Complete genome sequence of Bacillus licheniformis 14ADL4 exhibiting resistance to clindamycin

정도원,이병훈,이종훈,Jeong, Do-Won,Lee, Byunghoon,Lee, Jong-Hoon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Clindamycin 내성 Bacillus licheniformis 14ADL4 균주는 된장으로부터 분리되었다. 14ADL4 균주의 유전체분석 결과, GC 함량 45.86%, 약 4.3 Mb 크기의 염색체가 확인되었고, 유전체 상의 lmrA와 lmrB 추정 유전자가 clindamycin 내성에 관여할 것으로 예상된다. Clindamycin resistant Bacillus licheniformis 14ADL4 was isolated from doenjang, a Korean high-salt-fermented soybean food. Strain 14ADL4 contains a single circular 4,332,232 bp chromosome with a G + C content of 45.86%. The complete genome of strain 14ADL4 includes lmrA and lmrB homologs may confer resistance to clindamycin.

Complete genome sequence of Bacillus licheniformis strain 0DA23-1, a potential starter culture candidate for soybean fermentation

정도원,이병훈,허소정,장미현,이종훈,Jeong, Do-Won,Lee, Byunghoon,Heo, Sojeong,Jang, Mihyun,Lee, Jong-Hoon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.4

된장으로부터 콩발효 종균후보 Bacillus licheniformis 0DA23-1가 분리되었다. 0DA23-1 균주는 GC 함량 45.96%, 약 4.4 Mb 크기의 단일 chromosome을 보유하고 있었고, 식중독균 Bacillus cereus 및 Staphylococcus aureus가 보유한 위해성 유전자는 유전체로부터 확인되지 않았다. 또한, 8종의 항생물질(chloramphenicol, clindamycin, erythromycin, gentamicin, kanamycin, streptomycin, tetracycline, vancomycin) 저항성 및 혈청분해 활성, 바이오필름 생성 관련 유전자도 확인되지 않았다. Bacillus licheniformis strain 0DA23-1, a potential fermentation starter candidate, was isolated from doenjang, a Korean high-salt-fermented soybean food. Strain 0DA23-1 contains a single circular 4,405,373-bp chromosome with a G + C content of 45.96%. The complete genome of strain 0DA23-1 does not include any of the virulence factors found in the well-known pathogens Bacillus cereus and Staphylococcus aureus. Additionally, no genes associated with resistance to eight antibiotics (chloramphenicol, clindamycin, erythromycin, gentamicin, kanamycin, streptomycin, tetracycline, and vancomycin), hemolysis, or biofilm formation were identified.

