용하나, 현재 집단의 대립유전자빈도를 사용하여도 추정된 값은 매우 유사하다고 보고한다. 2.ASREM 소프트웨어는 가축개량에서 매우 유용한 프로그램으로 일단 GRM이 만들어 지면 gBLUP모델을 쉽게 설정할수 있는 프로그램이다. 아래의 링크에서 다운로드 할 수 있다.http://www.vsni.co.uk/downloads/asreml 3.ASREML에서 gBLUP을 설정시, GCTA와 같은 소프트웨어를 이용하여 미리 GRM을 구성하여야 한다. 그리고 ASREML에서 육종가 해를 구하기 위하여 inverse를 할 수 있다. GCTA소프트웨어는 아래의 링크에서 다운로드 할 수 있다. http://cnsgenomics.com/software/gcta/#Download

        • KCI등재후보

          한우 도체형질과 생시체중의 유전모수 추정 및 연관성 규명

          노재광,박찬혁,손지현,이기환,도창희,임현태,이정규,최태정,구양모 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.2

          This study was conducted to explore the connection between the birth weight and carcass traits of Hanwoo and to use the data collected from Chungnam National University, which participated in the Hanwoo cow test farm project, as basic data on the establishment of improvement goals for birth weight. The analysis used 342,659 birth weights of animals born from 2002 to 2018, 302,474 animals of pedigree data and 387,961 animals of carcass traits data. In order to estimate the correlation between birth weight and carcass traits, two statistical models were established and analyzed in consideration of environmental factors affecting the trait. In the first model(Model 1), the heritability of steer was 0.28, 0.67, 0.70, 0.41, 0.63 and 0.48 in BW, SW, CW, EMA, MS and BF, respectively. The cows were 0.30, 0.34, 0.32, 0.20, 0.21 and 0.37, respectively. The results of the second model(Model 2), including the permanent environmental effect of the maternal, showed an increase in heritability of 0.01 to 0.29 for steer and 0.31 for cows, showing no significant change. Genetic correlations between BW, SW, CW, EMA, MS and BF in steer were 0.39, 0.42, 0.40, 0.25, and 0.24, respectively, showing moderate correlations. The cows BW, SW, CW, EMA showed similar results with 0.31, 0.41, and 0.44, respectively. According to the results of the study, the genetic relationship between the heritability to BW, SW, CW and carcass trait shows that the birth weight is related to each carcass trait. It is believed that it can be used as basic data. 본 연구는 암소검정사업으로 충남대학교에서 수집된 자료를 이용하여 한우의 생시체중과 도체형질간의 연관성을 탐색하여생시체중 형질에 대한 개량목표 설정에 대한 기초자료로 사용하기 위해 수행되었다. 분석에 이용된 자료는 2002년도부터 2018 년도까지 생산된 개체들의 생시체중 342,659건과 이 개체들에 대한 혈통등록자료 302,474두, 도체성적자료 387,961두를 분석에이용하였다. 생시체중과 도체형질 간 상관관계를 추정하기 위하여, 형질에 영향을 미치는 환경요인을 고려하여 2개의 통계모형을 설정하여 각각 분석하였다. 모형에 따른 거세우와 암소의 분석결과는 첫 번째 모형(Model 1)에서 거세우의 생시체중, 출하체중, 도체중, 등심단면적, 근내지방도, 등지방두께의 유전력이 각각 0.28, 0.67, 0.70, 0.41, 0.63, 0.48로 나타났고, 암소의 경우 각각0.30, 0.34, 0.32, 0.20, 0.21, 0.37로 나타났다. 모체의 영구환경효과를 포함한 두 번째 모형(Model 2)의 결과는 거세우에서 0.29, 암소에서 0.31로 0.01의 유전력이 상승한 것으로 나타나 큰 변화를 보이지는 않았다. 본 연구결과에 따르면 거세우에서 생시체중과 출하체중 및 도체중, 등심단면적, 근내지방도, 등지방두께 사이의 유전상관은 각각 0.39, 0.42, 0.40, 0.25, 0.24로 나타나 중도의 상관관계를 나타내었고 암소에서는 생시체중과 출하체중, 도체중, 등심단면적 사이에서 각각 0.31, 0.41, 0.44로 거세우와 비슷한 결과로 나타났다. 본 연구의 분석결과에 따라 생시체중에 대한 유전력과 출하체중, 도체형질과의 유전적 연관성은 생시체중이 각각의 도체형질와 연관성이 있는 것으로 나타나 향후 생시체중을 이용한 한우산업의 개량목표 설정 및 개량형질 설정에기초자료로 이용할 수 있을 것으로 사료된다.

