기하 인스턴싱 기법을 이용한 단백질 구조 가시화 및 속도 향상에 관한 연구

박찬용,황치정,Park, Chan-Yong,Hwang, Chi-Jung 한국정보처리학회 2009 정보처리학회논문지 A Vol.16 No.3

구조적 생물 정보학 분야는 단백질의 3차원 구조를 대상으로 단백질을 연구하는 분야이며, 구조적생물 정보학의 중요한 분야 중의 하나는 단백질 3차원 구조 가시화이다. 단백질의 3차원 구조를 규명하는 장비의 발달로, 규명되는 단백질의 크기와 개수가 증가함에 따라, 고성능의 단백질 가시화 시스템의 필요성도 크게 증가하였으나, 기존의 단백질 구조 가시화 시스템은 3차원 그래픽 하드웨어에 최적화 되지 못하여, 거대 단백질의 가시화에 충분한 성능을 가지지 못하였다. 본 논문에서 제안하는 단백질 3차원 구조 가시화 시스템은 거대 단백질의 가시화 하기 위하여, 3차원 그래픽 하드웨어의 최적화 기법중의 하나인 기하 인스턴싱 기법을 사용하여 빠르게 거대 단백질을 렌더링 한다. 성능 실험에서 7종의 다른 크기의 단백질을 대상으로, 4가지 가시화 방법에 대하여, 제안하는 시스템과 기존의 시스템과의 단백질 렌더링 성능 비교 실험을 하여, 대부분의 경우 우수한 성능을 보였다. Analysis of 3-dimensional (3D) protein structure plays an important role of structural bioinformatics. The protein structure visualization is the one of the structural bioinformatics and the most fundamental problem. As the number of known protein structure increases rapidly and the study of protein-protein interaction is prevalent, the fast visualization of large scale protein structure becomes essential. The fast protein structure visualization system we proposed is sophisticated and well designed visualization system using geometry instancing technique. Because this system is optimized for recent 3D graphics hardware using geometry instancing technique, its rendering speed is faster than other visualization tools.

都市林의 屋外레크레이션 機能과 價値의 計量的 評價에 關한 硏究 -都市林의 利用滿足度를 中心으로-

박찬용,Park, Chan-Yong 한국조경학회 1990 韓國造景學會誌 Vol.18 No.3

This study aims at identifying factors and variables which have significant effects on users satisfaction with recreational activities and facilities in Apsan city natural park and therby establishing indicies of planning and / or development of urban forest. To test the causal models of this research, The data were gathered by self-administered questionnaires from 1,147 households in Taegu city which were selected by the multi-stage probabiling sampling method. The analysis of the data primarily consist of two phases : The first analysis dealt with exploratory factor analysis which identified major factors involved in satisfaction with recreational activities and facilities in Apasn city natural park and the second analysis tested the fit of causal models of this research to the data using LISREL methodology. The factor analysis identified that three significant factors are involved in satisfaction with recreational activities and five significant factors are inherent in satisfaction with recreational facilities. The second phase analysis tested the fit of the causal models for satisfaction with recreational activities and facilities to the data and identified statistically significant causal linkage among overall satisfaction with the park, other indogenous factors and exogenous variables. These significant relationships represent important factors and variables that should be considered in planning and/of development of the city natural park. On the basis of there significant causal relationships implications for planning and/or development of the city natural park were suggested.

몰드변압기의 부분방전 검출기술에 관한 연구

박찬용,박대원,최재성,길경석,Park, Chan-Yong,Park, Dae-Won,Choi, Jae-Sung,Kil, Gyung-Suk 한국전기전자재료학회 2009 전기전자재료학회논문지 Vol.22 No.9

Transformer failures are mostly due to partial discharges (PDs) caused by the deteriorated insulation. It is, therefore, important to monitor PD occurrence in insulation system and prevent their deterioration. The presented paper deals with a PD detection method by a capacitive probe, which easily apply to cast - resin dry - type transformers. The PD detection system consists of a capacitive probe and a low noise amplifier having the frequency bandwidth of 500 $Hz{\sim}30$ MHz. In the experimental set-up, sensitivity of the system is 7.16 mV/pC.

