Complete genome sequence of Bacillus licheniformis 14ADL4 exhibiting resistance to clindamycin

정도원,이병훈,이종훈,Jeong, Do-Won,Lee, Byunghoon,Lee, Jong-Hoon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Clindamycin 내성 Bacillus licheniformis 14ADL4 균주는 된장으로부터 분리되었다. 14ADL4 균주의 유전체분석 결과, GC 함량 45.86%, 약 4.3 Mb 크기의 염색체가 확인되었고, 유전체 상의 lmrA와 lmrB 추정 유전자가 clindamycin 내성에 관여할 것으로 예상된다. Clindamycin resistant Bacillus licheniformis 14ADL4 was isolated from doenjang, a Korean high-salt-fermented soybean food. Strain 14ADL4 contains a single circular 4,332,232 bp chromosome with a G + C content of 45.86%. The complete genome of strain 14ADL4 includes lmrA and lmrB homologs may confer resistance to clindamycin.

Complete genome sequence of Bacillus licheniformis strain 0DA23-1, a potential starter culture candidate for soybean fermentation

정도원,이병훈,허소정,장미현,이종훈,Jeong, Do-Won,Lee, Byunghoon,Heo, Sojeong,Jang, Mihyun,Lee, Jong-Hoon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.4

된장으로부터 콩발효 종균후보 Bacillus licheniformis 0DA23-1가 분리되었다. 0DA23-1 균주는 GC 함량 45.96%, 약 4.4 Mb 크기의 단일 chromosome을 보유하고 있었고, 식중독균 Bacillus cereus 및 Staphylococcus aureus가 보유한 위해성 유전자는 유전체로부터 확인되지 않았다. 또한, 8종의 항생물질(chloramphenicol, clindamycin, erythromycin, gentamicin, kanamycin, streptomycin, tetracycline, vancomycin) 저항성 및 혈청분해 활성, 바이오필름 생성 관련 유전자도 확인되지 않았다. Bacillus licheniformis strain 0DA23-1, a potential fermentation starter candidate, was isolated from doenjang, a Korean high-salt-fermented soybean food. Strain 0DA23-1 contains a single circular 4,405,373-bp chromosome with a G + C content of 45.96%. The complete genome of strain 0DA23-1 does not include any of the virulence factors found in the well-known pathogens Bacillus cereus and Staphylococcus aureus. Additionally, no genes associated with resistance to eight antibiotics (chloramphenicol, clindamycin, erythromycin, gentamicin, kanamycin, streptomycin, tetracycline, and vancomycin), hemolysis, or biofilm formation were identified.

