스트링 B-트리를 이용한 게놈 서열 분석 시스템

최정현,조환규,Choe, Jeong-Hyeon,Jo, Hwan-Gyu 한국정보처리학회 2001 정보처리학회논문지 A Vol.8 No.4

As results of many genome projects, genomic sequences of many organisms are revealed. Various methods such as global alignment, local alignment are used to analyze the sequences of the organisms, and k -mer analysis is one of the methods for analyzing the genomic sequences. The k -mer analysis explores the frequencies of all k-mers or the symmetry of them where the k -mer is the sequenced base with the length of k. However, existing on-memory algorithms are not applicable to the k -mer analysis because a whole genomic sequence is usually a large text. Therefore, efficient data structures and algorithms are needed. String B-tree is a good data structure that supports external memory and fits into pattern matching. In this paper, we improve the string B-tree in order to efficiently apply the data structure to k -mer analysis, and the results of k -mer analysis for C. elegans and other 30 genomic sequences are shown. We present a visualization system which enables users to investigate the distribution and symmetry of the frequencies of all k -mers using CGR (Chaotic Game Representation). We also describe the method to find the signature which is the part of the sequence that is similar to the whole genomic sequence. 생명 과학의 발전과 많은 게놈(genome) 프로젝트의 결과로 여러 종의 게놈 서열이 밝혀지고 있다. 생물체의 서열을 분석하는 방법은 전역정렬(global alignment), 지역정렬(local alignment) 등 여러 가지 방법이 있는데, 그 중 하나가 k-mer 분석이다. k-mer는 유전자의 염기 서열내의 길이가 k인 연속된 염기 서열로서 k-mer 분석은 염기서열이 가진 k-mer들의 빈도 분포나 대칭성 등을 탐색하는 것이다. 그런데 게놈의 염기 서열은 대용량 텍스트이고 k가 클 때 기존의 온메모리 알고리즘으로는 처리가 불가능하므로 효율적인 자료구조와 알고리즘이 필요하다. 스트링 B-트리는 패턴 일치(pattern matching)에 적합하고 외부 메모리를 지원하는 좋은 자료구조이다. 본 논문에서는 스트링 B-트리(string B-tree)를 k-mer 분석에 효율적인 구조로 개선하여, C. elegans 외의 30개의 게놈 서열에 대해 분석한다. k-mer들의 빈도 분포와 대칭성을 보여주기 위해 CGR(Chaotic Game Representation)을 이용한 가시화 시스템을 제시한다. 게놈 서열과 매우 유사한 서열 상의 어떤 부분을 시그니쳐(signature)라 하고, 높은 유사도를 가지는 최소 길이의 시그니쳐를 찾는 알고리즘을 제시한다.

데이터베이스 시스템 기술 및 시장 동향

최정현,Choe, Jeong-Hyeon 한국데이터베이스진흥원 1996 디지털콘텐츠 Vol.8 No.-

조류독감 실체의 분석 및 예방

최정현,Choe, Jeong-Hyeon 한국가톨릭의료협회 2006 Health & mission Vol.5 No.-

만약 다른 하등 포유류에서 적응을 거쳐 좀 더 포유류에서 병독성이 강해진 조류독감으로 변형된다면 이는 대유행의 전조임에 무게가 실리게 된다.

麻黃辛芎散의 卽時型 알레르기 反應 抑制 效果에 關한 硏究

최정현,황충연,김남권,박민철,김진만,문상돈,Choe, Jeong-Hyeon,Hwang, Chung-Yeon,Kim, Nam-Gwon,Park, Min-Cheol,Kim, Jin-Man,Mun, Sang-Don 대한한방안이비인후피부과학회 2001 한방안이비인후피부과학회지 Vol.14 No.2

Mahwang-Shin-Gung-San has been found inhibiting the mast cell-mediated anaphylactic reaction. This report describes an inhibitory effect of Mahwang-Shin-Gung-San (MSGS) on the immediate-type cutaneous allergic reactions. MSGS has concentration -dependently inhibited the ear swelling response induced by compound 48/80 in mouse by intradermal injection. The mast cells in mouse ear tissue undergone ear-swelling response by compound 48/80 were stained by alcian blue/nuclear fast red. MSGS significantly inhibited the compound 48/80-induced degranulation from mast cells in ear tissue. MSGS concentration-dependently inhibited the histamine release from the rat peritoneal mast cells (RPMC) by compound 48/80. We also studied the effect of MSGS on mast cell-dependent passive cutaneous anaphylaxis (PCA) activated by dinitrophenyl IgE antibody. MSGS showed potent inhibition of PCA by oral administration. These results indicate that MSGS inhibits immediate-type allergic reactions by inhibition of mast cell degranulation in vivo and in vitro.

