Molecular Typing of Leuconostoc citreum Strains Isolated from Korean Fermented Foods Using a Random Amplified Polymorphic DNA Marker

박영서,이설희,Anshul Sharma,박영서 한국산업식품공학회 2017 산업 식품공학 Vol.20 No.2

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

양측성 요관신우부의 진균구에 의한 무뇨증을 보인 영아

박영서,이정주,김건석,윤종현 대한신장학회 1998 Kidney Research and Clinical Practice Vol.17 No.5

Fungal infection has been observed with increasing frequency in recent years because the use of combinations of broad spectrum antibiotics, immunosuppressive agents, and antineoplastic agents is increasing and the survival rate of premature baby is increasing. We experienced a 3 month old male infant with anuria due to bilateral ureteropelvic fungus balls. He was born at 31 weeks gestation period and had been treated with broad spectrum antibiotics for 5 weeks after birth. We removed fungus balls surgically and made nephrostomy bilaterally. And then irrigation of amphotericn B through nephrostomy and systemic amphotercin B injection had performed for 3 weeks. Thereafter fungus balls completely disappeared.

알칼리성 Xylanase를 생산하는 Bacillus alcalojnhilus AX2000의 분리와 효소 생산

박영서,김태영 한국미생물 · 생명공학회 2003 한국미생물·생명공학회지 Vol.31 No.2

알칼리성 xylanase를 생산하는 균주를 토양으로부터 분리한 후 동정을 실시한 결과 Bacillus alcaiophilus으로 판명되었다. B. alcalophilus AX2000으로 명명한 본 균주는 pH 10.5에서 생육이 가장 좋았으며 효소활성도 가장 높았고 배지 중에 탄소원과 질소원으로서 0.5%(w/v) birchwood xylan과 0.5%(w/v) polypeptone/yeast extract를 각각 사용하였을 경우에 최대의 xylanase생산성을 나타내었다. Xylanase의 생합성근 glucose에 의한 catabolite repression을 받았으며 고농도의 xylose에 의해 효소의 생합성이 저해되었다. 조효소의 최적활성은 pH 10과 $50^{\circ}C$에서 나타났으며, pH 5에서 11까지의 넓은 pH범위에서 활성이 안정하게 유지되었고 효소의 열 안정성은 20~$60^{\circ}C$에서 30분간 처리시 90%이상의 잔존활성을 나타내었다. An alkali-tolerant bacterium producing the xylanase was isolated from soil and identified as Bacillus alcaiophilus. This strain, named B. alcalophilus AX2000, was able to grow and produce xylanase optimally at pH 10.5 and $37^{\circ}C$. The maximum xylanase production was obtained when 0.5%(w/v) birchwood xylan and 0.5%(w/v) polypeptone and yeast extract were used as carbon source and nitrogen source, respectively. The biosynthesis of xylanase was under the catabolite repression by glucose in the culture medium, and inhibited in the presence of high concentration of xylose. The maximum activity of xylanase was observed at pH 10.0 and $50^{\circ}C$ and the enzyme activity remained was over 80% at $60^{\circ}C$ and from pH 5.0 to 11.0.

