미생물의 보존적 유전자 탐색

이동근,이재화,이상현,하배진,심두희,박은정,김진욱,이화월,남천석,김남영,이어진,백진욱,하종명,Lee Dong-Geun,Lee Jae-Hwa,Lee Sang-Hyeon,Ha Bae-Jin,Shim Doo-Hee,Park Eun-Kyung,Kim Jin-Wook,Li Hua-Yue,Nam Chun-Suk,Kim Nam Young,Lee Eo-Jin,Back J 한국생명과학회 2005 생명과학회지 Vol.15 No.2

생명체의 본질적 기능에 중요한 역할을 담당하는 유전자들을 밝히기 위해 미생물 유전체들 사이의 공통적 유전자를 밝히는 COG알고리듬을 이용하였다. 진핵생물 3종을 포함한 66종의 미생물에서 63개의 유전자가 보존적이었으며, 단백질 합성에 관여하는 유전자들이 총 52개로 생명현상에서의 단백질의 중요성을 알 수 있었다. 각 보존적 유전자들의 distance value를 이용하여 종간의 유전자 변이의 정도를 보면, ribosomal protein S12 (COG0048)와 ribosomal protein L14 (COG0093)의 보존성이 가장 높았다. 보존적 유전자들의 평균과 분산으로 유전체 분석을 수행한 결과, 고세균과 진정세균의 각 그룹 등 근연종들이 독자적 그룹을 형성하였다. 하지만 각 그룹내의 속 및 유전체의 수와 유전체 변이의 정도는 비례하지 않는 것을 알 수 있었다. To figure out conserved genes in 66 microbial species and measuring the degree of conservation, analyses based on COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins) algorithm were applied. Sixty-six microbial genomes, including three eukaryotes, hold 63 conserved orthologs in common. The majority $(82.5\%)$ of the conserved genes was related to translation, meaning the importance of protein in living creatures. Ribosomal protein S12 (COG0048) and L14 (COG0093) were more conserved genes than others from the distance value analysis. Phylogenetically related microbes grouped in genome analysis by average and standard deviation of 63 conserved genes. The 63 conserved genes, found in this research, would be useful in basic research and applied ones such as antibiotic development.

Enterococcus faecalsis 유래의 신규 L-aspartate β-decarboxylase의 cloning, 정제 및 활성 규명

이동근,송태윤,김남영,이어진,하상안,이재화,하종명,하배진,이상현,Lee Dong-Geun,Song Tae-Yoon,Kim Nam Young,Lee Eo-Jin,Ha Sang-An,Lee Jae-Hwa,Ha Jong-Myuong,Ha Bae Jin,Lee Sang-Hyeon 한국생명과학회 2006 생명과학회지 Vol.16 No.1

L-alanine의 산업적 생산을 위한 신규의 L-aspartate $\beta-carboxylase$ 유전자를 Enterococcus faecalis에서 검색하고 이를 대장균에 형질전환시켰다. E. faecalis 유래의 ADC유전자 는 1611 bp의 염기서열로 구성되어 있으며 형질전환된 대장균에서 59 KDa의 효소를 생산하며 L-aspartate $\beta-carboxylase$의 촉매활성을 나타내는 것을 확인하였다. 본 연구결과로 기능은 모르고 유전체 서열만 아는 균체에서 신규 효소를 개발하는 방법을 확립하였으며 저가의 aspartate를 이용한 고부가가치 L-alanine을 생산할 수 있는 신규효소를 개발할 수 있었다. The gene for a L-aspartate $\beta-decarboxylase$ (ADC) from Enterococcus faecalis was cloned and sequenced. The gene comprised an open reading frame of 1,611 base pairs, which encodes a protein of 58,960 Da consisting of 536 amino acid residues. The gene was subcloned into an expression plasmid for overexpression of the ADC. The recombinant ADC was produced using E. coli as the host and purified to homogeneity. Our result showed that the ADC may be obtained from bacteria known nucleotide sequence. Thus, we suggest that high value L-alanine might be produced by low value aspartate.

