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서울시 열섬현상 완화를 위한 바람길 및 녹지 입지 선정 제안 : 클러스터링 및 랜덤포레스트 변수 중요도를 활용한 열섬척도 제안을 중심으로
간정현,남승희,서윤지,전은지,이광춘 한국디지털융합학회 2019 디지털경영연구 Vol.6 No.1
As the climate problem becomes more serious, mitigating the heat island effect is becoming an important issue. To solve the problem, it is necessary to identify the areas where the heat island effect is more severe and present appropriate measures to those areas. In this paper, we divided Seoul into 573 grids and divided into four clusters by hierarchical clustering techniques to identify the current status of the city's heat island effect. Of these cluster, we chose the one with the most urban features. We extracted the variable importance with random forest models and developed the heat island index from 1) multiplication of the variable importance and 2) the sign of the correlation coefficient between temperature and 3) the corresponding variable. Furthermore we analyzed areas where the heat island effect is severe with the index. According to the analysis, the heat island effect was particularly severe in five grids, and we suggested ways to mitigate the heat island effect for the areas concerned.
전우진(Woo-Jin Jeon),이도섭(Do-Seop Lee),손서연(Suh-Youn Shon),서윤지(Yun-Ji Seo),연승우(Seung-Woo Yeon),강재훈(Jae-Hoon Kang) 한국식품과학회 2016 한국식품과학회지 Vol.48 No.4
선행연구(12,13)에 따르면 10주간 ID1216을 투여한 비만 마우스에서 체중과 체지방이 감소하였고 이는 SIRT1-PGC1α의 발현을 조절하여 나타나는 것으로 확인하였다. 본 연구는 SIRT1-PGC1α-PPARα의 하위 기전인 UCPs, ACO, aP2의 발현 조절에 ID1216이 영향을 미쳐 그 효과를 나타내는 것을 추가로 확인한 것에 의미가 있다. 또한 10주간 ID1216을 투여한 비만 마우스의 혈액 분석 결과에서도 혈중 중성지방, LDL, HDL total cholesterol등의 혈중 지방질 수치가 개선됨과 동시에 free fatty acid의 농도는 감소하였는데 이는 ID1216이 HSL과 같은 지방질분해효소의 활성을 조절하여 중성지방의 분해과정에 관여하기는 하나 에너지 대사와 지방산 산화 과정에도 복합적으로 관여하여 최종적으로 나타내는 비만 대사 조절 효과에 의한 것으로 판단된다. 따라서 ID1216은 SIRT1-PGC1α-PPARα pathway를 촉진시켜 세포와 조직 수준에서 열발생(thermogenesis)에 관여하는 유전자인 UCP1, UCP2, UCP3의 발현을 증가시켰고 β-oxidation에 관여하는 유전자인 ACO와 aP2의 발현도 증가시켰으며 또한 지방분해(lypolysis)에 관여하는 유전자인 ATGL과 HSL의 발현을 증가시키는 분자생물학적 기전을 나타내어 체지방 감소 효과를 나타내는 것으로 확인되었다. In previous studies, we confirmed that the ethanol extract of Polygonatum sibiricum (ID1216) has anti-obesity effects on high-fat diet-fed mice. To identify the obesity-related genes affected by ID1216, we studied its effects both in vivo and in vitro. In mice, single administration of ID1216 increased the expression of obesity-related genes including sirtuin1 (SIRT1), peroxisome proliferator-activated receptor γ coactivator 1α (PGC1α) and peroxisome proliferator-activated receptor α (PPARα) compared to that in mice administered the vehicle; their downstream genes (uncoupling proteins, acyl-CoA oxidase, adipocyte protein 2, and hormone-sensitive lipase) were also increased by ID1216. In fully differentiated 3T3-L1 adipocytes, ID1216 showed the same effects on anti-obesity genes as those in the animal model. Based on these results, we propose that ID1216 has anti-obesity effects by regulating the SIRT1-PGC1α-PPARα pathway and their downstream genes, thereby controlling energy and lipid metabolisms.
