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DNA 염기 서열로부터 contig 구성을 위한 프로그램 XFAP의 개발
이병욱,박기정,김승목,Lee, Byung-Uk,Park, Kie-Jung,Kim, Seung-Moak 한국미생물학회 1998 미생물학회지 Vol.34 No.1
'Contig 구성문제'는 random sequencing 단편들로부터 DNA 염기 서열의 정보를 밝혀낼 경우 발생하는 문제이다. 본 연구에서는 이러한 contig 구성문제를 해결하기 위한 알고리즘을 구성하였으며, X-window 응용 프로그램인 XFAP을 개발하였다. XFAP에서는 dimer 빈도 비교 방법을 사용하여 중첩 가능성이 없는 단편을 효과적으로 제거하였다. 이 방법은 단편 쌍 중첩에서 최소 수용 중첩 길이 내의 각 단편 사이의 dimer 빈도 차이를 이용하여 단편 쌍을 선별하는 것이다. 또한 단편 쌍 최대치 정렬 과정의 메모리 사용량을 줄이기 위해서, Myers 알고리즘을 적용하여 linear space에서 최대치 정렬을 구하는 방법을 사용하였다. 그리고 본 프로그램은 사용자들에게 편리한 그래픽 환경을 제공하기 위해서 Motif 라이브러리를 사용하여 X-window에서 구현되었다. 본 프로그램의 테스트 데이터를 생성하기 위해서 GenBank 데이터베이스에서 일정 길이의 염기 서열을 추출한 다음, sequencing시 일어날 수 있는 모든 오류들을 고려하여 단편 샘플을 생성하였다. 단편 샘플에 대해서 dimer 빈도 비교 방법의 효과 및 실행 시간을 측정하였다. 특히 dimer 빈도 비교 방법의 효율은 단편의 길이에 비례하여 증가하는 것으로 나타났다. Fragment assembly problem is to reconstruct DNA sequence contigs from a collection of fragment sequences. We have developed an efficient X-window program, XFAP, for assembling DNA fragments. In the XFAP, the dimer frequency comparison method is used to quickly eliminate pairs of fragments that can not overlap. This method takes advantage of the difference of dimer frequencies within the minimum acceptable overlap length in each fragment pair. Hirschberg algorithm is applied to compute the maximal-scoring overlapping alignment in linear space. The perfomance of XFAP was tested on a set of DNA fragment sequences extracted from long DNA sequences of GenBank by a fragmentation program and showed a great improvement in execution time, especially as the number of fragments increases.
이병욱,김철민,박래홍,Lee, Byung-Uk,Kim, Chul-Min,Park, Rae-Hong 대한전자공학회 1998 電子工學會論文誌, S Vol.s35 No.12
본 논문에서는 ICP (Iterative Closest Point) 알고리즘을 이용한 영상등록에서의 회전 성분 신뢰도를 추정할 수 있는 행렬을 유도하 였다. ICP 알고리즘 결과의 신뢰도는 영상등록을 하려는 입력 물체의 모양에 따라 다르다. 보통 원통과 같은 어떤 축에 대한 회전체보 다는 더 복잡하고 두드러진 특징이 많은 물체일수록 신뢰도가 높은 결과를 얻게 된다. 본 논문에서는 ICP 알고리즘으로 구한 값의 신뢰도를 점으로 표현되는 입력물체에서의 각 점의 위치와 법선 벡터에 대한 식으로 나타내었다. 입력물체에 잡음이 들어갔을 때, 이로 인한 ICP 결과의 오차를 제시한 신뢰도를 이용해 추정하였다. 마지막으로 타원체 합성영상에 대한 신뢰도와 잡음이 들어갔을 때의 ICP 결과의 오차를 컴퓨터 모의실험으로 비교 분석하여 이론치와 부합되는 것을 보였다. This paper proposes a matrix which represents the confidence in the rotation components of the Iterative Closest Point (ICP) algorithm is image registratiion, The reliability of the ICP algorithm depends on the shape of the object. For example, an object with more complex features shows higher reliablility than the one with rotation symmetry such as a cylinder. We show that the reliablity of the ICP algorithm can be estimated when the input range data has additive noise. Finally, we demonstrate that the proposed reliability formula is in good agreement with the computer simulation.