한천분해효소를 생산하는 해양세균 Thalassomonas sp. SL-5의 분리 및 특성

이동근,김남영,장민경,이옥희,이상현,Lee, Dong-Geun,Kim, Nam-Young,Jang, Min-Kyung,Lee, Ok-Hee,Lee, Sang-Hyeon 한국생명과학회 2007 생명과학회지 Vol.17 No.1

A novel agar-degrading bacterium SL-5 was isolated from seashore of Homigot at Kyung-Buk province, and cultured in marine broth 2216 media. The bacterium SL-5 was identified as Thalassomonas genus by 16S rDNA sequencing with 96% identity. Growth rate was faster at $27^{\circ}C$ than at $37^{\circ}C$ and agarase was produced as growth-related. The optimum pH of the enzyme activity was 7.0 and the optimum temperature for the reaction was $40^{\circ}C$. Although the enzyme had no thermostability, the enzyme activity was remained over 80% at $60^{\circ}C$. The enzyme hydrolyzed neoagarohexaose to yield neoagarobiose as the main product, indicating that the enzyme is $\beta-agarase$. Thus, the enzyme would be useful for the industrial production of neoagarobiose. 포항 호미곶 해수에서 한천분해활성을 보이는 해양성 세균 SL-5을 분리하였으며 16S rDNA 염기서열분석으로 해양기원의 Thalassomonas 속과 가장 유사한 균주임을 확인하였다. SL-5 균주가 생성하는 한천분해효소(agarase)는 성장의존성인 것으로 확인되었고 효소활성을 위한 최적 pH는 pH 7.0(20 mM sodium phosphate 완충용액)이고 최적 온도는 $40^{\circ}C$로 나타났다. 한천분해효소는 $80^{\circ}C$까지 65%의 효소활성을 보이는 호열성 효소이지만, 내열성은 그리 높지 않았다. 한천 분해효소의 분해산물에 대한 TLC 분석결과, 본 효소가 $\beta-agarase$라는 사실을 확인할 수 있었다. 분리한 Thalassomonas sp. SL-5 균주가 생산하는 한천분해효소를 이용하여 한천으로부터 다양한 기능성 한천올리고당을 생산하는데 있어 유용하게 사용될 것으로 기대된다.

수돗물속에서 관재질에 따른 생물막의 CLPP

이동근,이재화,이상현,하배진,하종명,Lee Dong-Geun,Lee Jae-Hwa,Lee Sang-Hyeon,Ha Bae-Jin,Ha Jong-Myung 한국생명과학회 2004 생명과학회지 Vol.14 No.6

배급수관망에 사용되는 아연도강관과 탄소강관이, 수돗물속에서 생장시키는 생물막의 세균농도와 미생물군집의 양상을 비교하기 위하여 Biolog GN plate를 이용한 CLPP를 수행하였다. 세균농도는 $10^4\;-\;10^6\;CFU/cm^2$이었고, 탄소강관과 아연도강관에 따른 생물막의 세균농도는 유의한 차이가 없었다. 평균적인 발색양상은 비슷하였지만 개별적인 CLPP 양상은 재질과 시기에 따라 다른 것으로 나타나, 미생물군집의 양상이 시간과 재질에 따라 다른 것을 알 수 있었다. The effect of pipe materials on biofilm communities were investigated by CLPP (community level physiology profile) using Biolog GN plates. Heterotrophic bacterial concentrations were $10^4\;-\;10^6\;CFU/cm^2$ and there was no differences between galvanized iron and carbon steel. Average optical density of Biolog plate was similar between two pipe materials. However, CLPP was different according to the type of pipe materials and exposed times to tap water, and CLPP was independent of bacterial concentration. This represents the differences of bacterial communities with pipes and water contact times.