16-17세기 퇴계학파의 내성학(內聖學)과 외왕(外王)으로의 전개 - 직전제자들의 미발심체ㆍ지각 논쟁과 예학을 중심으로 -

정도원 ( Jeong Do-won ) 한국유교학회 2012 유교사상문화연구 Vol.50 No.-

본고는 퇴계와 그 직전 제자들의 "內聖”에 관한 논의를 분석하여, 퇴계학파의 내성학이 가지는 원형적 특성을 살펴보고자 하는 목적으로 작성되었다. 퇴계의 학문은 “심위태극”이라는 명제로 이학적 근거와 심학적 귀결을 압축할 수 있고, 그 도학적 전개는 "존체응용”이라는 표현으로 대신할 수 있다. 이러한 논의는 주자의 입론과 크게 다르지 않으나, 이에는 ‘상정학 배이교’라는 퇴계의 역사의식이 전제되어 있다. 퇴계의 제자들은 미발심체에 담기는 理學的 本體와 이 심체가 실제 현실에서 주체로서 지각하는 心學的 主宰性에 대한 체득의 문제로 일련의 논쟁을 진행하였는데, 이는 理氣不雜을 주장하는 주자학에서 본체가 과연 活物로서의 主宰者인가 하는 문제와 연결된 것이기도 했다. 퇴계의 제자들은 일반적으로 知覺을 가진 活物로서의 心本體에 대한 이해를 가지고 있었으며, 이를 體認, 保存하고자 노력하고 있었다. 이러한 ‘活物로서의 본원’은 퇴계학파 수양의 출발점이자 종착지로서 “心爲太極”이라는 말로 압축된다. 이러한 본체는 대상과 만나는 지점을 기준으로 그 이전[未發]과 그 이후[已發]를 나눠, 대상을 접하기 이전에 대상과의 만남에 대한 충분한 대비를 하고 [涵養], 접한 뒤에는 자신을 돌이켜[省察] 접하기 이전의 순수 상태를 一貫시키고자 한다. 이러한 일련의 노력을 “敬”이라고 한다. 敬은 心의 본질이자 결론적 상태라고 할 수 있고, 動態까지 一貫된 “主宰”이다. 그러므로 敬은 動靜을 一貫하는 心의 主宰이다. 이러한 內聖은 “存體應用”이라는 방식으로 실천 된다. 다만 존체응용이라는 퇴계의 입론이 왕도를 실현하는 聖王을 상정하는 반면, 제자들의 논의는 內聖의 연장선에서 자신들의 당위적 방향 설정에 머무르고 있다. 이는 퇴계와 제자 간의 개인적 성취의 차이로 해석할 수 있을 듯하다. 일반적으로 외왕은 내성과 무관한 것이 아니라 내성의 완전한 실현을 전제로 성립할 수 있다는 것이 퇴계의 “존체응용”이기 때문이다. This paper tried to search the archetype of the self-cultivation learning of ToeGye and his first academical successors. The goal of ToeGye school’s neo-confucian study is being sage and put it in practice. The subject of practice is the sage and his innateness can be expressed the Great Absolute. This thought was from the teachings of Chu-tzu, but there was the historical sense of responsibility to his own time and nation. ToeGye and his student had thought Human Mind, a revelation of the Great Absolute, the real thing which has the discretion. It is the Subject, Reality, and their self-cultivating journey’s end. They think every human being can be a sage by self-cultivating based on this Real Mind. Sometimes this Real Mind can be covered by physiological limitation and acquired selfish desire, but the origin of Real Mind haven’t covered and everyone can recover his Real Mind by self-cultivating. Self-cultivating process of ToeGye School start and end by the Piety. The Piety has three steps. First, self-awakening. Second, preparation before meeting outer things. Third, searching own soul and behavior. All of these steps practiced by the Piety. The Piety is real face of Human Mind. And the Piety is consistent through cognition before and after. All of these self-cultivating theory may convert to administration or enlighten people. ToeGye asserted this thought for Sage King as a neo-confucian sage, but his successors followed as a student who try hard to be a sage like his master. Neo-confucian practice should be based on individual perfectness but they were not sage yet.

한강 정구의 성리학 체계와 연원에 관한 소고

정도원(Jeong, Do-won) 계명대학교 한국학연구원 2012 한국학논집 Vol.0 No.48

틸팅열차 안전운행을 위한 운영기술 연구

정도원(Do-Won Jeong),김명수(Myoung-Soo Kim),김호순(Ho-Soon Kim),김영율(Yeong-Yul Kim) 한국철도학회 2010 한국철도학회 세미나자료 Vol.2010 No.10

Tilting trains is a train can enable to improve the train speed as a trian rounds a curved rail by tilting the body to the opposite way against centrifugal force and has a lot of strong points in domestic land has lots of mountain area causes many curved lines with the least improvement of facilities. Especially when it's possible to provide Tilting train service, it would cause many troubles for drivers to have to deal with. because they couldn't have enough experience to drive tilting train can run upto 10~30 Km/h than the one of ordinary train. and we do not have operated tilting train yet. So we have to be sure driving safety of all things, as tilting train is a brand new rolling stocks has complicated system and mechanism. Hence, we have developed standard manual for drving and an instructions of emergency procedures of tilting train for drivers in case of emergency than makes sure of driving safety. we also tried to make sure of comprehensive safety in case of providing tilting train service investigating a method reducing risk by PHA, which should be conducted ahead of introducing of new rolling stocks.