사스-코로나바이러스-2 공기 중 부유 전파이론과 에어로졸 제어기술
이병욱(Byung Uk Lee) 한국환경보건학회 2021 한국환경보건학회지 Vol.47 No.2
Objectives: Control methods against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) aerosols have been introduced. Airborne spreading theories for SARS-CoV-2 were analyzed in this study. Methods: Control methods for airborne microorganisms were discussed. Studies on theoretical estimations for airborne spreading of SARS-CoV-2 were presented and analyzed. Analytic calculations were conducted for explaining control techniques for airborne microorganisms. Results: Control methods for SARS-CoV-2 aerosols can include physical or biological procedures. Characterization of SARS-CoV-2 aerosols and massive clustering infection cases of COVID-19 support the airborne spreading theories of SARS-CoV-2. It is necessary to consider the disadvantages of control methods for airborne microorganisms. Conclusions: A study on control methods against bioaerosols is necessary to prevent the spreading of viruses. Airborne spreading theories of SARS-CoV-2 were supported by the current evidence, but further studies are needed to confirm these theories.
인가전류밀도에 따른 플라즈마 전해산화코팅된 AZ91 마그네슘 합금의 내식성 변화
이병욱 ( Byung Uk Lee ),황인준 ( In Jun Hwang ),이재식 ( Jae Sik Lee ),고영건 ( Young Gun Ko ),신동혁 ( Dong Hyuk Shin ) 대한금속재료학회(구 대한금속학회) 2011 대한금속·재료학회지 Vol.49 No.8
The study investigated the influence of current density on the corrosion-protection properties of an AZ91 Mg alloy subjected to plasma electrolytic oxidation coating. The present coatings were carried out under an AC condition at three different current densities, i.e., 100, 150, and 200 mA/cm2. From microstructural observations, the micro cracks connecting each micro pore were pronounced on the oxide surface of the samples coated at current densities higher than 150 mA/cm2 since increasing the current density in this study led to an increment in the relative volume fraction of the MgO compound. Based on potentio dynamic polarization and immersion tests, the sample coated at a current density of 100 mA/cm2 showed superior corrosion resistance.
가상 혼잡 환경에서 향상된 확장 벡터 극 히스토그램 기법의 주행 성능 분석
이병욱(Byung-Uk Lee),박강인(Kang-In Park),이승환(Seung-Hwan Lee) 대한전자공학회 2024 대한전자공학회 학술대회 Vol.2024 No.6
In this study, we analyzed the navigation performance of the Improved and Extended Vector Polar Histogram(Improved EVPH) method in crowded simulation environments by comparing it with two conventional local path planning methods: the dynamic window approach and the timed elastic band method. The experiments demonstrated that the Improved EVPH method, which exhibited the shortest traveled time, adapted its movement direction to avoid pedestrians effectively. Whereas, the dynamic window approach method stopped in front of pedestrians, resulting in the shortest traveled distance. In the future, we will focus on integrating dynamic obstacle detection and tracking into the Improved EVPH method to further improve navigation performance in crowded environments.
환경미생물입자중 E.coli 와 B.subtilis 의 흡습성장에 대한 연구
이병욱(Byung Uk Lee),김성훈(Seong Hun Kim),김상수(Sang Soo Kim) 대한기계학회 2002 대한기계학회 춘추학술대회 Vol.2002 No.5
Recently, as the environmental pollution becomes an important issue, aerosols which are the main components of the<br/> atmospheric pollution become the subject of a lot of researches. Bioaerosols are aerosols which have biological origins.<br/> Bioaerosols have strong influence on human health. This study concerns the hygroscopic growth of two kinds of<br/> bioaerosols, gram-negative E.coli and gram-positive B.subtilis. We studied the hygroscopic growth of NaCl and PSL<br/> aerosols to compare with hygroscopic properties of bioaerosols. Bioaerosols and other particles were generated by the<br/> collision nebulizer and passed through the mixing chamber in which aerosols grew according to their respective<br/> hygroscopic characters. We measured aerodynamic diameters of aerosols using a TSI Aerosizer. The results reveal that<br/> the PSL aerosols are very hydrophobic and the NaCl aerosols are hygroscopic. E.coli and B.subtilis aerosols are less<br/> hygroscopic than NaCl aerosols. This result can be used to study kinetics of bioaerosols in humid conditions.