유전체 상호간의 BLAST 최대 히트(best-hit)를 사용하여 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 Orthologous 단백질그룹을 자동적으로 클러스터링하는 기법

김선신,이충세,류근호,Kim Sun-Shin,Rhee Chung-Sei,Ryu Keun-Ho 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지D Vol.13 No.2

서열화가 완성된 유전체의 수가 최근에 빠르게 상승하고 있지만, 상동성에 의한 단백질 기능을 예측하는 방법은 충분히 연구되고 있지 않다. 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 유전체 상호간의 BLAST 최대 히트(best-hit)를 사용하여 OPCs(Orthologous Protein Clusters)를 만드는 일은 성공적으로 연구되어 왔다. 그러나 OPCs를 수작업으로 구축하는 것은 시간과 노력이 많이 드는 일이다. 이 논문에서 우리는 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 OPs(Orthologous Proteins)를 클러스터링하는 자동화 방법을 제시하고, 해당 클러스터링의 타당성을 수학적으로 증명 한다. Though the number of completely sequenced genomes quickly grows in recent years, the methods to predict protein functions by homology from the genomes have not been used sufficiently. It has been a successful technique to construct an OPCs(Orthologous Protein Clusters) with the best reciprocal BLAST hits from multiple complete-genomes. But it takes time-consuming-processes to make the OPCs with manual work. We, here, propose an automatic method that clusters OPs(Orthologous Proteins) from multiple complete-genomes, which is, to be extended, based on INPARANOID which is an automatic program to detect OPs between two complete-genomes. We also Prove all possible clustering mathematically.

비만과 흡연이 한국인 성인에서 기관지과민성의 발생에 미치는 영향

김선신 ( Sun Sin Kim ),최승호 ( Seung Ho Choi ),박민정 ( Min Jeoung Park ),김영선 ( Young Sun Kim ),임정윤 ( Jeong Yoon Yim ),임선희 ( Seon Hee Lim ),장윤석 ( Yoon Seok Chang ),김윤근 ( Yoon Keun Kim ),신찬수 ( Chan Soo Shin ) 대한천식알레르기학회 2005 천식 및 알레르기 Vol.25 No.3

다종의 유전체로부터 탐지된 Ortholog 군집에 대한 분석

김선신(Sun Shin Kim),오정수(Jeongsu Oh),이범주(Bum Ju Lee),김태경(Tae Kyung Kim),정광수(Kwang Su Jung),이충세(Chung Sei Rhee),김영창(Young Chang Kim),조완섭(Wan Sup Cho),류근호(Keun Ho Ryu) 한국정보과학회 2008 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.35 No.2

새로운 유전체 주석달기와 유전체 진화에 대한 연구를 위해서 올소로그(Ortholog)를 탐지하는 일은 매우 유용하다. 이전에 제안한 연구에서, 우리는 여러 종의 유전체로부터 올소로그 클러스터를 자동적으로 구축하는 방법을 제안하였다. 이 방법은 단지 두 종의 결과를 생성하는 InParanoid를 여러 종으로 확장하고 이와 동일한 질을 가진 결과를 산출한다. 한편, 새롭게 서열이 밝혀진 유전자의 기능을 보다 정확히 예측하기 위해, 패럴로그(Paralog)가 가급적 적게 포함되는 올소로그 클러스터를 구축하는 것이 중요한 문제가 될 수 있다. 이 논문에서, 우리는 임계값을 사용하여 보다 순수한 올소로그 클러스터를 구축하는 방법에 대하여 조사하였다. 우리는 20개의 원핵생물의 데이타셋으로부터 올소로그 클러스터를 구축하였다. 우리의 올소로그 클러스터를 COG(Clusters of Orthologous Group) 및 KO(Kegg Orthology)와 비교하였을 때, 약 90%의 유사도를 가지며 임계값의 증가와 더불어 증가하는 경향이 있다. It is very useful to predict orthologs for new genome annotation and research on genome evolution. We showed that the previous work can be extended to construct OCs(Ortholog Clusters) automatically from multiple complete-genomes. The proposed method also has the quality of production of InParanoid, which produces orthologs from just two genomes. On the other hand, in order to predict more exactly the function of a newly sequenced gene it can be an important issue to prevent unwanted inclusion of paralogs into the OCs. We have, here, investigated how well it is possible to construct a functionally purer OCs with score cut-offs. Our OCs were generated from the datasets of 20 procaryotes. The similarity with both COG(Clusters of Orthologous Group) and KO(Kegg Orthology) against our OCs has about 90% and inclines to increase with the growth of score cut-offs.