전유전체(Whole gerlome) 서열 분석과 가시화를 위한 워크벤치 개발

최정현,진희정,김철민,장철훈,조환규,Choe, Jeong-Hyeon,Jin, Hui-Jeong,Kim, Cheol-Min,Jang, Cheol-Hun,Jo, Hwan-Gyu 한국정보처리학회 2002 정보처리학회논문지 A Vol.9 No.3

최근 활발한 소단위 게놈 프로젝트의 수행으로 많은 생물체의 유전체 전체 서열이 밝혀짐에 따라서 전유전체(whole genome)를 기본 단위로 하여 개별 유전자나 그에 관련된 기능 연구가 매우 활발히 이루어지고 있다. 전유전체의 염기 서열은 수백만 bp(base pairs)에서 수백억 bp(base pairs) 정도의 대용량 텍스트 데이터이기 때문에 단순한 온라인 문자 일치(on-line string matching) 알고리즘으로 분석하는 것은 매우 비효율적이다. 본 논문에서는 대용량의 유전체 서열을 분석하는데 적합한 자료 구조인 스트링 B-트리를 사용하여 유전체 서열의 분석과 가시화를 위한 워크벤치를 개발한 과정을 소개한다. 본 연구에서 개발한 시스템은 크게 질의문 부분과 가시화 부분으로 나뉘어 진다. 질의문 부분에는 유전체 서열에 특정 서열이 나타나는 부분의 위치와 횟수를 알아보거나 k번 나타나는 서열을 조사하는 것과 같은 기본적인 패턴 검색 부분과 k-mer 분석을 위한 질의어가 다양하게 준비되어 있다. 가시화 부분은 전유전체 서열과 주석(annotation)을 보여주거나, 유전체 분석을 용이하도록 여러 가시화 방법, CGR(Chaos Game Representation), k-mer graph, RWP(Random Walk Plot) 등으로 생물학자들이 쉽게 전체 구조와 특성 파악할 수 있도록 도와준다. 본 논문이 제안하는 분석 시스템은 생물체의 진화적 관계를 밝히고, 염색체 내에 아직 알려지지 않은 새로운 유전자나 기능이 밝혀지지 않은 junk DNA들의 기능 등을 연구하는데 사용할 수 있다. As whole genome sequences of many organisms have been revealed by small-scale genome projects, the intensive research on individual genes and their functions has been performed. However on-memory algorithms are inefficient to analysis of whole genome sequences, since the size of individual whole genome is from several million base pairs to hundreds billion base pairs. In order to effectively manipulate the huge sequence data, it is necessary to use the indexed data structure for external memory. In this paper, we introduce a workbench system for analysis and visualization of whole genome sequence using string B-tree that is suitable for analysis of huge data. This system consists of two parts : analysis query part and visualization part. Query system supports various transactions such as sequence search, k-occurrence, and k-mer analysis. Visualization system helps biological scientist to easily understand whole structure and specificity by many kinds of visualization such as whole genome sequence, annotation, CGR (Chaos Game Representation), k-mer, and RWP (Random Walk Plot). One can find the relations among organisms, predict the genes in a genome, and research on the function of junk DNA using our workbench.

류마토이드 관절염과 연관된 이차성 신유전분증에서의 반월상 사구체 신염

최정현 ( Choe Jeong Hyeon ),임병국 ( Im Byeong Gug ),최준혁 ( Choe Jun Hyeog ),조현경 ( Jo Hyeon Gyeong ),최영일 ( Choe Yeong Il ),김흥수 ( Kim Heung Su ),신규태 ( Sin Gyu Tae ),김도헌 ( Kim Do Heon ),한재호 ( Han Jae Ho ) 대한신장학회 2001 Kidney Research and Clinical Practice Vol.20 No.6

A case of renal amyloidosis with crescentic glomerulonephritis associated with rheumatoid arthritis is described. A 60-year-old female with 15 years` history of rheumatoid arthritis developed nephrotic syndrome followed by rapid deterioration of renal function. Glomerular amyloid deposition and sclerotic change was present in kidney biopsy specimen and crescentic change was found in 85% of the glomerulus. Electron microscopic finding of glomerulus showed randomly oriented, rigid-appearing, long nonbranching fibrils. The patient was treated with intravenous high-dose methylprednisolone pulses combined with intravenous cyclophosphamide followed by oral corticosteroids. Three months after the above treatment, renal function gradually improved, reaching serum creatinine level to 2.5 mg/dL. But the nephrotic range proteinuria persisted.

