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한국산 참굴(Crassostrea gigas) 미토콘드리아 DNA의 유전적 분석
김상해,박미선,김영훈,박두원,KIM Sang Hae,PARK Mi Seon,KIM Young Hun,PARK Doo Won 한국수산과학회 1997 한국수산과학회지 Vol.30 No.5
한국산 참굴의 유전적 특성을 조사하기 위하여 한국의 지역별 참굴을 대상으로 mtDNA 제한효소 절편분석과 클로닝을 수행하였다. 지역별로 각각 20개체의 mtDNA에 대하여 8가지 제한효소를 사용하여 DNA 절편양상을 분석한 결과 서해안산 참굴에서는 개체간 차이가 없는 단일 양상이었으며 남해안산의 경우는 두 가지 양상을 보였으며 차이는 HindIII 절단양상에서만 나타났다. 그 중 소수 개체들에서 나타난 양상은 서해안산 개체들에서의 양상과 동일하여 남해안에 서해안산 참굴이 유입되어 혼재하는 것으로 추정되었다. 한국산 참굴의 mtDNA를 대장균 E. coli HB101에서 클로닝하여 유전적 분석을 용이하도록 하였다. 전체 mtDNA를 제한효소를 사용하여 세부분으로 나누어 pUC19 유전자운반체에 클로닝하였다. 클로닝된 재조합 DNA를 제한효소들로 절단하여 한국산 참굴 mtDNA의 제한효소지도를 작성하였다. 남해안산과 서해안산 참굴 mtDNA에서 HindIII 적단 양상이 다르게 나타남을 확인하였고 이는 남해안산이나 서해안산에서 염기치환의 돌연변이에 의한 것으로 사료되었다. The genetic differentiation and characteristics of two oyster populations (Crassostrea gigas) in Korea were assessed based on the restriction fragment length polymorphisms (RFLP) analysis and the restriction patterns of subcloned mtDNA. The restriction fragments of twenty individuals in West Sea revealed an identical pattern, determined by 8 restriction enzymes. On the other hand, two haplotypes having variation at the HindIII site were shown in the specimens from South Sea; minor haplotypes (4 of 20) were similar to the results obtained from individuals in West Sea while major haplotypes were different from those in West Sea. It was suggested that oysters (C. gigas) of West Sea might have been introduced to South Sea. Each mitochondrial DNA from two oyster populations in Korea and from one in Japan was divided to three parts and subcloned into pUC19 to use in genetic studies effectively. Restriction map was constructed based on the cleavage pattern by multiple restriction enzymes.
Platinum(Ⅱ) Complex와 DNA bases인 Adenine, Guanine 그리고 Cytosine의 Interaction에 대한 전자구조
김의락,김상해,Kim, Ui Rak,Kim, Sang Hae,Edward A. Boudreaux 대한화학회 1990 대한화학회지 Vol.34 No.6
DNA base인, Adenine, Guanine 그리고 Cytosine과 diaminecytosineplatinum(DCP)의 상호작용을 SC-MEH 방법에 의하여 계산한 결과, DNA base와 DCP 결합력의 크기는 guanine > adenine > cytosine임을 알 수 있었고, cis-백금(II)착물이 trans-백금(II) 착물보다 안정화에너지가 더 크게 나타남을 adenine-DCP 착물계에서 볼 수 있었다. DNA bases ring의 atomic charge는 백금(II)착물의 배위에 의해 많은 charge 변화가 있음을 관찰하였고, 이 효과에 의하여 백금(II)착물의 항암성 메카니즘을 설명할 수 있었다. Molecular Orbital calculations using the SC-MEH method have been carried out for the interaction of Adenine, Guanine and Cytosine as DNA base and diaminecytosineplatinum(DCP) in various conformations. The results showed that the order of DCP binding to the DNA bases was guanine > adenine > cytosine and the stabilization energy of cis-isomer was larger than that of trans-isomer in the adenine-DCP complexes system. Furthermore, platinum(II) binding to DNA bases markedly gives rise to change of atomic charge in DNA bases ring, which can explain anti-tumor activity of platinum complex.
김의락,김상해,Kim, Ui Rak,Kim, Sang Hae,Edward A. Boudreaux 대한화학회 1990 대한화학회지 Vol.34 No.4
cis-diamminedichloroplatinum (II)에서 아민리간드가 변화할 때, 항암성과 백금원자의 전자구조 사이의 관계를 연구하였고, 또 이러한 착물과 DNA base인 1-methylcytosine의 상호작용에 대한 메카니즘을 알기 위해서 백금(II)착물들을 분자궤도함수론적으로 연구하였다. 그 결과, 백금착물에서 중심금속의 atomic charge가 항암성에 영향을 미치고 있음을 알았다. 또한 백금착물과 1-methylcytosine의 결합은 리간드에서 금속원자로 전하이동을 하였고, 이 때 Pt(II)의 6p-orbital이 중요한 하고 있음을 발견한다. Pt-N3결합성은 $\alpha$ 와 $\pi$ 성분을 포함하고 있으며, 실험한 값과 비교할 때 비교할 때 항암성이 큰 백금착물일수록 Pt-N3 결합이 강하게 형성하고 있었다. It has been studied that relations between electronic structure and anti-tumor activity by variation of amine group in cis-diamminedichloroplatinum (Ⅱ) complexes. We were also interested in these Pt (Ⅱ) complexes interaction with 1-methylcytosine of DNA base and the electronic structure of these complexes in order to understand the mechanism of the metal-nucleobases interaction. The results showed that net charge of center metal in Pt complexes effect anti-tumor activity. The mechanisgm of the bonding between metal and ligands largely based on charge transfer from ligand to metal atom. Furthermore, the established molecular orbitals showed that metal 6p-orbitals played an important role in the bonding scheme for the interactions between platinum (Ⅱ) complexes and 1-methylcytosine. We also found that the stronger Pt-N3 bonding strength became, the better anti-tumor agents were.
