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Peach rosette mosaic virus 검출을 위한 신속한 등온증폭법 개발
이시원 ( Siwon Lee ),이진영 ( Jin-young Lee ),김진호 ( Jin-ho Kim ),노재영 ( Jae-young Rho ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2016 한국미생물·생명공학회지 Vol.44 No.4
Peach rosette mosaic virus (PRMV)는 1933년 복숭아에서 처음 보고되었으며, 복숭아, 자두, 블루베리, 민들레, 벚나무 등에 감염되는 식물바이러스이다. PRMV는 한국에서 보고된 적이 없으나, 식물검역에서 관리병(control viruses)으로 지정되어 있다. 이번 연구에서는 PRMV를 더욱 신속하고 특이적으로 진단하기 위하여 Loop-mediated isothermal amplification 분석법을 적용한 진단법을 개발하였다. LAMP방법은 기존의 PCR 방법(RT-PCR 및 nested PCR)과 같은 검출 강도를 가지고 있다. 또한 LAMP 반응을 확인하기 위해 PRMV cDNA을 outer primer sets (Product size 264 bp)로 PCR 한 뒤, Pvu II (CAG/CTG) 제한효소를 처리하였다. 제한효소 처리 결과 2개의 digestion fragments (207 + 57 bp)가 확인되었다. PRMV의 LAMP 진단 방법은 관련 식물로부터 더욱 신속한 모니터링이 가능할 것으로 기대된다. Peach rosette mosaic virus (PRMV) is a plant virus that was first reported in 1933 by Peach. It can infect hosts including peach, grape, blueberry, dandelion, plum, cherry tree, and weeds. PRMV is non-reportable in Korea, but it is designated as a controlled virus requiring plant quarantine. In this study, for the rapid and specific detection of PRMV, we developed an assay using loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Comparison between conventional polymerase chain reaction (PCR) methods (real time-PCR and nested PCR) and LAMP for the detection of PRMV revealed an equivalent level of sensitivity by all the tested methods. For the LAMP assay, outer primer sets were used to amplify a 264-bp PCR product, which was then digested using the restriction enzyme Pvu II (CAG/CTG), and the visualization of two digestion fragments (207 + 57 bp) indicated a positive reaction. The developed LAMP assay for PRMV is expected to enable the rapid monitoring of PRMV in plants.
이시원 ( Siwon Lee ),박수정 ( Su Jeong Park ),김창수 ( Changsoo Kim ),조양석 ( Yangsoek Cho ),정현미 ( Hyen Mi Chung ),박상정 ( Sangjung Park ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2016 한국미생물·생명공학회지 Vol.44 No.2
본 연구에서는 신분류군 탐색을 위하여 유입하수 첨가 배지를 제작하였다. 유입하수 첨가배지에서는 일반 배지에서 분리 또는 동정되지 않은 13속 세균들을 배양하였으며, 특히 25에 비해 37℃에서 다양한 균주들을 배양할 수 있었다. 또한 유입하수 첨가 배지에서 총 12개의 분리 균주들이 97%이하의 유사성을 나타내는 것으로 분석되었으며, 이들은 Tessaracoccus, Paracoccus 및 Candidimonas속(또는 Paralcaligenes속)과 유연관계가 있었다. In this study, we evaluated complex media with influent sewage water (ISW) to isolate novel taxa of bacteria. It was possible to cultivate 13 genera using the complex media with ISW. Additionally, more diverse genera were identified at 37°C than at 25°C, using the complex media with ISW. Total 12 strains of 179 bacterial isolates were shared less than 97% 16S rRNA gene sequence similarities with any known species. These isolates could be assigned to genera Tessaracoccus, Paracoccus, or Candidimonas (or Paralcaligenes).
