보리수나무 뿌리혹 공생균주인 Frankia EuIK1의 nifH, D클로닝

김호방,김준호,송순달,안정선,Kim, Ho-Bang,Kim, Chun-Ho,Song, Seun-Dal,An, Chung-Sun 한국미생물학회 1994 미생물학회지 Vol.32 No.4

보리수나무(Elaeagnus umbellata) 뿌리혹엣 분리한 공생균주인 Frankia 균주 EuIK1 게놈에 대해 K. pneumoniae의 nifH,D를 탐침으로 Southern hybridization을 수행한 결과, 3.2 Kb와 5.5 Kb BamHI 절편과 15 Kb PstI 절편이 강한 혼성화 반응을 보여 이들 절편에 nifH,D 유전자가 존재함을 확인하였다. 동일 탐침을 사용한 colony hybridization을 통해 pWE15 cosmid vector 에 작성되 게놈 library로부터 하나의 nif-클론 (pEuNIF)을 선별하였다. 이 클론을 BamHI으로 절단한 후 동일한 탐침으로 혼성화 반응을 수행한 결과, 3.2 Kb와 5.5 Kb가 강한 혼성화 반응을 보였으며, 이 결과는 게놈 혼성화 반응 결과와 일치하였다. 그러나 Frankia FaC1의 nifH 만을 탐침으로 이용한 결과 3.2Kb BamHI 절편만이 혼성화 반응을 나타내었다. 또한 3.2 Kb의 3‘ 말단과 5.5 Kb의 5’ 말단의 염기서열로부터 추론한 아미노산 서열을 ArI3의 nifD와 비교한 결과 182번부터 240번까지, 241번부터 282번까지의 아미노산 서열과 각각 매우 높은 유사성을 보였다. 이러한 결과로부터 3.2Kb 절편에는 nifH와 일부의 nifD 서열이 존재하고, 이 절편에 연속된 5.5Kb 절편에는 나머지 nifD서열이 존재함을 알 수 있었다. Genomic Southern hybridization of Frankia EuIKl strain, a nitrogen fixing symbiont of Elaeagnus umbellate root nodules, with nifH,D of K. pneumoniae as a probe, showed that 3.2 Kb and 5.5 Kb of BamHI fragments and 15 Kb PstI fragment were strongly hybridized with the probe, indicating nifH,D are located on these fragments. Using the same probe, one clone(pEuNIF) was isolated from the genomic library constructed into pWE15 cosmid vector by colony hybridization. The 3.2 Kb and 5.5 Kb BamHI fragments of this clone were hybridized with the same probe and this result corresponds to the genomic Southern hybridization data. However, using nifH of Frankia FaCl strain as a probe, only the 3.2 Kb BamHI fragment showed hybridization signal. Amino acid sequence deduced from nucleotide sequence of 3' terminus of the 3.2 Kb and 5' terminus of the 5.5 Kb fragments showed that the former was highly homologous with that of ArI3 nifD from 182nd to 240th amino acids, while the latter was from 241st to 282nd amino acids. These results show that nifH and partial nifD sequences are located on the 3.2 Kb fragment and residual sequences of nifH on the 5.5 Kb fragment which is contiguous to the 3.2 Kb fragment.

GM 파파야 개발 및 생물안전성 평가 연구 동향

김호방,이이,김창기,Kim, Ho Bang,Lee, Yi,Kim, Chang-Gi 한국식물생명공학회 2018 식물생명공학회지 Vol.45 No.3

