약제내성 Mycobacterium tuberculosis의 rpoB 유전자 분석과 클로닝 발현

최은경,권태동,배선준,조해선,홍성갑,Choi, Eun Kyeong,Kweon, Tae-Dong,Bai, Sun-Joon,Cho, Hae Sun,Hong, Seong-Karp 한국정보통신학회 2013 한국정보통신학회논문지 Vol.17 No.4

마산병원과 결핵연구원에서 rifampin 내성균주를 확보하여 기존의 전통방법으로 검사된 항결핵제 내성균의 rifampin 내성관련 유전자인 rpoB (RNA polymerase beta subunit)의 변이를 DNA 염기서열 분석방법에 의하여 분석하였다. 그 결과 국내에서 분리되는 결핵균에서는 기존에 보고된 rpoB 변이부위와는 다른 위치의 DNA 염기 변이가 확인되었고 국내에서 여러 내성 결핵균주에서 변이가 발견되고 있지만 이러한 변이가 리팜핀 내성을 실제로 유발하는지 실험적으로 검증된 바는 없었다. 따라서 이러한 특이 부위의 rpoB변이들이 실제로 리팜핀 내성을 유발하는가를 확인하기 위하여 내성 결핵균주들의 rpoB 변이유전자를 polymerase chain reaction(PCR)으로 증폭하고 이것을 리팜핀 감수성 결핵균주에 cloning(클로닝)하고 발현시켜 rpoB 변이가 리팜핀에 대한 내성을 발생시켰음을 실험적으로 확인하였다. Using DNA sequencing method, we analyzed mutations of rpoB (RNA polymerase beta subunit) rifampin-resistant Mycobaterium tuberculosis strains which were identified by conventional test at Masan National Hospital and The Korean Institute of Tuberculosis. Though it has been reported different mutations of rpoB region of rifampin-resistant M. tuberculosis strains in the south of Korea, it is not confirmed whether these mutations of rpoB region actually express rifampin resistance through experiment. We confirmed experimentally these mutations of rpoB region of M. tuberculosis strains induced rifampin-resistance through ampified rpoB by polymerase chain reaction (PCR) and cloning of mutant rpoB into rifampin sensitive-M. tuberculosis strain.

KRUGLYAK과 LANDER의 유전연관성 비모수 방법과 반복 자료를 고려한 가중 회귀분석법의 비교

최은경,송혜향,Choi, Eun-Kyeong,Song, Hae-Hiang 한국통계학회 2008 응용통계연구 Vol.21 No.1

The ordinary least squares regression method of Haseman and Elston(1972) is most widely used in genetic linkage studies for continuous traits of sib pairs. Kruglyak and Lander(1995) suggested a statistic which appears to be a nonparametric counterpart to the Haseman and Elston(1972)'s regression method, but in fact these two methods are quite different. In this paper the relationships between these two methods are described and will be compared by simulation studies. One of the characteristics of the sib-pair linkage study is that the explanatory variable has only three different values and thus dependent variable is heavily replicated in each value of the explanatory variable. We propose a weighted least squares regression method which is more appropriate to this situation and the efficiency of the weighted regression in genetic linkage study was explored with normal and non-normal simulated continuous traits data. Simulation studies demonstrated that the weighted regression is more powerful than other tests. 형제 쌍(sibpair)의 연속형 형질(continuous traits) 자료를 이용한 유전연관성 검정 법(linkage test)으로서 Haseman과 Elston (1972)의 최소제곱(ordinary least square, OLS) 회귀분석법이 주로 사용된다. 비모수적 방법으로서 제시된 Kruglyak과 Lander (1995)의 검정통계량은 Haseman과 Elston (1972)의 방법에 대응되는 방법처럼 보이지만 실제로는 매우 다르다. 본 논문에서는 Kruglyak와 Lander (1995)의 검정통계량과 Haseman과 Elston (1972)의 검정통계량의 관계를 설명하고 모의실험으로 두 검정통계량의 검정력을 비교한다. 유전연관성에 사용되는 형제 자료의 특징은 한정된 설명변수의 값에 매우 많은 자료가 반복(replicated)되었다는 점이며, 이러한 반복 자료에 더욱 적절한 가중 회귀분석법을 제안한다. 가중 회귀분석법의 효율성을 정규분포 또는 정규분포가 아닌 연속형 형질 모의실험 자료로 알아본 결과 형제 쌍 자료의 유전연관성 검정에서 가중 회귀분석법이 다른 검정법들보다도 검정력이 높음을 확인하였다.

