A small stable pulmonary nodule found before kidney transplantation

문수윤,권영주 대한내과학회 2017 대한내과학회 추계학술대회 Vol.2017 No.1

표고버섯 품종 ‘산마루2호’를 구분할 수 있는 CAPS marker 개발

문수윤,이화용,가강현,구창덕,류호진 한국버섯학회 2018 한국버섯학회지 Vol.16 No.1

In Korea, the oak mushroom (Lentinula edodes) is highly preferred by consumers in the food industry and makes up about 97.7% of the total forest mushroom production. This indicates that the oak mushroom is an important non-timber forest product in Korea. Recently, the breeding and development of new cultivars of L. edodes have been actively initiated, and the development of molecular markers that are able to identify and discriminate the new cultivars is crucial for protecting the breeder’s rights. This study was carried out to develop a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker for the identification and discrimination of a new cultivar, Sanmaru 2ho from the 37 other oak mushroom cultivars. A single nucleotide polymorphism (SNP) was identified at the 1,803,483rd position of scaffold2 in the genome of Sanmaru 2ho. The amplified DNA containing the SNP of Sanmaru 2ho was uniquely not cleaved by the restriction enzyme, Hha I, and thus Sanmaru 2ho was successfully distinguished from the other oak mushroom cultivars.

표고버섯의 기능유전체학 연구 및 유전자가위 활용기술 개발

문수윤,안지영,류호진,이화용 한국버섯학회 2020 버섯 Vol.24 No.1

표고버섯은 전세계적으로 가장 많이 생산되는 식용 버섯 중의 하나로 항암 효과를 보이는 렌티난 등이 있어 식품 뿐만 아니라 약학적 용도로도 사 용이 늘어나고 있다. 농업적 그리고 과학적인 관심에도 불구하고 표고버섯의 유전체에 대한 이해와 유전자의 기능에 대한 연구는 부족한 실적이다. 우리는 형질전환 기술을 활용하여 표고버섯 유전자의 기능을 확인하는 연구를 시도하였다. 표고버섯 원형질체에 PEG (polyethyleneglycol) 법으로 ABL유전자의 과발현체를 제작하여 이 유전자가 균사체 갈변과 관련된 단백질을 암호화하는 유전자임을 확인하였으며, 표고버섯에서 PEG법을 통하 여 외래 유전자의 도입이 가능함을 확인하였다. CRISPR-Cas9 시스템을 PEG법을 이용하여 표고버섯의 A mating locus에 적용하였다. 이 결과 2bp 그리고 33bp의 염기서열이 결실된 돌연변이가 나타나, 표고버섯에서 유전체 교정이 가능함을 확인하였다. 또 CRISPR-Cas9 시스템의 off-target의 확률을 줄일 수 있는 RNP (Ribonucleoprotein) 시스템을 도입하였으며, 0.7%의 효율이 확인되어 적용가능성을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과는 식용 버섯의 유용 형질과 관련된 후보유전자를 발굴하는데 이용할 수 있어, 식용 버섯의 육종에 활용할 수 있을 것이다.

표고버섯 품종 산마루1호, 천장3호를 구분할 수 있는 CAPS Marker 개발

문수윤 ( Suyun Moon ),이화용 ( Hwa-yong Lee ),김명길 ( Myungkil Kim ),가강현 ( Kang-hyeon Ka ),고한규 ( Han Kyu Ko ),정종욱 ( Jong-wook Chung ),구창덕 ( Chang-duck Koo ),류호진 ( Hojin Ryu ) 한국균학회 2017 韓國菌學會誌 Vol.45 No.2

표고버섯은 주로 아시아 국가에서 재배되는 식용 버섯이다. 표고버섯은 최근 국내에서 신 품종의 개발이 활발히 이루어지고 있으며, 국내외적으로 품종의 보호가 중요해짐에 따라 표고의 품종을 구분할 수 있는 효율적인 마커 개발이 요구되고 있다. 본 연구에서는 산마루1호와 천장3호를 구분할 수 있는 CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) 마커를 개발 하였다. 이 연구에서 개발된 CAPS 마커는 단핵균주인 B17의 표준유전체 정보와 연구에 사용된 10개 균주의 resequencing 정보를 바탕으로 개발되었다. 산마루1호는 scaffold9번, 1630048의 염기서열 G가 T로 변한 SNP를 포함하여 PCR 후 제한효소 TspR I을, 천장3호는 scaffold13번, 920681의 염기서열 G가 A로 변한 single nucleotide polymorphism (SNP)를 포함하여 PCR 후, 제한효소 Xho I을 처리하였을 때 다른 균주들과 구분되었다. 따라서 이를 마커로 개발하였다. Lentinula edodes is an edible mushroom that is mainly cultivated in Asian countries. Recently, new cultivars of this mushroom have been developed in Korea; variety protection is very important, so the development of efficient molecular markers that can distinguish each variety is required. In this study, we developed cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers for the identification of L. edodes cultivars (Sanmaru 1ho and Chunjang 3ho). These markers were developed from whole genomic sequencing data from L. edodes monokaryon strain B17 and resequencing data from 10 dikaryon strains. A single nucleotide polymorphism changed in scaffold 9 POS 1630048 in Sanmaru 1ho(G→T), and in scaffold 13 POS 920681 in Chunjang 3ho (G→A). The restriction enzymes TspR I and Xho I distinguished Sanmaru 1ho and Chunjang 3ho, respectively, from other strains. Thus, we developed 2 CAPS markers for the identification of the L. edodes cultivars Sanmaru 1ho and Chunjang 3ho.