        • KCI등재후보

          한우 암소 개량집단의 혈통완성도지수, 근교계수 및 유효집단크기 추정

          구양모 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.3

          This study was conducted to use the pedigree information of Hanwoo cows participating in the Hanwoo cow test project to examine changes in pedigree completion, inbreeding coefficient, and effective group size. As of 2020, 273,381 cows participating in the Hanwoo cow test project were used, and the final 581,816 data were used for analysis by inquiring up to 13 generations of pedigree records. The pedigree completeness index(PCI) analysis used only individuals who knew both parents and whose parents knew at least one parent. According to the analysis, pedigree completeness and average coefficients are increasing gradually with the year of birth, with the mean coefficient of the lastest animals with accumulated pedigree records relatively low. The results of estimating the effective group size were estimated in the range from 215 animals(1999-2019) to 51 animals(2018-2019), indicating a trend in which the effective group of groups containing animals born in the past rapidly decreases over time. Through the Hanwoo cow test project, Hanwoo farmers should make continuous efforts to prevent inbreeding coefficient damage by customized breeding considering individual pedigree information and genetic ability, and to minimize the loss of genetic diversity by mitigating the concentration of bulls. However, as many studies have shown, the effective group size is decreasing, and in order to maintain genetic diversity in Hanwoo groups, additional studies such as cow genomic selection, which can increase effective group size due to the variety of selection and breeding methods. 본 연구는 한우암소검정사업에 참여하는 한우 암소의 혈통정보를 이용하여 혈통완성도, 근교계수 및 유효집단크기의 변화를 살펴봄으로써 향후 씨수소 선발, 암소 개량방향 설정 등 우리나라 한우 개량방향 설정을 위한 기초자료로 활용하기 위하여 실시하였다. 분석에 이용된 자료는 2020년 기준 한우암소검정사업에 참여하고 있는 암소 자료 중 혈통등록자료 조회가 가능한 273,381두를 이용하였으며, 최고 13세대까지의 혈통기록을 조회하여 최종 581,816개의 자료를 분석에 이용하였다. 혈통완성도 지수 분석에는 양쪽 부모를 알고 있고, 부모가 적어도 하나의 부모를 알고 있는 개체들만 이용하였다. 분석결과, 혈통완성도 및 평균 근교계수는 출생년도에 따라 점차 증가하였으며, 혈통기록이 축적된 최근 근교된 개체의 평균 근교계수 및 고도근친개체 두수는 비교적 낮게 나타났다. 유효집단크기를 추정한 결과, 215두(199~2019)에서 51두(2018~2019)까지로 추정되어 과거 출생한 개체를 포함하는 집단에 비해 최근 출생한 개체를 포함하는 집단의 유효집단의 크기가 시간이 지남에 따라 급격히 감소하는 추세를 나타내었다. 한우암소검정사업을 통해 한우 사육농가들에게 개체별 혈통정보와 유전능력을 고려한 맞춤형 계획교배 정액 추천을 통해 근교피해를 예방하고 특정 씨수소 정액 쏠림현상을 완화함으로써 유전적 다양성에 대한 손실을 최소화하기 위해 지속적인 노력을 기울이고 있지만, 여러 연구보고에서와 같이 이번 연구결과에서도 유효집단크기가 줄어들고 있는 것으로 나타나 한우 집단의 유전적 다양성을 유지하기 위해서는 씨수소 및 암소의 선발 및 교배방법의 다양성과 세대간격의 단축으로 유효집단크기를 높일 수 있는 암소 유전체 선발과 같은 추가적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.

        • KCI등재후보

          시계열 분석의 Arima 모형을 이용한 종돈장 사육규모별 사육두수 예측

          차대협,이기환,손지현,선두원,임현태,이정규,최태정,구양모 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.2

