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- 저자 : 남기엽(Ky-youb Nam) (검색결과 5 건)
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김철,예상준,김진현,김상균,장현철,김안나,남기엽,송미영,Kim, Chul,Yea, Sang-Jun,Kim, Jin-Hyun,Kim, Sang-Kyun,Jang, Hyun-Chul,Kim, An-Na,Nam, Ky-Youb,Song, Mi-Young 대한한의학방제학회 2010 大韓韓醫學方劑學會誌 Vol.18 No.2
Objective : The purpose of this study was to develop the simulator which can analyze the anti-inflammatory effects of herbs based on e-cell, or the virtual cell. Method : We have ensured the medical herbs and its active compounds by investigating the oriental medicine records and NBCI(Biomedicine database). Also we have developed the web-based search system for confirming database related to anti-inflammation. We have researched the cell signal pathway related with inflammatory response control and established the mathematical model of herb interaction on selected signal pathway in e-cell. Finally we have developed the prototype which can confirm the result of this model visibly. Results : We constructed the database of 62 cases of anti-inflammatory active compounds in 61 cases of medical herbs which have been known anti-inflammation effects in the paper, 16 cases of inflammatory factors, 10 cases of signal pathways related with inflammatory response and 6,834 cases of URL(Uniform Resource Locator) of referenced papers. And we embodied the web-based research system, which can research this database. User can search basic and detailed information of medical plants related with anti-inflammatory by using information system. And user can acquire information on an active compounds, a signal pathway and a link URL of related paper. Among investigated ten pathways, we selected NF-${\kappa}B$, which plays important role in activation of immune system, and we searched the mechanisms of actions of proteins which could be components of this pathway. We reduced total network into IKK-$I{\kappa}B$ - NF-${\kappa}B$, and completed mathematic modeling by using ordinary differential equations and response variables of $I{\kappa}B-NF-{\kappa}B$ signaling model network which is suggested by Baltimore Group. We designed OED(Ordinary Differential Equation) for response of IKK, $I{\kappa}B$, $NF-{\kappa}B$ in e-cell's cytoplasm and nucleus, and measured whether an active compound of medicinal plants which is inputted by an user would have a anti-inflammation effects in obedience to change in concentration over time. The proposed model was verified by using experimental results of the papers which are listed on NCBI.
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p38 MAPK을 이용한 항염증 효능 규명 프로토타입 개발
김철(Chul Kim),예상준(Sang-jun Yae),남기엽(Ky-youb Nam),김상균(Sang-kyun Kim),장현철(Hyun-chul Jang),김진현(Jin-hyun Kim),김영은(Young-eun Kim),송미영(Mi-young Song) 한국한의학연구원 2011 한국한의학연구원논문집 Vol.17 No.3
Objectives : The purpose of this study was to develop a simulator which can analyze the anti-inflammatory effects of medical herbs based on e-cell concerning p38 MAPK signal pathway. Methods : We collected data concerning medical herbs with anti-inflammatory effects and the active compounds to provide as a fundamental databse and to validate the newly developed algorithm. At this time, we used the target database as pubmed and gathered the data by data mining tool, pathwaystudio. Also we have developed the web-based search system for confirming database related to anti-inflammation. We researched the mechanism of actions of proteins in p38 MAPK signal pathway when active compound has been inserted into the network. We reduced total network into TAK-MKK3-p38 and made the two types of mathematical model about active compounds' interaction. Results & Conclusion : We constructed the database which have 69 cases of medical herbs, 71 cases of active compounds, about 8,000 cases of URL(Uniform Resource Locator) related to papers and reports. We designed the ordinary differential equations for response of TAK, MKK3, p38 in e-cell's cytosol and nucleus. We used this formular as measure whether an active compound of medicinal plants which is inputted by an user would have an anti-inflammation effects. We developed the visualization program which could show the change of concentration over time.