파파야는 열대와 아열대 지역에서 광범위하게 재배되고 있는 주요 작물 중의 하나이다. 파파야 열매는 칼로리가 낮고 비타민 A와 C, 미네랄이 풍부하며, 미숙과에는 단백질 분해 효소인 파파인이 풍부하여 의약품, 화장품, 식품 가공 산업 등에 널리 활용되고 있다. 전세계 파파야 산업에서 가장 중요한 제한 요인 중의 하나가 potyvirus에 속하는 papaya ringspot virus (PRSV)에 의해 야기되는 식물병이다. 1992년에 미국 연구자들에 의해 PRSV의 coat protein (cp) 유전자를 발현하는 최초의 PRSV-저항성 GM 파파야 이벤트($R_0$ '55-1')가 만들어졌으며, 1997년에는 이로부터 유래한 GM 품종('SunUp', 'Rainbow')에 대해 미국 정부가 상업적 재배를 승인하였다. 현재까지 GM 파파야 개발은 해충 저항성, 병 저항성(곰팡이, 바이러스), 수확 후 저장성 증대, 알루미늄과 제초제 저항성 등의 형질에 초점을 맞추어 왔다. 아울러 파파야를 동물단백질(백신 등) 생산을 위한 식물공장으로 활용하기 위한 시도도 이루어졌다. 현재, 미국과 중국을 비롯한 약 17개 국가에서 GM 파파야 개발과 포장 실험 또는 상업적 재배가 이루어지고 있다. GM 파파야의 개발과 더불어 생물안전성 평가 및 GM 판별 기술 개발에 관한 연구도 이루어지고 있다. 생물안전성 평가와 관련하여 주로 인체 위해성과 환경 위해성에 관한 분석이 수행되고 있다. 인체 위해성의 경우, 동물 모델을 대상으로 장기간 식이섭취를 통해 일반 및 유전 독성, 알레르기항원성, 면역 반응, GM 유래 단백질의 안정성에 관한 연구가 수행되었다. 환경 위해성의 경우, GM 재배가 토양 미생물 다양성에 미치는 영향, GM 유래 유전물질의 토양 잔류 및 토양 미생물로의 전이 여부에 관한 연구가 이루어졌다. 우리나라, 유럽 및 일본을 비롯한 많은 나라에서는 상업적 재배를 위한 GM 품종 도입이나, 파파야 가공 식품 제조에 비승인 GM 파파야의 사용을 규제하고 있다. 도입 유전자 특이적 또는 이벤트 특이적인 분자표지를 개발하고, PCR(일반, real-time) 또는 loop-mediated isothermal amplification 방법을 통해 GM 여부를 판별하고 있다. 파파야에 대한 초안 수준의 유전체 정보가 2008년에 해독되었으며, 최근에는 차세대 유전체 분석 기술로 확보된 유전체와 전사체 정보를 활용하여 GM 여부를 판별하는 기술도 확립되었다. Papaya (Carica papaya L.) is one of the crops widely planted in tropical and subtropical areas. The papaya fruit has low calories and are plentiful in vitamins A and C and in minerals. A major problem in papaya production is a plant disease caused by the papaya ringspot virus (PRSV). The first PRSV-resistant GM papaya expressing a PRSV coat protein gene was developed by USA scientists in 1992. The first commercial GM papaya cultivars derived from the event was approved by the US government in 1997. Development of transgenic papayas has been focused on vaccine production and limited agricultural traits, including insect and pathogen resistance, long shelf life, and aluminum and herbicide tolerance. Approximately 17 countries, including the USA and China, produced transgenic papayas and/or commercialized them, which provoked studies on biosafety assessment and development of GM-detection technologies. For the biosafety assessment of potential effects on human health, effects of long-term feeding to model animals have been studied in terms of toxicity and allergenicity. Studies on environmental safety assessment include influence on soil-microbial biodiversity and transfer to soil bacteria of GM selection markers. Many countries, such as Korea, the European Union, and Japan, that have strict regulations for GM crops have serious concerns about unintended introduction of GM cultivars and food commodities using unauthorized GM crops. Transgene- and/or GM event-specific molecular markers and technologies for genomics-based detection of unauthorized GM papaya have been developed and have resulted in the robust detection of GM papayas.

감귤 분자육종을 위한 분자표지 개발 현황 및 전망

김호방,김재준,오창재,윤수현,송관정,Kim, Ho Bang,Kim, Jae Joon,Oh, Chang Jae,Yun, Su-Hyun,Song, Kwan Jeong 한국식물생명공학회 2016 식물생명공학회지 Vol.43 No.3