          This study used registration data on 546,473 animals in 3 swine breeds of the Korea Animal Improvement Association from 2014 to June 2017. According to the breeding scale, 5 groups were defined less than 100 animals, between 100 animals and 300 animals, between 300 and 500, 500 or over and whole animals. To create time series data, the data were divided at the intervals of 1 month. To predict change trend, SAS/ETS program, time series ARIMA model was utilized to analyze. The animals count prediction trend was analyzed for each swine breeding scale for 1 future year after June 2017. Compared to July 17, the predicted animals count in June 2018 of swine farms with less than 100 animals was about 430(24.6%) animals increase, those with between 100 and 300, about 389(11.5%) animals increase and those with between 300 and 500, about 972(21.6%) animals increase. Farms with 500 animals or over were found to have approximately 620(10.6%) animals increase, and the whole farms, about 2,843(17.1%) animals increase. Lastly, future trend was analyzed according to each swine breeding scale. Farms with less than 100 animals were found to have decrease in general. Excluding them, all of the farms with each breeding scale were expected to have increase as a whole. If the time series prediction method and analysis results for the breeding scale presented in this study are used as reference materials for setting the proper breeding scale of domestic swine breeding farms, it will be helpful for the development of the breeding and swine farming industry. 본 연구는 종돈장 사육규모에 따른 시계열 예측 분석을 실시하여 종돈장별 적정 사육두수 유지, 종돈 사육동향 모니터링 및 미래 사육규모에 대한 적절한 대비를 하기 위한 자료로 활용하고자 실시하였다. 연구에는 2014년부터 2017년 6월까지 한국종축개량협회의 3개 품종에 대한 등록자료 546,473두의 자료를 이용하였으며, 사육규모별로 변화 추세의 예측을 위하여 SAS/ETS 프로그램의 시계열 RIMA 모형을 이용하여 분석을 실시하였다. 사육규모별 17년 6월 이후 향후 1년간 사육두수의 예측 추세 분석결과를 살펴보면 17년 7월 대비 18년 6월 예측 두수는 100두 미만 농장에서 약 430두(24.6%) 증가할 것으로 나타났고 100두 이상 300두 미만 농장에서는 약 389두(11.5%) 증가할 것으로 나타났으며 300두 이상 500두 미만 농장에서는 약 972두(21.6%) 증가할 것으로 나타났다. 500두 이상 농장에서 약 620두(10.6%) 증가할 것으로 나타났으며 전체 농장은 약 2,843두(17.1%) 증가할 것으로 나타났다. 향후 사육규모별 추세를 살펴보면 100두 미만 농장의 경우 전체적으로 봤을 때 감소할 것으로 나타났고 이를 제외한 모든 사육규모별 두수는 전체적으로 증가할 것으로 나타났다. 본 연구에서 제시한 종돈장 사육규모에 대한 시계열 예측방법과 분석 결과를 국내 종돈장의 적정 사육규모 설정을 위한 참고자료로 활용한다면 종돈 및 양돈 산업 발전에 도움이 될 수 있을 것으로 기대된다.

        • KCI등재후보

          말에서 Krüppel-like Factor Gene Family의 진화적 분석 및 분자생물학적 검증

          김경환,박정웅,조병욱 한국동물유전육종학회 2020 한국동물유전육종학회지 Vol.4 No.3

          Thoroughbred is a breed of horse mainly used in racing horse industry. Thoroughbred is also used as an important model in the field of exercise and physiology because of their physical characteristics such as tenacity and speediness. Although many studies were focused on physical and physiological adaptations, the regulatory pathways and mechanisms of targeted genes are still remained to be uncovered in race horse. The purpose of this study is to analyze the molecular and phylogenetic characteristics of the Krüppel-like factor (KLF) family genes of Equus caballus. As results, Zinc finger domain and coding sequence (CDS) of Thoroughbred KLF family protein are highly conserved among species. Also, quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR) was conducted to investigate the mRNA expression levels of horse KLF3, 5, 7, 10, 12 and 16 in different horse tissues. As a result, six KLF genes showed high expression in the cecum and high expression in lung tissue, indicating tissue-specific expression. In conclusion, these results indicate that horse KLF family genes are highly conserved during evolution and will be used as a valuable information for further study of horse KLF genes.

        • KCI등재후보

          고해상도 타이핑을 이용한 돼지 주조직적합성복합체 SLA-2 유전자의 신규 대립유전자발굴

          육승연,강민규,전효임,박찬규 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.3

          The genetic diversity of the major histocompatibility complex (MHC) molecules of pigs has not been thoroughly characterized. In this study, we successfully typed SLA-2, a pig MHC class I gene, from 10 pigs of five different breeds using a high-resolution typing method. We identified a total of 14 SLA-2 alleles including 2 previously unreported alleles and reported to IPD-MHC SLA database. These new alleles showed 1 and 29 nucleotide differences from the closely related alleles, SLA-2*10:01 and SLA-2*13:02, respectively. The information of SLA new alleles should enrich our understanding the diversity of MHC diversity in pigs.

