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토마토 뿌리에서 분리한 식물생육촉진 세균 Bacillus velezensis T20E-257균주의 유전체 염기서열
이신애,김상윤,상미경,송재경,원항연,Lee, Shin Ae,Kim, Sang Yoon,Sang, Mee Kyung,Song, Jaekyeong,Weon, Hang-Yeon 한국미생물학회 2017 미생물학회지 Vol.53 No.4
Bacillus velezensis T20E-257 was isolated from the root tissue of a tomato plant and exhibited plant growth-promoting activity. Here we present the complete genome of strain T20E-257. The genome contains 3,900,066 base pairs with a G + C content of 46.7% in 2 contigs. The genome includes 3,708 coding sequences, 27 rRNAs, and 86 tRNAs. We found gene clusters encoding secondary metabolites with an antimicrobial activity and genes related to the production of indole-3-acetic acid and 2,3-butanediol, which play a role in plant growth and health. 토마토 뿌리에서 분리한 Bacillus velezensis T20E-257 균주는 식물촉진효과가 있었고, 본 연구에서 T20E-257 균주의 유전체 서열을 해독하였다. 유전체 초안에서 포함된 2개 contig는 총 염기서열이 3,900,066 bp고, G + C content가 46.7%이었다. 유전체에서 단백질 유전자 3,708개, rRNA 유전자 27개, tRNA 유전자 86개를 확인하였다. 항균활성을 가지는 2차 대사산물 생합성 관련 유전자군과 식물생육촉진에 관여하는 IAA와 2,3-butadiol 생합성 관련 유전자를 T20E- 257 균주 유전체에서 확인하였다.
이신애,김현수,김이슬,상미경,송재경,원항연,Lee, Shin Ae,Kim, Hyeon Su,Kim, Yiseul,Sang, Mee Kyung,Song, Jaekyeong,Weon, Hang-Yeon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.4
본 연구에서 생물 및 비생물학적 스트레스에 내성을 유도하는 식물 생육 촉진 세균인 Variovarx sp. PMC12 균주의 유전체 염기서열을 분석하였다. PMC12 균주의 유전체는 5,873,297 bp와 1,141,940 bp 크기의 원형 염색체 2개로 구성되었다. 총 6,436개 단백질 유전자, rRNA 9개, tRNA 64개, ncRNA 3개와 유사유전자 80개가 확인되었다. 유전체상에서 발견된 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase, 항산화 활성, 인산 가용화, 프롤린 생합성, 시드로포어 생합성과 관련된 유전자들은 PMC12 균주가 염, 온도, 병원균에 대한 스트레스에 대한 식물의 내성 유도와 관련되어 있을 것으로 판단된다. Variovorax sp. PMC12 is a rhizobacterium isolated from tomato rhizosphere and enhanced the plant resistance to abiotic and biotic stresses. Here we present the complete genome sequence of strain PMC12. The genome is comprised of two circular chromosomes harboring 5,873,297 bp and 1,141,940 bp, respectively. A total of 6,436 protein-coding genes, 9 rRNAs, 64 tRNAs, 3 ncRNAs, and 80 pseudogenes were identified. We found genes involved in 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase, antioxidant activity, phosphate solubilization, and biosynthesis of proline and siderophore. Those genes may be related to capability of improving plant resistance to various stresses including salinity, cold temperature, and phytopathogen.