세계적인 과수작물로서의 경제적 중요성에도 불구하고, 감귤 생산은 주로 자연교잡 실생이나 눈 돌연변이로부터의 선발 또는 단순 품종 도입 등을 통해 이루어지고 있는 실정이다. 긴 유년기, 다배성, 자가불화합성과 같은 감귤 고유의 식물학적 특성, 주요 형질들(병저항성, 수량성, 품질 등)의 QTL에 의한 조절 등은 전통 육종을 통한 우수 품종의 개발을 어렵게 하는 요인이다. 지구 온난화에 의한 생산 여건의 급격한 변화, 소비자 요구 다양화 등은 고품질 감귤의 조기 선발과 안정적 생산, 품종 다양화, 육종 비용 절감 등을 위한 체계적인 감귤 분자육종 프로그램의 도입을 요구하고 있다. 동위효소를 이용한 최초의 감귤 연관지도 작성이 이루어진 이래, 다양한 분자표지를 이용한 연관지도 작성, 생물(CTV, CiLV, ABS, 선충] 및 비생물적(염분, 저온) 스트레스, 아포믹시스, 다배성, 과실착색(카로티노이드, 안토시아닌), 무종자, 웅성불임, 신맛 적음, 생식, 형태(나무, 잎, 꽃, 열매 등), 과실 품질, 종자수, 수량성, 조기 착과 등과 연관된 분자표지 발굴, QTL 맵핑 등이 이루어졌다. CTV 저항성과 적육(안토시아닌 축적) 형질에 대해서는 유전자 클로닝이 이루어졌고, 교배 육종 효율 증대 및 비용 절감을 위해 교잡배와 주심배를 구분하기 위한 다수의 simple sequence repeat (SSR) 분자표지가 개발되었다. 최근, 스위트오렌지와 '클레멘타인' 만다린에 대한 고품질의 표준 유전체가 완성되어 유전체 기반 감귤 분자육종을 위한 토대가 마련되었다. 표준 유전체 정보를 토대로 대규모 분자표지(SNP, SSR, InDel) 기반의 표준 연관 및 물리지도 작성, 비교 유전체 지도 작성, gene annotation, 전사체 분석 등이 활발히 이루어지고 있다. 감귤 유전자원 및 핵심집단에 대해 표준 유전체 기반 비교 유전체 분석, GBS (genotyping-by-sequencing), GWAS (genome wide association study) 등을 통해 감귤의 다양한 형질과 연관된 분자마커 발굴 및 개발, 유용/변이 유전자 클로닝 등에 관한 연구가 가속화될 것으로 전망된다. 또한 표적 유전체 교정 및 VIGS (virus-induced gene silencing) 기술도 유전자 마커의 검증을 비롯한 감귤 분자육종 프로그램에 활발히 이용될 것이다. Citrus is an economically important fruit crop widely growing worldwide. However, citrus production largely depends on natural hybrid selection and bud sport mutation. Unique botanical features including long juvenility, polyembryony, and QTL that controls major agronomic traits can hinder the development of superior variety by conventional breeding. Diverse factors including drastic changes of citrus production environment due to global warming and changes in market trends require systematic molecular breeding program for early selection of elite candidates with target traits, sustainable production of high quality fruits, cultivar diversification, and cost-effective breeding. Since the construction of the first genetic linkage map using isozymes, citrus scientists have constructed linkage maps using various DNA-based markers and developed molecular markers related to biotic and abiotic stresses, polyembryony, fruit coloration, seedlessness, male sterility, acidless, morphology, fruit quality, seed number, yield, early fruit setting traits, and QTL mapping on genetic maps. Genes closely related to CTV resistance and flesh color have been cloned. SSR markers for identifying zygotic and nucellar individuals will contribute to cost-effective breeding. The two high quality citrus reference genomes recently released are being efficiently used for genomics-based molecular breeding such as construction of reference linkage/physical maps and comparative genome mapping. In the near future, the development of DNA molecular markers tightly linked to various agronomic traits and the cloning of useful and/or variant genes will be accelerated through comparative genome analysis using citrus core collection and genome-wide approaches such as genotyping-by-sequencing and genome wide association study.

해녀콩 Uricase 2 의 cDNA 염기서열과 발현

김호방(Ho Bang Kim),안정선(Chung Sun An) 한국식물학회 1993 Journal of Plant Biology Vol.36 No.4

Two full length cDNA clones encoding uricase Ⅱ were isolated by plaque hybridization of a nodule cDNA library of Canavalia lineata with a uricase Ⅱ cDNA clone from soybean as a probe. Clone pcCINUO-01 was consisted of 1,611 bp with one open reading frame (ORF) of 924 nucleotides (NT), while clone pcCINUO-02 was consisted of 1,024 bp with one ORF of 903 NT. Nucleotide sequences for ORFs of the two clones showed 88.9% and 89.3% homology, respectively, to that of soybean uricase Ⅱ. Deduced amino acid sequence homologies to soybean uricase Ⅱ were 84.1% and 85.4%, respectively. At 313 NT downstream of the termination codon in pcCINUO-01, putative signal (AATAAA) for poly(A) addition was found, and 17 residues of poly(A) was found further downstream of 21 NT. The peroxisome-targeting signal (Ser-Lys-Leu) was also found at the carboxyl terminal of the deduced amino acid sequences for both ORFs. Deduced amino acid composition of pcCINUO-01 and pcCINUo-02 shows that the ratios of basic amino acids (Arg, His, Lys) and of pcCINUO-01 and pcCINUO-02 shows that the ratios of basic amino acids (Arg, His, Lys) and acidic amino acids (Asp, Clu) are 46 to 35 and 47 to 35, respectively. This amino acid composition indicates a basic nature of uricase Ⅱenzyme. According to Northern analysis of different organs, uricase Ⅱ gene was expressed only in root nodule. Genomic hybridization also revealed that the uricase Ⅱ gene may be present as a small multigene family on the genome of C. lineata.