일반인에서 컴퓨터 단층촬영에 사용되는 조영제 과민반응의 발생빈도와 임상양상

김선신 ( Sun Sin Kim ),박창한 ( Chang Han Park ),박민정 ( Min Jung Park ),최승호 ( Seung Ho Choi ),김영선 ( Young Sun Kim ),박흥우 ( Heung Woo Park ),장윤석 ( Yoon Seok Chang ),신찬수 ( Chan Soo Shin ),오병희 ( Byung Hee Oh ),민 대한천식알레르기학회 2007 천식 및 알레르기 Vol.27 No.3

Background: Adverse reactions to radio-contrast media (CM) represent a serious problem. There have been few reports about incidence of adverse reactions to CM in general population. Objective: The purpose of this study was to evaluate the incidence and clinical features of adverse reactions to low osmolar, nonionic contrast media in the general population. Method: A total of 12,177 examinee underwent contrast-enhanced CT using low osmolar, nonionic CM. Immediate adverse reaction is defined as symptoms occur within 1 hour after contrast administration and late adverse reaction is defined as symptoms occur more than 1 hour but less than 7 days following contrast administration. A questionnaire was used to collect general and medical information. Result: Adverse events were noted in 306 cases of total 13,552 cases. The incidence of adverse reactions was 2.3% and severe reactions was 0.04%. The incidence of immediate reaction was 2.0% and late reactions was 0.3%. Symptoms of immediate and late reactions were nausea/vomiting (22.2%), erythema/pruritus/urticaria (74.2%), angioedema (2.0%) and hypotension (1.6%). Conclusion: The incidence of adverse reaction to low osmolar, nonionic CM was 2.3% in the general population. The skin was the most commonly affected site of adverse reactions. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2007; 27:157-161)

하이퍼큐브의 Over-d 결함에 대한 적응적 진단 알고리즘

김선신(Kim Sun-Shin),강성수(Kang Sung-Su),이충세(Rhee Chung-Sei) 한국콘텐츠학회 2003 한국콘텐츠학회 종합학술대회 논문집 Vol.1 No.2

Somani와 Peleg은 k개의 부정확한 진단을 용인함으로써 결함의 개수가 t(차원)개를 초과할 경우에도 시스템을 진단하는 t/k-dignosable 시스템을 제안하였다. 한편 Kranakis와 Pelc는 결함의 개수가 t개를 초과하지 않는 경우에 하이퍼큐브를 보다 효율적으로 진단하는 알고리즘을 제안하였다. 이 논문에서는 Somani 등이 제안한 것처럼 k=1, 2, 3개의 부정확한 진단을 용인하는 경우에 Kranakis 등이 제안한 효율적인 방법을 기반으로 하이퍼큐브를 진단하는 알고리즘을 제안한다. 그리고 제안한 알고리즘이 약 두 배 이상 더 많은 결함을 진단하면서도 기존의 알고리즘보다 효율이 거의 떨어지지 않는다는 사실을 분석을 통하여 확인할 수 있었다. Somani and Peleg proposed t/k-diagnosable system to diagonse more faults than t(dimension) by allowing upper bounded few number of units to be diagnosed incorrectly. Kranakis and Pelc showed that their adaptive diagnosis algorithm was more efficient than that of any previous ones, assuming that the number of faults does not exceed the hypercube dimension. We propose an adaptive diagnosis algorithm using the idea of t/k-diagnosable system on the basis of that of Kranakis and Pelc's. When the number of faults exceeds t, we allow a fault(k=l, 2, 3) to be diagnosed incorrectly. Based on this idea, we find that the performance of the proposed algorithm is nearly as efficient as any previously known strategies and detect above about double faults.

Leukotriene C4 Synthase 유전자 Promoter 부위 유전적 다형과 아스피린 과민성 천식의 연관성

김상헌 ( Sang Heon Kim ),박흥우 ( Heung Woo Park ),손성욱 ( Seong Wook Sohn ),이상민 ( Sang Min Lee ),오선영 ( Sun Young Oh ),김선신 ( Sun Sin Kim ),박준우 ( Joon Woo Bahn ),장윤석 ( Yoon Seok Chang ),신은순 ( Eun Soon Shin ),이 대한천식알레르기학회 2006 천식 및 알레르기 Vol.26 No.2