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SVM 방법을 이용한 hERG 이온 채널 저해제 예측모델 개발
강신문,김한조,오원석,김선영,노경태,남기엽,Gang, Sin-Moon,Kim, Han-Jo,Oh, Won-Seok,Kim, Sun-Young,No, Kyoung-Tai,Nam, Ky-Youb 대한화학회 2009 대한화학회지 Vol.53 No.6
흡수, 분포, 대사, 배설 특성 및 독성을 예측하기 위한 효과적인 툴을 개발하는 것은 신약개발의 초기단계에서 NCE(new chemical entity)에 대한 가장 중요한 업무 중의 하나이다. 최근에 이런 시도중의 하나로서 ADME/T(absorption, distribution, metabolism, excretion, toxicity)관련 성질들의 예측에 support vector machine(SVM)을 이용하고 있다. 그리고 SVM은 ADME/T 성질들을 정확하게 예측하는데 많이 사용 되고 있다. 그러나 SVM 모델링에 두 가지 문제가 있다. 특성 선택(feature selection) 과 매개변수 설정(parameter setting)은 여전히 해결해야 할 과제이다. 이 두 가지 문제들은 SVM 분류의 효율성과 정확도에 결정적인 영향을 끼친다. 특히 특성 선택과 최적화된 SVM 변수의 설정은 서로 영향을 주기 때문에 동시에 다루어져야 한다. 여기서 우리는 genetic algorithm(GA) ? 특성 선택에 사용 ? 과 grid search(GS) method? 변수최적화에 사용 ? 두 가지를 통합하는 효과적인 해결책을 제시하였다. ADME/T관련 성질 중 하나인 심장부정맥을 야기시키는 hERG 이온채널 저해제 분류 모델이 여기서 제안된 GA-GS-SVM을 위해 할당되고 테스트 되었다. 1891개의 화합물을 가지는 트레이닝 셋으로 단일 모델 3개, 앙상블 모델 3개, 총 6개의 모델을 만들었고 175개의 외부 데이터를 테스트 셋으로 사용하여 검증하였다. 데이터의 불균형 문제를 해결하기 위하여 GA-GS-SVM 단일 모델에 의한 예측 정확도와 GA-GS-SVM 앙상블 모델 예측 정확도를 비교하였으며, 앙상블모델을 사용하여 예측의 정확도를 높일 수 있었다. Developing effective tools for predicting absorption, distribution, metabolism, excretion properties and toxicity (ADME/T) of new chemical entities in the early stage of drug design is one of the most important tasks in drug discovery and development today. As one of these attempts, support vector machines (SVM) has recently been exploited for the prediction of ADME/T related properties. However, two problems in SVM modeling, i.e. feature selection and parameters setting, are still far from solved. The two problems have been shown to be crucial to the efficiency and accuracy of SVM classification. In particular, the feature selection and optimal SVM parameters setting influence each other, which indicates that they should be dealt with simultaneously. In this account, we present an integrated practical solution, in which genetic-based algorithm (GA) is used for feature selection and grid search (GS) method for parameters optimization. hERG ion-channel inhibitor classification models of ADME/T related properties has been built for assessing and testing the proposed GA-GS-SVM. We generated 6 different models that are 3 different single models and 3 different ensemble models using training set - 1891 compounds and validated with external test set - 175 compounds. We compared single model with ensemble model to solve data imbalance problems. It was able to improve accuracy of prediction to use ensemble model.
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한영주 ( Youngjoo Han ),윤찬현 ( Chan-hyun Youn ),심은보 ( Eun Bo Shim ),노경태 ( Kyoung Tai No ),남기엽 ( Ky-youb Nam ) 한국정보처리학회 2010 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.17 No.2
IT 기술과 바이오 기술의 융합을 통해 경제적, 기술적 측면에서 효과적인 연구 및 개발을 위한 노력들이 증가하고 있다. 이를 위해서는 계산 집약적인 다양한 응용 프로그램들이 서로 유기적으로 통합되어 결과를 도출하도록 관리할 수 있어야 한다. 본 논문에서는 인체 생리기능 단위들을 모사한 신약개발 시뮬레이션을 지원하는 OSICC (e-Organ Simulator-Integrated Cyber Computing) 시스템을 위한 워크플로우 관리자를 제안한다. 제안하는 시스템은 복잡한 약물독성 시뮬레이션을 위해 워크플로우를 이용해 시뮬레이션의 구성과 조합을 효율화하였으며, 프로토타입으로 구현되어 효율적인 시뮬레이션 환경 제공이 가능함을 확인하였다.
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e-Organ Simulator 를 위한 Kepler 기반 협업 시스템
박상수 ( Sangsu Park ),한영주 ( Youngjoo Han ),김동현 ( Dong-hyun Kim ),윤찬현 ( Chan-hyun Youn ),심은보 ( Shim Eun Bo ),노경태 ( Kyoung Tai No ),남기엽 ( Ky-youb Nam ) 한국정보처리학회 2010 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.17 No.1
계산 집약적인 다양한 응용 프로그램들이 서로 유기적으로 통합되어 결과를 도출하는 컴퓨팅 환경에서는 응용들을 관리하기 위한 효과적인 워크플로우 기법과 컴퓨팅 자원관리 기술이 필요하다. 본 논문에서는 인체 생리기능 단위들을 모사한 신약개발 시뮬레이션을 지원하기 위한 OSICC (e-Organ Simulator-Integrated Cyber Computing) 시스템의 협업 기능을 평가한다. 제안하는 시스템은 워크플로우 관리자를 이용하여 시뮬레이션의 객체간 자원관리를 최적화하고 있으며, 프로토타입으로 구현되어 협업 컴퓨팅을 지원하는 OSICC 시스템에서 효율성을 확인하였다.
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