다양한 PCR용 DNA 추출법에 의한 패류 내 Megalocytivirus의 검출

김진우 ( Jin Woo Kim ),조미영 ( Mi Young Cho ),진지웅 ( Ji Woong Jin ),김기홍 ( Ki Hong Kim ),정현도 ( Hyun Do Jeong ),김광일 ( Kwang Il Kim ) 한국어병학회 2011 한국어병학회지 Vol.24 No.2

패류 내에 오염되어 있는 바이러스의 검출에 있어서 정성·정량적 분석이 가능하며 신속하고 간편한 방법의 개발을 이루고자 하였다. 5g의 굴 중장선 조직을 Glycine buffer 및 PEG 8000 용액을 사용하여 제조한 농축 시료 (T5g-D)와 50mg의 굴 중장선 조직으로부터 직접적으로 제조한 시료 (sT50mg-D)를 대상으로 2-step PCR을 실시하여 검출감도를 비교하였다. 동일한 1㎕의 DNA template T5g-D와 sT50mg-D를 사용하였을 때, 35cycles의 1-step PCR에서 양성의 결과를 얻을 수 있었다. 인위적으로 sT50mg-D 혼합시료를 사용하여 2-step PCR (35cycles)을 실시하였을 때 T5g-D를 사용한 것과 비교하여 뚜렷한 차이를 나타내지 않았다. 또한 megalocytivirus에 오염된 양성시료 0.5~50mg을 사용하여 조제한 각각 50㎕의 template DNA 1㎕를 사용하여 qPCR을 하였을 때 6.14E+00~1.2E+02/㎕의 농도를 함유하고 있는 것으로 나타났다. 조제한 template DNA에 6.14E+00 copies/㎕이하의 농도가 있을 때는 qPCR에서 positive의 결과를 얻을 수 없었다. 결론적으로, 패류 내 megalocytivirus의 오염 유무 판단을 위한 2-step PCR 및 qPCR에서 50mg의 중장선을 사용하는 것은 i) 굴의 조직으로부터 오염된 megalocytivirus의 정성 및 정량을 위한 최소 검출 한계에 비하여 충분한 양이었으며 ⅱ) 개체별 분석이 가능하다는 장점이 있었으며 ⅲ) 이를 토대로 국내에서 서식하고 있는 굴에서 megalocytivirus의 오염을 확인할 수 있었다. In analysis of DNA viruses from the contaminated shellfish using PCR, preparation method of template DNA is an important factor to get enough copy number of viruses. In this study, we evaluated the efficiency of PCR template of Megalocytivirus (sT50mg-D) DNA obtained from 50 mg digestive gland homogenate of oyster using commercial method, and compared with that obtained from 5 g of the same tissues (T5g-D) after PEG precipitation procedures of virus. Both templates DNA suspended in the same volume of distilled water showed positive results by primary PCR with 35 cycles, and the presence of Megalocytivirus was confirmed in oysters collected from cultured farms in Korea. Moreover, PCR with sT50mg-D allowed us to discriminate the contaminated oyster individually, that can not be done in PCR with T5g-D prepared from the mixture of three different individual oyster to get 5 g digestive gland homogenate. In quantitative analysis with real time PCR, Megalocytivirus concentrations in 50 ㎕ templates prepared using 0.5~50 mg of one positive sample were appeared in the range 6.14E+00~1.2E+02/㎕. We were not able to get positive result using template DNA contained less than 6.14E+00 copies. Consequently, 2-step PCR performed with DNA extracts from oyster homogenate of small amount (sT50mg-D) i) was enough to detect the contaminated Megalocytivirus in shellfish, ii) allowed us to do the analysis for individual shellfish rather than mixture of several shellfish and iii) showed the presence of Megalocytivirus in oyster from Korea.

