Draft genome sequence of Pelagicola sp. DSW4-44 isolated from seawater

오지성,노동현,Oh, Ji-Sung,Roh, Dong-Hyun The Microbiological Society of Korea 2019 미생물학회지 Vol.55 No.3

이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261)의 초안 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.85 Mbp의 길이 및 54.3%의 G + C 함량으로 구성되었고, 전체 4,566개의 단백질 암호 유전자, 3개의 rRNA 유전자, 48개의 tRNA 유전자, 3개의 non-coding RNA 유전자 및 67개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다. 초안 유전체에서 균주 DSW4-44는 Pelagicola 속의 다른 균주에서 발견되지 않는 이화적 질산염의 암모늄 환원과 탈질화의 질소대사 유전자를 가지고 있었다. The draft genome sequencing for Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261), isolated from deep seawater of East Sea in Korea, was performed using Illumina HiSeq platform. As a result, the draft genome was comprised of a total length of approximately 4.85 Mbp with G + C content of 54.3%, and included a total of 4,566 protein-coding genes, 3 rRNA genes, 48 tRNA genes, 3 non-coding RNA genes, and 67 pseudo genes. In the draft genome, the strain DSW4-44 contained genes involved in the nitrogen metabolism of dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) and denitrification, which were not found other strains in the genus Pelagicola.

Draft genome sequence of Zhongshania marina DSW25-10^T isolated from seawater

오지성,노동현,Oh, Ji-Sung,Roh, Dong-Hyun The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.4

이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Zhongshania marina $DSW25-10^T$의 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.08 Mbp의 길이 및 49.0%의 G + C 함량으로 구성되었고, 전체 3,702개의 단백질 암호 유전자, 3개의 rRNA 유전자, 39개의 tRNA 유전자, 4개의 non-coding RNA 유전자 및 36개의 위 유전자(pseudogenes)가 확인되었다. 또한, 지방족 및 방향족 화합물의 대사 경로가 확인되었다. 이러한 대사 경로들로 비추어 Zhongshania marina $DSW25-10^T$는 유용한 생물 정화 자원으로 사용될 수 있을 것으로 기대된다. The draft genome sequencing for Zhongshania marina $DSW25-10^T$, isolated from deep seawater of East Sea in Korea, was performed using Illumina HiSeq platform. As a result, the draft genome was comprised of a total length of approximately 4.08 Mbp with G + C content of 49.0%, and included a total of 3,702 protein-coding genes, 3 rRNA genes, 39 tRNA genes, 4 non-coding RNA genes, and 36 pseudogenes. In addition, the metabolic pathways of aliphatic and aromatic compounds were identified. In light of these metabolic pathways, Zhongshania marina $DSW25-10^T$ is expected to be a useful bioremediation resource.

소형 하이브리드 로켓의 시험 발사 및 고도 측정

오지성,신준수,문근환,이정표,문희장,성홍계,김진곤,Oh, Ji-Sung,Shin, Jun-Su,Moon, Keun-Hwan,Lee, Jung-Pyo,Moon, Hee-Jang,Sung, Hong-Gye,Kim, Jin-Kon 항공우주시스템공학회 2010 항공우주시스템공학회지 Vol.4 No.3

In this study, small hybrid rocket was launched and flight altitude was measured. Flight path of rocket was analyzed with exterior ballistics analysis result. The data acquisition equipment was loaded in rocket and two launch test were performed. HDPE was used as fuel and N20 as oxidizer for this study.

Complete genome sequence of Pseudoalteromonas donghaensis HJ51^T isolated from seawater

오지성,노동현,Oh, Ji-Sung,Roh, Dong-Hyun The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.3

이 연구에서는 PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 동해에서 분리된 해양 미생물 Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.8%인 염색체와 함께 크기 842,855 bp, G + C 함량 41.3% 및 크기 244,204 bp, G + C 함량 40.4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자 분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다. The whole genome sequencing using PacBio RS II platform was performed for a marine bacterium Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$ isolated from East Sea of Korea. As a result, three assembled contigs consisting of a chromosome (size of 3,646,857 bp, and G + C content of 41.8%) and two plasmids (size of 842,855 bp and 244,204 bp, and G + C content of 41.3% and 40.4%, respectively) were obtained. The genome included 4,083 protein coding genes and 127 RNA genes. This result could be used for gene sources of biopolymers degradation and the development as a new host with secretion system similar to Escherichia coli.