16-17세기 퇴계학파의 내성학(內聖學)과 외왕(外王)으로의 전개 - 직전제자들의 미발심체ㆍ지각 논쟁과 예학을 중심으로 -

정도원 ( Jeong Do-won ) 한국유교학회 2012 유교사상문화연구 Vol.50 No.-

본고는 퇴계와 그 직전 제자들의 "內聖”에 관한 논의를 분석하여, 퇴계학파의 내성학이 가지는 원형적 특성을 살펴보고자 하는 목적으로 작성되었다. 퇴계의 학문은 “심위태극”이라는 명제로 이학적 근거와 심학적 귀결을 압축할 수 있고, 그 도학적 전개는 "존체응용”이라는 표현으로 대신할 수 있다. 이러한 논의는 주자의 입론과 크게 다르지 않으나, 이에는 ‘상정학 배이교’라는 퇴계의 역사의식이 전제되어 있다. 퇴계의 제자들은 미발심체에 담기는 理學的 本體와 이 심체가 실제 현실에서 주체로서 지각하는 心學的 主宰性에 대한 체득의 문제로 일련의 논쟁을 진행하였는데, 이는 理氣不雜을 주장하는 주자학에서 본체가 과연 活物로서의 主宰者인가 하는 문제와 연결된 것이기도 했다. 퇴계의 제자들은 일반적으로 知覺을 가진 活物로서의 心本體에 대한 이해를 가지고 있었으며, 이를 體認, 保存하고자 노력하고 있었다. 이러한 ‘活物로서의 본원’은 퇴계학파 수양의 출발점이자 종착지로서 “心爲太極”이라는 말로 압축된다. 이러한 본체는 대상과 만나는 지점을 기준으로 그 이전[未發]과 그 이후[已發]를 나눠, 대상을 접하기 이전에 대상과의 만남에 대한 충분한 대비를 하고 [涵養], 접한 뒤에는 자신을 돌이켜[省察] 접하기 이전의 순수 상태를 一貫시키고자 한다. 이러한 일련의 노력을 “敬”이라고 한다. 敬은 心의 본질이자 결론적 상태라고 할 수 있고, 動態까지 一貫된 “主宰”이다. 그러므로 敬은 動靜을 一貫하는 心의 主宰이다. 이러한 內聖은 “存體應用”이라는 방식으로 실천 된다. 다만 존체응용이라는 퇴계의 입론이 왕도를 실현하는 聖王을 상정하는 반면, 제자들의 논의는 內聖의 연장선에서 자신들의 당위적 방향 설정에 머무르고 있다. 이는 퇴계와 제자 간의 개인적 성취의 차이로 해석할 수 있을 듯하다. 일반적으로 외왕은 내성과 무관한 것이 아니라 내성의 완전한 실현을 전제로 성립할 수 있다는 것이 퇴계의 “존체응용”이기 때문이다. This paper tried to search the archetype of the self-cultivation learning of ToeGye and his first academical successors. The goal of ToeGye school’s neo-confucian study is being sage and put it in practice. The subject of practice is the sage and his innateness can be expressed the Great Absolute. This thought was from the teachings of Chu-tzu, but there was the historical sense of responsibility to his own time and nation. ToeGye and his student had thought Human Mind, a revelation of the Great Absolute, the real thing which has the discretion. It is the Subject, Reality, and their self-cultivating journey’s end. They think every human being can be a sage by self-cultivating based on this Real Mind. Sometimes this Real Mind can be covered by physiological limitation and acquired selfish desire, but the origin of Real Mind haven’t covered and everyone can recover his Real Mind by self-cultivating. Self-cultivating process of ToeGye School start and end by the Piety. The Piety has three steps. First, self-awakening. Second, preparation before meeting outer things. Third, searching own soul and behavior. All of these steps practiced by the Piety. The Piety is real face of Human Mind. And the Piety is consistent through cognition before and after. All of these self-cultivating theory may convert to administration or enlighten people. ToeGye asserted this thought for Sage King as a neo-confucian sage, but his successors followed as a student who try hard to be a sage like his master. Neo-confucian practice should be based on individual perfectness but they were not sage yet.

배양법을 이용한 새우젓갈 숙성과정 중 박테리아상 분석

정도원 ( Do Won Jeong ),정광식 ( Gwangsick Jung ),이종훈 ( Jong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2016 한국미생물·생명공학회지 Vol.44 No.3

