N과 X를 포함하는 DNA 서열을 위한 효율적인 지역정렬 알고리즘

김진욱(Jin Wook Kim) 한국정보과학회 2010 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.16 No.3

지역정렬(local alignment) 알고리즘은 주어진 두 서열에서 서로 유사한 부분 문자열을 찾아내는 알고리즘이다. DNA 서열은 A, C, G, T 외에 N과 X도 가질 수 있는데, N과 X는 DNA로부터 염기배열 정보를 뽑아낼 때 실험적인 이유로 혹은 다른 이유로 일부 배열 정보를 잃어버린 경우에 사용된다. 본 논문에서는 A, C, G, T 이외에 N과 X를 모두 갖는 DNA 서열의 affine gap penalty metric에 대한 지역정렬을 찾는 효율적인 알고리즘을 제시한다. 이는 N만 처리할 수 있는 Kim-Park 알고리즘을 N과 X를 모두 처리할 수 있도록 성공적으로 확장한 결과이며, 더불어 새로운 문자가 추가되더라도 바로 적용이 가능한 일반화된 결과이다. A local alignment algorithm finds a substring pair of given two strings where two substrings of the pair are similar to each other. A DNA sequence can consist of not only A, C, G, and T but also N and X where N and X are used when the original bases lose their information for various reasons. In this paper, we present an efficient local alignment algorithm for two DNA sequences including N and X using the affine gap penalty metric. Our algorithm is an extended version of the Kim-Park algorithm and can be extended in case of including other characters which have similar properties to N and X.

가토의 두개골 결손부에 이식한 human DBM ($Grafton^{(R)}$)의 효과

김진욱,박인숙,이상한,김진수,장현중,권대근,김현수,Kim, Jin-Wook,Park, In-Suk,Lee, Sang-Han,Kim, Chin-Soo,Jang, Hyun-Jung,Kwon, Tae-Geon,Kim, Hyun-Soo 대한악안면성형재건외과학회 2006 Maxillofacial Plastic Reconstructive Surgery Vol.28 No.2

In oral and maxillofacial surgery, bone graft is very important procedure for functional and esthetic reconstruction. So, many researcher studied about bone graft material like autogenous bone, allograft bone and artificial bone materials. The purpose of this study is to evaluate the quantity of bone generation induced by $Grafton^{(R)}$ graft, human allogenic demineralized bone matrix. Total 24 sites of artificial bony defects prepared using trephin bur(diameter 8 mm) on parietal bone of six adult New Zealand White rabbits. Experimental group had six defect sites which grafted $Grafton^{(R)}$(0.1 cc). Active control group had nine defect sites, into which fresh autogenous bone harvested from own parietal bone was grafted and passive control group had nine defect sites without bone graft. After six weeks postoperatively, the rabbits were sacrificed. The defects and surrounding tissue were harvested and decalcified in 10% EDTA, 10% foamic-acid. Specimens were stained with H&E. New bone area percentage in whole defect area was measured by IMT(VT) image analysis program. Quantity of bone by $Grafton^{(R)}$ graft was smaller than that of autograft and larger than that of empty defects. In histologic view $Grafton^{(R)}$ graft site and autograft site showed similar healing progress but it was observed that newly formed bone in active control group was more mature. In empty defect, quantity and thickness of new bone formation was smaller than in $Grafton^{(R)}$-grafted defect. $Grafton^{(R)}$ is supposed to be a useful bone graft material instead of autogenous bone if proper maintenance for graft material stability and enough healing time were obtained.

3급 아민 함유 아크릴수지 도료 개발 및 물성

김진욱,이동찬,최중소,Kim, Jin-Wook,Lee, Dong-Chan,Choi, Joong-So 한국화학공학회 2017 Korean Chemical Engineering Research(HWAHAK KONGHA Vol.55 No.5