소성해석을 이용한 원형강관 전단이력형 강재댐퍼의 전소성전단내력의 산정

김진우(Kim, Jin Woo),이봉춘(Lee, Bong Chun),박진영(Park, Jin Yeong),이종석(Lee, Jong Suk),김호룡(Kim, Ho Ryong),배석경(Bae, Seok Kyeong),정태준(Chung, Tae Jun),신기돈(Shin, Ki Don) 대한토목학회 2019 대한토목학회 학술대회 Vol.2019 No.10

Cisplatin 내성 난소암 세포주 Clone의 DNA Mismatch Repair 유전자 변이및 Taxol, Topotecan의 민감도

김흥기(Heung Ki Kim),손우석(Woo Seok Son),박태철(Tae Chul Park),김태응(Tae Eung Kim),고영미(Young Me Koh),송지민(Ji Min Song),박기영(Ki Young Park),김재훈(Jae Hoon Kim),유기성(Ki Seong Ryu),김진우(Jin Woo Kim),남궁성은(Sung Eun NamKoo 대한산부인과학회 1999 Obstetrics & Gynecology Science Vol.42 No.11

목적: 부인 종양에서 가장 심각한 문제중 하나인 난소암은 항암화학요법에 비교적 민감하게 반응하는 고형 종양이나 다양한 노력에도 불구하고 사망률은 큰 변화가 없는 실정이다. Cisplatin은 이들 항암제의 중심이며 가장 효과적인 약제이지만, Cisplatin에 대한 약제내성의 출현은 치료 실패의 중요한 원인이 되고 있고, 최근 Hereditary nonpolyposis colorectal cancer에서 입증된 DNA 부정합 보수 유전자의 변이가 여러 약제에 대하여 약제내성을 초래한다는 사실이 밝혀지고 있다. 이에 따라 Cisplatin 내성을 갖는 난소암 세포주에서 DNA 부정합 보수 유전자인 hMLH1과 hMSH2의 돌연변이와 Microsatellite instability 여부를 알아보고, 약제내성을 갖는 난소암 세포주에서 얻은 단일 세포의 clone들중 부정합 보수 유전자에 변이가 있는 clone과 정상인 clone을 분류하여, 이들에서 난소암의 2차 약제로 많이 쓰이는 Taxol, Topotecan의 항암제 민감도에 차이가 있는지 밝히고자 연구를 시행하였다. 연구방법: 상피성 난소암 세포주 2008과 이 세포주에 Cisplatin의 농도를 반복적으로 증가시켜 만들어진 2008/C13*5.25 세포주에서 추출한 cell clone으로 hMLH1과 hMSH2 단백질로 immunoblot을 시행하고 각각의 clone에 대하여 taxol 및 topotecan의 colony forming assay를 이용하여 항암제 민감도 검사를 시행하였다. 결과: 1. 2008 세포주와 2008/C13*5.25 세포주에서 hMLH1과 hMSH2에 대한 항체를 이용하여 immunoblot을 시행한 결과 각각의 세포주에서 모두 hMLH1과 hMSH2 단백질의 발현을 확인 할 수 있었다. 2. 2008 세포주에서 hMLH1(+)인 clone은 78개, hMLH1(-)인 clone은 22개 였고, 2008/C13*5.25 세포주에서는 hMLH1(+)인 clone은 73개, hMLH1(-)인 clone은 27개로, hMLH1(-)로의 변이는 2008/C13*5.25에서 약간 많았지만 통계적으로 유의한 차이는 없었다. 3. 2008과 2008/C13*5.25 세포주에서는 Taxol에 대한 민감도에 차이가 없었다. 그러나 2008/C13*5.25 hMLH1(-)의 clone들이 hMLH1(+)인 경우 보다 유의하게 Taxol에 민감하였고(P=0.049), 2008 hMLH1(+)인 clone들은 hMLH1(-) clone보다 유의하게 Taxol에 민감하였다(P=0.003). 4. 2008과 2008/C13*5.25 세포주에서는 Topotecan에 대한 민감도에 차이가 없었고. 2008/C13*5.25 hMLH1(-)의 clone들이 hMLH1(+)보다 유의하지는 않았지만 Topotecan에 약간 민감하였고, 2008 세포주에서는 hMLH1(-) clone들이 hMLH1(+)보다 유의하게 Topotecan에 민감하였다(P=0.001). 또한 2008과 2008/C13*5.25 두 세포주에서 hMLH1(-)인 clone들은 cisplatin 내성에 관계없이 유의하게 Topotecan에 민감하였다(P=0.001). 5. BAT25, BAT26, BAT34 primer에 대한 2008 hMLH1(+), hMLH1(-) clone과 2008/C13*5.25 hMLH1(+), hMLH1(-) clone의 microsatellite instability 결과는 모두 정상의 allele 소견으로 microsatellite instability를 나타내지 않았다. 