6종류의 배지를 이용한 135일 동안 8번의 박테리아상 분석을 통하여 새우젓갈 숙성 관련 우점종을 결정하였다. Marine agar를 배양에 사용하였을 경우, 가장 많은 수의 박테리아가 검출되었고, 숙성 65일차에 그 수가 2.51 × 107 CFU/g에 달하였다. 순수분리된 총 467균주는 42속 87종으로 동정되었고, 16균주는 기존의 알려진 박테리아와 상동성을 나타내지 않았다. 1일차 분석에서 39종이 검출되었던 박테리아는 135일차에 13종으로 감소하여 우점화가 진행됨을 학인하였다. 속 수준에서의 우점은 Staphylococcus, Salimicrobium, Kocuria, Psychrobacter 순으로 나타났고, 1일차 분리균주의 2% 수준을 차지하던 Staphylococcus, Salimicrobium 속 균주는 135일차에 각각 39%와 36%에 달하였다. 우점종으로 확인된 Staphylococcus equorum, Salimicrobium salexigens, Kocuria palustris는 각각 전체 분리균주의 23.6%, 16.1%, 10.9%을 차지하였다. St. equorum와 Sm. salexigens는 21% (w/v) NaCl 농도에서의 생육이 확인되어 새우젓갈 숙성에 중요한 역할을 할 것으로 추정된다. To determine the dominant bacterial species during the Saeu-jeotgal ripening process, the cultivable bacterial population was examined over a 135-day period using six different growth media. The greatest numbers of bacteria were identified when marine agar was used for culture, with maximum cell density identified at day 65 (2.51 × 107 colony forming units/g). Over the course of 135 days, the bacterial diversity was analyzed eight times. A total of 467 isolates, comprising 87 species from 42 genera, as well as 16 isolates belonging to previously unknown species, were identified. The number of species detected decreased from 39 at day 1 to 13 at day 135. The order of dominance at the genus level was as follows: Staphylococcus, Salimicrobium, Kocuria, and Psychrobacter. Staphylococcus and Salimicrobium accounted for 2% of the diversity at day 1, and then increased to 39% and 36%, respectively, at day 135. The dominant species Staphylococcus equorum, Salimicrobium salexigens, and Kocuria palustris accounted for 23.6%, 16.1%, and 10.9% of all isolates, respectively. Importantly, both St. equorum and Sm. salexigens remained viable at a NaCl concentration of 21% (w/v), which indicates their strong involvement in the ripening of Saeu jeotgal.