이신애,김상윤,상미경,송재경,원항연,Lee, Shin Ae,Kim, Sang Yoon,Sang, Mee Kyung,Song, Jaekyeong,Weon, Hang-Yeon The Microbiological Society of Korea 2017 미생물학회지 Vol.53 No.4
토마토 뿌리에서 분리한 Chryseobacterium sp. T16E-39 균주는 식물생육촉진과 역병, 시들음병에 대한 억제효과가 있었다. 이 균주의 유전체 염기서열은 4,873,888 염기쌍이었으며 G + C 함량은 35.22%이었다. 이 유전체는 4,289개 단백질 유전자, 15개 rRNA 유전자, 71개 tRNA 유전자를 포함하였다. T16E-39 균주의 유전체에서 인산가용화, 식물호르몬 조절, 항산화 활성, 키틴 분해, 제9형 분비시스템에 관여하는 유전자를 확인하였으며, 이들 유전자는 식물의 생육을 촉진하고 병발생을 억제하는 기작과 관련되어 있을 것으로 판단된다. Chryseobacterium sp. strain T16E-39, isolated from roots of a tomato plant, promotes plant growth and suppresses phytophthora blight and bacterial wilt diseases. The complete genome of strain T16E-39 consists of a circular chromosome with 4,872,888 base pairs with a G + C content of 35.22%. The genome includes 4,289 coding sequences, 15 rRNAs, and 71 tRNAs. We detected genes involved in phosphate solubilization, phytohormone regulation, antioxidant activity, chitin degradation, and the type IX secretion system (T9SS) that may be related to growth promotion and disease suppression in plants.
이춘배(Chun Bae Lee),장윤주(Youn Choo Jang),이진호(Jin Ho Lee),이정석(Jung Seok Lee),이지연(Ji Yeon Lee),이신애(Shin Ae Lee),김종우(Jong Woo Kim) 대한산부인과학회 2000 Obstetrics & Gynecology Science Vol.43 No.7
Gestational trophoblastic tumor became one of the curable disease due to the development of chemotherapy, appropriate follow up of β- human chorionic gonadotropin and others. But metastatic trophoblastic tumor still shows high mortality rate because of resistance to the chemotherapy and large tumor burden.One of the important prognostic factors determining the prognosis of gestational trophoblastic tumor is antecedent pregnancy, which affects the response to therapy. Choriocarcinoma following term pregnancy is rare one with the incidence of one per 160,000 pregnancies in United States and the prognosis is poor because of late diagnosis and combined high risk prognostic factors.We present a choriocarcinoma following term pregnancy that required emergency total abdominal hysterectomy due to profuse bleeding with brief review of literatures.
수업 준비를 위한 초등 과학 교사용 지도서 활용 실태 -2009 개정 과학과 3-4학년을 중심으로-
이신애 ( Shin Ae Lee ),임희준 ( Hee Jun Lim ) 한국초등과학교육학회 2016 초등과학교육 Vol.35 No.2
This study aims to investigate how elementary teachers use teachers`` guide in preparation for science lessons. First, different uses of teacher``s guide were analyzed. Second, how and why teachers use each section in teacher``s guide were analyzed. For the study, 24 elementary school teachers were interviewed in depth. The semi-structured in-depth interviews were conducted individually and/or in small group, and additional interviews were held when necessary. The results showed that most of the teachers used teacher’s guide only substitutionally, and some teachers rarely use teacher``s guide, while only 3 out of 24 teachers used teacher’s guide in detail. The reasons that teachers used the teacher’s guide substitutionally or rarely were that most science lessons include experiments, and science textbook itself provides enough information for preparation of science lessons for 3rd and 4th grade students. The results also revealed that only few teachers read the general guideline in teacher``s guide. Some sections of teacher``s guide were not used. The sections that many teachers used were the aims of lesson, the learning system of the unit, background knowledge, flow of lesson, learning contents and activities. This study specifically examined the actual use of teacher’s guide for lesson preparation and discussed implications for the development of more helpful teacher``s guide.