이용자 만족도에 준거한 국립공원관리의 지표 설정에 관한 연구

박찬용,Park, Chan-Yong 한국자연공원협회 1994 한국자연공원 Vol.63 No.-

단백질 3차원 구조의 지역적 유사성을 이용한 Flexible 단백질 구조 정렬에 관한 연구

박찬용,황치정,Park, Chan-Yong,Hwang, Chi-Jung 한국정보처리학회 2009 정보처리학회논문지B Vol.16 No.5

구조적 생물 정보학 분야는 단백질의 3차원 구조를 대상으로 단백질을 연구하는 분야이며, 본 논문에서는 구조적 생물 정보학 분야의 핵심 연구 주제중의 하나인 Flexible 단백질 구조 정렬에 관한 새로운 알고리즘을 제시한다. Flexible 단백질 구조 정렬을 위하여, 단백질의 3차원 구조의 지역적인 유사성을 이용하여 두 단백질의 유사한 부분 구조를 추출해 내고, 이 추출된 유사 구조간에 연결 가능성을 검색하여 정렬이 가능한 모든 유사 구조를 찾고, 이 유사 구조에 꺽임점을 도입하여 Flexible 단백질 구조 정렬을 수행하였다. 이 과정에서 단백질의 지역적 유사성을 정확히 비교하기 위하여 RDA를 이용한 방법을 제안하였고, Flexible 단백질 구조 정렬시 신뢰성 있는 꺽임점 위치 선정 방법과 그래프를 이용한 최적화 방법을 제안하였다. 성능 평가를 위하여 다양한 방법으로 Flexible 단백질 구조 정렬의 성능 평가를 수행하였고, 기존의 방법인 DALI, CE, FATCAT 보다 성능의 우수함을 나타내었다. Analysis of 3-dimensional (3D) protein structure plays an important role of structural bioinformatics. The protein structure alignment is the main subjects of the structural bioinformatics and the most fundamental problem. Protein Structures are flexible and undergo structural changes as part of their function, and most existing protein structure comparison methods treat them as rigid bodies, which may lead to incorrect alignment. We present a new method that carries out the flexible structure alignment by means of finding SSPs(Similar Substructure Pairs) and flexible points of the protein. In order to find SSPs, we encode the coordinates of atoms in the backbone of protein into RDA(Relative Direction Angle) using local similarity of protein structure. We connect the SSPs with Floyd-Warshall algorithm and make compatible SSPs. We compare the two compatible SSPs and find optimal flexible point in the protein. On our well defined performance experiment, 68 benchmark data set is used and our method is better than three widely used methods (DALI, CE, FATCAT) in terms of alignment accuracy.

고속 광통신용 GaInAs/InP PIN 수광소자 모듈 제작

박찬용,박경현,이창원,이용탁,Park, Chan-Yong,Park, Kyung-Hyun,Lee, Chang-Won,Lee, Yong-Tak 한국전자통신연구원 1991 전자통신 Vol.13 No.4

We fabricated very high. speed PIN Photodiode module for the application of high speed optical receiver. OMVPE was used for the growth of InP layer on InGaAs absorption layer. The structure was the combination of mesa and planartype. Fabrication procedure was more complicated than simple mesa or simple planar type structure because we used semiinsulating InP substrate in order to reduce stray capacitance. The results at-5V were as follows : dark current was less than 1nA, capacitance was 0.55pF, and cutoff frequency was above 3GHz, and rise and fall time was about 100ps.