본 연구에서는 3종류의 아크릴 단량체 n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), n-butyl methacrylate (BMA)와 3급 아민을 함유하는 2종류의 dimethylaminoethyl methacrylate (DMAEMA)와 diethylaminoethyl methacrylate(DEAEMA)를 이용하여 라디칼중합에 의하여 3급 아민 함유 아크릴수지를 합성하여 이를 새로운 도료를 개발하는데 사용하였다. 또한 개발된 도료를 경화시키기 위한 경화제로는 에폭시기를 포함한 ${\gamma}$-glycidoxypropyl trimethoxysilane(GPTMS) 이나 ${\gamma}$-glycidoxypropyl triethoxysilane (GPTES)을 사용하였다. 합성된 3급 아민을 포함한 아크릴수지를 기본으로 백색도료를 제조한 후, 경화제로 경화시켜 각각의 도막에 대하여 물성을 측정하고 고찰하였다. 그 결과, 본 연구에서 개발한 3급 아민 함유 아크릴수지 도료는 건조환경에서 접착력에서 다양한 소재에서 모두 우수하게 나타났으며, 내후성 또한 우수한 결과로 나타났다. Acrylic resins containing tertiary amine were synthesized by a radical polymerization of monomers including n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), n-butyl methacrylate (BMA) and dimethylaminoethyl methacrylate (DMAEMA), and diethylaminoethyl methacrylate (DEAEMA) containing tertiary amine. Synthesized acrylic resins were applied to develope coatings of acrylic resins containing tertiary amine. And ${\gamma}$-glycidoxypropyl trimethoxysilane (GPTMS) or ${\gamma}$-glycidoxypropyl triethoxysilane (GPTES) was used as hardener. Developed coatings were white colored ones to use titanium dioxide and were hardened with hardener for measuring their physical properties. Measured physical properties were basic properties, adhesivity and weatherability. As a result, developed acrylic resins coatings containing tertiary amine showed excellent adhesivity on various substrates and also showed the same result on weatherability on dry weather condition.

초고층 주거복합빌딩의 LQI(Living Quality Indicator) 시스템 개발 연구

김진욱,유용흠,Kim. Jin Wook,You. Yong Hum 한국방재학회 2012 한국방재학회논문집 Vol.12 No.1

국내 초고층 고밀 주거의 확산으로 60층의 경계를 넘어섰고 다수의 프로젝트에서 100층 이상의 주거 복합 초고층건물이 계획되고 있다. 이러한 상황에서 초고층 주거복합빌딩의 쾌적성(거주성)에 대한 우려가 꾸준히 제기 되고 있다. 따라서 초고층 주거 복합빌딩에서 적정한 주거 공간계획과 쾌적한 환경 확보를 위해서는 주거공간의 설계수준을 평가할 수 있고, 주거 환경의 질적 수준을 객관적으로 비교 분석할 수 있는 정량적인 계획지표 개발이 필요하다. 본 연구에서는 공공건축 디자인 평가 시스템인 DQI를 살펴보고, 초고층 주거복합빌딩의 LQI(Living Quality Indicator)알고리즘 개발 및 초고층 주거복합빌딩의 주거공간의 계획지표에 대한 개념적 틀을 설정하였다. 다기능 복합화에 따른 주거환경의 변화와 초고층(50층 이상) 주거의 특징적인 계획요소 및 개념을 추출하여 기본 지표로 삼고 평가 지표를 전문가 델파이 설문조사를 통하여 검증하였다. In Korea, high-rise residential building is becoming common house type of CBD Area and some project is going on design over 100 stories residential buildings. Considering this situation, living quality of high-rise residential building is becoming important. Therefore countable design evaluating factors for high rise residence should be needed to ensure a pleasant and healthy environment. In this research, DQI(Design Quality Indicator) which is a objective system to assess public space design was reviewed. And LQI(Living Quality Indicator) is proposed to evaluate space and living quality for high rise livings. First of all, algorism of system was established and design indexes frame for living space of high rise multi use residence building was designed. After evaluation elements were established, evaluation elements were verified by Delphi Method inspection to professional group.

후면추 고정형 Tonpilz 트랜스듀서의 공진 특성 연구

김진욱,김원호,조치영,노용래,Kim, Jin-Wook,Kim, Won-Ho,Joh, Chee-Young,Roh, Yong-Rae 한국음향학회 2010 韓國音響學會誌 Vol.29 No.7