Background: The 5-lipoxygenase, 5-lipoxygenase associated protein and leukotriene C4 (LTC4) synthase are enzymes involved in the synthesis of cysteinyl leukotrienes which are known to be important lipid mediators for the development of aspirin-intolerant asthma (AIA). Several studies have evaluated genetic association between polymorphisms of these enzymes and AIA, reporting inconsistent results. Objective: To evaluate the genetic effect of polymorphisms of promoter areas of ALOX5, ALOX5AP and LTC4S genes in the development of AIA. Method: Polymorphisms in promoter areas of ALOX5 (-1761G>A, -1708G>A), ALOX5AP (21A/18A repeat) and LTC4S (-444A>C) were genotyped in patients with AIA (n=44), aspirin-tolerant asthma (ATA, n=104), and healthy-normal controls (NC, n=107). Result: The frequency of LTC4S -444 AC or CC alleles was significantly lower in AIA patients than in ATA patients (19.0% vs. 36.5%, P=0.005, OR=0.23, 95%CI 0.08∼0.64). However, the frequency of these genotypes was not different between AIA and NC (19.0% vs. 24.8%, P=0.458). As to LOX5 -1761G>A, -1708G>A, and ALOX5AP 21A/18A repeat, the frequency of these genotypes was not different between AIA and ATA patients and between AIA and NC. Conclusion: A significant association was found between LTC4S -444A>C and the frequency of AIA. This finding suggests that LTC4 synthase may be involved in the development of AIA in the Korean population. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2006;26:115-121)

모바일 전자상거래를 위한 ID 기반 지불 프로토콜

이현주(Hyun-Ju Lee),김선신(Sun-Shin Kim),이충세(Chung-Sei Rhee) 한국정보과학회 2004 정보과학회논문지 : 정보통신 Vol.31 No.4

M-commerce가 활성화되기 위한 주요 요건 중의 하나는 안전성과 효율성을 갖춘 전자 지불 시스템을 개발하는 것이다. 본 논문에서는 ID 기반 공개키 암호 시스템을 이용하여 다중 거래에 적용할 수 있는 효율적인 소액 지불 프로토콜 (Micro-Payment Protocol)을 제안한다. 기존의 PayWord 시스템은 다수의 판매자와 거래를 하기 위해 매번 판매자의 인증서를 생성하였다. 본 논문에서는 인증서 대신 유한체 F_q에서 타원곡선(Elliptic Curve Cryptosystem)을 이용한 Weil pairing에 의해 생성된 세션키를 거래에 사용하기 때문에 알려진 키 공격(Known key attacks)과 위장 공격(Man-in-the-middle attacks)에 안전하다. Design an efficient and secure electronic payment system is important for M-Commerce. In this paper, we propose an efficient Micro-Payment Protocol that allows multiple transactions using ID-based public key cryptosystem. Current PayWord system requires to generate certificate of the vendor for each transaction. In this paper, we use a session key instead of certificate key generated by Weil Pairing which use an Elliptic Curve Cryptosystem over finite field F_q for transactions. Therefore, it is more secure in Known key attacks as well as Man-in-the-middle attacks.

XML 데이타 관리시스템과 유전체 데이타베이스에의 응용

이경희(Kyung-Hee Lee),김태경(Tae-Kyung Kim),김선신(Sun-Shin Kim),이충세(Chung-Sei Rhee),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 2004 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.31 No.4