소아에서 발생한 비장의 다발성 결핵성 미세농양 1예

박찬용,최수진나,정상영,김신곤,Park, Chan-Yong,Choi, Soo-Jin-Na,Chung, Sang-Young,Kim, Shin-Kon 대한소아외과학회 2006 소아외과 Vol.12 No.2

Splenic abscess is a rare clinical condition with a reported incidence of 0.14 % to 0.70 % in various autopsy series. Primary tuberculosis of the spleen as a cause of splenic abscess is even rarer, especially in the antitubercular era. Infants and children have a higher predisposition to extra-pulmonary tuberculosis than adults and tend to develop severe extra-pulmonary disease such as miliary tuberculosis and meningitis. The diagnosis of tuberculosis in infants and children can be difficult because of nonspecific symptoms and clinical findings. Computed tomography establishes the diagnosis of splenic abscess and demonstrates the number and location of abscesses. Splenectomy is the standard of care in most clinical setting. We present a 4-year-old girl who had multiple tuberculosis splenic abscesses and was treated successfully with splenectomy.

Avalanche Photodiode의 연구 현황과 전망

박찬용,유지범,김홍만,Park, Chan-Yong,Yu, Ji-Beom,Kim, Hong-Man 한국전자통신연구원 1993 전자통신동향분석 Vol.8 No.1

광통신의 전송용량을 증가시키는 방법의 한가지로 전송속도의 증대에 관한 연구개발이 국내외에서 진행되어 왔다. 전송속도가 증가하여 Gb/s 급 이상이 되면 수신단 전치증폭기의 잡음이 급격히 증가하게 되어 수신감도가 떨어지게 되는데 이는 곧 중계기의 간격 감소로 인한 경제성의 저하를 의미한다. 이러한 수신단의 수신감도 저하를 극복하는 방법의 하나로 내부 이득을 갖는 APD(Avalanche Photodiode)를 수광소자로 사용하고자 하는 연구가 진행되어 왔다. 본 고에서는 InGaAs를 흡수층으로 하는 광통신용 APD의 구조, 동작특성 및 최근 연구동향을 소개하고자 한다.

2종의 열가압 도재와 법랑질 간의 마모에 관한 연구

박찬용,전영찬,정창모,윤미정,Park, Chan-Yong,Jeon, Young-Chan,Jeong, Chang-Mo,Yun, Mi-Jung 대한치과보철학회 2009 대한치과보철학회지 Vol.47 No.1

연구목적: 2종의 열가압 도재 (e.max Press, Empress Esthetic)와 법랑질 간의 마모양상을 알아보기 위하여 장석계 도재 및 제 3형 금합금과 비교, 관찰하였다. 연구 재료 및 방법: 열가압 도재 e.max Press, Empress Esthetic 및 금속도재관 제작용 장석계 도재 Cermaco 3, 제 3형 금합금으로 원반형 시편을 제작하고, 상대 마모재로는 발거된 건전한 소구치의 교두를 이용하여 Pin-on-disk tribometer 상에서 마모시험 하였다. 법랑질의 마모량은 마모 전후 치아 시편의 무게 변화를 측정하여 부피로 환산하였고, 도재 및 금합금 시편의 평균 표면 조도와 마모트랙 깊이를 표면조도기로, 마모트랙 폭을 주사전자현미경으로 측정하여 마모 양상을 비교하였다. 결과: 1. 법랑질의 마모량은 Ceramco 3군에서 가장 크고 Empress Esthetic군, e.max Press군, 금합금군 순으로 작았으며, Ceramco 3군과 Empress Esthetic군 사이와, Empress Esthetic군, e.max Press군 및 금합금군 사이에는 유의한 차이가 없었다 (P>.05). 2. 마모시험 후 도재 시편의 평균 표면 조도는 Ceramco 3군, Empress Esthetic군, e.max Press군 순으로 작았으며, Empress Esthetic군과 Ceramco 3군 사이에는 유의한 차이가 없었다 (P>.05). 