GIS 기반의 도심지 지반침하지도 작성 사례

최은경,김성욱,조진우,이주형,Choi, Eun-Kyeong,Kim, Sung-Wook,Cho, Jin-Woo,Lee, Ju-Hyung 한국지반공학회 2017 한국지반공학회논문집 Vol.33 No.10

자연사면의 붕괴를 예측하기 위한 위험지도는 지형학적, 수문학적 및 지질학적 요소의 조합으로 구성된다. 지형적인 요소는 수치고도모형(DEM)으로부터 추출하여 작성된 방위도, 경사도, 곡률, 지형지수를 포함하며, 풍화대의 심도를 반영하고 있다. 수문학적 요소는 토양배수(soil drainage), 습윤지수가 불안정성을 판단하는 주요 요소이다. 그러나 대부분의 도시 지역은 평야(저지대)에 위치하므로 지형요소와 수문요소만으로 위험지도를 작성하기는 어려운 것으로 판단된다. 본 연구에서는 도심지와 같은 평탄한 저경사 지역의 붕괴 위험을 판단하기 위하여 고수계, 토양심도(풍화토심도)와 지하수 수위 데이터 등과 같은 다양한 자료를 수집하여 해석 요소로 사용하였으며, 위험지도의 신뢰성을 판단하기 위하여 강남구와 여의도 지역에서 과거 발생한 재해 기록과 비교하여 분석을 진행하였다. 기존에 작성된 재난안전연구원의 재해위험도는 지형적인 요소만이 반영되었으므로 도심지는 대체로 안정된 지역으로 분류되고 있고, 과거 붕괴 이력이 반영되지 않았다. 본 연구에서 제시된 붕괴위험도는 풍화대 심도, 토양 배수조건, 지하수 조건, 고수계 등을 입력자료로 추가하였다. 그 결과 실제 붕괴가 발생한 지점에서 취약성이 증가하는 결과를 보였다. 실제 붕괴이력과 지반침하지도의 결과를 비교 분석한 결과 기존 방식에 의한 붕괴위험 지도에서는 3등급은 12%, 4등급은 88%로 분석되었으나, 도심지 특성을 고려한 지반침하지도에서는 2등급 2%, 3등급 29%, 4등급 66%, 5등급 2%으로 재해취약성의 변화가 잘 나타났으며, 실제 붕괴가 발생한 지점에서 위험도가 증가하였고 상당한 유의성을 나타내었다. The hazard maps for predicting collapse on natural slopes consist of a combination of topographic, hydrological, and geological factors. Topographic factors are extracted from DEM, including aspect, slope, curvature, and topographic index. Hydrological factors, such as soil drainage, stream-power index, and wetness index are most important factors for slope instability. However, most of the urban areas are located on the plains and it is difficult to apply the hazard map using the topography and hydrological factors. In order to evaluate the risk of subsidence of flat and low slope areas, soil depth and groundwater level data were collected and used as a factor for interpretation. In addition, the reliability of the hazard map was compared with the disaster history of the study area (Gangnam-gu and Yeouido district). In the disaster map of the disaster prevention agency, the urban area was mostly classified as the stable area and did not reflect the collapse history. Soil depth, drainage conditions and groundwater level obtained from boreholes were added as input data of hazard map, and disaster vulnerability increased at the location where the actual subsidence points. In the study area where damage occurred, the moderate and low grades of the vulnerability of previous hazard map were 12% and 88%, respectively. While, the improved map showed 2% high grade, moderate grade 29%, low grade 66% and very low grade 2%. These results were similar to actual damage.