요근 농양의 임상적 특징 및 결과 고찰

최정현 ( Choe Jeong Hyeon ),김민철 ( Kim Min Cheol ),임승관 ( Im Seung Gwan ),조숙경 ( Jo Sug Gyeong ),신승수 ( Sin Seung Su ),오윤정 ( O Yun Jeong ),최영화 ( Choe Yeong Hwa ),박광주 ( Park Gwang Ju ),황성철 ( Hwang Seong Cheol 대한내과학회 2003 대한내과학회지 Vol.65 No.3

목적 : 요근 농양은 드물게 발생하는 치명적인 질환으로 비특이적인 임상 양상으로 나타나 진단과 치료가 지연되는 경우가 많다. 이에 저자들은 지난 5년동안 아주대학교 병원에서 진단된 요근 농양 24예의 임상 양상 및 특징, 원인 균주 및 치료 결과에 대해 알아보고자 하였다. 방법 : 1996년 3월부터 2001년 5월까지 아주대학교 병원에서 방사선학적 진단 및 균 배양 검사를 통해 요근 농양으로 진단 후 입원 치료한 24명의 환자를 대상으로 후향적 검토를 Background : Psoas abscess is a rare condition with vague clinical presentations, therefore misdiagnosis or delayed diagnosis is often made. We have reviewed the characteristics of the clinical presentation, microbiology, and treatment of 24 patients with

동종골수이식을 받은 표준 위험군과 고 위험군 백혈병 환자간의 장기생존율 비교 - 성모병원에서의 7년간의 경험 -

최정현 ( Choe Jeong Hyeon ),김희제 ( Kim Hui Je ),이종욱 ( Lee Jong Ug ),진종률 ( Jin Jong Lyul ),한치화 ( Han Chi Hwa ),민우성 ( Min U Seong ),박종원 ( Park Jong Won ),김춘추 ( Kim Chun Chu ),김동집 ( Kim Dong Jib ) 대한내과학회 1993 대한내과학회지 Vol.44 No.4