표고 품종 산백향과 설백향 구분을 위한 CAPS 마커 개발

문수윤 ( Suyun Moon ),홍창표 ( Chang Pyo Hong ),류호진 ( Hojin Ryu ),이화용 ( Hwa-yong Lee ) 한국균학회 2021 韓國菌學會誌 Vol.49 No.1

본 연구에서는 국내에 유통되고 있는 40개 표고 품종들로부터 산백향과 설백향의 구분이 가능한 CAPS 마커를 개발하였다. 제한효소 HhaⅠ과 HpyCH4Ⅳ를 이용한 밴드 패턴 분석을 통해 각각 산백향과 설백향을 다른 균주들과 구분하여 구별성을 확보할 수 있었다. 본 연구에서 개발된 CAPS 마커는 표고의 품종들 간에 유전적 다양성을 부여함으로써, 품종을 보호할 수 있는 분자생물학적 근거가 될 수 있다. 이로써 향후 유전자원에 대한 국가간 분쟁을 미연에 방지할 수 있을 것이다. Lentinula edodes (Berk.) Pegler, the most produced mushroom in the world, is an edible mushroom with very high nutritional and pharmacological value. Currently, interest in the protection of genetic resources is increasing worldwide, and securing the distinction between new cultivars is very important. Therefore, the development of efficient molecular markers that can discriminate between L. edodes cultivars is required. In this study, we developed cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers for the identification of L. edodes cultivars (Sanbaekhyang and Sulbaekhyang). These markers were developed from whole genome sequencing data from L. edodes monokaryon strain B17 and resequencing data from 40 cultivars. A nucleotide deletion existed in scaffold 19 POS 214449 in Sanbaekhyang (GT→G), and a single nucleotide polymorphism changed in scaffold 7 POS 215801 in Sulbaekhyang (G→A). The restriction enzymes HhaⅠ and HpyCH4Ⅳ distinguished Sanbaekhyang and Sulbaekhyang, respectively, from other cultivars. Thus, we developed two CAPS markers for the identification of the L. edodes cultivars Sanbaekhyang and Sulbaekhyang.

Microarray와 Network 분석을 통한 병원균 및 스트레스 저항성 관련 주요 유전자의 대량 발굴

김형민,문수윤,이진수,배원실,원경호,김윤경,강권규,류호진,Kim, Hyeongmin,Moon, Suyun,Lee, Jinsu,Bae, Wonsil,Won, Kyungho,Kim, Yoon-Kyeong,Kang, Kwon Kyoo,Ryu, Hojin 한국식물생명공학회 2016 식물생명공학회지 Vol.43 No.3