Clinical Targeted Next-Generation Sequencing Panels for Detection of Somatic Variants in Gliomas
신혜미,Jason K. Sa,배준설,구하림,진선휘,조희진,최승원,경종민,김자연,서윤지,정제균,Nayoung K.D. Kim,손대순,정종석,이태섭,공두식,최정원,설호준,이정일,서연림,박웅양,남도현 대한암학회 2020 Cancer Research and Treatment Vol.52 No.1
Purpose Targeted next-generation sequencing (NGS) panels for solid tumors have been useful in clinical framework for accurate tumor diagnosis and identifying essential molecular aberrations. However, most cancer panels have been designed to address a wide spectrum of pan-cancer models, lacking integral prognostic markers that are highly specific to gliomas. Materials and Methods To address such challenges, we have developed a glioma-specific NGS panel, termed “GliomaSCAN,” that is capable of capturing single nucleotide variations and insertion/deletion, copy number variation, and selected promoter mutations and structural variations that cover a subset of intron regions in 232 essential glioma-associated genes. We confirmed clinical concordance rate using pairwise comparison of the identified variants from whole exome sequencing (WES), immunohistochemical analysis, and fluorescence in situ hybridization. Results Our panel demonstrated high sensitivity in detecting potential genomic variants that were present in the standard materials. To ensure the accuracy of our targeted sequencing panel, we compared our targeted panel to WES. The comparison results demonstrated a high correlation. Furthermore, we evaluated clinical utility of our panel in 46 glioma patients to assess the detection capacity of potential actionable mutations. Thirty-two patients harbored at least one recurrent somatic mutation in clinically actionable gene. Conclusion We have established a glioma-specific cancer panel. GliomaSCAN highly excelled in capturing somatic variations in terms of both sensitivity and specificity and provided potential clinical implication in facilitating genome-based clinical trials. Our results could provide conceptual advance towards improving the response of genomically guided molecularly targeted therapy in glioma patients.
고지방 식이 유도 비만 마우스 모델에서 황정 추출물의 지방질 및 에너지 대사 관련 유전자에 대한 효능 연구
전우진(Woo-Jin Jeon),김지영(Ji-Young Kim),오익훈(Ik-Hoon Oh),이도섭(Do-Seop Lee),손서연(Suh-Youn Shon),서윤지(Yun-Ji Seo),연승우(Seung-Woo Yeon),강재훈(Jae-Hoon Kang) 한국식품과학회 2017 한국식품과학회지 Vol.49 No.2
황정 주정 추출물 ID1216의 고지방 식이 유도 비만 마우스에서의 체중 증가 억제 효과에 대한 분자생물학적 기전을 확인하고자 단백질과 mRNA 수준에서 지질 및 에너지 대사 관련 유전자들의 발현 변화를 관찰하였다. 본 연구에서 확인된 지표들 간의 상호 작용 및 ID1216의 조절 여부에 관해 Fig. 10에 나타내었다. 실험 결과 ID1216은 고지방 식이 유도 비만 마우스에서 체중 증가 억제를 나타내었으며, 비만 대사 관련 pathway의 상위 유전자로 사료되는 SIRT1과 AMPK의 발현을 조절하는 것으로 나타났다. 활성화된 SIRT1과 AMPK는 PGC1α의 활성화에 관여하고, 이를 통해 열 발산 대사와 관련된 UCP 단백질과 핵 수용체 단백질인 PPARα의 발현이 백색지방, 갈색지방, 간 및 근육에서 증가되는 것이 확인되었다. 각 조직 별로 RT-PCR을 진행한 결과에서는 PPARα의 하위 유전자인 aP2, ACO, Acadl, Acadm, CPT1a, CPT1b의 mRNA 발현 수준을 향상시켜 주어 ID1216이 지방산 산화 대사인 β-oxidation의 활성화에 기여할 가능성을 보여주었다. 이와는 별개로 ID1216은 중성지질을 분해하는 것으로 알려진 ATGL의 mRNA 발현 또한 증가시키는 것으로 확인되었다. 본 연구를 통해 ID1216이 조직에 따라 지질 및 에너지 대사와 관련된 인자의 발현에 영향을 주는 체중 조절에 효과적인 소재임을 알 수 있었다. 또한 비만 치료제와의 기전적 차별성과 생약 특유의 섭취 안전성을 특징으로 하는 체중 또는 체지방 조절기능성 소재로의 활용 가능성도 충분히 가지고 있음을 확인할 수 있었다. In this study, factors involved in lipid and energy metabolism following treatment with ethanolic extract of the Polygonatum sibiricum rhizome (ID1216) were evaluated in high-fat diet-induced obese mice. ID1216-treated mice showed a significant reduction in weight gain compared to non-treated mice. ID1216 treatment increased the protein levels of AMP-dependent protein kinase, sirtuin1, peroxisome proliferator-activated receptor γ coactivator 1-α (PGC1α), peroxisome proliferator-activated receptor α (PPARα) and uncoupling proteins in the adipose tissue, liver and muscle compared to vehicle treatment. Analysis of downstream signals of the sirtuin1 PGC1α-PPARα pathway showed that ID1216 regulates the expression of β-oxidation related genes such as acyl-CoA oxidase, carnitine palmitoyltransferase1, acyl-CoA dehydrogenase and adipocyte protein 2. In addition, ID1216 increased the expression of adipose triglyceride lipase. These results suggest that ID1216 has anti-obesity effects by regulating the genes involved thermogenesis, β-oxidation and lipolysis in a diet-induced obesity model.