젓갈 유래 Coagulase-Negative Staphylococci의 안전성 평가

정도원 ( Do Won Jeong ),이종훈 ( Jong Hoon Lee ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2015 한국미생물·생명공학회지 Vol.43 No.1

젓갈로부터 분리된 ampicillin 감수성, coagulase 음성Staphylococcus 속 17 균주의 항생물질내성 및 위해성을 평가하였다. 15 균주는 한 종류 이상의 항생물질에 대한 내성을 나타내었고, penicillin G 내성 균주가 가장 높은 빈도로 검출되었다. PCR 증폭에 의한 항생물질내성 유전자 존재 확인 결과, trimethoprim 내성 관련 dfrA 유전자와 tetracycline내성 관련 tetK 유전자를 각각 보유한 두 균주가 확인되었다. α 형 용혈활성은 검출되지 않았지만, 다섯 균주가 δ 형의 용혈을 나타내었고, 그 중 두 균주는 β 형 용혈활성을 나타냈으며, 12 균주가 biofilm을 형성하였다. 본 실험에서 수행한 모든 안전성 평가 결과는 균주 특이적으로 나타났다. Seventeen ampicillin-sensitive coagulase-negative staphylococci (CNS) isolates identified in jeotgal were subjected to assessments for antibiotic susceptibility and safety hazards. Fifteen of the 17 CNS strains exhibited phenotypic resistances to at least one antibiotic, and their prevailing resistance was to penicillin G. The dfrA gene for trimethoprim and tetK for tetracycline were amplified by PCR from the two strains, respectively. α-Hemolytic activity was not detected from the 17 strains, while five strains presented δ-hemolytic activity. Among the five strains, two strains exhibited β-hemolytic activity. Biofilm was formed from twelve strains. All of the tested phenotypic characteristics were expressed in a strain-specific manner.

프롭 틸팅을 이용한 배송 드론의 피치 제어 분석

정도원(Do-Won Jeong),김병주(Byeong-Ju Kim),문정호(Jung-Ho Moon) 항공우주시스템공학회 2023 항공우주시스템공학회 학술대회 발표집 Vol.2023 No.10

낙론의 심학적 전환과 도학적 역사의식

정도원 ( Do Won Jeong ) 충남대학교 유학연구소 2016 儒學硏究 Vol.35 No.-

현재 학계에서는 낙론을 북학의 사상적 원류로 보는 경향이 있다. 하지만 낙론의 사상적 특징과 출현 계기, 더 나아가 낙론이 북학으로 전환된 내적 원인과 논리 연관 등에 대한 검토는 충분하지 않다. 본고는 조선 도학의 역사의식 변화와 시대정신의 반영이라는 관점에서 이에 대해 검토하였다. 사계-우암 계열은 퇴계학의 心合理氣 주장에 대응하여心是氣 주장을 강화하였고, 이는 心을 氣의 차원에서 규정하게 되는 문제를 낳았다. 낙론은 이에 대한 반성으로 등장하였는데, 특히 심학의 차원에서 이 문제에 접근하여 인식의 전환을 시도하고 있었다. 피폐해진 조선후기 사회에서 이런 전환은, 내면에서 절대적 도덕 원리를 확인하고, 이를 상대적 가치 영역이 아닌 공공의 영역에 제시함으로써, 지도층의 자의적 논리를 경계한다는 의미를 가질 수 있었다. 낙론의 이러한 논의 방식은 앞 시대여헌의 도학이나 반계의 실학과도 비교될 수 있지만, 이들의 논의에서 반계와 같은 실학적 사고 전환은 읽히지 않는다. 사실 낙론의 역사의식은 조선 전기 도학파의 연장에 있는것으로 평가 될 수 있는 것이었다. 낙론이 비록 사계-우암 계열의 분파로서 사계-우암계열의 율곡 읽기를 반성하여 퇴계적 사고를 차용하고는 있지만, 하나의 학문 집단으로 규정하기에는 학문적 실체가 분명하지도 않고 논의 구도가 일치하는 것도 아니었다. 낙론의 도학적 역사의식과 일부 사고 변화가 기존 사고에서의 탈피라는 측면에서 그리고 북학이 가진 사회적 책임감의 원류로서 기능하였을 가능성은 있지만, 이는 낙론이 아니라도 가능했던 것인 만큼 현재처럼 낙론과 북학을 직선으로 계보화 하는 것은 무리라는 것이 본고의 판단이다. It is the moral philosophy of Yulgok School, especially in Seoul(Nakak洛學) that pointed as the origin of Bukak, which is one of the korean practical science. But the study of moral philosophy of Nakak, especially Yulgok School in Seoul, is not enough. What is the academical identity of Nakak? What made Nakak go Bukak? Is it the needs of that times or the historical consciousness as Neo-Confucian literate? The conclusion of this paper is that the origin of Bukak was risen by the needs of times. The view, that the philosophical origin of Bukak is Nakak, has not sufficient evidences. Sagye and Uam, authentical successors of Yulgok, reinforced the assertion that human being is realistic being, so his mind is Chi(氣).(心是氣) This assertion was raised in response to Togye School’s thesis, that is, human mind is combination of moral noumenon (理) and emotional substance(氣).(心合理氣) Yulgok’s Chi was not only emotional substance, but the assertion of Sagye and Uam restricted this propositon to the area of relative value system. The scholars of Yulgok School in Seoul did self-examination and turned toward Togye’s proposition, because they wanted to realize social unification and establish fundamental principles. The absolute value system by Li(理) was the ideal of that time Neo-Confucian scholars. The philosophy of Nakak is one of the moral philosophy and reflection of historical consciousness of Neo-Confucianism since 15th century, but they didn’t reflect the new spirit of the times like Bangye, the founder of the Korean practical philosophy. While Bukak reflected new tendency like Bangye and his followers, Nakak did not. Nakak was more practical but moral philosophy, as ever.