연구배경 : 급성 및 만성 백혈병에서 동종 골수이식을 시행할 경우 이식 당시의 임상상태는 이식후 생존율에 영향을 미치는 가장 중요한 요소중의 하나로서, 1차 관해시 혹은 조기에 이식을 할수록 진행된 상태 혹은 말기 상태에서 이식을 실시하는 경우에 비해 생존율이 높다고 한다. 저자들은 이식당시의 임상상태가 골수이식후 생존율에 미치는 영향을 분석하기 위하여 동종 골수이식을 받은 급성 및 만성 백혈병 환자들을 질환별로 표준 위험군과 고 위험군으로 분류하여 두 군간의 장기 무병생존율을 비교함으로써 이식시 관해상태와 이식후 장기생존율간의 관계를 알아보고자 하였다. 방법 : 1983년 3월부터 1990년 12월까지 가톨릭의대 부속 성모병원에서 조직적합항원(HLA)이 일치하는 형제자매로부터 동종골수이식을 시행한 58명의 급성 및 만성백혈병환자들을 대상으로 이식 당시의 임상상태에 따라 표준 위험군과 고 위험군으로 분류하여 두군간의 생존율을 후향적으로 비교하였다. 표준 위험군은 AML 및 성인형 ALL에서는 1차 관해, 소아형 ALL에서는 2차 관해까지, 그리고 CML 에서는 만성기에 이식을 시행한 경우로 하였고, 그외의 진행된 상태나 재발된 경우에 이식을 실시한 경우는 모두 고 위험군으로 분류하였다. 결과 : 1) 3개월부터 55개월(중앙치 26개월)까지 관찰한 결과 1차 관해시 이식한 AML(표준 위험군) 13명중 8명(62%) 이 생존하였고, 2차 관해 이상의 상태에서 이식한 AML(고 위험군)은 10명중 1명(10%)만 생존하여 통계학적으로 유의한 차이를 보였다(p<0.01). 2) 3개월부터 93개월(중앙치 36개월)까지 관찰한 결과 성인형 ALL은 1차 관해에서 이식을 시행한 6명중 4명(67%)이 생존하였고, 2차 관해 이상의 시기에 이식한 경우는 5명중 3명(60명)이 생존하여 통계학적인 차이는 없었다(p=0.2). 또한 소아형 ALL은 2차 관해이전(표준 위험군)에 이식을 시행한 4명중 3명(75%)이 생존하였고, 고 위험군에 속하는 예는 없었다. 3) 3개월부터 52개월(중앙치 36개월)까지 관찰한 결과 CML은 만성기(표준 위험군)에 이식을 시행한 9명중 8명(89%)이 생존하였고 가속기나 급성기에 이식을 시행한 경우는 11명중 4명(36%)이 생존하여 통계학적으로 유의한 차이를 보였다(p<0.01). 4) 표준 위험군에 속하는 백혈병에서는 32명중 23명이 생존함으로써 72%의 생존율을 보인반면, 고 위험군에서는 26명중 8명이 생존하여 31%의 생존율을 보였다(p<0.01). 5) 전체 대상환자 58예중 28예가 사망하였는데 사망원인으로는 백혈병 재발이 15예로 가장 많았으며 급성 이식편대 숙주반응이 4예, 생착부전 2예, 거부반응 1예, 간질성 폐염 1예, 패혈증 2예, veno-occlusive disease 1예, 급성 신부전 1예, 그리고 TTP-like syndrome 1예등이었다. 결론 : 이상의 결과로 급성 및 만성 백혈병에서 골수이식을 시행할 경우 이식시 임상상태로 표준 위험군(1차 관해, 만성기)에 속하였을때 장기생존율이 증가됨을 알수 있었으며, 향후 이식후 생존율을 향상시키기 위하여 이식의 시기는 1차 관해 혹은 만성기, 즉 조기에 시행하는 것이 바람직하리라고 사료된다. Background: To assese the relationship between disease status at transplant and long-term disease-free survival (DFS) in patients with acute and chronic leukemia, we compared the DFS of standard risk group ad that of high risk group after allogeneic bone marrow trasplantation (BMT). Methods: Between March 1983 and December 1990, 58 patients with acute or chronic leukemia who had been underwent the allogeneic BMT at St. Mary`s Hospital of Catholic University Medical College were assigned to a retrospective study comparing DFS of standard risk group withe that of high risk group. We defined standard risk group(n=32) as the first complete remission(CR) in AML or ALL of adult type, the second CR or ALL of childhood type and the chronic phase of CML. Advanced disease state beyond the standard risk group was considered as high risk group (n=26). Results: 1) In AML, after median follow-up of 26 months (3~55 months) long-term DFS of standard risk group was higher (62%) than that of high risk group (10%) (p<0.01). 2) In ALL of adult type, after median follow-up of 36 months(3~93 months) long-term DFS between standard risk and high risk group was 67% and 60%, respectively(p=0.2). 3) In CML, after median follow-up of 27 months (3~52 months) long-term DFS of standard risk group was 89% and that of high risk group was 36% (p<0.01). 4) Compared to the 72% (23/32) survival rate of standard risk leukemia, that of high risk leukemia was 31%(8/26)(p<0.01). 5) Relapse of leukemia was the most frequently encountered complication (29%) and the most common cause of death (54%) after allogeneic BMT. Conclusion: Our results show that the outcome of standard risk group appears to be superior to that of high risk group in patients with acute and chronic leukemia. Therefore we would like to recommend to perform BMT in the early stage of disease for the treatment of acute and chronic leukemia to improve the long-term DFS.

주택하자분쟁에 대한 국외 현황 및 관련 제도

박준모,최정현,Park, Jun-Mo,Choe, Jeong-Hyeon 한국건설관리학회 2010 한국건설관리학회 논문집 Vol.11 No.2

주택하자분쟁의 현황과 문제점

김옥규,최정현,Kim, Ok-Gyu,Choe, Jeong-Hyeon 한국건설관리학회 2010 한국건설관리학회 논문집 Vol.11 No.2