경상분지 쇄설성 퇴적암의 대자율 이방성 연구

최은경,김성욱,황웅기,권현욱,김태형,Choi, Eun-Kyeong,Kim, Sung-Wook,Hwang, Woong-Ki,Kwon, Hyun-Wook,Kim, Tae-Hyung 한국지반공학회 2018 한국지반공학회논문집 Vol.34 No.8

쇄설성 퇴적암의 입자 크기는 암석을 구분하는 기준인 동시에 이방성의 원인이 된다. 이방성은 암석의 강도와 풍화에 영향을 미치는 주 원인 중 하나이다. 경상분지의 영주, 대구, 부산 지역에 분포하는 쇄설성 퇴적암과 화성암을 대상으로 대자율타원체를 결정하고 이방성정도와 모양지수를 통해 이방성을 분석하였다. 외력의 영향이 거의 없는 호성환경에서 퇴적된 사암의 이방성정도는 1.03 이하였다. 단층의 영향을 받은 암석은 1.06, 단층암은 1.14 이상의 이방성 정도를 보였다. 암석의 자기적 이방성은 단층으로부터 거리가 멀어질수록 이방성 정도가 감소하였다. 세립질의 입자로 구성된 이암과 셰일은 일차퇴적구조인 층리가 박층으로 발달하며 이로 인해 단층암과 유사한 크기의 이방성을 보였고 대자율타원체의 모양지수도 편원형을 보였다. 실험 결과로부터 쇄설성퇴적암 중 신선한 이암과 셰일은 단층암과 유사한 이방성을 가지므로 이들 암반과 관련된 구조물의 설계, 시공, 유지관리에서 주의가 필요하다. The grain size of clastic sedimentary rocks classifies the rock types and also causes of anisotropy of the rock. The anisotropy is one of the most important factors that dominates the strength and weathering behavior of rocks. The anisotropy of clastic sedimentary and igneous rocks in the Gyeongsang Basin including Yeongju, Daegu, and Busan were analyzed by magnetic susceptibility expressed by the degree of anisotropy and shape parameter. As the results of the study, the sandstone deposited under lacustrine environment unaffected by the external force shows 1.03 degree of anisotropy. The degrees of anisotropy of the rocks affected by faults and fault rocks show 1.06 and 1.14, respectively. The magnetic susceptibility of rocks is to decrease with the distance from the fault. A fresh mudstone and shale formed by fines show a similar magnitude of the degree of anisotropy to fault rock and correspond to oblate shape parameter due to their sedimentary structure. Due to these reasons, we need attention in design, construction, and maintenance of a structure constructed in mudstone and shale.

한반도 주변 화산의 분포 : 국내 영향 가능성을 중심으로

최은경 ( Eun-kyeong Choi ),김성욱 ( Sung-wook Kim ),윤성효 ( Sunghyo Yun ),이규환 ( Kyu-hwan Lee ) 한국환경과학회 2016 한국환경과학회지 Vol.25 No.9

Since the scale and disaster characteristics of volcanic eruptions are determined by their geological features, it is important not only to grasp the current states of the volcanoes in neighboring countries around the Korean Peninsula, but also to analyze the tectonic settings, tectonic regions, geological features, volcanic types, and past eruptional histories of these volcanoes. We created a database of 285 volcanoes around the Korean Peninsula, and then identified a high-risk groups of 29 volcanoes that are highly likely to affect the region, based on conditions such as volcanic activity, the type of rocks at risk of eruption, the distance from Seoul, and high VEI (volcanic explosivity index). In addition, we identified the 10 volcanoes that should be given the highest priority. We selected them through an analysis of data available in literature, such as volcanic ash dispersion results from previous Japanese eruptions, the definition of a large-scale volcano used by Japan’s Cabinet Office, and examination of cumulative magma layer volumes from Japan’s quaternary volcanoes.