소독제에 따른 생물막 살균효율과 생물막 미생물집단의 탄소이용능 비교

이동근,이재화,이상현,하배진,하종명,Lee, Dong-Geun,Lee, Jae-Hwa,Lee, Sang-Hyeon,Ha, Bae-Jin,Ha, Jong-Myung 한국생명과학회 2006 생명과학회지 Vol.16 No.4

수돗물에서 생성된 탄소강관위의 생물막에 유리잔류염소와 모노클로라민을 처리하여 세균농도 변화와 그에 따른 탄소원 이용능을 조사하였다. 소독제 농도를 단계적으로 올렸을 때 종속영양세균의 농도는 모노클로라민과 유리잔류염소의 농도가 각 1.5, 1.0 mg/l까지는 대조구에 비해 감소가 없었지만 (P = 0.56, ANOVA) 모노클로라민 2.0 mg/l, 유리잔류염소 1.5 mg/l 일때 감소되었다 (P < 0.01, ANOVA). 소독제의 농도를 단계적으로 높일때 세균활성의 증가 후 감소 그리고 세균농도의 감소가 관찰되었다. 세균농도가 유사하더라도 각 탄소원에 대한 정량적, 정성적 이용도가 서로 달라 군집구조가 상이할 것으로 생각되었다. The influence of disinfectant on bacterial concentration and carbon usage patterns by Biolog GN plates were investigated for biofilm on carbon steel pipe. Heterotrophic bacterial concentrations were not different among non-, monochloramine- (1.0, 1.5 mg/l) and free chlorine- (0.5, 1.0 mg/l) treated samples (P = 0.56, ANOVA). However treatment of 1.5 mg/l free chlorine and 2.0 mg/l monochloraime showed significantly lower densities than control (P < 0.01, ANOVA). By the stepwise increasement of disinfectant concentration, the carbon usage activities of biofilm microflora were decreased after increase without the decrease of bacterial concentration, following reduction of cell density. Carbon usage patterns were qualitatively and quantitatively different with similar bacterial concentrations. Principal component analysis suggested that type and concentration of disinfectant were main factors on the usage of carbons. Our result suggest that the differences of bacterial communities were different among the samples and the need of monochloramine for the reduction of biofilm in drinking water.

삵의 서식지 적합성 평가를 위한 분석단위 설정 및 보전지역 선정 - 충청도 지역을 중심으로 -

이동근,송원경,Lee, Dong-Kun,Song, Won-Kyong 한국조경학회 2008 韓國造景學會誌 Vol.36 No.5

본 연구는 환경부 보호종으로 지정된 삵을 대상으로 다양한 단위면적의 격자 및 유역을 평가단위로 설정하여 충청도 지역의 서식지 적합성 평가를 실시하기 위해 수행되었다. 이미 선진국에서는 GAP(Gap Analysis Program), 서식지 평가절차 및 서식지 적합성지수의 활용 등을 통해 종의 보전을 위한 서식지 평가 및 관리정책을 수립하고 있는 상황이며, 국내에서도 서식지 보전을 위한 다양한 평가방법들이 제안되고 있다. 그러나 국내 연구들은 아직 평가단위에 대한 고찰이 부족하고 분석 결과를 광범위하게 적용하는데도 문제가 있는 실정이다. 본 연구에서는 표고, 경사, 산림, 토지피복, 도로, 하천 등의 환경변수를 로지스틱 회귀모형을 활용하여 유역단위와 격자단위별로 서식지 적합성 평가를 실시하였다. 또한, 이 결과를 비교하여 광역적인 지역단위에 적합한 서식지 적합성 평가단위를 확인하였다. 평가 결과, 종의 발견지점 자체에 대한 환경인자 평가보다 주변의 일정 면적을 함께 고려하여 서식지를 평가하는 것이 적합하며, 그 단위면적은 격자단위 평가의 경우 반경 100m 유역단위의 경우 $1km^2$가 삵의 서식지 적합성을 평가하는데 가장 효과적임을 확인할 수 있었다. 본 연구는 기존의 서식지 보전을 위한 다양한 보전지역 선정 방법을 보완할 수 있는 방법론을 제안하고 있으며, 이 결과는 전국적으로 보전가치가 높은 종의 보전을 위한 관리정책에 활용될 수 있을 것으로 판단된다. The purpose of this study is to compare a habitat suitability grid unit included within a radius of 100m and $1km^2,\;2km^2,\;4km^2$ watershed units in order to predict suitable habitats for Chungcheong province's endangered leopard species(Prionailurus bengalensis). Other developed countries have carried out habitat assessment and established management policies for species conservation using such methods as HEP(Habitat Evaluation Procedures), HSI(Habitat Suitability Index) and GAP(Gap Analysis Program), etc. In accordance with these studies, many evaluation methods for habitat conservation have been proposed in Korea, but these studies are lacking in consideration of analytic units and general application of analysis results. This study predicted leopard habitat using a logistic regression analysis according to analytic units by data from 56 location and 8 sources of environmental data, including elevation, slope, forest area, land cover, roads, water, broadleaf trees, and human habitation. Moreover, the habitat suitability assessment unit was confirmed by a model comparison process encompassing model explanation. verification, and application on a regional scale. Results showed that assessment methods that took into consideration areas in and around the location points were beneficial in predicting habitat and that the assessment unit was appropriate for a 30m grid unit including areas within a radius of 100m and a $1km^2$ watershed unit in Chungcheong Province. This study suggests a method for regional habitat conservation to complement existing conservation area selection methods, and the results are expected to be used in conservation area selection and ecosystem management policies for endangered species.