브라시노스테로이드는 식물의 생장과 발육 과정에 있어서 중요한 역할을 담당 할 뿐 아니라 생물학적/ 비 생물학적 스트레스에 대한 복합 저항성을 보인다고 알려져 있다. 따라서 본 연구에서는 브라시노스테로이드와 광범위스트레스 내성을 연결하는 중요한 생물학적 네트워크를 이해하기 위해, Agilent Arabidopsis $4{\times}44K$ oligo chip을 이용하여 브라시노스테로이드 신호가 강화된 bes1-D 계통의 전 전사체 비교분석을 수행하였다. 그 결과 bes1-D 계통에서 DEGs (Differentially Expressed Genes)를 1,091 (562 up-regulated, 529 down-regulated) 개 선발하였다. 또한 선발된 유전자들의 GO 와 단백질 상호작용 네트워크 분석을 통해 대사, 발달, 스트레스, 면역, 방어 반응에 관련된 주요 브라시노스테로이드 신호전달과 연결된 스트레스 관련 유전자군을 분리하였다. 선발된 유전자중 NB-ARC와 FLS2는 bes1-D 계통이 야생형 En-2 계통에 비해 약 6배 정도의 발현량이 증가되었으며, TIR1, TSA1, OCP3 유전자등은 bes1-D 계통이 야생형 En-2 계통에 비해 발현이 감소되었다. 또한 브라시노스테로이드 활성형 계통이 야생형 식물체 계통에 비해 가뭄 스트레스 및 병원균에 대해 저항력이 향상되었다. 따라서 microarray 분석을 통한 유전자 간 발현 네트워크와 유전체 정보를 결합하여 대단위 주요 기능 유전자들을 동정할 수 있는 방법을 고안하여 실험에 사용하였다. 이를 통해 기능 획득 돌연변이 bes1-D가 식물들이 다양한 스트레스 환경에 적응할 수 있는 반응을 조절한다는 사실을 보여주고 있다. Brassinosteroid (BR), a plant steroid hormone, plays key roles in numerous growth and developmental processes as well as tolerance to both abiotic and biotic stress. To understand the biological networks involved in BR-mediated signaling pathways and stress tolerance, we performed comparative genome-wide transcriptome analysis of a constitutively activated BR bes1-D mutant with an Agilent Arabidopsis $4{\times}44K$ oligo chip. As a result, we newly identified 1,091 (562 up-regulated and 529 down-regulated) significant differentially expressed genes (DEGs). The combination of GO enrichment and protein network analysis revealed that stress-related processes, such as metabolism, development, abiotic/biotic stress, immunity, and defense, were critically linked to BR signaling pathways. Among the identified gene sets, we confirmed more than a 6-fold up-regulation of NB-ARC and FLS2 in bes1-D plants. However, some genes, including TIR1, TSA1 and OCP3, were down-regulated. Consistently, BR-activated plants showed higher tolerance to drought stress and pathogen infection compared to wild-type controls. In this study, we newly developed a useful, comprehensive method for large-scale identification of critical network and gene sets with global transcriptome analysis using a microarray. This study also showed that gain of function in the bes1-D gene can regulate the adaptive response of plants to various stressful conditions.

Microarray와 Network 분석을 통한 병원균 및 스트레스 저항성 관련 주요 유전자의 대량 발굴

김형민,문수윤,이진수,배원실,원경호,김윤경,강권규,류호진 한국식물생명공학회 2016 JOURNAL OF PLANT BIOTECHNOLOGY Vol.43 No.3

브라시노스테로이드는 식물의 생장과 발육 과정에 있어서 중요한 역할을 담당 할 뿐 아니라 생물학적/ 비 생물학적 스트레스에 대한 복합 저항성을 보인다고 알려져 있다. 따라서 본 연구에서는 브라시노스테로이드와 광범위스트레스내성을 연결하는 중요한 생물학적 네트워크를 이해하기 위해, Agilent Arabidopsis 4 x 44K oligo chip을 이용하여 브라시노스테로이드 신호가 강화된 bes1-D 계통의 전 전사체 비교분석을 수행하였다. 그 결과 bes1-D 계통에서 DEGs (Differentially Expressed Genes)를 1,091 (562 up-regulated, 529 down-regulated) 개 선발하였다. 또한 선발된 유전자들의 GO 와 단백질 상호작용 네트워크 분석을 통해 대사, 발달, 스트레스, 면역, 방어 반응에 관련된 주요 브라시노스테로이드 신호전달과 연결된 스트레스 관련 유전자군을 분리하였다. 선발된 유전자중 NB-ARC와 FLS2는 bes1-D 계통이 야생형 En-2 계통에비해 약 6배 정도의 발현량이 증가되었으며, TIR1, TSA1, OCP3 유전자등은 bes1-D 계통이 야생형 En-2 계통에 비해발현이 감소되었다. 또한 브라시노스테로이드 활성형 계통이 야생형 식물체 계통에 비해 가뭄 스트레스 및 병원균에 대해 저항력이 향상되었다. 따라서 microarray 분석을 통한 유전자 간 발현 네트워크와 유전체 정보를 결합하여 대단위 주요 기능 유전자들을 동정할 수 있는 방법을 고안하여 실험에 사용하였다. 이를 통해 기능 획득 돌연변이bes1-D가 식물들이 다양한 스트레스 환경에 적응할 수 있는반응을 조절한다는 사실을 보여주고 있다. Brassinosteroid (BR), a plant steroid hormone, plays key roles in numerous growth and developmental processes as well as tolerance to both abiotic and biotic stress. To understand the biological networks involved in BR-mediated signaling pathways and stress tolerance, we performed comparative genome-wide transcriptome analysis of a constitutively activated BR bes1-D mutant with an Agilent Arabidopsis 4 x 44K oligo chip. As a result, we newly identified 1,091 (562 up-regulated and 529 down- regulated) significant differentially expressed genes (DEGs). The combination of GO enrichment and protein network analysis revealed that stress-related processes, such as metabolism, development, abiotic/biotic stress, immunity, and defense, were critically linked to BR signaling pathways. Among the identified gene sets, we confirmed more than a 6-fold up-regulation of NB-ARC and FLS2 in bes1-D plants. However, some genes, including TIR1, TSA1 and OCP3, were down-regulated. Consistently, BR-activated plants showed higher tolerance to drought stress and pathogen infection compared to wild-type controls. In this study, we newly developed a useful, comprehensive method for large-scale identification of critical network and gene sets with global transcriptome analysis using a microarray. This study also showed that gain of function in the bes1-D gene can regulate the adaptive response of plants to various stressful conditions.