옥천대에 대한 고자기 연구 : 태백지역에서의 대자율 비등방성과 지구조적 응력장

김성욱,최은경,정연규,김인수,Kim, Sung-Wook,Choi, Eun-Kyeong,Jung, Yeon-Kyu,Kim, In-Soo 대한자원환경지질학회 1997 자원환경지질 Vol.30 No.6

A study of anisotropy of magnetic susceptibility (AMS) was conducted on the Ordovician-Eocene strata in the Taebaek area. The study area is a northeastern part of the Okchon belt, sometimes called as Paegunsan Synclinal Area. A total of 600 independently oriented samples were collected from 60 sites covering the whole area. With a few exception of late Cretaceous-Eocene volcanic rocks, all the sampled strata are nonmetamorphosed sedimentary rocks, mainly sandstones. Among the 60 sites, 5 sites showed flow lineation lying on the bedding plane, 11 sites showed load foliation parallel to the bedding plane, and 21 sites showed tectonic foliation unrelated to the bedding plane. The tectonic foliations are defined by $k_1-k_2$ ($k_{max}-k_{int}$) anisotropy plane, and are considered as a result of tectonic forces acted perpendicularly to the foliation plane in the geologic past. Regardless of sample-site locations, tectonic force directions defined by $k_3$ ($k_{min}$) axis perpendicular to the tectonic foliation are consistent among the strata of the same geologic age. In the course of geologic time, however, the tectonic force directions showed a clockwise rotation: approximately E-W in the Ordovician sites, NW-SE in the Permian sites, N-S in the Triassic sites, and lastly NE-SW in the late Cretaceous-Eocene sites. The pre-Permian directions showed better clustering in the in-situ (geographic) coordinates, while the younger directions become better clustered after the bedding-tilt correction. It is interpreted that the major tectonic structures of the Taebaek area were controlled by the above-mentioned tectonic forces: The Paegunsan Syncline and the Hambaeksan Fault must have been generated by the NW-SE force of late Permian-early Triassic time. It was then reactivated in the reverse (dextral) sense by the N-S force of Triassic time. The Osipchon Fault in the eastern part of the study area was either generated or reactivated by the NE-SW force of late Cretaceous-Eocene time. The Permo-Triassic NW-SE force should be an expression of the Songnim Disturbance in the Korean peninsula, which is in turn related with the SCB/NCB collision in China.

The Result of Radiotherapy in Esophageal Cancer

박찬일,최은경,정웅기,방영주,김노경,Park, Charn-Il,Choi, Eun-Kyung,Chung, Woong-Ki,Bang, Yung-Jue,Kim, Noe-Kyeong The Korean Society for Radiation Oncology 1988 Radiation Oncology Journal Vol.6 No.2

1979년 3월부터 1986년 8월까지 식도의 편평상피암으로 진단되어 서울대학교병원 치료방사선과에서 방사선치료를 받은 177명중 근치적 방사선 치료를 시행한 152명을 대상으로 후향성 분석을 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. $80\%$이상의 환자에서 관해를 보였으며, 이중 완전관해는 $22\%$, 부분 관해는 $63\%$이었다. 전체 환자의 2년, 5년 생존율은 각각 $22.9\%,\; 13.3\%$이었으며 식도암의 위치, 크기, 병기 그리고 관해 정도에 따라 생존율에 차이가 있었다. 식도 촬영상 5cm 이하$(17\%)$ 또는 식도의 상부 1/3에 종양이 있는 경우$(25.6\%)$에 가장 좋은 5년 생존율을 보였다. 관해 정도에 따른 생존율은 완전관해를 보인 경우의 5년 생존율이 $34.3\%$인 반면 반응이 없던 경우는 $0\%$이었다 During the period between March 1979 and August 1986, 177 patients with carcinoma of the esophagus were treated with radiotherapy in the Department of Therapeutic Radiology, SNUH. Among these, 25 patients who had incomplete treatment were excluded. So a retrospective analysis was undertaken of 152 patients who were treated by curative radiotherapy. More than $80\%$ showed response: Complete remission $(22\%)$, partial remission $(63\%)$ and no response $(15\%)$. The overall two-year and five-year actuarial survival rate were $22.9\%\;and\;13.3\%$ respectively. Prognostic factor was analyzed by its site, size, T stage, and tumor response. Patients with the best five-year survival rate were those who had the tumor no more than 5cm in length $(17\%)$ or confined to the upper third of the esophagus $(20.6\%)$. Complete responders had $34.3\%$ of 5-year actuarial survival, but no responders had $0\%$ of survival.