삼척오십천상;하류에 분포하는 황어, Tribolodon hakonensis (잉어과) 집단의 유전적 분화
이신애 ( Sihn Ae Lee ),이완목 ( Wan Ok Lee ),석호영 ( Ho Young Suk ) 한국환경생태학회 2012 한국환경생태학회지 Vol.26 No.4
잉어목(Cypriniformes) 황어아과(Leuciscinae)의 황어(Tribolodon hakonensis)는 회유성 어류로서 일생의 대부분을 바다에서 보내고 산란기인 3월 중순경부터 물이 맑은 하천으로 소상하여 자갈이나 모랫바닥에 집단으로 알을 낳는다. 본 연구의 목적은 5개의 microsatellite 유전자 분석을 통하여 단편화된 하천에서 황어 집단 간 유전자 흐름과 다양성을 측정하는 것이다. 강원도 삼척 오십천은 여러 대형 보에 의해 부분적으로 단편화되어 있는 중형 하천으로, 본 연구에서 하류지역과 대형 보를 여러 번 지나야 다다를 수 있는 상류지역에서 채집한 황어 개체들의 유전자형을 비교, 분석하였다. 유전자 분석 결과 상, 하류 집단들은 많은 대립인자를 공유하지만 그 빈도에 있어 다소 큰 차이를 보였다. 상류와 하류 간 유전적 분화(FST)는 0.083 정도로 두 집단 간에는 제한된 유전적 흐름만이 존재한다고 볼 수 있다. 상류집단이 유전적으로 고립이 되어 있지만 뚜렷한 유전적 다양성의 감소나 집단의 크기 감소가 관찰되지는 않았다. 이러한 양상을 개체 수준에서 증명하기 위해 Bayesian 통계를 이용, 집단의 유전적 구조를 파악하였다. 분석 결과 삼척 오십천 개체들은 2개의 유전적 cluster로 구분할 수 있으며, 상류 집단 개체들은 모두 cluster 1에 해당하는 등 단일하게 나타났으나 하류 집단 개체 중 65 % 정도가 cluster 2에 그리고 나머지 개체들은 cluster 1에 해당하는 다양한 양상이 나타났다. 이로 미루어 두 집단은 유전적으로 분화되어 있고, 상류의 집단이 하류에 흘러 들어가는 경우는 있지만 하류로부터 유전적 공급은 거의 전무한 형태로 볼 수 있고, 인위적 구조물들이 이러한 집단 구조에 영향을 미쳤을 가능성이 있다. 본 연구에서 제시된 자료들은 향후 황어 집단의 보전 정책 등을 수립하는데 필요한 정보를 제시할 수 있을 것이다. Tribolodon hakonensis(Cypriniformes; Leuciscinae) is anadromous; they are born in freshwater, migrate back to the ocean, then return to their home stream for spawning from mid-March to early-June. Here, five microsatellites were used to assess the level of gene flow among T. hakonensis populations from the Samcheok-Oship Stream, South Korea. The frequencies of dominant alleles across several loci differed between down-and upstream populations divided by several weirs, and pairwise multilocus FST estimate was significantly high(0.083). However, there were no signs of any loss of genetic variation in the upstream population. Assignment tests of individuals in admixture model(K=2) to a set of baseline samples showed fairly correct assignment to each cluster; all of upstream individuals sere included in the first cluster, while the majority of downstream individuals(65%) comprise the second cluster. These results indicate reduced gene flow between up- and downstream populations but allowing passive downstream drift. It is likely that man-made structures might at least partially be a factor for creating and consolidating the current distribution patterns of genetic variation among T. hakonensis populations in the Samcheok-Oship Stream. This information will assist governing agencies in making informed decisions regarding conservation of anadromous fishes in Korean drainage systems.
위 내시경 영상에서의 비정상 분류를 위한 머신러닝 기반 컴퓨터 보조 진단 시스템
이신애(Sin-ae Lee),조현진(HyunChin Cho),조현종(Hyun-chong Cho) 대한전기학회 2020 전기학회논문지 Vol.69 No.1
Gastric cancer is the most common cancer and has been the number one incidence since 1999 in Korea(as of 2016). Gastrointestinal symptoms and functional gastrointestinal disorders comprise a large proportion of primary care and gastroenterology practice. We propose a Computer-aided Diagnosis (CADx) system that analyzing the traditional gastroscope images and help the medical experts improve the accuracy of medical diagnosis. The data set we used consists of 400 normal images and 285 abnormal images from 103 volunteers. We also extracted four color features and two texture features from each image. The Least Square Support Vector Machine(LS-SVM) classifier was used for normal and abnormal classification. LS-SVM finds the solution by solving a set of linear equations instead of a convex quadratic programming problem for classical SVMs. The AUC value was 0.85, which is 0.02 higher than that of normal SVM.