GenBank를 활용한 이종의 콘텐트 연계 프로토타입 시스템 개발 연구

안부영,신용주,김대환,Ahn, Bu-Young,Shin, Young-Ju,Kim, Dea-Hwan 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.4

Among biological information, GenBank, provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI)of the United States, is a representative database on genetic information and is the most widely used by researchers around the world. Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) visits NCBI on a regular basis and downloads the latest version of GenBank to reorganize the information gathered there into a database. This database is provided for Korean researchers of science and technology through the Bio-KRISTAL search engine, developed by KISTI. This study aims to design a service model that links information on papers, patents, and biodiversity and other contents of NDSL, an integrated service on scientific and technological information run by KISTI, with GenBank's reference and organism fields and to develop a prototype system. For this purpose, this paper explores the possibility of a linkage and convergence service between heterogeneous content by: (a) collecting GenBank data from NCBI's FTP site; (b) dividing GenBank text files into basic and reference genetic information and restructuring them into a database; (c) extracting article and patent information from the GenBank reference fields to generate new tables; and (d) leveraging data mapping technology to implement a prototype system where GenBank and NDSL data are interlinked and provided. 생명정보 중에서 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 제공하는 GenBank는 전 세계적으로 연구자들이 가장 많이 사용하는 대표적인 유전자정보 데이터베이스이다. 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 GenBank의 최신 버전을 데이터베이스로 재구축하여 Bio-KRISTAL 검색엔진을 이용하여 국내 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 GenBank 데이터베이스를 활용하여 과학기술정보 통합서비스인 NDSL의 논문정보, 특허정보, 생물다양성정보 등의 콘텐트와 GenBank reference 필드와 organism 필드를 상호 연계하는 서비스 모델을 설계하고 프로토타입 시스템을 개발하였다. 이를 위하여 1) NCBI FTP 사이트에서 GenBank 데이터를 수집하여, 2) GenBank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 데이터베이스로 재구축하여, 3) GenBank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하여, 4) 데이터 맵핑 기술을 이용하여 GenBank 데이터와 NDSL 데이터가 상호 연계되어 서비스되는 프로토타입 시스템을 구현하여 이종의 콘텐트간 연계 및 융합 서비스의 가능성을 확인하였다.

생명정보 분야 웹사이트 서비스에 대한 비교.분석에 관한 연구

안부영,이응봉,Ahn, Bu-Young,Lee, Eung-Bong 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.1

As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted. 전 세계적으로 정보기술이 발달하고 인간유전체사업이 종료됨에 따라 대용량 생명과학과 정보기술이 접목된 생명정보학(Bioinformatics, 바이오인포매틱스)이 등장하여 지속적으로 발전하고 있다. 이러한 학문의 발전과 더불어 생명정보서비스를 위한 웹사이트가 구축되어 생명과학 연구자들에게 제공되고 있다. 전 세계의 수많은 생명정보서비스 웹사이트 중에서 연구자들이 가장 많이 활용하는 대표적인 웹사이트로는 우리나라의 포항공과대학교 생물학연구전문정보센터(BRIC), 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터(CCBB), 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC), 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI), 유럽의 생물정보학연구소(EBI), 일본의 DNA데이터은행(DDBJ) 등이 있다. 본 논문에서는 위의 6개 웹사이트의 콘텐트 현황 및 기능을 조사하여 비교.분석하였다. 또한 웹사이트를 이용하는 생명과학 연구자를 대상으로 이용현황 및 요구사항에 관하여 설문조사를 실시하였다.

지구관측자료 메타데이터 설계에 관한 연구

안부영,한정민,권오경,조민수,Ahn, Bu-Young,Han, Jeong-Min,Kwon, Oh-Kyoung,Joh, Min-Su 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2008 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.39 No.2

최근 들어 태풍, 홍수, 지진, 지진해일 등 자연재해가 빈번하고 그 규모가 커지면서 세계 여러 나라들은 지구관측을 통한 지구환경 보호에 큰 관심을 기울이고 있다. 지구관측자료는 각 분야별로 형태가 다양하다는 특징을 가지고 있기에 분야별, 기관별, 국가별로 자료공유 및 교환이 어려운 실정이다. 이에, 본 연구는 지구관측그룹(Group on Earth Observation, GEO)에서 논의되고 있는 데이터 공유 및 교환 원칙 등을 참고하여 국내 실정에 맞는 메타데이터 표준화 방안을 제시하기 위해 수행되었다. 메타데이터 표준을 설계하기 위해, 전지구 관측시스템(Global Earth Observation System of Systems, GEOSS) 9개 사회편익 분야별로 이용되고 있는 지구관측자료의 메타데이터 현황을 파악하고 다양한 메타데이터를 통합하는 데 필요한 메타데이터 스키마를 설계하였다. Recently, the frequency and scale of natural disasters such as typhoons, flood, earthquakes, and tidal waves from earthquakes has been increasing. Several nations have recognized that earth observation is essential for protecting the Earth's environment. However, as the data format from earth observation varies depending on areas, institutes, and countries, sharing and exchange between data is difficult. Thus, we have a metadata standardization scheme suitable for the domestic situation to allow exchange of data between societal benefit areas with reference to principles of data sharing and exchange that are discussed on GEO (Group on Earth Observation). We have also designed metadata schemes required to identify the metadata situation of earth observation data being used for 9 societal benefit areas of GEOSS(Global Earth Observation System of Systems).