추가령단층대의 중력장 데이터 해석

최승찬(Sungchan Choi),최은경(Eun-Kyeong Choi),김성욱(Sung-Wook Kim),이영철(Young-Cheol Lee) 대한자원환경지질학회 2021 자원환경지질 Vol.54 No.6

추가령 단층대가 발달하는 서울-경기 지역에서 단층의 3차원적인 규모를 확인하기 위해서, 곡률 분석(Curvature analysis)과 오일러 디콘볼루션(Euler deconvolution) 등의 중력장 해석 방법을 이용하여 잔여 중력이상을 해석하였다. 또한 2000년 이후 발생한 진앙과 비교하여 단열 특성을 비교하였다. 부게이상에서 포천단층은 경기 북부에서 서울의 중심부를 지나서 서해안 지역까지 연결된 약 100 km 단층으로 진앙이 빈도가 높아 활성 단층의 가능성이 있고, 단층을 경계로 동서 방향으로 7 km 정도의 변위가 관찰된다. 왕숙천단층은 서울을 중심으로 북동부와 서남부로 분절되어 있으나 지하에서 연결을 암시하는 단층 분절로 추정되는 중력이상대가 관찰된다. 특히 2010년 시흥에서 발생한 규모 3.0의 지진은 남북 방향으로 발달하는 20 km 길이의 단층에 의한 것으로 판단된다. 동두천단층의 서쪽 지역(≒5,500 m)은 중력경계면이 동쪽 지역(≒4,000 m)보다 깊게 나타나며 이는 동두천단층을 중심으로 서쪽 지역과 동쪽 지역의 지구조적인 운동이 다르다는 것을 시사한다. 동두천단층에서 발달한 파쇄대의 최대 깊이는 약 6,500 m이며 연구 지역에서는 가장 깊다. 포천 단층은 약 6,000 m, 왕숙천 단층은 약 5,000 m, 경강 단층은 약 6,000 m 깊이까지 파쇄대가 연장되는 것으로 판단된다. The three-dimensional distribution of the fault was evaluated using gravity field interpretation such as curvature analysis and Euler deconvolution in the Seoul-Gyeonggi region where the Chugaryeong fault zone was developed. In addition, earthquakes that occurred after 2000 and the location of faults were compared. In Bouguer anomaly of Chugaryeong faults, the Pocheon Fault is an approximately 100 km fault that is extended from the northern part of Gyeonggi Province to the west coast through the central part of Seoul. Considering the frequency of epicenters is high, there is a possibility of an active fault. The Wangsukcheon Fault is divided into the northeast and southwest parts of Seoul, but it shows that the fault is connected underground in the bouguer anomaly. The magnitude 3.0 earthquake that occurred in Siheung city in 2010 occurred in an anticipated fault (aF) that developed in the north-south direction. In the western region of the Dongducheon Fault (≒5,500 m), the density boundary of the rock mass is deeper than that in the eastern region (≒4,000 m), suggesting that the tectonic movements of the western and eastern regions of the Dongducheon Fault is different. The maximum depth of the fracture zone developed in the Dongducheon Fault is about 6,500 m, and it is the deepest in the research area. It is estimated that the fracture zone extends to a depth of about 6,000 m for the Pocheon Fault, about 5,000 m for the Wangsukcheon Fault, and about 6,000 m for the Gyeonggang Fault.

활성단층의 3차원적인 규모를 결정하기 위한 중력장 데이터의 해석 및 지각구조 모델링: 양산단층에서의 예

최승찬,김성욱,최은경,이영철,하상민,Choi, Sungchan,Kim, Sung-Wook,Choi, Eun-Kyeong,Lee, Young-Cheol,Ha, Sangmin 대한자원환경지질학회 2021 자원환경지질 Vol.54 No.1

