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Jihoon Shin,Shinae Park,Jung‑Shin Lee,Eun‑Jin Lee,Hong‑Duk Youn 한국유전학회 2020 Genes & Genomics Vol.42 No.3
Background Streptomyces seoulensis has contributed to the discovery and initiation of extensive research into nickel superoxide dismutase (NiSOD), a unique type of superoxide dismutase found in actinomycetes. Still so far, there is no information about whole genome sequence of this strain. Objective To investigate complete genome sequence and perform bioinformatic analyses for genomic functions related with nickel-associated genes. Methods DNA was extracted using the Wizard Genomic DNA Purification Kit then sequenced using a Pacific Biosciences SMRT cell 8Pac V3 DNA Polymerase Binding Kit P6 with the PacBiov2 RSII platform. We assembled the PacBio longreads with the HGAP3 pipeline. Results We obtained complete genome sequence of S. seoulensis, which comprises a 6,339,363 bp linear chromosome. While analyzing the genome to annotate the genomic function, we discovered the nickel-associated genes. We observed that the sodN gene encoding for NiSOD is located adjacent to the sodX gene, which encodes for the nickel-type superoxide dismutase maturation protease. In addition, several nickel-associated genes and gene clusters-nickel-responsive regulator, nickel uptake transporter, nickel–iron [NiFe]-hydrogenase and other putative genes were also detected. Strain specific genes were discovered through a comparative analysis of S. coelicolor and S. griseus. Further bioinformatic analyses revealed that this strain encodes at least 22 putative biosynthetic gene clusters, thereby implying that S. seoulensis has the potential to produce novel bioactive compounds. Conclusion We annotated the genome and determined nickel-associated genes and gene clusters and discovered biosynthetic gene clusters for secondary metabolites implying that S. seoulensis produces novel types of bioactive compounds.
퇴적물 기원지 분석을 활용한 제4기 단층의 운동 시기 연구
이태호(Tae-Ho Lee),최진혁(Jin-Hyuck Choi),천영범(Youngbeom Cheon),이호일(Hoil Lee),최이레(Iyre Choi),이기욱(Keewook Yi),이신애(Shinae Lee) 대한지질학회 2021 대한지질학회 학술대회 Vol.2021 No.10
고지진 연구에서 연대측정은 단층의 재발주기 및 단층의 운동시기 확인을 위한 중요한 수단으로 활용된다. 이러한 고지진연구에서 주로 사용되는 대표적인 연대측정법으로는 방사선탄소, 우주선유발 동위원소 그리고 광여기루미네선스(Optically Stimulated Luminescence; 이하 OSL)등을 이용한 연대측정법 등이 있다. 이들 연대측정 기법들은 고지진의 시간적 정보 획득에 유용하게 활용되고 있으나, 단층의 직접적인 운동 시기를 제한하지 못하는 한계를 가지고 있다. 즉 단층의 영향을 받은 퇴적층의 퇴적 시기를 통해 단층의 간접적인 운동시기만을 제시할 수 있다. 이번 연구에서는 쇄설성 저어콘 U-Pb 연대측정에 의한 퇴적물의 기원지 분석을 수행하였으며 이를 활용해 OSL 및 방사선탄소 연대측정법으로 제시된 단층의 간접적인 운동 시기를 좀 더 좁은 범위로 제한해 보고자 한다. 연구 지역은 Cheon et al . (2020)이 보고한 남부 양산단층 인보지점이다. 이 지점은 서쪽으로 경상분지 유천층군 화성암이, 동쪽으로는 하양층군 퇴적암이 분포하는 지역이며, 단층에 의해 절단된 미고화 퇴적층은 약 7 m 이상이다. Cheon et al . (2020)은 인보지점의 미고화 퇴적층을 4개 단위로 구분하였고, 상부에서부터 10번대, 20번대, 30번대 그리고 40번대로 명명하였다. 인보지점에서 발견된 단층은 10대로 명명된 최상부 미고화 퇴적층까지 절단하고 있으며, OSL 연대측정에 의해 산출된 10번대 미고화 퇴적층의 연대측정 결과를 바탕으로 단층의 최후기 운동시기를 약 29±1 ka 이후로 제시하였다. 이번 연구에서는 4개 단위 미고화 퇴적층들의 보다 정밀한 퇴적시기 확보를 위하여 12개 시료들에 대한 OSL 분석을 추가로 실시하였으며 그 결과 20~40번대층의 퇴적시기는 약 70 ka에 수렴하는 매우 빠른 퇴적이 진행된 것으로 확인되었다. 퇴적물의 기원지 분석은 40, 30 그리고 10번대 층을 대상으로 수행되었으며 그 결과 40번대층은 서쪽에 분포하는 화성암 기원의 퇴적물이 주를 이루며, 30번대층은 서쪽과 더불어 동쪽에 기원하는 퇴적물의 양이 비슷한 분포를 보였다. 그리고 최상부 10번층은 동쪽에서 기원한 퇴적물이 주를 이루었다. 이러한 결과는 연구 지역내 퇴적된 퇴적물들의 기원지가 상대적으로 짧은 퇴적 시기에 급격히 변화했음을 의미한다. 인보지점 미고화 퇴적층에는 뚜렷이 인지할 수 있는 시간적 불연속 면이 발견되지 않으므로, 짧은 시간 동안의 급격한 퇴적물 기원지 변화는 단층활동에 의한 것으로 판단된다. 이러한 연구결과를 바탕으로 인보지점은 40번과 30번대층이 퇴적된 약 7만년 그리고 10번대층이 퇴적된 약 2만 9천년 경에 단층 운동이 발생하였다고 추론된다.