한강 정구의 성리학 체계와 연원에 관한 소고

정도원(Jeong, Do-won) 계명대학교 한국학연구원 2012 한국학논집 Vol.0 No.48

17세기 도학실천론의 사상적 특징과 정치적 의미

정도원 ( Jeong Do-won ) 퇴계학연구원 2020 退溪學報 Vol.147 No.-

도학자들은 당위적 목적과 주체적 신념, 그리고 계승되어온 진리에 대한 믿음을 전제로 현실을 파악하고 대처하려고 하였다. 이들에게 현실은 ‘가치판단’ 혹은 ‘선택’의 場이다. 신념과 당위에 따른 실천이 합리나 효율보다 우선하였다. 이러한 모습은 특히 17세기에 두드러진다. 현실과의 괴리도 그만큼 크다. 그런데도 이런 입장이 강화된 데는 까닭이 있다. 본고는 이를 사상사적 맥락에서 검토해보고자 하였다. 17세기에는 당파 혹은 학파 간의 다툼이 심각하였다. 大一統의 원칙과 世道, 北伐의 강령을 공유하면서도 內修外攘의 실제에서 논리가 갈리고 “斯文亂賊” 혹은 “經禮壞亂”으로 서로를 비판하였다. ‘世道’ 혹은 ‘정치적 정당성’을 확보하기 위해 이념적으로 대립하였기 때문이다. 학파와 당파를 일치시키고 학파의 비조를 道統에 연결하여 世道와 義理 혹은 학문적, 정치적 리더십을 행사하는 것이 17세기 도학 정치의 기본 방식이었다. 道統, 즉 주자학적 정통성은 학문적 정통성인 동시에 정치적 정당성이기도 하였다. 17-18세기 理學은 정파와 관계없이, 현실에서 理의 보편성 혹은 공공성을 확보하고자 하였다. 세도자임자로서 사회의 진로를 분명히 하고 시대의 요청에 부응하여야 하였기 때문이다. 이에 따라 여러 개혁정책도 강구되었다. 이를 위한 道統이고 주자학이었다. 하지만 理의 보편성에 대한 검토가 민생의 안정을 위한 현실 사회 분석으로 이어지지는 못했다. 우암이나 백호나 對症的 時務를 논의할 뿐, 현실 분석에 기초한 經世의 그림은 제시하지 못했다. 사상적인 골격이나 시대 과제에 대한 인식이 같았음에도, 상대의 주장을 배척하고 자신들의 주장을 절대화하는 모습만 남게 되었다. 이는 시대를 자신들의 관념 속에서 규정하고, 이에 어긋나는 주장은 모두 이단으로 모는 정치적 엄숙주의와 닫힌 담론으로 이어졌다. 이는 분명한 17세기 도학의 한계였지만, 정치·경제적 욕망을 도덕으로 포장하였던 때문은 아니었다. 이 시기에는 같은 시대 담론이나 사상적 토대를 가지면서도 이를 극복하기 위한 사상 변화도 일어나고 있었다는 점에서, 17세기 사상사를 새로운 세계관과 열린 담론으로 가기 위한 긴 사상 변화의 과정에서 보아야 할지, 농업·유교 국가 조선이라는 현실에 갇힌 도학적 세계관의 한계로만 이해해야 할지 좀 더 숙고할 필요가 있을 듯하다. Neo-Confucianists try to grasp and cope with reality on the premise of their purpose, subjective beliefs, and belief in the inherited truth. For them, the reality is the “value judgment” or the “choice”. Therefore, practice based on beliefs and standards takes precedence over realistic choices or efficient actions. This was prominent in the 17th century. This paper attempted to examine the causes of these characteristics in the vein of the history of thought. Conflicts between the 17th-century factions and schools show ideological confrontations to secure political legitimacy or to take the lead in society or to establish the right public opinion. This responsibility countered Wooam, who took the position that people with both Neo-Confucianism of Zhu Xi and school orthodoxy should take responsibility, and Baekho introduced a way of claiming that authority in the ancient Confucian Classics comes first. This led to criticism by Neo-Confucianists called ‘heresy’. When Wooam criticized Toegye’s moral philosophy, claiming that he was responsible for the formation of a moral social circumstance, academic descendents such as Galam confronted it. When Wooam tried to bring Yulgok and Woogye to the Confucian shrine, scholars inherited Toegye’s Confucianism criticized Yulgok and Woogye for their behavior and academic purity. It was because they thought they were the heirs of the Neo-Confucianism of Zhu Xi. The fact that Baekho expressed interest in the philosophy of Toegye and Yulgok, while insisting on the study of ancient Confucian Classics, was driven by the interests of reality. This is because he doubted the legitimacy of the Wooam’s Neo-Confucianism, which borrowed this authority. It was the method of exercising academic and political leadership at the time that it had the power to create a social atmosphere and moral judgment by calling its own school or partisan an orthodox successor to the Neo-Confucianism of Zhu Xi. This is why they share a policy of authenticity, responsibility for forming a moral society, and attack of the Qing dynasty, while criticizing the other as a heresy and taking a different position on economic and social stability. As scholars and politicians, it was necessary to clearly provide the way for society to meet the demands of the times, but it was necessary to politically analyze how to establish a moral social atmosphere, review moral standards, and examine social ideals for the stability of people’s lives. It has not been able to provide a blueprint for state operations. Only the countermeasures for each problem in reality were presented. It was not a policy competition with a philosophical background, but a political confrontation over authenticity. More advanced policy discourses are embodied in the 18th century. The 17th-century Joseon Neo-Confucianism of Zhu Xi is an extreme example of how public Li (理), subject’s moral convictions, and historical callings can be embodied in a collapsing social order. It is necessary to consider whether this is due to changes in the times or whether it is because of Joseon, an agricultural and Confucian state.

젓갈 유래 Coagulase-Negative Staphylococci의 안전성 평가

정도원 ( Do Won Jeong ),이종훈 ( Jong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2015 한국미생물·생명공학회지 Vol.43 No.1