결론: 이상의 연구 결과로 미루어 난소암에서 DNA 부정합 보수 유전자의 변이와 Cisplatin의 약제내성 사이에는 뚜렷한 관련이 없어 보이고, 난소암에서 hMLH1의 소실이 있는 경우는 오히려 Taxol이나 Topotecan에 민감한 것으로 나타났으며, 이러한 결과는 난소암 치료에서 1차 및 2차 약제의 선택에 도움을 줄 것으로 사료된다. Objective: Ovarian cancer represents a relatively chemosensitive solid tumor, with responsiveness to a range of agents. Cisplatin is the mainstay of drug treatment and is one of the most active single agent. However, the overall outcome for patients remains unsatisfactory and the emergence of drug resistance is a major factor in treatment failure. Loss of DNA mismatch repair is a common finding in many types of sporadic cancer as well as in patients with hereditary nonpolyposis colon cancer. Cells that lack DNA mismatch repair are resistant to commonly used chemotherapeutic agents. Selection of cells for resistance to cisplatin, a well-recognized mutagen, could result in mutation in genes involved in DNA mismatch repair. Methods: This study evaluated the mutation of hMLH1 and hMSH2, and its relation to the Taxol and Topotecan chemosensitivity in the clones from the ovarian cancer cell line 2008 and cisplatin-resistant cell line 2008/ C13*5.25. Results: 1. Cells from 2008 and 2008/C13*5.25 expressed both hMLH1 and hMSH2 when analysed with immunoblotting. 2. Twenty two out of 100 single-cell clones from 2008 and 27 of clones from 2008/C13*5.25 expressed no hMLH1. hMSH2 was expressed in all clones. 3. There was no difference of Taxol chemosensitivity between 2008 and 2008/C13*5.25 cell lines. In the 2008/C13*5.25 cell line, the hMLH1-deficient clones were more sensitive to Taxol than the hMLH1-proficient clones(P=0.049), but in 2008 cell lines hMLH1-proficient clones were more sesitive to Taxol(P=0.003). 4. There was no difference in Topotecan chemosensitivity between 2008 and 2008/C13*5.25 cell lines. In the 2008/C13*5.25 cell line, the hMLH1- deficient clones were not more sensitive to Topotecan than the hMLH1-proficient clones. In the 2008 cell lines hMLH1-deficient clones were more sesitive to Topotecan(P=0.001). Overall, hMLH1-deficient clones from both 2008 and 2008/C13*5.25 cell lines were significantly more sensitive to Topotecan(P=0.001). 5. Microsatellite instability was not demonstrated in all 4 types of single-cell clones from 2008 and 2008/C13*5.25 cell lines. Conclusions: The present results indicate that there is no relation between mutation of mismatch repair gene and cisplatin resistance. But hMLH1-deficient ovarian cancer cells are more sensitive to Taxol or Topotecan in this study. The latter finding mandates the examination to assess the mutation of hMLH1 in tumor cells before treatment or at the time clinical resistance to cisplatin develops in ovarian cancer.

