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- 저자 : 이은주(Un-Joo Lee) (검색결과 8 건)
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홍상균 ( Sang-kyoon Hong ),윤지희 ( Jee-hee Lee ),이은주 ( Un-joo Lee ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1
시퀀싱 기술의 발달로 최근에는 비교적 저렴한 비용으로 개인의 유전체 시퀀싱 데이터를 산출할 수 있게 되었다. 하지만 이를 기반으로 하는 기존의 분석 방법은 매우 고가의 컴퓨팅 환경을 요구하기 때문에 분석을 위한 비용이 매우 높은 문제가 있다. 본 논문에서 클라우드 컴퓨팅 환경의 병렬 CNV 검출알고리즘을 제안한다. 제안하는 방법은 모양 기반의 CNV 검출 알고리즘인 CNV_shape을 MapReduce기법으로 개발한 것으로 시퀀싱 데이터를 레퍼런스 서열에 매핑한 결과로부터 리드 커버리지 (read coverage)를 계산하여 커버리지가 감소하거나 증가하는 일정 길이 이상의 영역을 검출하는 방법이다. 클라우드 컴퓨팅 환경에 적용하고 노드의 밸런싱 유지를 위한 방법으로 파티셔닝 기법을 사용하였다. 또한 실 데이터를 이용한 실험을 통해 제안하는 방법의 효율적 데이터 처리를 보인다.
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RNA 시퀀싱 데이터를 이용한 병렬 SNP 추출 알고리즘
김덕근 ( Deok-keun Kim ),이덕해 ( Deok-hae Lee ),공진화 ( Jin-hwa Kong ),이은주 ( Un-joo Lee ),윤지희 ( Jee-hee Yoon ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1
최근 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing, NGS) 기술이 발전하면서 DNA, RNA 등의 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식에 관한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 차세대 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식은 마이크로어레이 혹은 EST/cDNA 데이터를 이용한 기존의 분석 방식에 비하여 비용이 적게 들고 정확한 결과를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 그러나 이 들 DNA, RNA 시퀀싱 데이터는 각 시퀀스의 길이가 짧고 전체 용량은 매우 커서 이 들 데이터로부터 정확한 분석 결과를 추출하는 데에 많은 어려움이 있다. 본 연구에서는 클라우드 컴퓨팅 기술을 기반으로 하여 대용량의 RNA 시퀀싱 데이터를 고속으로 처리하는 병렬 SNP 추출 알고리즘을 제안한다. 전체 게놈 데이터 중 유전자 영역만을 high coverage로 시퀀싱하여 얻어지는 RNA 시퀀싱 데이터는 유전자 변이 추출을 목적으로 분석되며, SNP(Single Nucleotide Polymorphism)와 같은 유전자 변이는 질병의 원인 규명 및 치료법 개발에 직접 이용된다. 제안된 알고리즘은 동시에 실행되는 다수의 Map/Reduce 함수에 의해서 대규모 RNA 시퀀스를 병렬로 처리하며, 레퍼런스 시퀀스에 매핑된 각 염기의 출현 빈도와 품질 점수를 이용하여 SNP를 추출한다. 또한 이 들 SNP 추출 결과에 대한 시각적 분석 도구를 제공하여 SNP 추출 과정 및 근거를 시각적으로 확인/검증할 수 있도록 지원한다.
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RNA-Seq 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
공진화(Jin-Hwa Kong),이종근(Jong-Keun Lee),이은주(Un-Joo Lee),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 2011 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.38 No.1A
선택 스플라이싱 (alternative splicing)은 mRNA (messenger RNA)의 전구체인 pre-mRNA가 mRNA로 전사될 때 pre-mRNA의 엑손 영역들 (exons)이 여러 가지 유형 (pattern)으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플라이싱에 의해 하나의 유전자로부터 서로 다른 mRNA가 만들어 지고 서로 다른 이소형의 단백질 (protein isoforms)이 생성된다. 현재까지 알려진 선택 스플라이싱의 유형은 약 7가지 종류가 있으며, 유전자의 돌연변이 및 질병과 밀접한 연관성을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing : NGS) 기술로 생성된 RNA-Seq 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 RNA-Seq 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 RNA-Seq 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 (junction) 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트 (transcript)의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 보이기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 인간 유전자 영역에서의 선택 스플라이싱 유형 추출 실험을 수행하였으며, 검증된 선택 스플라이싱 DB와 비교, 검증하였다.