3. 마모트랙의 깊이는 모든 군 사이에 유의한 차이는 없었고 (P>.05), 마모트랙의 폭은 법랑질 마모량 순서와 동일하게 Ceramco 3군, Empress Esthetic군, e.max Press군, 금합금군 순으로 작았으며, e.max Press군과 Empress Esthetic군 사이 및 Empress Esthetic군과 Ceramco 3군 사이에 유의한 차이는 없었다 (P>.05). 결론: 열가압 도재는 장석계 도재보다 법랑질을 더 마모시키지는 않았다. Purpose: The purpose of this study was to compare the wear characteristics of human enamel opposing 2 heat-pressed ceramics (e.max Press and Empress Esthetic), conventional feldspathic porcelain (Ceramco 3) and type III gold alloy. Material and methods: Intact cusps of extracted premolars were used for enamel specimens. Five disk samples were made for each of two heat-pressed ceramics groups, conventional feldspathic porcelain group and type III gold alloy group. Wear tests were conducted in distilled water using a pin-on-disk tribometer. The amount of enamel wear was determined by weighing the enamel specimens before and after wear tests, and the weight was converted to volumes by average density. The wear tracks were analyzed by scanning electron microscopy and surface profilometer to elucidate the wear characteristics. Results: 1. Ceramco 3 led to the greatest amount of enamel wear followed by Empress Esthetic, e.max Press and type III gold alloy. However, there was no significant difference between Ceramco 3 and Empress Esthetic (P>.05), and there were also no significant differences among Empress Esthetic, e.max Press and type III gold alloy (P>.05). 2. The average surface roughness of e.max Press after wear test was smallest followed by Empress Esthetic and Ceramco 3, but there was no significant difference between Empress Esthetic and Ceramco 3 (P>.05). 3. There were no significant differences among the depth of wear tracks of all the groups (P>.05). The group that showed the largest width of wear track was Ceramco 3 followed by Empress Esthetic, e.max Press and type III gold alloy. However, there was no significant difference between e.max Press and Empress Esthetic (P>.05), and there was also no significant difference between Empress Esthetic and Ceramco 3 (P>.05). Conclusion: Within the limits of this study, heat-pressed ceramics were not more abrasive than conventional feldspathic porcelain.