본 논문에서는 Tonpilz 트랜스듀서의 후면추를 고정시킴으로써 발생하는 저주파 공진 특성을 연구하여 Tonpilz 트랜스듀서의 다양한 공진모드에서의 이용 가능성을 분석하였다. 기존의 Tonpilz 트랜스듀서의 후면추에 탄성 튜브를 연결한 후 한쪽 끝을 고정 시킴으로써, 기존의 종 방향 공진 주파수 이하에서 추가적인 공진이 발생하도록 하였다. 이 저주파 공진모드는 후면추에 부착된 탄성체의 강성, Tonpilz 트랜스듀서의 전면추, 후면추의 질량 변화에 따라 그 특성이 변하게 된다. 이러한 추가적인 저주파 공진특성을 유한요소해석을 통해 분석하였으며, 그 결과를 바탕으로 특정 성능조건에 부합하는 Tonpilz 트랜스듀서의 설계가능성을 확인하였다. In this paper, the resonant characteristic of a Tonpilz transducer with a fixed tail mass has been researched and the feasibility to utilize the transducer in that resonant frequency has been analyzed. The additional resonance is occurred by adhering an elastic tube to the tail mass of a conventional Tonpilz transducer and fixing the other end of the tube. The characteristic of this low resonant mode is analyzed by means of the finite element method, then it is shown that this mode is affected by the variation of the stiffness of the tube as well as the mass of the head mass and tail mass. Based on the analysis results, the Tonpilz transducer is designed to meet specific performance conditions.

환경 친화형 하이솔리드 아크릴수지의 합성과 아크릴 우레탄 도료의 경화 특성

김진욱,이동찬,최중소,Kim, Jin-Wook,Lee, Dong-Chan,Choi, Joong-So 한국화학공학회 2017 Korean Chemical Engineering Research(HWAHAK KONGHA Vol.55 No.5

본 연구에서는 n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), 2-hydroxypropyl methacrylate (HPMA) 및 acetoacetoxyethyl methacrylate(AAEM) 단량체를 부가 중합시켜 고형분이 75%인 아크릴수지를 합성하였다. 이때, 아크릴수지의 유리전이온도($T_g$)를 20, 30, $40^{\circ}C$로, 수산기가(OH value)를 60, 90, 120으로 변화시켰다. 그 결과, 아크릴수지의 점성도는 $T_g$와 수산기가가 증가할수록 증가하였다. 합성된 아크릴수지는 높은 가교밀도를 갖도록 설계되어 고탄력성과 고내구성을 유지하였다. 가교된 아크릴수지는 블록이소시아네이트(Desmodur BL-3175)와 경화 반응시켜 아크릴 우레탄 투명 도료를 제조하는데 사용되었다. 도료에 대하여 점성도, 접착성, 연필경도 및 $60^{\circ}$ 경면광택도 등의 측정을 통해 물리적 특성을 분석하였고, 아크릴 우레탄 투명 도료는 코일코팅용 상도 도료로서 적용되기 위하여 시편으로 제조되어 다양한 특성이 평가되었다. 제조된 도료는 접착력이 뛰어났고, $60^{\circ}$ 경면광택도와 연필경도에서 우수한 특성을 나타내었으며, 환경 친화적이었다. In this study, acrylic resins with solids content of 75% were prepared by addition polymerization of n-butyl acrylate (BA), methyl methacrylate (MMA), 2-hydroxypropyl methacrylate (HPMA) and acetoacetoxyethyl methacrylate (AAEM) monomers. At this time, the glass transition temperature ($T_g$) of the acrylic resin was changed to 20, 30 and $40^{\circ}C$, and the hydroxyl value (OH value) was changed to 60, 90 and 120. As a result, the viscosity of acrylic resin increased with increasing $T_g$ and hydroxyl (OH) value. The synthesized acrylic resin was designed to have a high cross-link density to maintain high elasticity and high durability. The crosslinked acrylic resin was used to prepare an acrylic urethane clear coating by curing reaction with a block isocyanate (Desmodur BL-3175). The physical properties of the clear paints were analyzed by measuring viscosity, adhesion, pencil hardness and $60^{\circ}$ specular gloss. Acrylic urethane clear coatings were prepared as specimens and evaluated for various properties to be applied as top coatings for coil coating. The prepared coatings were excellent in adhesion, excellent in $60^{\circ}$ specular gloss and pencil hardness, and eco-friendly.