A Case of Parathyromatosis After Parathyroidectomy In Patient On Maintenance Hemodialysis

이민진,김지은,문수윤,한은나,송윤경,권영주 대한내과학회 2017 대한내과학회 추계학술대회 Vol.2017 No.1

청각장애 성인의 의사소통능력 향상을 위한 스크립트 기반 교재 개발

윤다정,배희원,김진,문수윤,송우진,김다영,이영미 한국언어치료학회 2016 한국언어치료학회 학술발표대회 논문집 Vol.2016 No.12

베게너 육아종증 환자에서 심인성 쇼크를 동반한 급성 심근염 1예

김경업,최재균,오혜미,문수윤,우지영,박희수,모은경 대한내과학회 2015 대한내과학회 추계학술대회 Vol.2015 No.1

서론: 베게너 육아종증은 상기도와 하기도를 침범하고 사구체 신염등을 유발하는 것으로 알려져 있다. 베게너 육아종증이 심장을 침범할 경우, 심낭염, 심근염등의 형태로 드물지 않게 나타나지만 급성심부전이나 심인성 쇼크와 같은 심대한 합병증이 병발되는 경우는 매우 드물게 나타나는 것으로 알려져 있다. 이에 본 저자들은 베게너 육아종증 환자에서 심인성 쇼크가 합병된 급성 심근염의 증례를 경험하였기에 이를 보고하고자 한다. 증례: 기저질환 없는 67세 남환으로 내원 1개월 전부터 시작된 기침을 주소로 내원하였다. 흉부 X-선 검사에서 좌측 폐상엽에 3.7 cm 크기의 종괴 및 양폐하에 다발성 결절이 관찰되었고 좌측폐상엽 종괴에 대하여 경흉부바늘생검을 시행하였고 조직검사결과, 만성육아종성 염증 소견이 관찰되었다. 검사실 소견에서 c-ANCA 양성 보였고 임상적으로 베게너 육아종증으로 진단하였다. 환자는 cyclophosphamide 2 mg/kg/day, prednisolone 1 mg/kg/day가 각각 경구로 투여되었고 이후 증상 호전되어 경구투여 일주일 만에 cyclophosphamide 2 mg/kg/day, prednisolone 30 mg/day 유지하면서 퇴원하였다. 환자는 특이증상 없이 지내오다가 퇴원 1주후 호흡곤란으로 재입원하였다. 재입원 당시 활력징후는 혈압이 70/50 mmHg으로 떨어져 있으면서 가슴흉부사진에서 양폐하에 이전에 없던 폐부종, 심비대 관찰되었다. 검사실 소견에서 BNP>5,000 pg/mL, Troponin-I는85.09 ng/mL로 상승하였다. 심전도에서 분당 112회의 동성빈맥 보이면서 허혈성 ST 분절의 변화는 관찰되지 않았고 심초음파에서 좌심실 구혈률 28%으로 심한 좌심실 기능부전 및 좌심실 확장 소견 보였으나 국소 벽운동 이상은 보이지 않았다. 임상적으로 급성 관동맥 증후군으로 인한 심부전 가능성은 떨어지며 베게너 육아종증에서 병발된 급성 심근염과 이로 인하여 심인성 쇼크가 합병된 것으로 생각되었다. Cyclophosphamide 로 인한 심독성 가능성도 배제할 수 없으나 본 증례에서와 같이 총용량 200 mg/kg 이하로 투여된 저용량의 경구 cyclophosphamide에서 심독성 발생 가능성은 매우 낮다는 점에서 이는 가능성이 떨어진다고 볼 수 있다. Cyclophosphamide를 azathioprine으로 변경하였고 furosemide 40 mg, Ramipril 5 mg 투여하면서 호흡곤란 호전되어 환자는 퇴원하였다. 베게너 육아종증에서 심인성 쇼크가 동반된 급성 심근염의 병발은 매우 드문 것으로 알려져 있으나 본 증례에서와 같이 이완성 심근병증의 형태로 심인성 쇼크가 합병되어 병발할 수 있으며 이는 베게너 육아종증 환자에서 면역억제제 투여를 하면서 심기능에 대한 세심한 추적관찰이 필요함을 시사한다.