젓갈로부터 분리된 ampicillin 감수성, coagulase 음성Staphylococcus 속 17 균주의 항생물질내성 및 위해성을 평가하였다. 15 균주는 한 종류 이상의 항생물질에 대한 내성을 나타내었고, penicillin G 내성 균주가 가장 높은 빈도로 검출되었다. PCR 증폭에 의한 항생물질내성 유전자 존재 확인 결과, trimethoprim 내성 관련 dfrA 유전자와 tetracycline내성 관련 tetK 유전자를 각각 보유한 두 균주가 확인되었다. α 형 용혈활성은 검출되지 않았지만, 다섯 균주가 δ 형의 용혈을 나타내었고, 그 중 두 균주는 β 형 용혈활성을 나타냈으며, 12 균주가 biofilm을 형성하였다. 본 실험에서 수행한 모든 안전성 평가 결과는 균주 특이적으로 나타났다. Seventeen ampicillin-sensitive coagulase-negative staphylococci (CNS) isolates identified in jeotgal were subjected to assessments for antibiotic susceptibility and safety hazards. Fifteen of the 17 CNS strains exhibited phenotypic resistances to at least one antibiotic, and their prevailing resistance was to penicillin G. The dfrA gene for trimethoprim and tetK for tetracycline were amplified by PCR from the two strains, respectively. α-Hemolytic activity was not detected from the 17 strains, while five strains presented δ-hemolytic activity. Among the five strains, two strains exhibited β-hemolytic activity. Biofilm was formed from twelve strains. All of the tested phenotypic characteristics were expressed in a strain-specific manner.

프롭 틸팅을 이용한 배송 드론의 피치 제어 분석

정도원(Do-Won Jeong),김병주(Byeong-Ju Kim),문정호(Jung-Ho Moon) 항공우주시스템공학회 2023 항공우주시스템공학회 학술대회 발표집 Vol.2023 No.10

전통발효식품용 종균의 안전성 평가 필요성

정도원 ( Do Won Jeong ),이종훈 ( Jong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2014 한국미생물·생명공학회지 Vol.42 No.1

식품발효용으로 사용하는 미생물은 오랜 기간의 사용이력에 근거하여 안전성에 대한 의문이 제기되지 않고 사용되어 왔다. 한편, 가공식품산업의 발달로 국제적인 식품 거래가 활발해지면서 수입국의 소비자와 정부당국은 식품에 첨가하는 미생물의 안전에 대해서 더욱 민감하게 반응하고 있다. 현재, 식품에 첨가하는 미생물에 대한 안전성 평가기준은 미국 Food and Drug Administration (FDA)가 사용하고 있는 Generally Recognized as Safe (GRAS)와 유럽연합 European Food Safety Agency (EFSA)의 Qualified Presumption of Safety (QPS)가 대표적으로 적용되고 있다. GRAS는 식품에 첨가하는 미생물 자체에 대한 안전성이 아닌 특정용도에서의 첨가에 따른 안전성을 의미하고, QPS는 식품에 첨가 가능한 미생물 단위(분류학적 단위, taxonomic unit)에 대한 안전성 평가이다. 우리나라에서는 전통발효식품의 상업적 생산이 증가하면서 종균 적용이 추진되고 있지만, 식품발효용 종균에 대한 안전성 기준규격 없어 안전성 평가 없이 기능 성만으로 종균 개발이 진행되고 있다. 전통발효식품의 세계화를 위해서는 향후 적용될 종균에 대한 기능적 측면뿐만 아니라 안전성의 확보가 필요하고, 식품용 미생물에 대한 안전성 평가 기준의 마련이 필요한 시점에 도달해 있다. Most microorganisms have been used for foods for such a long period of time with no question posed for their safety. However, the progress of food processing technology has activated international food trades, and the consumers and authorities of import countries have come to question the safety of microorganisms used in foods. At present, the most widely known safety standards are Generally Recognized as Safe (GRAS) status from the US Food and Drug Administration (FDA) and Qualified Presumption of Safety (QPS) status by the European Food Safety Authority (EFSA). GRAS status is not for the safety of microorganisms themselves but for the permissibility of strains or cultures in specific food uses. QPS provides a qualified generic approval to a defined taxonomic unit. The increase of commercialized traditional fermented foods in Korea has spurred the starter development for traditional food fermentations. However, starter development in Korea has been carried out based on the technological properties of microorganisms with no research on developing a standardized tool for safety assessment. In the globalization of traditional Korean fermented foods, technological properties as well as safety of future starters should be guaranteed, and establishment of the safety assessment regulation for microorganisms used for foods is necessary.