위 점막하층암의 임상병리학적 특징과 수술 방법

박찬용,서경원,주재균,박영규,류성엽,김형록,김동의,김영진,Park Chan Yong,Seo Kyoung Won,Joo Jai Kyun,Park Young Kyu,Ryu, Seong Yeob,Kim Hyeong Rok,Kim Dong Yi,Kim Young Jin 대한위암학회 2005 대한위암학회지 Vol.5 No.2

목적: 조기위암은 진행위암에 비해 월등히 좋은 예후를 보인다. 조기위암의 5년 생존율은 현재 $90\%$를 상회하며 치료가 가능한 암으로 알려져 있다. 특히 조기위암에서 중요한 예후인자는 림프절 전이의 존재 여부이다. 요즘 조기 위암에 대해 보존적 술식이 제안되고 있지만 각 개인에 있어서 적절한 술식을 선택하는 것은 매우 중요하다. 이후향적 연구는 점막하층암에서 적절한 치료 방법을 결정하기 위해서 임상병리학적 형태와 림프절 전이와 관련된 인자들을 명확히 하기 위해 시행되었다. 대상 및 방법: 본 연구의 대상은 전남대학교병원에서 1981년부터 1999년 사이에 수술을 받았던 점막하층암(I군) 279예의 임상병리학적 특징을 점막암(II군), 근육층암(III군)과 비교한 것이다. 각 군들 간에 나이, 성별, 종양의 위치, 간 전이 여부, 복막파종 여부 등은 통계적으로 유의한 차이는 없었다. 결과: 림프절 전이는 점막하층암 279명 중 47명($16.8\%$)에서 보였다. 점막하층암에서 림프절 전이는 점막에서 보다 유의하게 높았다($16.8\%\;vs.\;3.9\%$; P<0.01). 점막하층암(I군)에서 5년 생존율은 $88.6\%$이며 점막암(II군)과 근육층암(III군)에서는 각각 $95.2\%$와 $72.7\%$였다(I군 vs. II군, I군 vs. III군; P<0.01). 점막하층암 환자에서 림프절 전이가 있는 경우 생존율은 림프절 전이가 없는 경우에 비해 유의하게 불량하였다($82.2\%\;vs.\;93.6\%$; P<0.01). 결론: 점막하층암에서 림프절의 전이유무가 중요한 예후인자이므로 D2 림프절 곽청술을 포함한 위절제술이 점막 하층암 환자에서 적절한 수술적 방법으로 사료된다. 예후 인자라고 할 수 있다. STI-571은 재발 혹은 전이 환자에 있어 치료 효과를 나타내므로 술후 치료에 적용하는 것이 예후 향상에 기여하리라 생각된다.한 검사로 환자의 일반적인 상태를 반영하며, 특히 혈소판 증가증, 혈청 알부민 감소, 빈혈 등이 나타난 경우 병의 예후가 나쁠 것임을 예측하는데 유용한 것으로 판단된다.서는 C/C 116($40\%$), C/T 103$40\%$), T/T 68($24\%$)이었다(P=0.045). 암의 위치에 따른 MTHFR유전자형의 분포는 위 하부에서 C/C 16($28\%$), C/T & T/T 42($77\%$)이었고, 위 중부 및 상부에서 C/C 2($5\%$), C/T & T/T 36($75\%$) 이었다(P=0.006). 환자군 내에서 흡연력 유무에 따른 MTHFR유전 자형의 분포는 흡연력이 있을 때 C/C 13($23\%$), C/T & T/T 43($77\%$)이었고, 흡연력이 없을 때 C/C 5($12\%$), C/T & T/T 35 ($88\%$)였다(P=0.189). 환자군 내에서 음주력 유무에 따른 MTHFR유전자형의 분포는 음주력이 있을 때 C/C 12($26\%$), C/T & T/T 33($74\%$)이었고, 음주력이 없을 때 C/C 6($12\%$), CT & T/T 45($88\%$)였다.(P=0.063). 결론: 본 연구에서는 MTHFR C/T & T/T 유전자 다형성이 위암의 발생과 그 위치에 대해 관련이 있는 것으로 여겨지고, 흡연력, 음주력과는 관련이 없는 것으로 여겨진다. Purpose: Early gastric cancer (EGC) has an excellent prognosis compared to advanced gastric cancer. The 5-year survival rate for EGC now exceeds $90\%$, and EGC is recognized as a curable malignancy. The important prognostic factor in EGC is the status of lymph-node metastasis. Despite conserving surgery being suggested for EGC at present, it is of vital importance to select a surgical method appropriate to each individual case. This retrospective study was undertaken to clarify clinicopathologic features and factors related to lymph-node metastasis in submucosal gastric cancer in order to determine an appropriate therapy. Materials and Methods: This study analyzed the clinicopathologic features for 279 patients with a submucosal gastric carcinoma (Group I) and compared with those of patients with mucosal (Group II) or muscularis proprial gastric carcinoma (Group III). All patients were operated on from 1981 to 1999 at Chonnam University Hospital. There were no statistically significant differences among the groups with respect to age, gender, tumor location, hepatic metastasis, or peritoneal dissemination. Results: Positive lymph node metastasis was found in 47 ($16.8\%$) of the 279 patients with a submucosal gastric carcinoma. The incidence of lymph-node metastasis was significantly higher in patients with a submucosal gastric carcinoma than in patients with a mucosal gastric carcinoma ($16.8\%\;vs.\;3.9\%\;$; P<0.01). Therefore, depth of invasion was a significant factor affecting in lymph-node metastasis. The 5-year survival rates were $88.6\%$ for patients in Group I, $95.2\%$ for patients in Group II, and $72.7\%$ for patients in Group III (P<0.01 for Group I vs. Group II; Group I vs. Group III). In patients with a submucosal gastric carcinoma, the survival rate with positive lymph nodes was significantly poorer than that of patients without lymph-node metastasis ($87.3\%\;vs.\;94.2\%$; P<0.01). Conclusion: Gastrectomy with D2 lymph node dissection is an appropriate operative procedure for patients with a submucosal gastric carcinoma.