원전 중성미자 검출을 위한 액체섬광검출용액의 감쇄거리 측정

박영서,김승찬,주경광 한국물리학회 2017 새물리 Vol.67 No.7

The antielectron neutrino is emitted during fission in a reactor. Through an inverse beta-decay reaction ($\bar{\nu_e} + p \rightarrow e^{+} + n$, IBD), the positron and the neutron generated in the liquid scintillator will be detected by using the time difference between the prompt signal and the delayed signal. During this process, light will travel a certain distance to reach the photomultiplier tube, so measurements of the optical and the physical properties of the liquid scintillator are very important. For that reason, a precise measurement of the attenuation length in a liquid scintillator is needed. This paper briefly describes a device for measuring the attenuation length in a liquid scintillator and presents the results of those measurements. 원전중성미자 검출은 원자로의 핵분열 과정에서 발생한 반전자 중성미자가 검출기내의 양성자와 충돌한 후, 양전자와 중성자로 변환되는 역베타붕괴 (inverse beta decay, $\bar{\nu_e} + p \rightarrow e^{+} + n$, IBD) 반응을 이용한다. 역베타붕괴에서 생성되는 양전자는 쌍소멸 하며 빛을 방출하고 중성자는 주변의 원자핵에 포획되는 과정에서 빛을 내게 되는데 각각의 신호에 일정 시간 차이를 주어서 구별할 수 있다. 원전 중성미자 표적으로 액체섬광검출용액을 사용할 수 있다. 이때 발생된 빛이 광증폭관에 잘 도달해야 여러 가지 물리적 성질 측정이 가능하기 때문에 액체섬광검출용액의 감쇄거리 측정은 매우 중요하다. 본 논문은 액체섬광검출용액의 감쇄거리를 측정하기 위한 측정 장비 개발 과정 및 결과에 대해 간략히 기술하였다.

복분자의 유산발효와 생리활성 평가

박영서,장학길 한국응용생명화학회 2003 Journal of Applied Biological Chemistry (J. Appl. Vol.46 No.4

[특집 기획 I] 스마트미디어 시대의 산업 환경 변화와 기업의 이슈

박영서 한국스마트미디어학회 2012 It's Smart Media Vol.1 No.4

Bacillus pumilus TX703 유래 Xylanase 유전자(xynK)의 Cloning과 염기서열 분석

박영서 한국생명과학회 2002 생명과학회지 Vol.12 No.2

A gene coding for xylanase from thermo-tolerant Bacillus pumilus TX703 was cloned into Escherichia coli DH5 $\alpha$ using pUC19. Among 7,400 transformants, four transformants showed clear zones on the detection agar plates containing oat-spells xylan. One of them which showed highest xylanase activity was selected and its recombinant plasmid, named pXES106, was found to carry 2.24 kb insert DNA fragment. When the nucleotide sequence of the cloned xylanase gene (xynK) was determined, xynK gene was found to consist of 1,227 base-pair open reading frame coding for a polypeptide of 409 amino acids with a deduced molecular weight of 48 kDa. The coding sequence was preceded by a putative ribosome binding site, the transcription initiation signals, and cia-acting catabolite responsive element. The deduced amino acids sequence of xylanase is similar to those of the xylanases from Hordeum vulgare (barley) and Clostridium thermocellum, with 39 and 31% identical residues, respectively. The amino acids sequence of this xylanase was quite different from those of the xylanases from other Bacillus species. Xylanase를 생산하는 내열성 Bacillus pumilus TX703의 chromosomal DNA로부터 xylanase 유전자를 cloning하여 그 염기배열 순서를 결정한 다음 이로부터 유전자 발현에 관련된 구조를 분석하였다. Xylanase 유전자의 cloning을 위해 제한효소 HindIII로 절단한 B. pumilus TX703의 chromosomal DNA와 pUC19을 ligation시켜 E. coli DH5 $\alpha$에 형질전환시킨 후 형질전환체 중에서 xylanase 활성을 나타내는 재조합 plasmid pXES106을 분리하였다. 재조합 plasmid pXES106은 pUC19의 HindIII 부위 내에 2.24 kb의 외래 DNA가 삽입되었고, 이 plasmid DNA를 분리하여 E. coli DH5 $\alpha$에 재형질전환시킨 결과 vector 내에 xylanase 유전자가 cloning되었음을 확인하였다. Cloning된 유전자의 염기배열을 분석한 결과 이 유전자의 총 크기는 2,187 bp였고 이는 409개기 아미노산을 coding 하는 open reading frame 1,227 bp를 포함하고 있었다. 이 염기배열은 ATG개시 codon으로부터 각각 193과 216 base 상류에 TTTAAT의 -10 box와 TCGAAA인 -35 box로 추정되는 염기배열이 존재하였고 -10 box로부터 7 bp하류에 전사개시점인 A가 위치하고 있었다. 또한, 개시 codon으로부터 432 bp 상류에 공통염기배열과 14개의 염기 중 11개의 염기가 일치하는 TGATGGCGTCGGCA의 catabolite responsive element (CRE)가 존재하였다. B. pumilus TX703의 xylanase와 아미노산배열의 유사성이 가장 높은 xylanase는 Hordeum vulgare의 isozyme X-I이었고 본 xylanase는 208번째와 322번째에 glutamic acid 잔기를 가지고 있어 Clostridium thermocellum, Dictyoglomus thermophilum, Thermotoga neapolitana 등에서 밝혀진 바와 같이 glutamic acid 부위가 xylanase의 활성부위라 여겨진다.