경상북도 포항시 냉수리 지역에 위치하는 양산단층의 수평 및 수직적 규모를 파악하기 위해서 단층을 동-서로 가로지르는 측선을 따라 중력장을 측정하였다. 그 결과, 단층 경계부에서 1.5 mGal의 뚜렷한 중력의 변화를 확인하였다. 이는 양산단층 서쪽과 동쪽의 지각 밀도가 서로 다르다는 것을 나타내며, 기존의 지질 및 지구물리 조사 결과와 비교해 보았을 때, 냉수리를 통과하는 양산단층은 서쪽의 불국사 화강암층과 동쪽의 경상계 퇴적암이 혼합된 파쇄대라는 것을 의미한다. 오일러 디콘볼루션(Euler deconvolution) 및 곡률 분석(Curvature analysis) 방식을 이용하여 파쇄대의 3차원적 규모를 확인한 결과, 깊이는 약 2,000 m이며, 남남서-북북동 방향으로 최소 약 3,000 m 정도 이어지는 것으로 파악되었다. IGMAS+ 소프트웨어를 이용한 지각구조 모델링 결과는 파쇄대 서쪽과 동쪽 지각의 밀도 차이가 약 0.1 g/㎤이라는 것을 보여주었다. 이상의 연구 결과는 중력장 데이터의 해석과 모델링이 지표면에 나타난 활성단층의 규모를 심부까지 파악 할 수 있는 매우 효과적인 방법이라는 것을 보여준다. 또한 지금까지 지표면을 중심으로 2차원적으로 수행했던 활성단층 지도 제작 사업의 영역을 3차원으로 확대할 수 있는 이상적인 수단이 된다. In order to estimate the vertical and horizontal structural in the Yangsan fault core line (Naengsuri area, Pohang), we carried out gravity field measurements and interpretation procedures such as Euler deconvolution method and curvature analysis in addition to the forward modelling technique (i.e. IGMAS+). We found a prominent gravity difference of more than 1.5 mGal across the fault core. This indicates a distinct density difference between the western and eastern crustal area across the Yangsan fault line. Comparing this gravity field interpretation with other existent geologic and geophysical survey data (e.g. LiDAR, trenching, electric resistivity measurements), It is concluded that (1) the prominent gravity difference is caused by the density difference of about 0.1 g/㎤ between the Bulguksa Granite in the west and the Cretaceous Sandstone in the east side, (2) the fault core is elongated vertically into a depth of about 2,000 meters and extended horizontally 3,000 meters to the NNE direction from Naengsuri area. Our results present that the gravity field method is a very effective tool to estimate a three -dimensional image of the active fault core.

한국형 응급환자 분류도구 및 환자의존도에 따른 환자군별 간호시간과 간호사 배치수준

정은희 ( Jung Eun Hee ),조성현 ( Cho Sung-hyun ),이상림 ( Lee Sang Lim ),최민진 ( Choi Min Jin ),김성숙 ( Kim Sung Sook ),최은경 ( Choi Eun Kyung ),한경화 ( Han Kyeong Hwa ),전미영 ( Jeon Mi Young ) 병원간호사회 2020 임상간호연구 Vol.26 No.3

Purpose: The purpose of this study was to analyze nurse staffing according to patients' acuity and dependency by measuring nursing hours. Methods: The study sample included patients who visited the adult emergency departments (EDs) of three tertiary referral hospitals and nurses who worked on shifts for 48 hours from October 24 to 26, 2019. Hourly patient census and nurse staffing were analyzed. Patient acuity was measured using the Korean Triage and Acuity Scale (KTAS), ranging from Level 1 (highest) to Level 5 (lowest). Patient dependency was measured using six items (e.g., clinical attention and communication) and classified into four groups. Nursing activities were observed every 10 minutes and nursing hours per patient and nurse staffing were analyzed according to acuity and dependency. Results: Nurse-to-patient ratio ranged from 1:1.8 to 1:4.2 during the 48 hours of observation. The average work hours of nurses, excluding breaks and meals, was 8.57 hours; 42.5% of which was spent providing direct care. Higher acuity and dependency were associated with higher nursing hours and staffing level. Patients with KTAS Level 1 were provided 74.3 minutes per hour, 5.02 times higher than Level 5 (14.8 minutes). Patients in the highest dependency group were provided 87.4 minutes per hour, 5.75 times higher than the lowest group (15.2 minutes). Newly arrived patients received more nursing hours than continuously stayed patients within the same KTAS Levels. Conclusion: Large variations were found in hourly patient census, acuity, and dependency. Nurse staffing in EDs should be determined based on patient acuity and dependency.