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신재문(Jae-Moon Shin),홍상균(Sang-Kyoon Hong),공진화(Jin-Hwa Kong),이은주(Un-Joo Lee),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 2013 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.40 No.5
모든 암 세포는 체세포 변이를 동반한다. 암 유전체 변이 분석에 의하여 암을 발생시키는 유전자 및 진단/치료법을 찾아낼 수 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 데이터를 이용하여 암 특이적 단위 반복 변이(copy number variation, CNV) 영역을 찾아내는 새로운 데이터 마이닝 알고리즘을 제안한다. 제안하는 방식에서는 암 환자의 암 유전체와 동일인의 정상 유전체에 존재하는 CNV 후보 영역을 각각 추출한 후, 이 들 결과를 상호 비교 분석하여 암 특이적 CNV 영역만을 선별해낸다. 본 연구에서 개발한 병렬 알고리즘은 암과 정상 유전체 데이터를 동시에 분석하여 암 특이적 CNV 영역을 추출/보고하며, 하둡(Hadoop) 환경의 맵리듀스(Map/Reduce) 함수에 의하여 이들 데이터를 분산, 병행 처리한다. 성능 평가를 위하여 악성 흑색종과 유방암 환자의 암/정상 유전체 데이터를 이용한 실험을 수행하였으며, 그 결과를 통해 제안된 방식이 대규모의 유전체 데이터로부터 암 특이적 CNV 영역의 타입 및 위치를 효율적으로 추출하고 있음을 보인다. The genomes of all cancer cells carry somatic mutations. Therefore, analyses of cancer genomes provide insight for understanding cancer-causing genes, diagnosis and therapy. In this work, we propose a data mining algorithm to detect cancer-specific copy number variation (CNV) regions by using next generation sequencing (NGS) data. The proposed method detects the candidate CNV regions from a cancer genome and the matched normal genome from the same individual, respectively, and identifies the cancer-specific CNVs by comparing the candidate CNV regions of a cancer genome with those of the matched normal genome. In this study, we also propose a novel parallel algorithm which simultaneously analyzes data from the cancer and patient-matched normal samples to identify cancer-specific CNV regions. This method is able to simultaneously perform tasks with large numbers of computing nodes using map and reduce functions in Hadoop project. The preliminary results conducted with the malignant melanoma and breast cancer data showed the prominent efficiency in identifying the types (gains or losses) and the exact locations of the cancer-specific CNVs.
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최군한 ( Gun Han Choi ),강인희 ( In Hee Kang ),양혜진 ( Hye Jin Yang ),이미나 ( Mi Na Lee ),이은주 ( Eun Joo Lee ),고주형 ( Ju Hyung Ko ),홍지운 ( Ji Un Hong ),권숙희 ( Sook Hee Kwon ) 한국감성과학회 2010 감성과학 Vol.13 No.4
본 연구는 국제자유도시 제주의 친환경 소재 휴양복을 고찰해 봄으로써 앞으로 제주 의료관광 산업에서의 부가가치 및 수익 창출에 기여하고자 수행되었다. 의료관광 상품에 고품격 맞춤형 휴양복을 포함시킴으로써 관광객들이 제주에서 휴양복 착용의 쾌적한 체험을 하고 기념품으로 가져감으로써, 제주에 대한 좋은 인상과 추억을 갖게 된다면, 또다시 제주를 관광 목적지로 선택할 것이다. 잘 개발된 갈옷 휴양복은 다른 갈옷 상품과도 잘 매치될 수 있으므로 제주 문화상품 갈옷의 추가 구매 효과도 전망할 수 있다. 아울러 개발 휴양복의 사이즈 체계와 패턴 그레이딩을 구축을 통해 상품생산의 효율성이 상대적으로 매우 취약한 지역 업체의 애로사항을 해결하고자 하였다. 본 연구의 결과는 다음과 같다. 첫째, 제주지역 갈옷업체를 조사하여 애로사항 및 개선점을 고찰하였다. 둘째, 제주 의료관광을 위한 갈천 소재 휴양복을 정의하고 문헌 및 시장조사, 디자인 논의 등의 결과를 반영하여 타당성 있는 대표 디자인을 선정하였다. 셋째, 생산표준화를 위한 상품제작 사이즈체계를 정립하고 패턴그레이딩을 구축하여 제안하였다. This proposal of eco-friendly Resort wear targeting medical tourists of Jeju intend to contribute to the local economy by creating more added-values and profits. With high-quality leisure outfits, the medical tourism could provide tourists more pleasantness as well as a souvenior, which may help them to cherish the memory in Jeju. Well-developed Galot leisure outfits matched with other Galot products could result in additionary buying of other Galot items. Furthermore, by developing the size system as well as pattern grading, we can help local Galot manufacturers who currently require these standardized creation system. The summary of this research is as follows: 1. we examined the current issues and disadvantages of the local Galot through a survey. 2. We defined the Galot leisure outfit for Jeju medical tourism, conducted market research, and reflected these into representative designs for them. 3. We developed a size system as well as a pattern grading to standardize the manufacturing process.
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