식품 산업발전을 위한 학회의 역할

박영서 한국식품과학회 2022 식품과학과 산업 Vol.55 No.2

2002 년도 한국정책학회 춘계세미나 : 중소벤처기업 창업 아이템의 사업화 평가

박영서 한국정책학회 2002 한국정책학회 세미나 Vol.2002 No.1

Bacillus alcalophilus AX2000 유래 xylanase 유전자 (XynT)의 Cloning과 염기서열 분석

박영서,Park Young-Seo 한국생명과학회 2005 생명과학회지 Vol.15 No.5

Xylanase를 생산하는 알칼리 내성 Bacillus alcalophilus AX2000의 chromosomal DNA로부터 xylanase 유전자를 cloning하여 그 염기배열 순서를 결정한 다음 이로부터 유전자 발현에 관련된 구조를 분석하였다. Xylanase 유전자의 cloning을 위해 제한효소 PstI으로 절단한 B. alcalophilus AX2000의 chromosomal DNA와 pUC19을 ligation 시켜 E. coli $DH5\alpha$에 형질전환시킨 후 형질전환체 중에서 xylanase 활성을 나타내는 재조합 plasmid pXTY99를 분리하였다. 재조합 plasmid pXTY99은 pUC19의 PstI 부위 내에 7kb의 외래 DNA가 삽입 되 었다. Cloning된 xylanase 유전자(xynT)의 염기배열을 분석한 결과 유전자의 크기는 1,020 bp이었고 이는 340개의 아미노산으로 구성된 분자량 40 kDa의 poly-peptide를 coding하고 있었다. 이 염기배열은 AUG 개시 codon으로부터 각각 259와 282 base상류에 TACAAT의 -10 box와 GTTCACA인 -35 box로 추정되는 염기배열이 존재하였으며 ribosome 결합부위가 존재하였다. B. alcalophilus AX2000의 xylanase와 아미노산배열의 유사성이 가장 높은 xylanase는 Bacillus sp. N137과 B. stearothemophilus 21 유래의 xylanase로 각각 $61\%$와 $59\%$의 유사성을 나타내었다. A gene coding for xylanase from alkali-tolerant Bacillus alcalophilus AX2000 was cloned into Escherichia coli $DH5\alpha$ using pUC19. Among 2,000 transformants, one transformant showed clear zone on the detection agar plate containing oat-spells xylan. Its recombinant plasmid, named pXTY99, was found to carry 7.0 kb insert DNA fragment. When the nucleotide sequence of the cloned xylanase gene (xynT) was determined, xynT gene was found to consist of 1,020 base-pair open reading frame coding for a poly-peptide of 340 amino acids with a deduced molecular weight of 40 kDa. The coding sequence was preceded by a putative ribosome binding site, and the transcription initiation signals. The deduced amino acid sequence of xylanase is similar to those of the xylanases from Bacillus sp. Nl37 and B. stearothermophilus 21 with $61\%$ and $59\%$ identical residues, respectively.