16세기 도학의 심법론 : 퇴계를 중심으로

정도원 ( Jeong¸ Do-won ) 퇴계학연구원 2020 退溪學報 Vol.148 No.-

16세기 조선 유학은 스스로를 도학이라고 일컫는다. 도학은 내성과 외왕의 기반을 “마음”에 둔다. 이 마음은 천리를 담은 도덕 주체로서 모든 실천의 뿌리이다. 이 마음의 이상에 관한 담론을 “심법”이라고 한다. 조선 도학의 마음에 관한 담론은 주자의 新說을 전제, 퇴계의 담론을 기준으로 하고 있다. 퇴계는 ‘평상의 마음을 유지하는 삶 속에서 집착이나 강박관념 없이 각각의 사태에 대처하라’는 심법을 제시하고 있었다. 이는 선이든 악이든 마음에 담아두면 안 된다는 가르침을 계승한 것이다. 남명은 無欲을 추구하는 공부를 끝까지 밀고 나가 마음에 아무것도 없는 경지에 이르고자 하였다. 퇴계의 제자들은 이 상태를 실체화하고, 직관적으로 인식하고자 하는 경향이 있었으나, 간재나 우계 등은 퇴계의 심법을 있는 그대로 받아들여 자신들의 담론으로 전환하였다. 율곡은 퇴계와 달리 心意에 보다 주목하였으므로 심법 역시 달랐다. 그는 ‘가볍게 가볍게 스스로의 마음을 살펴 조절하라’고 하였다. 이는 퇴계의 ‘집착이나 강박관념 없이 각각의 사태에 대처하라’는 지침과 유사하지만, 本體에 대한 논리 구조는 달랐다. 퇴계를 계승했든 퇴계와 다른 길을 찾았든, 퇴계 이후의 학자들이 퇴계를 기준으로 자신들의 논리를 세웠다는 점은 동일했다. 이후로도 퇴계의 심법은 모든 관련 논의의 기준이 되었다. Neo-Confucianism in Joseon in the 16th century is said to be DaoXue (道學, a Confucian school of philosophy of the Song dynasty). The DaoXue is based on self-completion and the realization of political ideals on the “heart and mind”. This heart-mind is the moral subject that contains the heavens and is the root of all practices. This discourse about the ideal of the mind is called "rule of heart-mind(心法)". The discourse on the heart-mind of Chosun DaoXue presupposes the new theory of ZhouXi, and Toegye Yi-Hwang's discourse serves as the standard. Toegye had a guideline to 'address each situation without obsession in a life that maintains a normal mind.' This is the inheritance of the teaching that Be it good or evil, you must not keep it in your heart. Nammyeong Jo-Sik tried to push this to the end and reach the point where there is nothing in mind. Toegye's disciples had a tendency to materialize this state and perceive it intuitively, but Ganjae Yi-DukHong and Woogye Sung-Hon made their own discourse by taking it as it is. Unlike Toegye, Yulgok Yi-Yi paid attention to reason, consciousness, or psychological orientation, so the discourse about the mind was also different. He set up a guideline saying, 'Let's lightly and lightly examine your own mind and control.' This is similar to Toegye's guideline of “address each situation without obsession”, but the logic of the ontological structure of the heart-mind was different. Whether they succeeded Toegye or found a path different from Toegye, it was the same that they all set their own logic based on Toegye. Since then, Toegye has become the standard for discussion of all "discourses on the mind." And all of these discussions were aimed at discussing the realization of social ideals. Therefore, how these discussions turn into discussions for realizing social ideals should be followed by further research.