생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 개발

안부영,송치평,Ahn, Bu-Young,Song, Chi-Pyoung 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2005 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.36 No.2

국내 생명과학 관련 문헌정보는 PubMed와 같은 세계적인 의학 관련 문헌정보 서비스 목록에 8종 정도가 포함되어 있으며, 국내에 있는 문헌정보들도 여러 기관 산하 여러 개의 데이터베이스로 흩어져 있는 실정이다. 이에 생명과학 관련 연구정보의 신속한 획득을 위해 생명과학 관련 문헌정보를 하나로 통합하여 서비스하는 것이 필요하다는 바이오인포매틱스 센터 홈페이지 이용자들의 요구로 Open Access가 가능한 생명과학 관련 문헌정보를 수집하여 메타데이터 레지스트리를 구축하고 이용자들에게 서비스하고자 한다. 또한 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community를 구성하여 그 운영을 통한 연구자들 간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나 발표자료, 연구 노트, 연구보고서 등의 최신의 연구정보를 공유할 수 있도록 생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 시스템을 설계하고 구현하였다. The eight types of Korean bibliographic information of biology and life science are included in PubMed that serves universal medical bibliographic information. Other domestic bibliographic information are served on its own format at different organizations. To fulfill the CCBB homepage user's request that it is necessary that integration of bibliographic service for quick acquisition of research information, we intends to construct metadata registry and service about bibliographic information of biology and life science. This paper describes the design and implementation of bibliographic information network prototype for biology and life science that can be used to share latest research result, seminar presentation data, research note, and research paper etc as well as to exchange information between researchers through Open Archiving Community.

Genbank 분석을 통한 이종의 콘텐츠 연계 방안 설계

안부영(Bu Young Ahn),이명선(Myung Sun Lee),김지영(Ji Young Kim),오충식(Chung Shick Oh) 한국콘텐츠학회 2010 한국콘텐츠학회논문지 Vol.10 No.6

유전자 서열정보는 그 양이 방대하고 다양하기에 DB 구축 및 분석을 위하여 고성능 컴퓨터 및 정보기술 기법이 필요하다. 그래서 컴퓨터를 활용하여 생물학적 데이터를 수집, 관리, 저장, 평가, 분석하는 연구 분야인 생명정보학이라는 학문이 지속적으로 발전하고 있다. 이런 생명정보학 발전에 발맞추어 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서는 정보기술 기반 생명정보 인프라를 구축하여 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 생명정보 DB 중에서 전세계 연구자들이 가장 많이 이용하는 유전자 DB인 Genbank의 reference 필드를 분석하여 한국과학기술정보연구원(KISTI)의 과학기술정보 통합서비스인 NDSL (http://NDSL.kr)과의 연계 방안을 제안하고자 한다. 이를 위하여 NCBI FTP 사이트에서 Genbank 데이터를 수집하여 Genbank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 DB로 재구축하였으며 Genbank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하였고, KISTI의 논문 DB (http://scholar.ndsl.kr), 특허 DB (http://patent.ndsl.kr)와의 연계 방안을 제시하였다. As information on gene sequences is not only diverse but also extremely huge in volume, high-performance computer and information technology techniques are required to build and analyze gene sequence databases. This has given rise to the discipline of bioinformatics, a field of research where computers are utilized to collect, to manage, to save, to evaluate, and to analyze biological data. In line with such continued development in bioinformatics, the Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) has built an infrastructure for the biological information, based on the information technology, and provided the information for researchers of bioscience. This paper analyzes the reference fields of Genbank, the most frequently used gene database by the global researchers among the life information databases, and proposes the interface method to NDSL which is the science and technology information integrated service provided by KISTI. For these, after collecting Genbank data from NCBI FTP site, we rebuilt the database by separating Genbank text files into the basic gene data and the reference data. So new tables are generated through extracting the paper and patent information from Genbank reference fields. Then we suggest the method of connection with the paper DB and the patent DB operated by KISTI.