도시철도 인공대지 차량기지의 업무환경 만족도 연구

김진욱,류경신,Kim. Jin-Wook,Ryu. Kyungshin 한국방재학회 2013 한국방재학회논문집 Vol.13 No.6

The artificial grounds which were constructed over the railway land could be praised for maximizing land use efficiency and good way to increase development possibility of old rail way estate. Not only the development of train depots with artificial ground could be an agenda to resolve many problems coming from the congestion of cities by offering space of residence, office and retail but also it has good accessibility to train station. It will help reduce of commuting time and traffics. In this study, we have tried to find problems and offer the improving agendas in terms the necessary environment of under the artificial ground through the survey of railway workers. Through survey for Shinjung Depot, we found several problems issues which were related working environment like temperature, humidity, dust and noise and some psychological problems for rail way workers who are working under artificial ground. As a conclusion, it is recommended to consider the architectural planning in the each facility that workers are inquiring. 철도부지 상부의 인공대지 활용은 토지 이용 효율성을 극대화할 수 있으며 노후된 철도부지의 개발 가능성을 높일 수 있으므로 최근 관심을 받고 있다. 인공 대지로 철도기지를 개발하는 것은 단순히 주거, 사무, 상업공간을 복잡한 도시에 제공함으로써 많은 문제를 해결할 수 있는 관점 이외에 도심에서 근접한 편리한 교통을 제공하는 이점으로 교통이나 통근 문제를 해결할 수 있는 장점이 있다. 본 연구의 목적은 철도시설 근무자를 대상으로 설문조사를 통하여 인공대지 하부에 위치한 각 공간별 필요 환경에 대한 만족도 조사를 통해 인공대지 하부 작업환경의 문제점을 파악하는 데 있다. 신정 차량기지를 대상으로 하는 조사연구를 통해 인공대지 하부의 작업자들과 관련된 온도, 습도, 소음 및 분진 등과 같은 몇 가지 환경적 문제들과 심리적 문제들을 발견할 수 있었다. 결론적으로 연구결과를 바탕으로 각 시설의 근무자의 요구조건을 만족시킬 수 있는 건축적 계획이 요구된다.

안와 경사의 분석을 위한 정모 두부규격방사선사진, 3D-CT의 유용성 평가

김진욱,Kim, Jin-Wook 대한악안면성형재건외과학회 2008 Maxillofacial Plastic Reconstructive Surgery Vol.30 No.6

Purpose: The purpose of this study was to estimate validity of posterior anterior cephalometric and 3D-CT for orbital canting analysis. Materials and methods: Three trained observers classified two patients group using standardized frontal photographs of facial asymmetry patients. Group A consisted of patients with facial asymmetry and orbital canting(n=19), and group B consisted of patients with only facial asymmetry(n=43). Orbital canting was measured with line of bilateral inferior orbitale. Orbital canting measurement was done with posterior anterior cephalometric and 3D-CT. Each horizontal reference line was established by bilateral GWSO(cephalometric), FZS(3D-CT). Maxillary canting and mandibular deviation angle were also measured and analyzed with orbital canting. Results: The mean orbital canting was $3.03{\pm}1.00^{\circ}$ in Group A and $1.11{\pm}0.76^{\circ}$ in Group B in frontal photograph. The mean orbital canting was $1.20{\pm}0.74^{\circ}$ in group A and $1.22{\pm}0.65^{\circ}$ in group B by cephalometric analysis(p>0.05). In 3D-CT, orbital canting was almost paralleled with horizontal reference line. The orbital canting, maxillay canting and mandibular deviation between two groups showed no significant differences except madibular deviation in 3D-CT. Conclusion: Common analysis of posterior anterior cephalometric and 3D-CT is not valide method to evaluate orbital canting for facial asymmetry patients with orbital canting.

Review of Microbially Mediated Smectite-illite Reaction

김진욱,Kim, Jin-Wook The Korean Society of Economic and Environmental G 2009 자원환경지질 Vol.42 No.5

