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한우 생산이력제에 활용 가능한 Microsatellite의 분석과 선발
임현태,민희식,문원곤,이재봉,김재환,조인철,이학교,이용욱,이정규,전진태,Lim, H.T.,Min, H.S.,Moon, W.G.,Lee, J.B.,Kim, J.H.,Cho, I.C.,Lee, H.K.,Lee, Y.W.,Lee, J.G.,Jeon, J.T. 한국축산학회 2005 한국축산학회지 Vol.47 No.4
한우의 생산이력제에 활용 가능한 20종의 microsatellite marker를 선정하고 다형성지수, F-통계량, 동일개체 출현확률, 친자감별 확률 및 유전적 거리지수 등을 MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API-CALC 및 PHYLIP 프로그램 등을 연계적으로 활용하여 추정하였다. Heter- ozygosity 추정치에 근거하여 선발한 11개의 microsatellite(TGLA53, TGLA227, ETH185, TGLA122, BM4305, INRA23, ILSTS013, BMS1747, BM2113, BM2113, BL1009와 ETH3)는 Applied Biosystems사의 StockMakersTM와 비교하여 100배 정도의 동일개체 출현확률이 낮아 한우의 생산이력제 적용에 보다 효율적인 것으로 나타났다. 또한 DA 유전적 거리지수와 pairwise-FST 추정치를 활용하여 근접지역의 농장간 근연관계의 정도를 파악할 수 있는 자료로 활용할 수 있을 것으로 사료된다. To test applicability to the Hanwoo traceability system, twenty microsatellite markers were selected and analyzed. MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API_CALC and PHYLIP software was employed serially to estimate heterozygosity, polymorphic information content, F-statistics, identity probability, exclusion probability and genetic distance. Eleven microsatellite markers(TGLA53, TGLA227, ETH185, TGLA122, BM4305, INRA23, ILSTS013, BMS1747, BM2113, BL1009, and ETH3) were selected based on their high heterozygosity values. Identity probability using these markers is one hundred times higher than when using StockMakersTM of Applied Biosystems. This indicates the selected microsatellite markers are appropriate and effective for use in the Hanwoo traceability system. Additionally, estimates of DA genetic distance and pairwise-FST can be utilized to identify genetic relationships between adjacent farms.
Quantitative Oligonucleotide Ligation Assay (qOLA)를 이용한 Landrace 품종의 KIT 유전자 반복수 변이 탐지
서보영 ( B. Y. Seo ),김재환 ( J. H. Kim ),남덕우 ( D. W. Nahm ),유채경 ( C. K. Yoo ),이상호 ( S. H. Lee ),이재봉 ( J. B. Lee ),임현태 ( H. T. Lim ),정은지 ( E. J. Jung ),조인철 ( I. C. Cho ),허강녕 ( K. N. Heo ),전진태 ( J. T. Jeon ) 한국동물자원과학회 2007 한국축산학회지 Vol.49 No.5
돼지 Melanocortin Receptor 1(MC1R) 대립유전자 3의 신규 유전변이 탐색
조인철,정용환,정진관,성필남,오운용,고문석,김병우,이정규,전진태 한국동물자원과학회 2004 한국축산학회지 Vol.46 No.1
This study was conducted to investigate novel genetic variations of MCIR/R*3 allele. In general, white spotting or white belt on a black backgroud in pigs is determined by the E^(p) allele at the MICR/Extention locus. E^(p) shares a frameshift mutation with the E^(p) allele for dominant black color. An oligonucleotide primer set was designed to amplify complete coding sequence of the porcine MICR gene. The MICR coding sequences obtained from five breeds those were Landrace(white), Yorkshire(white), Hampshire(belt), Berkshire(spot) and Jeju native black pigs(black), were used for this study. A multiple sequence alignment of the MICR coding region using Clustal W was performed. The total length of the MCIR coding sequence ranged from 963 to 966 base pairs(bp) among the selected breeds. The sequence analysis of the complete coding region of MICR was revealed that Hampshire and Jeju native black pig have 3 cytosines deletion and Birkshire has 2 cytosines deletion at codon 23(nt68) in Extention loci. Besides the finding, there were three different missense mutations and a frameshift mutation in the MCIR coding region.
Single Stranded Conformation Polymorphism 분석에 의한 돼지 Duroc 품종의 미토콘드리아 DNA 유전적 변이
조인철,정용환,정진관,성필남,김병우,이정규,전진태 한국동물자원과학회 2003 한국축산학회지 Vol.45 No.6
The mitochondrial DNA(mtDNA) D-loop region was amplified from Duroc(Su scrofa) by polymerase chain reaction(PCR). The oligonucleotide primer used to amplify the Sus scrofa mtDNA D-loop region was designed using tRNA-Pro and tRNA-Phe sequence in mtDNA regions highly conserved in many other amimal species. There were 1,145 base paris(bp) in the D-loop region. the middle of the region contained 10 tandem repeat of an 10-bp Sus scrofa-specifie sequence, TACACGTGCG. We designed primers for PCR-mediated single stranded conformation polymorphism(SSCP) analysis that amplified of denatured amplification products was carried out by polyacrylamide(8%) gel electrophoresis followed by ethidium bromide staining. The SSCP analysis identified two band patterns(A and B) and comparision of these two nucleotide sequences identified 21 base substitutions. These results show that SSCP analysis of the D-loop region is useful for detecting the genetic polvmorphism.