        • KCI등재후보

          Review on the genetic improvement and application of genomic selection in Korean Hanwoo cattle

          Chiemela Peter Nwogwugwu,Yeong Kuk Kim,Ejike Henry Ugbo,Jun Heon Lee,Seung Hwan Lee 한국동물유전육종학회 2020 한국동물유전육종학회지 Vol.4 No.2

          Hanwoo cattle (HC) being an indigenous breed are greatly adapted to Korean hot-humid climate. They can survive and thrive in harsh environmental conditions. This makes the HC a valuable genetic resource, given the challenges of climate adjustment and varying demands of the livestock sector. Respects to these genetic attributes of HC, breeding initiatives were designed for genetic improvements, such as the Hanwoo-Gaeryang-Danji (HGD) and Hanwoo-Gaeryang-Nongga (HGN), respectively. These initiatives have resulted in tremendous success in the meat industry. The genetic improvement of HC is somehow fulfilling the breeding objectives of increasing the growth performance traits, enhancing meat quality, improving fertility and maintaining adaptability. The breeding and production systems have also contributed towards achieving the breeding goal. The HC production system comprised of 3-tier, the seed stock, multiplier and feedlot sector. The production system provides a link that enable genetic material from the nucleus herd down to various sectors. The results from various studies on the evaluation of genetic improvement and parameters in Korean HC have revealed the degree of genetic progress. Furthermore, the implementation and the used of pedigree and performance records have been helpful using best linear unbiased prediction (BLUP) to estimate breeding values. In addition, the EBV and accuracy of estimated breeding values (EBVs) are important tool for selecting superior animals to replace the next generation. However, several factors can influence the accuracy of EBVs, such as selection accuracy, selection intensity, pedigree errors and the generation interval (GI). Applying genomic selection (GS) is a potential method to improve prediction accuracy and genetic gains in economically important traits in dairy and beef cattle. Therefore, this study reviews the genetic improvement and application of genomic selection in Korean Hanwoo cattle.

        • KCI등재후보

          Haplotype Block Pattern and Linkage Disequilibrium Analysis of CAST Gene Polymorphisms in Boerka Goatt

          Dyah Maharani,Simon P. Ginting,Simon Elieser,Andi Tarigan,I Gede Saputra Budisatria,Antonius,Dwi Nur Happy Hariyono,Aprilianna Putri Zahara Nafsina Luvita Sari 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.1

          Calpastatin (CAST) gene has been considered as a candidate gene for meat quality traits in livestock animals. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the CAST gene were evaluated for determination of haplotype block pattern and linkage disequilibrium in 21 Boer × Kacang (Boerka) crossbred goats. Five SNPs: g.146C>A (SNP1), g.224A>G (SNP2), g.281G>A (SNP3), g.373C>T (SNP4) and g.431G>A (SNP5) were found in CAST gene (620 bp) using direct sequencing. Based on these SNPs, four haplotype block patterns (A, B, C and D) with different SNPs combination were performed. All blocks had high D’prime equal to 1.0. The highest LOD (1.75), r2 (1.00) and haplotype frequency (97.6%) were observed in block A (SNP1&2, SNP1&5 and SNP2&5). The lowest LOD (0.01) and r2 (0.0010) were found in block A (SNP1&4, SNP2&4 and SNP4&5). Block B, C and D had only 3, 2 and 1 SNPs combination, respectively, with a medium haplotype frequency (57.1%) each. Our study demonstrated that the SNPs and their haplotype combinations in the CAST gene could be useful for association studies with meat quality traits.

        • KCI등재후보

          Molecular Sexing and Taxonomic classification of Nigerian Guinea Fowl using Chromo Helicase DNA Binding Gene and 12S mitochondrial rRNA gene

          Sola-Ojo, F.E,Afolabi-Balogun, N.B,Adeniyi C.A,Adeyemi, K.D,Ayorinde, K.L,Alli, O.I,Oni, O.A,Okeke, C.U,Momoh E.O,Adewara, J,Abdulkareem, I 한국동물유전육종학회 2021 한국동물유전육종학회지 Vol.5 No.2

          Sexing of birds at early age is very important for efficient selection and breeding; while characterization and taxonomic identification is relevant in conservation of birds’ genetic resources. This study used the genomic DNA of ten (10) guinea fowl keets to determine their sex using agarose gel electrophoresis and sequencing with chromo helicase DNA (CHD) binding genes, they were also characterize taxonomically using 12S rRNA mitochondria genes. The results of this study shows a double band (ZW) for females and a single band (W) for males under Agarose gel electrophoresis view, the Guinea fowl keets sequenced showed some deletions and were closer to Gallus_CHD12 in the phylogenetic tree. The Taxonomic classification result shows that the sequenced guineafowl keets were most related to the Numida meleagris 12S mitochondrial ribosomal RNA. This study corroborate the fact sex of guineafowl keet can be easily identified at genomic DNA level and they can be characterized taxonomically using the 12SrRNA mitochondrial genes.

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