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박수준,노광식,이구현,김병길,정현주,Park Soo-Jun,Rho Kwang-Sik,Lee Gu-Hyun,Kim Pyung-Kil,Jeong Hyeon-Joo 대한소아신장학회 1997 Childhood kidney diseases Vol.1 No.1
Minimal change nephrotic syndrome is characterized by proteinuria, hypoproteinemia, edema, and hyperlipidemia. Children with onset of nephrotic syndrome between the age of 1 and 8 year are likely to have steroid response to minimal chage disease, but we experienced one case of minimal change disease which failed to respond to steroid therapy at beginning and subsequently developed acute renal failure. It was seen in a 5 year-old male child that presented with edema and gross hematuria. Peritoneal dialysis was performed for acute renal failure for 11 days. Patient was completely recorvered from acute renal failure and renal biopsy was done at 27th day after onset of disease which revealed typical picture of minimal change disease complicated by acute tubular necrosis. We beleive this case is very unusual and it may be the first case in the literature in terms of pediatric cases.
단백질 상호작용 네트워크에서의 개념 기반 기능 모듈 탐색 기법
박종민(Jong-Min Park),최재훈(Jae-Hun Choi),박수준(Soo-Jun Park),양재동(Jae-Dong Yang) 한국정보과학회 2007 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.34 No.10
In the protein interaction network, there are many meaningful functional modules, each involving several protein interactions to perform discrete functions. Pathways and protein complexes are the examples of the functional modules. In this paper, we propose a new method for detecting the functional modules based on concept. A conceptual functional module, briefly concept module is introduced to match the modules taking them as its instances. It is defined by the corresponding rule composed of triples and operators between the triples. The triples represent conceptual relations reifying the protein interactions of a module, and the operators specify the structure of the module with the relations. Furthermore, users can define a composite concept module by the counterpart rule which, in turn, is defined in terms of the predefined rules. The concept module makes it possible to detect functional modules that are conceptually similar as well as structurally identical to users’ queries. The rules are managed in the XML format so that they can be easily applied to other networks of different species. In this paper, we also provide a visualized environment for intuitionally describing complexly structured rules. 단백질 상호작용 네트워크는 생체 내에서 특정 역할을 담당하는 패스웨이나 복합체와 같은 중요한 의미의 많은 기능 모듈들을 포함하고 있다. 본 논문에서는 이 기능 모듈들과 정합될 수 있는 개념 모듈을 정의하고 이를 기반으로 원하는 기능 모듈들을 개념적으로 표현하고 효율적으로 탐색할 수 있는 새로운 방법을 제안한다. 개념 모듈은 트리플들과 이들 사이의 연산자로 이루어진 표현 규칙에 의해 정의되며 탐색하고자 하는 기능 모듈들의 구조를 개념적으로 표현한다. 이 표현 규칙에서의 트리플은 한 기능 모듈을 구성하는 단백질들 사이의 구체적인 상호작용 관계를, 연산자는 트리플들 사이의 구조적인 연관 관계를 각각 개념적으로 정의한다. 또한, 사용자는 사전에 표현 규칙에 의해 잘 정의된 개념들을 조합하여 새로운 의미의 복합 개념 모듈을 정의할 수도 있다. 복합 개념 모듈은 복잡한 기능 모듈들의 개념적 구조를 보다 정교하게 표현할 수 있기 때문에, 사용자 탐색 질의의 의미적 표현력을 획기적으로 높일 수 있다. 정의된 규칙들은 XML로 관리될 수 있어 다른 종류의 단백질 상호작용 네트워크에서 사용자가 유사한 모듈들을 탐색하기 위해 쉽게 적용 가능하다. 본 논문에서는 또한, 구조적으로 복잡한 규칙들을 직관적으로 표현하고 효율적으로 탐색하기 위한 시각화된 질의 환경도 구현하였다.
단백질 구조 비교를 위한 전처리 기법으로서의 주성분 분석
박성희 ( Sung Hee Park ),박찬용 ( Chan Yong Park ),김대희 ( Dae Hee Kim ),박수준 ( Soo-jun Park ),박선희 ( Seon Hee Park ) 한국정보처리학회 2004 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.11 No.2
본 논문에서는 두 단백질의 구조적 유사성을 기반으로 한 단백질 비교를 위해서 전처리 기법으로서의 주성분분석기법을 소개한다. 기존의 백본 및 알파탄소 간의 거리행렬(distance matrix), 2 차 구조 비교기법, 구역(segment)단위의 비교 기법과 같은 단백질 비교 기법들은 위치이동(translation)와 회전(rotation)에 불변한(invariant) 차이를 구하기 위하여 거리행렬을 이용하였다. 그리고, 난 다음 이들의 최적화 과정을 거쳤다. 그러나, 본 논문에서 제시하는 전처리 기법으로서의 주성분분석기법은 단백질 구조를 전체적인 구조 관점에서 위치를 정렬시킨 후에 단백질 간의 구조를 비교하는 방식이다. 단백질의 구조의 방향성(Orientation)을 맞춘 다음에는 다양한 단백질 표현으로 구조를 비교할 수 있다. 본 논문에서는 두 단백질의 구조의 유사성을 측정하기 위한 간결한 단백질 표현(representation)으로 3 차원 에지 히스토그램을 사용하였다. 이 기법은 방향성을 정렬하기 위하여 기존의 방법에서 사용되었던 반복적인 거리계산을 통한 최적화하는 과정을 없앰으로써 단백질 구조 비교 시간을 단축할 수 있는 새로운 단백질 구조 비교 패러다임을 가능하게 한다. 따라서, 이 패러다임을 통하여 적절한 단백질 구조 방향성 정렬과 단백질 구조 표현을 이용한 단백질 구조 비교 검색 시스템은 많은 양의 단백질 구조 정보로부터 원하는 형태의 단백질 구조를 빠른 시간에 검색할 수 있는 장점을 가질 수 있다.
윤주영(Joo Young Yoon),박근수(Kunsoo Park),임명은(Myung Eun Lim),정명근(Myung Geun Chung),박수준(Soo-Jun Park),박선희(Sun Hee Park),심정섭(Jeong Seop Sim) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.2
유전자의 발현은 전사인자와 전사인자 결합부위의 결합에 의해 조절된다. 따라서 이러한 결합부위를 예측하는 것은 유전학 분야에서 중요한 이슈이다. 본 논문에서는 접미사 배열을 이용하여 전사인자가 결합할 것으로 예상되는 DNA 서열들의 공통서열을 추출하고, 이를 다시 입력 서열과 부분 정렬을 수행함으로써 전사인자가 결합하는 부위를 예측하는 알고리즘을 제시한다. 그리고 알려진 전사인자 결합부위를 가진 데이터로 실험한 결과를 통해 제시된 추출 방법의 성능에 대하여 논의한다.
최재훈(Jae-Hun Choi),박성희(Sung-Hee Park),박수준(Soo-Jun Park),강희범(Hee-Beom Kang) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.1B
본 논문에서는 에지 디스크립션 템플릿을 이용한 개념기반 이미지 검색 모델을 제안한다. 이 모델은 하나의 개념과 관련된 여러 형태의 이미지 템플릿들을 명시한 지식베이스를 채용한다. 여기서, 이미지 템플릿은 MPEG-7 국제 표준으로 채택된 에지 히스토그램 디스크립션 방법으로 표현된다. 따라서, 하나의 이미지는 자신의 에지 히스토그램과 유사한 템플릿를 가지는 개념으로 색인될 수 있기 때문에 이 모델은 방대한 이미지에 대한 자동 색인과 개념기반 검색을 지원할 수 있다.