전산해석을 통한 마찰교반용접용 스핀들의 에어베어링 강성 예측 연구

김진우(Jin-Woo Kim),박민성(Min-Sung Park),공석환(Seok-Hwan Kong),설상석(Sang-Seok Seol),김기수(Ki-Soo Kim),정원지(Won-Ji Chung) 한국기계가공학회 2024 한국기계가공학회지 Vol.23 No.2

Recently, as global concerns regarding the environment have surged, changes in material-joining technologies have transpired. Friction stir welding, which is much more environmentally friendly than the existing welding methods, is attracting attention as a new alternative. This paper presents a method for predicting the stiffness using computational analysis when designing a spindle for frictional stir welding by applying air bearings rather than conventional ball bearings. Through fluid analysis, the pressure exerted on the spindle by the air entering through the inlet is calculated. and calculate the 0.005 ㎜. Additionally, the pressure in an eccentric state is calculated. The pressure is converted to stiffness using a formula, the corresponding stiffness is applied to the spindle, and the radial load generated during friction is input at the end of the spindle. Finally, a structural analysis is conducted to determine whether the stiffness is sufficient to determine the feasibility of the design.

청화탕(淸華湯)의 항산화 및 항염증 효능

김진우 ( Jin Woo Kim ),김선빈 ( Seon Bin Gim ),오정민 ( Jeong Min2 Oh ),윤미영 ( Mi Young Yun ),이기무 ( Ki Moo Lee ),김동희 ( Dong Hee Kim ) 대전대학교 한의학연구소 2012 혜화의학회지 Vol.20 No.2

To investigate the clinical aspects of CHT in atopic dermatitis (AD) treatments, the effect of CHT in anti-oxidative and anti-inflammatory cytokines were tested. 100% or higher cell viability was observed in all tested groups from 25 to 200 ㎍/㎖using Raw 264.7 cells. CHT showed dose-dependent DPPH scavenging activity, with more than 90% scavenging activities at 800 ㎍/㎖concentrations. CHT showed dose-dependent suppression activity of ROS production, especially at 200 ㎍/㎖of 37.5%. CHT decreased NO production activity, with significant decrease of 33.2% at 200 ㎍/㎖. IL-6, MCP-1, TNF-α production rate were decreased by approximately 25% when Raw 264.7 cells were treated with LPS and with CHT of 200 ㎍/㎖. Also, IL-1β production rate was decreased by 25% at 100 ㎍/㎖. The results above indicate that CHT significantly reduces the effect of oxidative and inflammatory cytokines. The use of CHT in dermatitis can be widely suggested.

PARAFAC 분해를 이용한 블로그 공간 분석

김기남 ( Ki-nam Kim ),김상욱 ( Sang-wook Kim ),김진우 ( Jin-woo Kim ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1

c본 논문에서는 블로그 공간을 텐서로 표현하고, 이를 분석한다. 분석 결과에 따르면, PARAFAC 분해를 통하여 특정 주제를 나타내는 커뮤니티들을 올바르게 파악할 수 있었으며, 각 커뮤니티에서 영향력 있는 블로그들과 키워드들, 그리고 권위 있는 포스트들을 식별할 수 있었다.

스스로 일어나는 세그웨이 형태의 밸런싱 로봇의 설계 및 제작

김기현(Ki-Hyeon Kim),김진우(Jin-woo Kim),김지호(Ji-Ho Kim),임충혁(Chung-Hyuk Yim) 한국생산제조학회 2020 한국생산제조학회지 Vol.29 No.3

난소암 세포주에서 Mullerian Inhibiting Substance의 증식 억제 효과

류기성 ( Ki Sung Ryu ),서미영 ( Mi Young Seo ),조윤성 ( Yun Sung Jo ),김미란 ( Mee Ran Kim ),김진우 ( Jin Woo Kim ),한구택 ( Goo Taik Han ),이준모 ( Joon Mo Lee ),김장흡 ( Jang Heub Kim ) 대한산부인과학회 2006 Obstetrics & Gynecology Science Vol.49 No.11