낙론의 심학적 전환과 도학적 역사의식

정도원 ( Do Won Jeong ) 충남대학교 유학연구소 2016 儒學硏究 Vol.35 No.-

현재 학계에서는 낙론을 북학의 사상적 원류로 보는 경향이 있다. 하지만 낙론의 사상적 특징과 출현 계기, 더 나아가 낙론이 북학으로 전환된 내적 원인과 논리 연관 등에 대한 검토는 충분하지 않다. 본고는 조선 도학의 역사의식 변화와 시대정신의 반영이라는 관점에서 이에 대해 검토하였다. 사계-우암 계열은 퇴계학의 心合理氣 주장에 대응하여心是氣 주장을 강화하였고, 이는 心을 氣의 차원에서 규정하게 되는 문제를 낳았다. 낙론은 이에 대한 반성으로 등장하였는데, 특히 심학의 차원에서 이 문제에 접근하여 인식의 전환을 시도하고 있었다. 피폐해진 조선후기 사회에서 이런 전환은, 내면에서 절대적 도덕 원리를 확인하고, 이를 상대적 가치 영역이 아닌 공공의 영역에 제시함으로써, 지도층의 자의적 논리를 경계한다는 의미를 가질 수 있었다. 낙론의 이러한 논의 방식은 앞 시대여헌의 도학이나 반계의 실학과도 비교될 수 있지만, 이들의 논의에서 반계와 같은 실학적 사고 전환은 읽히지 않는다. 사실 낙론의 역사의식은 조선 전기 도학파의 연장에 있는것으로 평가 될 수 있는 것이었다. 낙론이 비록 사계-우암 계열의 분파로서 사계-우암계열의 율곡 읽기를 반성하여 퇴계적 사고를 차용하고는 있지만, 하나의 학문 집단으로 규정하기에는 학문적 실체가 분명하지도 않고 논의 구도가 일치하는 것도 아니었다. 낙론의 도학적 역사의식과 일부 사고 변화가 기존 사고에서의 탈피라는 측면에서 그리고 북학이 가진 사회적 책임감의 원류로서 기능하였을 가능성은 있지만, 이는 낙론이 아니라도 가능했던 것인 만큼 현재처럼 낙론과 북학을 직선으로 계보화 하는 것은 무리라는 것이 본고의 판단이다. It is the moral philosophy of Yulgok School, especially in Seoul(Nakak洛學) that pointed as the origin of Bukak, which is one of the korean practical science. But the study of moral philosophy of Nakak, especially Yulgok School in Seoul, is not enough. What is the academical identity of Nakak? What made Nakak go Bukak? Is it the needs of that times or the historical consciousness as Neo-Confucian literate? The conclusion of this paper is that the origin of Bukak was risen by the needs of times. The view, that the philosophical origin of Bukak is Nakak, has not sufficient evidences. Sagye and Uam, authentical successors of Yulgok, reinforced the assertion that human being is realistic being, so his mind is Chi(氣).(心是氣) This assertion was raised in response to Togye School’s thesis, that is, human mind is combination of moral noumenon (理) and emotional substance(氣).(心合理氣) Yulgok’s Chi was not only emotional substance, but the assertion of Sagye and Uam restricted this propositon to the area of relative value system. The scholars of Yulgok School in Seoul did self-examination and turned toward Togye’s proposition, because they wanted to realize social unification and establish fundamental principles. The absolute value system by Li(理) was the ideal of that time Neo-Confucian scholars. The philosophy of Nakak is one of the moral philosophy and reflection of historical consciousness of Neo-Confucianism since 15th century, but they didn’t reflect the new spirit of the times like Bangye, the founder of the Korean practical philosophy. While Bukak reflected new tendency like Bangye and his followers, Nakak did not. Nakak was more practical but moral philosophy, as ever.