Clark 전정성형술

이동근,Lee, Dong-Geun 대한치과의사협회 1986 대한치과의사협회지 Vol.24 No.7

Plunging Ranula환자의 치험례

이동근,권경환,김용완,이은영,김은철,Lee, Dong-Keun,Kwon, Kyung-Hwan,Kim, Yung-Woan,Lee, Eun-Young,Kim, Eun-Cheol 대한악안면성형재건외과학회 1998 Maxillofacial Plastic Reconstructive Surgery Vol.20 No.3

The plunging ranula or cervical ranula is amucous extravasation cyst of the sublingual gland. It is slightly common in females, shows no side preference, and is more prevalent in the second and third decades of life. It typically manifests as a painless, nonmobile swelling in the neck. The pathogenesis of plunging ranula is the discontinuities of the mylohyoid muscle in a position that would allow extravasation of sublingual gland mucin. The histologic appearance is characteristically of a cyst, devoid of epithelium or endothelium, with a vascular fibro-connective tissue wall containing some chronic inflammatory cells and macrophages stuffed with mucin. The correct diagnosis is essential for the most effective treatment, which is exicision of the sublingual gland. The plunging ranula must be differentiated clinically and histomorphologically from thyroglossal duct cyst, dermoid cyst, branchogenic cyst, lymphangioma, laryngocele, lipoma, hemangioma, cervial thymic cyst, cysts of the parathyroid or thyroid gland, lymphadenopathy, abscess, or tumor. We report a case and review the literatures, in our case, 23-year old man were diagnosis as plunging ranula after have been taken sialogam, MRI, etc. He underwent surgery via a cervical approach. The ranula reached the anterior neck by passing through a dehiscence in the mylohyoid muscle. A pseudocyst was extirpated. Although total sublingual gland excision was not performed, no recurrence was observed during 6 months follow-up periods.

수도용 폴리에틸렌관

이동근,Lee, Dong-Geun 한국상하수도협회 1988 水道 Vol.42 No.-

Designing Points of a Single-Particle Mass Spectrometer in Terms of Aerosol Focusing and Ion Loss

이동근,Cho Sung-Woo,Kim Sang-Gyu,Lee Seung Geun 한국물리학회 2006 THE JOURNAL OF THE KOREAN PHYSICAL SOCIETY Vol.49 No.1

In this article, we raise several important concerns which should be considered for the development of a single-particle mass spectrometer (SPMS). They are related to the performance and the characteristics of the components of that machine, i.e., aerosol collimation, laser ionization, and ion kinetic effects. We attempted to address those concerns through visualizations of the aerosol beam with light scattering, molecular dynamics simulations to elucidate the mechanism for energetic-ion formation, and a new conceptual design of ion optics. As such, we offer guidance for the development of a SPMS that will be capable of simultaneously analyzing the size and the elemental composition of a single nanoparticle.