목적: 임신 7주경 태아 고환의 미숙 Sertoli 세포에서 생산되어 Muller관을 퇴행시키는 Mullerian inhibiting substance (MIS)는 성 발달과 가임기 여성의 생식생리 기전을 조절하는 이외에 Muller관으로부터 발생하는 일부 종양과 세포주의 성장을 in vivo와 in vitro에서 억제한다는 사실이 밝혀졌다. 이에 본 연구자들은 난소상피암 세포주들에서 MIS type II 수용체 (MISR II)의 발현을 확인하고, MIS를 투여하여 MIS의 세포 증식 억제효과와 그 기전을 밝힘으로서 종양치료제로서 MIS의 임상적 사용에 대한 가능성을 알아보고자 하였다. 연구 방법: 난소암 세포주인 SKOV-3, OVCAR-3 및 OVCAR-8에서 면역조직화학염색법으로 MISR II의 발현여부를 확인하였다. 난소암 세포주의 생존도는 고순도 MIS를 투여하여 24시간과 48시간동안 배양한 후 MTT assay로 측정하였다. MIS에 의한 세포주기 변화는 DNA 염색 후 flow cytometer로 분석하였으며 세포자멸사는 annexin-V-FITC 염색방법을 이용하여 flow cytometer로 평가하였다. MIS에 의한 난소암 세포주의 성장억제 감수성 차이와 세포자멸사 기전을 알아보기 위해 western blot 분석법을 이용하였다. 결과: 모든 난소암 세포주에서 MISR II 발현이 관찰되었지만, 발현정도는 OVCAR-8에서 제일 강했다. 세포 생존도는 OVCAR-8만이 MIS의 처치 용량과 시간에 따라 감소하였고, OVCAR-3은 고농도 MIS로 48시간 투여한 경우에만 의의 있게 감소하였으나, SKOV-3은 반응하지 않았다. Flow cytometer로 조사한 세포주기 변화는 OVCAR-8에서 10 μg/mL MIS로 24시간 처치한 경우에 G1세포주기 정지 소견을 보였으며, 48시간 후에는 세포자멸사를 의미하는 sub G0G1분기 분획이 7.02%로 나타나, MIS는 세포주기의 변화를 먼저 일으킨 후 세포자멸사를 유발하였다. OVCAR-3에서는 48시간 후 sub G0G1분기가 3.32%였으나 SKOV-3에서는 변화가 없었다. Annexin-V-FITC 염색방법으로, OVCAR-8과 OVCAR-3에서 48시간 MIS 처치 후에 각각 8.05%와 3.67%의 세포자멸사가 관찰되었다. Western blot 분석으로, OVCAR-8에서 MIS에 의한 세포 증식 억제에 이은 세포자멸사는 p16단백 증가와 연관이 있다고 판단된다. 또한 MIS는 OVCAR-8에서 MISR II와 결합한 후 pRb 비의존적인 세포내 경로를 통해 간접적으로 E2F1 활성 증가로 세포자멸사를 유도할 가능성이 있다. 결론: 본 연구에서 MIS가 난소암 세포주에서 증식 억제와 세포자멸사를 일으키는 기전을 완전히 규명하지는 못하였지만, MIS가 MIS 수용체를 발현하는 난소암에 대하여 in vitro에서 효과적인 항종양능을 나타낸다는 사실을 확인할 수 있었다. 향후 더 많은 연구로 MIS가 MIS 수용체를 발현하는 종양의 생물학적 조절제 혹은 치료제로 개발될 것이라고 예상된다. Objective: In order to explore Mullerian inhibiting substance (MIS) effects on the ovarian neoplasia, the expression and localization of the MIS type II receptor (MISR II), the growth inhibitory effects of MIS, and the underlying molecular mechanisms were investigated in the ovarian cancer cell lines. Methods: Expression of MISR Ⅱ were studied in SKOV-3, OVCAR-3, and OVCAR-8 cell lines by immunohistochemical staining. The antiproliferative effects of MIS in these cell lines were investigated by methylthiazoletetrazolium (MTT) assay, fluorescence-activated cell sorting (FACS) analysis, annexin-V-FITC binding, and western blot analysis. Results: All cell lines showed strong specific staining for MISR II, although staining in OVCAR-8 cells was more intense than that in SKOV-3 and OVCAR-3. Treatment of OVCAR-8 cells with MIS led to a dose- and time-dependent inhibition of cell growth and survival was determined use by MTT assay. But OVCAR-3 cells exhibited growth inhibition at higher doses after 48 hours of treatment and SKOV-3 cells did not demonstrate response. Using FACS analysis, exposure of OVCAR-8 cells to MIS (71 nM) resulted in G1 arrest after 24 hours of treatment. This pattern was changed by time-dependent increase in the percentage of cells with a sub G0G1 DNA content, suggesting apoptosis, after 48 hours of treatment. These results suggested that cell death be preceded by cell cycle arrest. Time-related induction of apoptosis was also observed in this cell line as measured by annexin-V-FITC binding. In OVCAR-8 cells, the growth inhibitory effects of MIS were mediated through specific induction of CDKI p16 protein expression and via regulation of E2F1 in the absence of detectable levels of pRb. We estimated that OVCAR-3 cells were affected by MIS through p16-independent, alternative mechanistic pathways, since the growth inhibitory effects of MIS were minimal. SKOV-3 cells did not express p16 protein. Conclusion: We have demonstrated that ovarian cancer cells express the MISR II. Epithelial ovarian cancer cells respond to MIS by growth inhibition. Although the precise mechanisms of MIS mediated inhibition of ovarian cancer cell growth have not been fully defined, these data suggest that MIS has activity against ovarian cancers in vitro and may also be an effective targeted therapy for ovarian cancer.