조선 전기 도학자들의 리(理) 인식과 사회실천론 - 정암·퇴계·율곡의 역사의식과 실천담론의 계승, 발전이라는 관점에서 -

정도원 ( Jeong Do Won ) (사)율곡연구원(구 사단법인 율곡학회) 2021 율곡학연구 Vol.44 No.-

본고는 조선전기, 특히 16세기 전후 도학파들의 실천담론을 그들의 역사의식과 철학적 근거라는 지평에서 살펴보았다. 이들의 실천 담론은 이전 시기부터 내려온 문제를 해결하기 위한 일종의 집단지성 혹은 시대정신이며 개혁의 논리였다. 이 논리는 정암, 퇴계, 율곡을 거치면서 구체화, 현실화되었다. 이들은 이전의 정상 사회로의 복귀가 아니라 요순을 잇는 참다운 인간 이상의 사회적 실현을 목표로 하였다. 이 점에서 이들의 논리는 이전 시기 경세 담론들과 분명한 차이를 가진다. 다만, 목표가 높았던 만큼 정확한 현실 이해를 추구하였으며, 앞 세대의 사회체제 또한 최대한 활용하고자 하였다. 이들의 이러한 소명의식과 실천이 당시 시대정신의 정화였음은, 兩難과 대기근, 갖은 政變을 거치면서도 이들이 제시한 진로를 부정하지 않는 개혁론들의 등장과 소명의 계승자임을 자처하는 후학들, 그리고 급격히 유교화 하는 생활양식 등에서 확인할 수 있다. 퇴율에 의해 정립된 주자학적 세계관을 벗어나는 흐름이 18세기에 들어서면서부터 감지되기 시작하지만, 19세기까지도 사회나 정치의 중심은 여전히 주자학이었다. 현실적이면서도 이상적인 도학의 실천 담론이 가져온 결과라고 할 것이다. This paper examines the political thoughts of Neo-Confucianists in the early Joseon period, especially around the 16th century, through their historical consciousness and philosophical grounds. And it is concluded that their practical discourse was the logic of reform to solve the problems of the previous period as a collective intelligence or spirit of the times, and it was not completed by any one individual at any one moment. At least, through Jeongam, Toegye, and Yulgok, they realized their logic. They had high ideals, but to that extent they tried to accurately read the problems of reality, and also tried to make the most of the social system established in the previous period. However, their goal was not simply to recover to a normal society before, but to realize more than a true human being. This has a clear difference from the discourses of governance in the previous period. Their sense of vocation and practice was the purifying of the spirit of the times, such as the emergence of reformists who did not deny their career path, the descendants who claimed to be the heir to the calling, and the rapidly Confucian lifestyle. It was after the 18th century that a flow beyond their worldview. However, until the 19th century, the Neo-Confucian worldview was still a social and political center. It can be said that it was the result of a realistic and ideal Dohak practice discourse.