Pseudoalteromonas donghaensis HJ51의 체외 단백질 분해효소 특성과 생산 조건

오지성,최윤수,노동현,Oh, Ji-Sung,Choi, Yoon-Soo,Roh, Dong-Hyun 한국미생물학회 2015 미생물학회지 Vol.51 No.1

동해에서 분리된 Pseudoalteromonas donghaensis HJ51는 체외분비 단백질 분해효소를 생산하는 신종 미생물로 보고되었다. 체외 단백질 분해효소의 특성과 최적 생산 조건을 결정하기 위해 crude supernatant을 사용하여 단백질 분해효소의 최적 활성 온도와 pH를 조사한 결과 $40^{\circ}C$와 pH 7.5-10.5이었으며, pH 11에서도 88%의 높은 상대적인 효소 활성을 나타내었다. 효소의 금속 요구성을 조사한 결과, $Fe^{3+}$를 10 mM로 첨가하였을 때 최대 효소활성 증가를 보였다. 최대의 효소생산 조건을 탐색한 결과, 기본배지인 PY-ASW (peptone 0.5%, yeast extract 1.0%, artificial seawater)에 탄소원을 첨가하지 않는 것이 가장 높았으며, 질소원으로는 peptone 보다 beef extract, tryptone, casmino acids을 각각 첨가했을 때 활성이 21, 7, 4% 증가하였다. 이러한 결과를 종합해 볼 때 P. donghaensis HJ51이 생산하는 효소는 알칼리성 pH 환경 및 저온환경에서 활성이 필요한 분야에 응용이 가능할 것으로 사료된다. Pseudoalteromonas donghaensis HJ51, isolated from the East Sea, has been reported as a novel strain to produce extracellular protease. Crude supernatant was used to determine optimal activity and optimal production conditions for the enzyme. It was found that the optimal temperature and pH of the protease were $40^{\circ}C$ and pH 7.5-10.5, respectively. The enzyme activity was kept to 88% at the pH 11. In metal requirement analysis, the enzyme exhibited the highest activity when 10 mM $Fe^{3+}$ was supplied. While supplementation of additional carbon sources used in study showed no positive effect on cell growth and enzyme activity, the addition of beef extract, tryptone, or casamino acids instead of peptone of PY-ASW containing 1% glucose increased enzyme production to 21, 7, 4%, respectively. Taken together these properties, the enzyme produced from P. donghaensis HJ51 can be applied to the industries that require protease activity under alkaline pH and low temperature.

OFDM 수신기를 위한 주파수 동기화 기법

오지성(Ji Sung Oh),정영모(Young Mo Chung),이상욱(Sang Uk Lee) 한국방송·미디어공학회 1995 한국방송공학회 학술발표대회 논문집 Vol.1995 No.-

KSLV-II 가속모터 추진제 성능 확인

오지성(Ji Sung Oh),송동윤(Dong Yoon Song),박의용(Eui Yong Park),조인현(In Hyun Cho) 한국추진공학회 2018 한국추진공학회 학술대회논문집 Vol.2018 No.5

Paenibacillus kimchicus sp. nov., an antimicrobial bacterium isolated from Kimchi

박아름,오지성,노동현,Park, A-rum,Oh, Ji-Sung,Roh, Dong-Hyun The Microbiological Society of Korea 2016 미생물학회지 Vol.52 No.3

병원성 미생물들에 대해 항균활성을 보이는 $W5-1^T$ 균주가 한국의 발효식품인 김치에서 분리되었다. 이 분리주는 그람염색변이성, 절대호기성, 간균, 내생포자형성과 주모성의 편모를 가지고 운동성을 나타내었다. 균주는 $15-40^{\circ}C$, pH 6.0-10.0, 0-4% NaCl 조건에서 생육하였다. 균주는 esculin과 xylan을 가수분해하였고, $\small{D}$-mannose을 동화하였으나 $\small{D}$-mannitol은 동화하지 못하였다. $W5-1^T$ 균주는 Listeria monocytogens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Salmonella typhi에 항균활성을 보였다. $W5-1^T$ 균주의 DNA의 G+C 함량은 52.6 mol%였다. 주요 호흡성 퀴논은 menaquinone-7 (MK-7)였고, 주요 세포성 지방산은 $C_{16:0}$, antieiso-$C_{15:0}$, $C_{18:0}$, and $C_{12:0}$였다. 균주는 세포벽 펩티도클리칸으로 meso-diaminopimelic acid을 함유하였다. 16S rRNA 유전자서열 분석에 근거하여 $W5-1^T$ 균주는 Paenibacillaceae 과로 분류되었으며 Paenibacillus pinihumi $S23^T$(98.4% similarity), P. tarimensis $SA-7-6^T$(96.4%) 균주와 높은 연관성을 보였다. 분리주와 P. pinihumi $S23^T$는 8.5%의 DNA-DNA 관련성을 보임으로 $W5-1^T$ 균주가 Paenibacillus 속의 한 종임을 보여주었다. 이러한 다각적 연구의 증거로 볼 때 $W5-1^T$ 균주는 Paenibacillus 속의 신종으로 사료되어 Paenibacillus kimchicus로 명명을 제안하며, 표준균주는 $W5-1^T$(=KACC $15046^T$=LMG $25970^T$)이다. An antimicrobial bacterium to pathogenic microorganisms, strain $W5-1^T$ was isolated from Korean fermented-food Kimchi. The isolate was Gram-staining-variable, strictly aerobic, rod-shaped, endospore-forming, and motile with peritrichous flagella. It grew at $15-40^{\circ}C$, at pH 6.0-10.0, and in the presence of 0-4% NaCl. Strain $W5-1^T$ could hydrolyze esculin and xylan, and assimilate $\small{D}$-mannose, but not $\small{D}$-mannitol. Strain $W5-1^T$ showed antimicrobial activity against Listeria monocytogens, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, and Salmonella typhi. The G+C content of the DNA of strains $W5-1^T$ was 52.6 mol%. The predominant respiratory quinone was menaquinone-7 (MK-7) and the major cellular fatty acids were $C_{16:0}$, antieiso-$C_{15:0}$, $C_{18:0}$, and $C_{12:0}$. The strain contained meso-diaminopimelic acid in cell-wall peptidoglycan. On the basis of 16S rRNA gene sequence and phylogenetic analysis, the strain W5-1 was shown to belong to the family Paenibacillaceae and was most closely related to Paenibacillus pinihumi $S23^T$ (98.4% similarity) and Paenibacillus tarimensis $SA-7-6^T$ (96.4%). The DNA-DNA relatedness between the isolate and Paenibacillus pinihumi $S23^T$ was 8.5%, indicating that strain $W5-1^T$ represented a species in the genus Paenibacillus. On the basis of the evidence from this polyphasic study, it is proposed that strain $W5-1^T$ is considered to represent a novel species of the genus Paenibacillus, for which the name Paenibacillus kimchicus sp. nov. is proposed. The type strain is $W5-1^T$ (=KACC $15046^T$ = $LMG 25970^T$).