Reciprocating 파일 시스템에서 Glide Path가 근관만곡도 유지에 미치는 영향

장기철(Ki-Choul Zang),김진우(Jin-Woo Kim),조경모(Kyung-Mo Cho),박세희(Se-Hee Park) 대한턱관절교합학회 2012 구강회복응용과학지 Vol.28 No.3

SVD와 PARAFAC 분해를 이용한 블로그 공간 분석

김기남(Ki-Nam Kim),김상욱(Sang-Wook Kim),김진우(Jin-Woo Kim),Christos Faloutsos,이준호(Joon-Ho Lee) 한국정보과학회 2012 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.39 No.3

블로그 공간은 대표적인 온라인 사회 연결망 중 하나이다. 사회 연결망 분석에서 커뮤니티 구조 파악은 중요한 연구이다. 본 논문에서는 블로그 공간의 분석에 대하여 논한다. 본 논문에서는 실제 블로그 공간을 행렬(matrix)과 텐서(tensor)로 표현하고 SVD(singular value decomposition)와 PARAFAC(parallel factor analysis) 분해를 이용하여 분석한다. 분석 결과에 따르면, SVD는 특정 주제를 나타내는 커뮤니티들을 식별했으며, 각 커뮤니티에서 영향력 있는 블로그들과 권위 있는 포스트들을 식별했다. PARAFAC 분해는 SVD에 비해 더 많은 커뮤니티들을 식별하였다. 또한, PARAFAC 분해는 각 커뮤니티의 영향력 있는 블로그들과 권위 있는 포스트들뿐만 아니라 영향력 있는 키워드들까지 식별할 수 있었다. A blogosphere is a representative example of online social networks. Identifying a community structure is an important issue in social network analysis. In this paper, we address an analysis of a blogosphere. We model a real-world blogosphere as a matrix and a tensor, and then analyze it by using the SVD and PARAFAC decomposition. According to the results, the SVD successfully identified communities, each of which focuses on a specific topic, and found hub blogs and authoritative posts within each community. The PARAFAC decomposition also succeeded in extracting more communities of finer granules than the SVD. In addition, the PARAFAC decomposition could identify the dominant keywords in addition to the hub blogs and authoritative posts honored in each community.