스멕타이트-일라이트 (SI)의 전이 반응은 쇄설성 퇴적암 지역에 흔히 볼 수 있는 광물 반응이다. 지난 40여년 동안 SI 전이 반응의 중요성에 대한 논문들이 많이 출간되었는데 이는 스멕타이트가 일라이트로 변하는 정도 즉 "illitization" 이 석유의 개발, 퇴적물의 화학적 변화 및 물리적 성질변화 에 많은 연계성이 있기 때문이다. 기존의 S-I 상전이에 대한 메커니즘 연구에서는 layer-by-layer reaction 에 의한 solid state 반응 혹은 dissolution/precipitation 반응으로 집약되지만 박테리아 반응의 역할을 전혀 고려하지 않았다. 무산소 환경에서 박테리아와 점토광물의 반응에 대한 연구, 특히 스멕타이트와 철 환원 박테리아의 반응 작용에 대한 연구에서는 철 환원 박테리아가 스멕타이트 구조 속에 있는 철을 환원시켜 에너지를 얻는다고 밝혀졌다. 최근 발표된 논문들은 미생물의 철 환원 작용에 의하여 S-I 상전이가 일어날 수 있다고 보고되었는데, 이는 기존의 상전이에 대한 개념에 즉 고온, 고압, 오랜 시간이 S-I 전이의 필수 조건이라는 일반적인 해석에 반하는 것으로 새로운 연구 분야의 가능성을 시사하고 있다. 현재까지 발표된 논문에 의하면 박테리아가 S-I 반응을 촉진지킴으로 고온, 고압, 혹은 상당시간의 속성작용이 전제조건으로 작용하지 않을 수 있다는 가능성을 시사한다. 하지만 박테리아가 철을 환원함과 동시에 스멕타이트를 일라이트로 전이시킴에 있어서의 메커니즘에 대한 이해는 아직 미비하다. 따라서 이 논문에서는 현재까지 밝혀진 SI 반응을 살펴보고, 미생물 광물간의 반응작용에 있어서 연구 방법을 소개함을 목적으로 한다. The smectite-illite (SI) reaction is a ubiquitous process in siliciclastic sedimentary environments. For the last 4 decades the importance of smectite to illite (S-I) reaction was described in research papers and reports, as the degree of the (S-I) reaction, termed "smectite illitization", is linked to the exploration of hydrocarbons, and geochemical/petrophysical indicators. The S-I transformation has been thought that the reaction, explained either by layer-by-layer mechanism in the solid state or dissolution/reprecipitation process, was entirely abiotic and to require burial, heat, and time to proceed, however few studies have taken into account the bacterial activity. Recent laboratory studies showed evidence suggesting that the structural ferric iron (Fe(III)) in clay minerals can be reduced by microbial activity and the role of microorganisms is to link organic matter oxidation to metal reduction, resulting in the S-I transformation. In abiotic systems, elevated temperatures are typically used in laboratory experiments to accelerate the smectite to illite reaction in order to compensate for a long geological time in nature. However, in biotic systems, bacteria may catalyze the reaction and elevated temperature or prolonged time may not be necessary. Despite the important role of microbe in S-I reaction, factors that control the reaction mechanism are not clearly addressed yet. This paper, therefore, overviews the current status of microbially mediated smectite-to-illite reaction studies and characterization techniques.

ASBU기반의 항공데이터 종합관리망 테스트베드 구축방안

김진욱,윤인섭,김상욱,정재학,최상방,박효달,Kim, Jin-Wook,Yoon, In-Sup,Kim, Sang-Uk,Chung, Jae-Hak,Choi, Sang-Bang,Park, Hyo-Dal 한국정보통신학회 2013 한국정보통신학회논문지 Vol.17 No.11

국제민간항공기구(ICAO)는 ASBU(Aviation System Block Upgrade)를 통해서 2013년부터 20년간 항공관련 데이터 시스템의 성능을 향상시키는 프로그램을 채택하였다. 프로그램의 일부분으로써 SWIM(System Wide Information Management) 기술 개발을 통한 항공통신 데이터를 종합 관리하는 망에 대한 연구개발은 미국, 유럽 선진국들을 중심으로 진행 중이다. 이에 따라, 본 논문에서는 선진국들의 개발 동향과 대등한 기술개발을 위해 SOA(Service Oriented Architecture) 개념을 적용한 항공 데이터 서비스 아키텍처 기술개발, 항공 데이터의 종합적 관리를 위한 미래형 데이터 관리 모델 개발, 기존의 항공 데이터 시스템과 연동을 위한 어댑터 기술 개발을 통하여 사용자 중심의 항공데이터 종합 관리망 기술을 개발하는 방법에 기반한 테스트베드 구축 방안을 제안한다. International Civil Aviation Organization adopted the program to improve performance of aviation-related data systems through the ASBU for 20 years from 2013. Research and development for integrated management network of aeronautical telecommunication data through SWIM(System Wide Information Management) technology which is part of program, are being progressed in the United States and European countries. Therefore, in this paper, we suggest a method of testbed implementation based on technology of aeronautical data services architecture applied the concept of SOA(Service Oriented Architecture), development of future data management model for integrated management of aeronautical data, and development of user-centric integrated aeronautical data management network through adapter technology for interoperating legacy aeronautical data system to develop even technology with development trends of advanced countries.