교과서 수록 제재 중 논설문의 정보성에 대한 비판적 고찰

안부영(Bu Young An) 한국교원대학교 교육연구원 2022 敎員敎育 Vol.38 No.1

기초 문식성 단계 학습자의 ‘우연한 어휘 학습’을 위한 교과서 수록 어휘 분석

안부영 ( An Bu-young ) 한국초등교육학회 2024 초등교육연구 Vol.37 No.1

본 연구는 기초 문식성 단계 학습자들이 텍스트 이해에 필요한 어휘력을 기르는데 교과서가 ‘우연한 어휘 학습’ 기회를 얼마나 제공하고 있는지를 살펴보기 위해 수행되었다. 본 연구는 선행 연구 검토를 통해 우연한 어휘 학습이 효과를 가지기 위해서는 다양한 어휘를 자주 노출시켜야 함을 밝혔다. 이를 토대로 본 연구는 2015 개정 초등학교 1학년 1학기 교과서 총 5권을 분석하였다. 각 교과서에 제시된 어휘의 수준을 김광해의 <등급별 국어교육용 어휘>를 토대로 변별하고 어휘의 노출 빈도를 확인하였다. 그 결과 분석 대상 교과서가 각 수준의 어휘를 비슷한 비율로 제시하고 있음을 밝혔다. 그러나 단 1회만 노출되는 어휘의 양이 국어 교과서를 제외하고는 30%가 넘고 특히 통합 교과서는 입학 후 처음 학습하는 <봄>에서 단 1회 노출 어휘의 양이 수학교과서보다 높음을 확인하였다. 이에 본고는 어휘 학습 비중이 크지 않는 실제 수업에서 학습자들의 어휘력 향상을 위해서는 단 1회만 노출하는 어휘의 양을 줄이고 학습자의 수준보다 다소 높은 상위 수준의 어휘도 크지 않는 비중으로 다루어야 함을 제안하였다. This study was conducted to check how many opportunities for “accidental vocabulary learning”are provided in textbooks for emerge literacy learners to develop the vocabulary needed to understand the text. Through a review of previous studies, this study suggested that vocabulary should be exposed frequently and vocabulary at a higher level than the learner's level must be presented. This study analyzed a total of five textbooks for the first semester of the first year of elementary school revised in 2015. This study analyzed the level of vocabulary presented in each textbook and confirmed the frequency of exposure of each vocabulary. The results of the study are as follows. It was found that four levels of vocabulary were presented in similar proportions in the textbooks to be analyzed. However, it was confirmed that the amount of vocabulary exposed only once was about 15% in Korean textbooks, while the other textbooks were over 30%. In addition, it was confirmed that the amount of vocabulary exposed only once in < Spring > learning for the first time after admission was higher than in mathematics textbooks. Therefore, this study suggested that in order to improve learners' vocabulary skills that do not deal with vocabulary learning, the amount of vocabulary exposed only once should be reduced and vocabulary at a higher level than the learner's level should be presented.

생명과학 Open Archiving Community를 위한 메타데이터 스키마 설계

안부영(Bu-young Ahn) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.1

한국과학기술정보원(KISTI) 바이오인포매틱스센터(CCBB)에서는 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community의 구성과 운영을 통한 연구자들 간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나, 연구노트 등의 최신의 연구 정보를 공유할 수 있도록 생명과학 Open Archiving Community 시스템을 구축하여 운영하려고 한다. 본 community에서 수집, 구축, 서비스할 정보의 종류는 아티클, 학위논문, 연구 보고서, 발표자료, 연구노트, 실험데이터, 전자자료 등이다. 그러므로, 전 세계적으로 많이 활용되고 있는 Dublin-core, Marc21, MODS를 비교 분석하여 MODS 메타데이터를 기준으로 아티클과 같은 문헌정보 뿐만 아니라 실험결과, 연구노트 등의 비문헌정보도 유연성 있게 적용할 수 있는 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community를 위한 메타데이터 스키마를 설계하였다.

바이오 인포메틱스 IT기반 생명정보 인프라 구축

안부영 ( Bu Young Ahn ) 한국공업화학회 2006 공업화학전망 Vol.9 No.5

콘텐트 연계를 통한 주제기반 커뮤니티 모델 개발 연구 -생명과학 분야를 중심으로-

안부영 ( Bu-young Ahn ),최선희 ( Seon-heui Choi ),신용주 ( Yong-ju Shin ),김순영 ( Soon-young Kim ) 한국정보처리학회 2008 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.15 No.2

국내외 연구자들은 각자의 분야에서 다양하고 중요한 연구를 수행하면서 그 연구결과물을 생산하고 있다. 연구결과물의 형태는 학회지 및 학술대회 논문, 연구보고서, 특허, 연구노트, 세미나 발표자료, 학교교재, 신문 및 잡지의 기사 등 매우 다양하다. 이런 다양한 연구결과물을 같은 학문 분야, 같은 주제의 연구자들끼리 서로 공유하고 교환하기 위해서는 정보의 자유로운 이용에 근거한 커뮤니티 환경이 필요하다. 이에, 국가 과학기술정보 유통기관인 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서 보유하고 있는 문헌 콘텐트와 사실 콘텐트를 주제별로 분류하고 재가공하여 특정 주제분야 전문 연구자들을 위한 오픈 아카이빙, 오픈 액세스 개념을 적용한 커뮤니티 모델을 개발하여 제공하고자 한다. 본 커뮤니티 모델은 요즘들어 가장 많은 연구가 진행되고 있는 생명과학 분야의 연구결과물을 중심으로 개발하였다. 커뮤니티 모델을 개발하기 위하여 1) KISTI가 보유하고 있는 콘텐트 현황을 조사하고, 2) 그 중에서 생명과학분야 콘텐트의 형태와 특성을 분석하고, 3) 연구자들이 연구결과물을 자유롭게 업로드/다운로드할 수 있는 웹 환경의 플랫폼을 설계하였다.