랜드레이스, 대요크셔, 듀록 및 제주 흑돈의 Melanocortin 1 Receptor(MC1R) 유전자의 유전자형 분석
조인철,이정규,정진관,양보석,강승률,김병우 한국동물자원과학회 2002 한국축산학회지 Vol.44 No.2
본 연구에서는 제주 재래흑돈의 모색에 관여하는 MCIR 유전자를 이용하여, 모색유전자 빈도를 조사함으로써, 제주 재래흑돈군 확보를 위한 선발계획 수립에 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 공시동물은 랜드레이스, 대요크셔, 듀록 각 품종별 20두와 제주흑돈 93두 등 총 153두를 공시하여 수행하였다. 품종별 MCIR 유전자형을 설정하기 위하여 genbank에 등록되어 있는 돼지 MCIR 유전자 (AF181964)를 참고로 하여 두 쌍의 primer(MERL1-EPIG2, EPIG1-EPIG3)를 제작 PCR 증폭을 수행하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 428bp의 PCR 산물을 얻었으며, primer EPIG1-EPIG3를 이용하여 405bp의 PCR 산물을 얻었다. 이들 증폭된 PCR 산물은 서로 다른 2개의 제한효소를 이용하여 PCR-RFLP를 실시하였다. 먼저 primer MERL1-EPIG2를 이용하여 증폭한 428bp의 PCR산물은 제한효소 BspHⅠ(TCATGA)을 이용하여 절단하였으며, primer EPIG1-EPIG3으로 증폭한 405bp의 PCR산물은 제한효소 AccⅡ(CGCG)를 이용하여 절단하였다. 이들 절단된 DNA 단편은 TBE buffer에서 전기영동 후 EtBr로 염색하거나 Silver stain 염색을 하여 다형현상을 관찰하였으며, 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 제한효소 BspHⅠ을 이용하여 PCR-RFLP을 수행한 결과 백색의 랜드레이스와 대요크셔는 전 개체 모두가 2개의 밴드(256bp, 172bp)가 확인되었으며, 듀록은 절단되지 않은 하나의 밴드(428bp)가 확인 되었다. 그러나 제주 흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 발견되었는데, 전체 93두중 밴드가 하나인 개체는 (428bp)는 29두(31.2%), 밴드가 두 개인 개체는 (256bp, 172bp)는 19두(20.4%), 밴드가 3개인 (428bp, 256bp, 172bp) 개체는 전체의 절반 정도인 45두(48.4%)이었다. 2. AccⅡ를 이용하여 PCR-RFLP를 실시한 결과 랜드레이스와 대요크셔 종에서는 2개의 밴드(222bp, 183)가 확인 되었으며, 듀록은 한 개의 밴드(405bp)만이 관찰되었다. 그러나 제주흑돈에서는 3개의 서로 다른 형태의 밴드가 확인되었으며, 분포빈도는 BspHⅠ을 이용한 PCR-RFLP 결과와 동일하였다. 3. 이상의 결과를 MCIR 유전자형으로 분류하면 백색품종인 랜드레이스와 대요크셔 품종은 MCIR*3 allele이었으며, 적색의 듀록은 MCIR*4 allele로서 도입종의 모색유전자는 한가지 형태로 고정되어 있었다. 그러나 제주 재래흑돈에 있어서 MCIR*2 allele과 MCIR*3 allele 모두 다 나타났으며, 대부분은 이들의 헤테로 형태였다. 따라서 제주 재래흑돈의 모색 고정을 위하여 종모돈 선정시 MCIR 유전자를 이용하면, 짧은 기간 내에 모색이 고정될 것으로 추정되며, 명확한 유전양상 구명을 위해서는 agouti 유전자의 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다. This study was conducted to investigate the genotypes and frequencies of Melanocortin 1 Receptor (MCIR) genes in pigs which plays a central role in regulation of eumelanin (black/brown) and phaeomelanin (red/yellow) pigment synthesis within the mammalian melanocytes. Four different breeds of pigs (20 Landrace, 20 Yorkshire, 20 Duroc, and 93 Jeju native black pigs) were used and PCR-RFLP analysis of MCIR gene was also carried out. Two regions of MCIR genes (428bp and 405bp) were amplified using two specific pirmers (MERL1-EPIG2, EPIG1-EPIG3), respectively and MCIR allele were determined using 2 restriction enzymes (BspHⅠ, AccⅡ). The results of this experiment indicated that MCIR allelic type in Landrace. Large Yorkshire and Duroc were MCIR*2(E^P), MCIR*2(E^P), MCIR*4(e), respectively. However, various allelic types of MCIR genes were detected in Jeju native black pigs. MCIR allelic type of Jeju black pigs was MCIR*2 type as in Meishan and Large black breeds or MCIR*3 type as in Hampshire and Berkshire breeds and the gene frequencies of E^P1 and E^P2 were 0.554 and 0.446 in average.