Cowpea mild mottle virus 특이유전자 검출을 위한 검역진단시스템개발
이시원 ( Siwon Lee ),이진영 ( Jinyoung Lee ),문보영 ( Boyeong Moon ),김창수 ( Changsoo Kim ),신용길 ( Yonggil Shin ),노재영 ( Jaeyoung Rho ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2015 한국미생물·생명공학회지 Vol.43 No.3
Cowpea mild mottle virus (CPMMV) has a wide range of hosts, such as the pea family and tomato. CPMMV is a nonreported virus in Korea, and is domestically designated as a controlled virus associated with plant quarantine. In this study, a rapid diagnostic method for the detection of CPMMV at quarantine sites was developed. For the development of a userbased system, the PCR compositions and conditions use existing methods of quarantine for the viruses. Two sets of RTPCR and nested PCR were developed in this study that could be amplified from 579→298 dp and 638→252 bp, respectively. Furthermore, a sequence inserted positive control plasmid was developed, which is able to identify false-positives resulting from laboratory contamination. The findings of this study are important for the diagnosis of CPMMV in imported crops held in plant quarantine.
파이로시퀀싱 분석법을 이용한 주거 환경 중 거실과 화장실의 세균 특성
이시원 ( Siwon Lee ),정현미 ( Hyen Mi Chung ),박응로 ( Eung Roh Park ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2016 한국미생물·생명공학회지 Vol.44 No.1
본 연구에서는 파이로시퀀싱 분석법을 이용하여 주거 환경 중 거실과 화장실의 세균 다양성을 분석하였다. 주거 환경 중 거실과 화장실에 존재하는 세균의 총 유전자량과 다양성 지수는 차이가 없었으나, 존재하는 세균의 종류에서는 차이가 나타났다. Phylum-level에서는 거실에서 나타나지 않은 Acidobacteria, Chlorobi, Chloroflexi, Fusobacteria, Nitrospirae 및 Planctomycetes문이 화장실 공기중에서 분석되어 상대적으로 넓은 영역의 세균 분포가 추정되었으며, classlevel에서는 우점하는 Proteobacteria문 중 β-Proteobacteria와 δ-Proteobacteria강이 거실에 비해 화장실에서 높은 비율로 분석되었다. 한편 genus-level에서는 거실이 화장실에 비해 상대적으로 다양한 속이 분석되었으나, 모두 Methylobacterium 속이 우점하였으며 두 주거 환경에서 각각 특징적으로 분포하는 미생물이 존재하였다. In this study, bacterial diversity in the living room and bathroom of a residential environment was analyzed using the pyrosequencing method. There was no difference in the diversity index of bacteria between the 2 rooms; however, differences were noted in the composition of bacteria. The classes β-Proteobacteria and δ-Proteobacteria were found in the bathroom at higher abundances than in the living room. The phyla Acidobacteria, Chlorobi, Chloroflexi, Fusobacteria, Nitrospirae, and Planctomycetes were found in the bathroom, but not in the living room, indicating a broader range of bacteria. However, the living room showed a more diverse range of bacterial genera than the bathroom did. In both the living room and the bathroom, the genus Methylobacterium was dominant.