이선영,최경숙,이은숙,신완균,진호준 한국병원약사회 2009 병원약사회지 Vol.26 No.1
Abstract: Accurate estimation of the glomerular filtration rate(GFR) is crucial for therapeutic interventions, especially in guiding the dose adjustment of the medication for patients diagnosed with renal insufficiency. Various methods such as Cockcroft-gault(CG), Modification of Diet in Renal Disease(MDRD) and Sanaka equation are widely used to estimate GFR, especially MDRD is the most frequently used method. However, the accuracy would be affected by race, age and dis eases the patients have and CG or MDRD are limited to apply for Asian. The objective of the study is to find the appropriate renal function prediction factor in the dose adjustment of the medication through comparing the performance of the CG, MDRD and Sanaka methods based on creatinine clearance measured with 24hr urine collection. 1186 patients who had their creatinine clearance measured by 24hr urine collection from 1 May 2003 to 31 July 2008 were selected excluding any patients who have factors which might affect their renal function. The accuracy of the GFR predication by these above three methods was compared against each other, taking into consideration each patient renal function stage and age. The MDRD equation preformed better than the CG or Sanaka formula in total patients, the accuracy within 30% were 49.7% for CG, 71.0% for MDRD and 49.2% for Sanaka. Similar results were with respect to accuracy within 30%(64.2, 70.7, 68.6%, respectively) in patients with chronic renal diseases and with respect to that(42.1, 71.6, 51.2%, respectively) in elderly patients and that(38.9, 75.0, 56.0%, respectively) in very elderly patients. In total patients through the MDRD, CG and Sanaka, 45.1%, 59.2% and 42.6% of patients were classified as exact stage of chronic renal disease that is used for dosage adjustment. The result from this study shows the renal function estimation by MDRD is more accurate than by CG and Sanaka, and MDRD adjusted by body surface area showed performance improvement compared with the original MDRD equation. Therefore GFR estimation through MDRD adjusted by body surface area is recommended in the dose adjustment of the medication.
Koo Hyojeong,Choi Eunna,Park Shinae,Lee Eun-Jin,Lee Jung-Shin 한국미생물학회 2022 The journal of microbiology Vol.60 No.8
Salmonella Typhimurium is a Gram-negative facultative pathogen that causes a range of diseases, from mild gastroenteritis to severe systemic infection in a variety of animal hosts. S. Typhimurium regulates virulence gene expression by a silencing mechanism using nucleoid-associated proteins such as Histone-like Nucleoid Structuring protein (H-NS) silencing. We hypothesize that the posttranslational modification, specifically protein acetylation, of proteins in gene silencing systems could affect the pathogenic gene expression of S. Typhimurium. Therefore, we created acetylation-deficient mutant by deleting two genes, pat and pta, which are involved in the protein acetylation pathway. We observed that the pat and pta deletion attenuates mouse virulence and also decreases Salmonella’s replication within macrophages. In addition, the Δpat Δpta strain showed a decreased expression of the horizontally-acquired virulence genes, mgtC, pagC, and ugtL, which are highly expressed in low Mg2+. The decreased virulence gene expression is possibly due to higher H-NS occupancy to those promoters because the pat and pta deletion increases H-NS occupancy whereas the same mutation decreases occupancy of RNA polymerase. Our results suggest that Pat- and Pta-mediated protein acetylation system promotes the expression of virulence genes by regulating the binding affinity of H-NS in S. Typhimurium.