Analysis of the genetic diversity and population structure of Lindera obtusiloba (Lauraceae), a dioecious tree in Korea

김호방(Ho Bang Kim),이혜영(Hye-Young Lee),이미선(Mi Sun Lee),이이(Yi Lee),최용태(Youngtae Choi),김성열(Sung-Yeol Kim),최재영(Jaeyong Choi) (사)한국식물생명공학회 2023 JOURNAL OF PLANT BIOTECHNOLOGY Vol.50 No.4

Expansin 유전자를 이용한 담배의 형질전환

최동수,김호방,김정회,신주식,석영선,정찬문,이이,Choi Dongsu,Kim Ho-Bang,Kim Jeong-Hoe,Shin Ju-Sik,Seok Yeong-Seon,Chung Chan-Moon,Lee Yi 한국연초학회 2005 한국연초학회지 Vol.27 No.2

Tobacco (Nicotiana tabacum L.) cells were transformed with rice expansin genes, OsEXPA4, OsEXPB3, OsEXPB4, and OsEXPB6, to elucidate the function of the genes in tobacco cells. The transformation increased the mass of the callus by $36\%-65 \%$, and the cell length by $12\%-28\%$. The cell width was decreased by $3\%$ for OsEXPB3, not changed for OsEXPB4, increased by $25\%\;and\;20\%$ for OsEXPA4 and OsEXPB6, respectively. From database search, seven expansin genes were found and six of them belong to EXPA group and one of them belongs to EXPB group. EXLA and EXLB were not found. All tobacco expansin genes were evenly distributed in the phylogenetic tree of rice and Arabidopsis expansin genes.

Development of Simple Sequence Repeat Markers and Genetic Diversity Analysis of Codonopsis lanceolata Collected from Korea

Serim Kim(김세림),Jin Su Gil(길진수),Yurry Um(엄유리),Ho Bang Kim(김호방),Seong Cheol Kim(김성철),Yi Lee(이이) 한국약용작물학회 2016 한국약용작물학회 학술대회논문집 Vol.2016 No.2

Development of Simple Sequence Repeat Markers from Codonopsis lanceolata Using Next Generation Sequencing

Serim Kim(김세림),Jin Su Gil(길진수),Yurry Um(엄유리),Ho Bang Kim(김호방),Yi Lee(이이) 한국약용작물학회 2016 한국약용작물학회 학술대회논문집 Vol.2016 No.1

Identification of Flowering-related Genes in Angelica gigas Nakai

Ju Hyeok Kim(김주혁),Jin Su Gil(길진수),Ho Bang Kim(김호방),Young Hoon Jeong(정영훈),Sung Cheol Koo(구성철),Yi Lee(이이) 한국약용작물학회 2023 한국약용작물학회 학술대회논문집 Vol.2023 No.1

Angelica 속 식물의 종판별을 위한 연구현황 및 전망

길진수,박상익,이이,김호방,김성철,김옥태,차선우,정찬식,엄유리,Gil, Jinsu,Park, Sang ik,Lee, Yi,Kim, Ho Bang,Kim, Seong-Cheol,Kim, Ok-Tae,Cha, Seon-Woo,Jung, Chan Sik,Um, Yurry 한국식물생명공학회 2016 식물생명공학회지 Vol.43 No.2

약용 식물 자원은 천연 화장품 소재, 제약 산업 그리고 인간의 건강을 위한 기능성 식품의 개발로 확대 된 이후 중요한 자산이 되고 있다. 그러나 세계적으로 약용 식물의 명칭을 각각 다르게 표기하고 있으며 계통 발생학적 기원이 명확하지 않다는 단점을 지니고 있다. 이 때문에 소비자들은 매우 큰 혼란을 겪고 있으며 특히 형태학적으로 유사한 식물의 말린 뿌리로 유통될 때에는 전문가들도 그들의 기원을 구별하기가 매우 어렵다. 이러한 이유때문에 이처럼 광범위하고 다양한 작물의 기원을 식별하기 위해 분자표지 기법을 적용하여 활용되고 있다. 이 리뷰에서 본 연구자들은 Angelica종의 분화에 관한 적합한 '기원정립'을 위한 현재의 연구 성과들을 정리했다. 결론적으로 Angelica종의 식별을 위해 개발된 분자적 연구에 대해 설명하고 약용작물의 유전체 정보를 활용하여 그들의 기원정립 및 판별에 대해 논의할 것이다. Medicinal plants resources are becoming important assets since their usages have been expanded to the development of functional foods for human health, natural cosmetics, and pharmaceutical industries. However, names are different from each country and their phylogenetic origins are not clear. These lead consumers to be confused. In particular, when they are morphologically similar and distributed as dried roots, it is extremely difficult to differentiate their origins even by specialists. Recently, molecular markers have been extensively applied to identify the origin of many crops. In this review, we tried to overview the current research achievements for the development of suitable 'origin identification' regarding to the differentiation of Angelica species. Furthermore, more advanced techniques including amplification genome based marker analyses are also discussed for their practical applications in the authentication of particular medicinal plant in Angelica species.