환경 유형에 따른 바이오에어로졸 중 배양성 세균 동정 및 계통분석
이시원,정현미,박수정,최별,김지혜,이보람,주윤리,권오상,정원화,Lee, Siwon,Chung, Hyen-Mi,Park, Su Jeong,Choe, Byeol,Kim, Ji Hye,Lee, Bo-Ram,Joo, Youn-Lee,Kwon, Oh Sang,Jheong, Weon Hwa 한국미생물·생명공학회 2015 한국미생물·생명공학회지 Vol.43 No.2
바이오에어로졸은 0.02-100 μm 입자로, 자연 및 인위적 환경 또는 사람의 활동에 의해 발생된다. 바이오에어로졸은 바이러스, 세균, 곰팡이, 원생생물, 곰팡이 포자, 미생물 독소, 꽃가루, 동식물 기원의 물질, 타액 또는 글루칸 등으로 구성되며, 인간과 동물에게 호흡기 등의 질환을 유발한다. 본 연구에서는 농업, 축산, 하수처리장, 해변 및 청청지역의 바이오에어로졸 시료에서 분리한 배양성 미생물을 동정 및 계통분석을 수행한 결과, 우점 및 종의 구성 등 환경 유형 별 차이가 분석되었다. 한편 모든 시료에서 31 분리주가 Bacillus cereus로 동정되었고, 실내 양계장에서 Acinetobacter baumannii가 분리되었다. 또한 농업, 축산 및 해변에서 분리한 미생물 중 Domibacillus속, Chryceobacterium속, Nocardioides속 및 Comamonadaceae과에 속하는 새로운 종 또는 속이 분리되었다. Bioaerosols are comprised of particles 0.02-100 μm in size that originate in natural and artificial environments, and as a result of human activities. They consist of microorganisms including viruses, bacteria, fungi, and protozoa; fungal spores; microbial toxins; pollen; plant or animal material; expectorated liquid from humans; and glucans (peptidoglycan and β-glucan). Bioaerosols can cause respiratory and other diseases in humans and animals. In this study, bioaerosol samples acquired from agricultural sources, livestock, a sewage treatment plant, a beach, and a pristine area were analyzed to identify and phylogenetically characterize culturable microorganisms. The isolated bacteria exhibited regional differences, with different species dominating. However, Bacillus cereus was isolated in all samples, with a total of 31 strains isolated from all areas, and Acinetobacter baumannii was isolated from an indoor poultry farm. In addition, bacteria determined to be of novel genus or species of the genera Domibacillus, Chryceobacterium, Nocardioides and family Comamonadaceae were isolated from the agricultural, livestock and beach environments.
우리나라 식물검역 격리재배 시스템과 2005-2012년 실적보고
이시원(Siwon Lee),박정안(Jungan Park),이오미(O-Mi Lee),신용길(Yong-Gil Shin) 충남대학교 농업과학연구소 2013 농업과학연구 Vol.40 No.4
우리나라의 격리재배는 102속, 약 250여종의 식물에 대해 실시하고 있으며, 직접경검법, 배양법, 선택배지, 생리생화학, ELISA 및 PCR 검사방법을 사용한다. 2005-2012년, 우리나라에서 수행된 격리재배는 총 8,307건이며 이중 구근류가 5,165건(62.2%)로 가장 많았고, 묘목류가 2,119건(25.0%), 종자 796건(9.6%), 삽수 150건(1.8%), 접수 70건(0.8%) 및 기타 7건(0.1%) 이었다. 불합격 사례는 총 413건으로 약 4.97%였고, 발견된 병의 종류는 총 47종으로 나타났다. 종류별로는 바이러스가 27종으로 가장 많은 수를 차지했으며, 곰팡이 16종, 바이로이드 1종, Chromalveolata 1종 및 기타 2종으로 나타났다. 가장 많은 검역건을 올린 병원체는 Arabis mosaic virus (77건), Tobacco rattle virus (70건), Lily symptomless virus (46건), Penicillium expansum (46건)이다. In Korea, isolated cultivation has been implemented for 102 genera, including about 250 species, each of which has underwent microscopic inspection, cultivation of bacteria in selective medium, analysis of physiology and biochemistry, enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and polymerase chain reaction (PCR). The number of isolated microorganisms was 8,307 in the period of 2005-2012, and bulbs and tubers had the greatest diversity of microorganisms, of 5,165 (62.2%), followed by 2,119 (25.0%) sapling, 796 (9.6%) seed, 150 (1.8%) cutting slip, 70 (0.8%) branch graft and 7 (0.1%). The number of cases which were disqualified were 413 (4.97%), after the detection of 47 disease causing species of microorganism. Viruses predominated, with 27 species, followed by 16 fungi, a viroid, a Chromalveolata and 2 further species. Top on the list of detection was Arabis mosaic virus (77 cases), followed by Tobacco rattle virus (70 cases), Lily symptomless virus (46 cases) and Penicillium expansum (46 cases).