최근들어 XML의 급속한 확산으로 인해 DBMS를 이용한 XML 데이타 관리의 필요성이 높아지고 있다. 기존의 DBMS를 이용한 XML 저장 및 검색에 관한 연구들은 편의성 측면이나 성능 측면에서 아직 해결할 문제점을 가지고 있다. 특히, 관계 DBMS를 이용하는 경우 복잡한 XML 문서를 간단한 테이블 형태로 변환하는 데이타 모델 변환과 그에 따른 질의 변환의 복잡성이 문제점으로 지적되고 있다. 본 논문에서는 UniSQL ORDBMS를 이용한 DTD 의존적 데이타 관리 시스템인 Xing을 제안한다. Xing 시스템에서는 ORDBMS의 객체 참조와 다중값 속성을 이용하므로 XML 데이타를 객체 모델로 매핑하는 것이 간단하다. 또한, DTD 의존적인 객체 스키마를 생성하므로 XML 저장 알고리즘이 간단하고, 검색을 위한 질의 변환도 용이하다. 특히, Xing에서는 SAX 파서를 이용하여 메모리 부하가 적은 고유의 Xing 트리를 생성하므로 대량의 XML 데이타를 빠르게 저장할 수 있다. 그리고, 질의결과를 XML 형태로 반환함으로써 완전한 XML 데이타 관리시스템으로 사용할 수 있다. GenBank의 유전체 XML 데이타에 대하여 Xing을 이용한 저장과 관계 테이터베이스로 저장한 경우에 검색성능을 비교한 결과 제안한 시스템이 최고 10배 까지 좋은 성능을 보였다. As the XML data has been widely used in the Internet, it is necessary to store and retrieve the XML data by using DBMSs. However, relational DBMSs suffer from the model difference between graph structure of the XML data and table forms in relational databases. We propose an ORDBMS-based DTD-dependent XML data management system Xing. Xing stores XML data in a DTD-dependent form in an object database. Since the object database schema has a graph structure and supports multi-valued attributes, mapping from an XML data model and queries into an object data model and OQLs is a simple problem. For rapid storing of large quantities of the XML data, we use SAX parser with customized Xing-tree which requires a small memory space compared with the DOM-tree. Xing also returns the query result in an XML document form. We have implemented the Xing system on top of UniSQL object-relational DBMS for the validity checking and performance comparison. For XML genome data from GenBank, and experimental evaluation shows that Xing can provide significant performance improvement (maximum 10 times) compared with the relational approach.

인체 백혈구 공통항원(CD45)에 대한 단클론항체, AP4

송형근,박성회,이건국,국명철,이경미,김선신 충북대학교 의과대학 충북대학교 의학연구소 1999 忠北醫大學術誌 Vol.9 No.2

연구목적: 새로 만들어진 AP4 단클론항체가 인지하는 항원의 생화학적 특성과 생물학적 기능을 밝혀 보고자 하였다. 연구재료 및 방법: 마우스 단클론 아형분석 kit를 이용하여 AP4 단클론항체의 아형을 확인하였다. AP4에 반응성 있는 항원의 조직분포를 조사하기 위하여 정상 및 종양의 동결절편조직과 파라핀 포매 조직에 면역염색을 시행하였고 다양한 조혈계 정상 및 종양세포에 대하여 유세포 검사를 시행하였다. 생화학적 성질을 규명하기 위해 western bolt를 실시하였다. 뿐만 아니라 AP4 단클론항체의 기능을 확인하고자 ³H-thymidine 유입도 검사를 하였다. 결과: AP4 단클론항체의 아형은 IgG2b로 확인되었고 면역블롯팅 분석에서 네 개의 주요 밴드인 180, 190, 205, 220 kDa이 검색되었다. 유세포 분석과 조직면역화학염색 결과 적혈구를 제외한 모든 조혈세포에 높게 발현함을 확인하였다고, 파라핀 포매 악성림프종을 유용하게 진단할 수 있었다. AP4 단클론항체에 의한 림프구의 증식 및 억제효과는 관찰되지 않았다. 결론: 본 연구에서 새로운 단클론항체 AP4가 백혈구 공통항원인 CD45분자에 대한 항체임을 밝혔으며, AP4 단클론항체는 CD45군의 네 아형을 모두 인지하는 항체임을 확인할 수 있었다. Purpose: We evaluated biochemical characteristics and biological function of the antigen recognized by a newly-made murine monoclonal antibody, named AP4. Materials and Methods: The isotype of AP4 monoclonal antibody(mAb) was deternined by enzyme immunoassay using mouse monoclonal subisotyping kit. To investigate the tissue distribution pattern of the AP4 reactive antigen, immunohistochemical stain was done in cryostat and paraffin-embedded sections of normal lymphoid tissues and several malignant lymphoma tissues. Flowcytometric analysis of various leukemic cell lines, cell suspension of lymphoid tissues and peripheral blood were employed. The cell lysates of various lymphoid tissues and leukemic cell were used for western blot. To identify proliferative function of AP4 mAb, 3H-thymidine uptake test was employed. Results: The isotype of the AP4 mAb was determined IgG2b subclass. In immunoblot analysis, AP4 mAb detected four major bands of Mr 180, 190, 205, and 220 kDa. And the results of typical flowcytimetry and immunohistochemistry showed that the AP4 mAb were reactive with most of hematopoietic cells except red blood cell and were useful to diagnose paraffin-embedded malignant lymphomas. In addition, AP4 mAb revealed no effect of cell proliferation and suppression. Conclusion: In this study, we described a new monoclonal antibody, AP4, which was reactive against leukocyte common antigen, CD45 molecules. This antibody appears to detect 4 isoforms on a group of CD45 molecules.