Molecular Connectivity法을 이용한 有機化合物과 二成分 混合物에 對한 物理化學的 性質에 關한 硏究 (Ⅱ)
김의락,민경섭,이명재,김상해,정봉진,Ui-Rak Kim,Kyung-Sub Min,Myung-Jae Lee,Sang-Hae Kim,Bong-Jin Jeong 대한화학회 1992 대한화학회지 Vol.36 No.4
기체 및 액체 상태의 여러가지 유기화합물(alcohol, acetate, alkane, acid 및 substituted NH$_2$)과 이성분계 혼합용액(n-alkane/1-chloroalkane)에 대한 점성도를 계산하기 위하여, 분자의 크기, 가지의 형태, 환상구조, 불포화의 정도, 분극성 등이 분자의 성질에 미치는 영향을 잘 설명하여 주는 molecular connectivity index, Wiener index 및 ad hoc descriptor 방법을 이용하였다. 그 결과 기체 상태에 대해서는 Wiener index 방법이, 액체 상태에 대해서는 ad hoc descriptor 방법이 그리고 이성분계에 대해서는 molecular connectivity index 방법이 우수한 방법임을 알 수 있었으며, 각각의 방법으로 구한 최적 상관관계식을 이용하여 점성도를 계산하였고, 이와 같이 구한 이론치와 점성도의 실측치를 비교할 때, 매우 잘 일치하는 결과를 얻을 수 있었다. The viscosities of organic compounds (alcohols, acetates, alkanes, acids, substituted $NH_2$) in liquid states, gas states and the binary mixtures of n-alkane / 1-chloroalkane were calculated by molecular modeling techniques. The molecular descriptors of molecular modeling technique are Molecular connectivity indices, Wiener indices and ad hoc descriptors, which can encode the information of compound properties about the effect of size, branching, cyclization, unsaturation, heteroatom content, polarizability, and so on. The successful results among method have been Molecular connectivity indices, binary mixtures of n-alkane / 1-chloroalkane, Wiener indices for gas state and ad hoc descriptor for liquid states. Also we obtained the regression equations for viscosities using molecular modeling indices for gas, liquid states and binary mixtures of n-alkane / 1-chloroalkane. The calculated viscosity values for organic compounds are in good agreement with experimental results.
Molecular Connectivity법에 의하여 발암성 Benzenoid 탄화수소의
김의락,은종국,이명재,김상해,Ui Rak Kim,Jong Guk Eun,Myung-Jae Lee,Kim Sang Hae 대한화학회 1987 대한화학회지 Vol.31 No.2
Benzenoid 탄화수소의 발암성은 분자의 위상학적 성질에 크게 의존하며, 특히 benzenoid탄화수소가 발암성을 가질려면 그 구조상에 "bay region"이라고 알려진 부분이 존재하여야 한다는 것이 널리 알려져 있다. 81가지 benzenoid 탄화수소에 대하여 발암성 "bay region"을 molecular connectivity index의 크기는 그들 화합물 중에 단일결합을 가지는 화합물을 제외하고는 아주 잘 일치함을 알 수 있었다. The carcinogenicity of benzenoid hydrocarbons apparently depends strongly on the topological nature of the molecule. The existance of certain regions in the structure which are known propensity of benzenoid hydrocarbons to be carcinogenic. We try to identify the correlation between the number of potentially carcinogenic bay region in each of them and the quantity of Molecular Connectivity Index for 81 benzenoid hydrocarbons. Results indicate an excellent linear correlation between the number of bay region and the quantity of molecular connectivity index except the molecular containing single bond in their structure.
Molecular Connectivity 법에 의한 탄화수소들의 $\pi$-결합에너지에 관한 이론적 연구 (제 1 보)
김의락,은종국,이명재,김상해,Ui Rak Kim,Jong Guk Eun,Myung-Jae Lee,Sang Hae Kim 대한화학회 1987 대한화학회지 Vol.31 No.2
불포화고리 아닌 화합물(unsaturated acyclic hyrocarbons)과 불포화고리 화합물(unsaturated acyclic hyrocarbons) 153가지에 대한 $\pi$-결합에너지를 Huckel 분자궤도 함수론적으로 계산한 $E_{\pi}$값과 Kier의 molecular connectivity index, $\chi$와 비교하여 계산한 값 사이의 관계가 대단히 잘 일치함을 알 수 있고, Molecular Connectivity Index 중 일차 valence connectivity index, $^1{\chi}^v$가 $E_{\pi}$와 좋은 상관관계가 있다. $\pi$-Binding energy of the 153 kinds of unsaturated acyclic polyenes and unsaturated cyclic polyenes has been calculated by the Kier's Molecular Connectivity Index. An excellent linear correlation is found between HMO $\pi$-binding energy and $\pi$-binding energy calculated by the Kier's Molecular Connectivity Index. In either class of unsaturated acyclic hydrocarbons and unsaturated cyclic hydrocarbon, the regression analysis reveals a highly significant linear correlation between $E_{\pi}$ and $^1{\chi}^v$ (the first order valence connectivity index).