다이아프램 두께 변화에 따른 하이브리드 로켓의 후퇴율 향상에 관한 연구

류성훈,오지성,문근환,김학철,문희장,김진곤,Ryu, Sung-Hoon,Oh, Ji-Sung,Moon, Keun-Hwan,Kim, Hak-Chul,Moon, Hee-Jang,Kim, Jin-Kon 한국항공운항학회 2015 한국항공운항학회지 Vol.23 No.4

In this work, a study was conducted to investigate the effect of diaphragm thickness on the regression rate of the hybrid rocket motor. To observe the flow pattern and the recirculation zone, visualizations of combustion chambers with different diaphragm thickness (5mm, 10mm) were performed. It was found that the case with 5 mm thickness had a larger recirculation zone and therefore, had a higher regression rate than the case with 10mm thickness due to the increased residence time and heat transfer toward the fuel surface. Finally, it was concluded that the thickness of diaphragm can be a critical parameter for the enhancement of the regression rate.

Chryseobacterium sp. JK1이 분비하는 세포외 단백질분해효소 특성

이유경,오지성,노동현,Lee, Yu-Kyong,Oh, Ji-Sung,Roh, Dong-Hyun 한국미생물학회 2013 미생물학회지 Vol.49 No.1

이전의 연구에서 토양으로부터 많은 양의 세포외 단백질분해 효소를 생산하는 신종 중온세균 Chryseobacterium sp. JK1를 분리하였다. 이 균주가 생산하는 단백질 분해효소의 특성조사 결과 최적반응온도와 pH는 각각 $40^{\circ}C$와 7.0이였으며, 좁은 최적온도 구간과 비교적 넓은 pH 구간인 pH 6.0-9.0에서 높은 활성을 보여주었다. 그리고 단백질 분해효소는 EDTA 또는 EGTA, PMSF와 금속이온 $Ag^+$ 또는 $Cu^{2+}$의 첨가에 의해 강하게 저해 되었으며, $Al^{3+}$의 첨가에 의해 약하게 저해되었다. Pepstatin과 금 속이온 $K^+$, $Ca^{2+}$, $Na^+$, $Fe^{2+}$ 또는 $Mg^{2+}$의 첨가는 저해에 큰 영향을 주지 않았다. 이와 반대로 단백질분해효소는 이가 금속이온인 $Mn^{2+}$ (5 mM)의 첨가에 의해 효소활성이 향상되었다. 농축된 배양 상등액의 활성염색 분석으로 67과 145 kDa 크기의 주요 밴드 두 개가 관찰되었다. 이러한 결과들로 Chryseobacterium sp. JK1 균주가 식품산업에 응용 가능한 세포외 중성의 serine 단백질 분해효소를 생산한다는 것을 알 수 있었다. A novel Chryseobacterium sp. JK1 strain isolated from soil had been reported that this isolate produced large amount of extracellular protease at mesophilic temperature in previous study. The optimal temperature and pH of extracellular protease were $40^{\circ}C$ and 7.0, respectively, showing narrow range of optimal temperature and relatively broad activity from pH 6.0 to 9.0. In addition, the protease showed greatest activity against skim milk and lowest against bovine serum albumin (BSA). The protease strongly inhibited by ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA) or phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF), and addition of cation $Ag^+$ or $Cu^{2+}$, and slightly inhibited by $Al^{3+}$. No significant inhibition was found with pepstatin, and addition of cation, $K^+$, $Ca^{2+}$, $Na^+$, $Fe^{2+}$ or $Mg^{2+}$. On the contrary, protease was enhanced by addition of divalent cation $Mn^{2+}$ (5 mM). Zymography analysis of concentrated culture supernatant revealed two major bands at 67 and 145 kDa. These results suggest that Chryseobacterium sp. JK1 strain produced extracellular neutral serine proteases which could apply in food industry.