Comprehensive genomic analyses with 115 plastomes from algae to seed plants: structure, gene contents, GC contents, and introns

Eun‑Chae Kwon,Jong‑Hwa Kim,Nam‑Soo Kim 한국유전학회 2020 Genes & Genomics Vol.42 No.5

Background Chloroplasts are a common character in plants. The chloroplasts in each plant lineage have shaped their own genomes, plastomes, by structural changes and transferring many genes to nuclear genomes during plant evolution. Some plastid genes have introns that are mostly group II introns. Objective This study aimed to get genomic and evolutionary insights on the plastomes from green algae to flowering plants. Methods Plastomes of 115 species from green algae, bryophytes, pteridophytes (spore bearing vascular plants), gymnosperms, and angiosperms were mined from NCBI organelle genome database. Plastome structure, gene contents and GC contents were analyzed by the in-house developed Phyton code. Intronic features including presence/absence, length, intron phases were analyzed by manually in the annotated information in NCBI. Results The canonical quadripartite structures were retained in most plastomes except of a few plastomes that had lost an invert repeat (IR). Expansion or reduction or deletion of IRs resulted in the length variation of the plastomes. The number of protein coding genes ranged from 40 to 92 with an average 79.43 ± 5.84 per plastome and gene losses were apparent in specific lineages. The number of trn genes ranged from 13 to 33 with an average 21.19 ± 2.42 per plastome. Ribosomal RNA genes, rrn, were located in the IRs so that they were present in a duplicate except of the species that had lost one of the IR. GC contents were variable from 24.9 to 51.0% with an average 38.21 ± 3.27%, indicating bias to high AT contents. Plastid introns were present in 18 protein coding genes, six trn genes, and one rrn gene. Intron losses occurred among the orthologous genes in different plant lineages. The plastid introns were long compared with the nuclear introns, which might be related with the spliceosome nuclear introns and self-splicing group II plastid introns. The trnK-UUU intron contained the maturase encoding matK gene except in the chlorophyte algae and monilophyte ferns in which the trnK-UUU was lost, but matK retained. There were many annotation artefacts in the intron positions in the NCBI database. In the analysis of intron phases, phase 0 introns were more frequent than those of phase 2 and 3 introns. Phase polymorphism was observed in the introns of clpP which was derived from nucleotide insertion. Plastid trn introns were long compared to the archaeal or eukaryotic nuclear tRNA introns. Of the six plastid trn introns, one was at the D loop and other five were at the anticodon loop. The insertion sites were conserved among the trn genes in archaea, eukaryotic nuclear and plastid tRNA genes. Conclusions Current study refurbrished the previous findings of structural variations, gene contents, and GC contents of the chloroplast genomes from green algae to flowering plants. The study also included some noble findings and discussions on the plastome introns including their length variations and phase variation. We also presented and corrected some false annotations on the introns in protein coding and tRNA genes in the genome database, which might be confirmed by the chloroplast transcriptome analysis in the future.

혈당 측정용 스트립 개발에 관한 연구

권두한,정태화,남효진,송은영,변시명,김희정,김경아,이홍수 THE KOREAN SOCIETY FOR BIOMEDICAL LABORATORY SCIEN 1998 Journal of biomedical laboratory sciences Vol.4 No.2

과산화 효소와 포도당 산화효소의 효소반응을 이용하여 혈액 중 당을 측정하는 혈당측정용 스트립을 개발하였다. 멤브레인에 포도당 산화효소와 과산화 효소, 색원체를 건조 처리하면 혈당이 멤브레인에 처리된 포도당 산화효소와 즉각 반응하여 과산화 수소를 발생하고 발생된 과산화 수소가 과산화 효소와 반응하여 착색물을 형성한다. 제조된 스트립은 혈액과 접촉하면 반응시간 2∼3분 이내에 0∼800mg/dl의 혈당에 대하여 농도에 따라 연 녹, 청녹, 짙은 청색을 나타내며 이때 민감도는 40 mg/dl이었다. 육안용 혈당 스트립을 이용하여 정상을 포함한 당뇨 환자의 혈당 농도를 측정한 결과 Ames사와 BM사에서 시판하고 있는 제품과 유사한 결과를 얻을 수 있었다. 본 연구에서 개발된 스트립이 자동 분석기기의 재료로 활용될 수 있는지 여부를 알아보기 위하여 분광 비색계로 발색 반응의 최적 파장을 분석하고 최적 파장에서 각 혈당 농도별 반사 밀도를 측정하여 검정선을 얻었다. 이 검정선에 의해 임상 혈청시료의 혈당 농도를 측정한 결과 일본의 Kyoto Daiichi사의 혈액 분석시스템과 유사한 결과를 얻었다. 이로서 본 연구에서 개발한 혈당 스트립을 이용하여 혈액 중 혈당량을 육안으로 측정할 수 있음은 물론 자동 분석기기의 기본 시료로 이용될 수 있음을 확인할 수 있었다. We have developed a simple and accurate strip test that measures the blood glucose level semiquantitatively by visual observation, or qualitatively by using UltraScan spectrocolorimeter. The strip has solid phase reagents, including glucose oxidase, peroxidase, chromogen, affixed to a plastic support. The strip test is capable of measuring blood glucose level in the range of 0∼800 mg/dl and generating the results within 2 to 3 minutes. Human blood specimens obtained from normal individuals and the diabetic patients were evaluated by the new blood glucose strip and by the kit supplied by other commercial products. The test results exhibit the correlation coefficient of 0.964. The new test strip is proven simple and accurate, and it offers an alternative to the commercially available glucose tests.

난소의 장액성 종양에서의 p27^kip1과 Cyclin D1 발현에 대한 조사

권선영,장은숙,권건영,박관규,김수경 대한병리학회 2001 Journal of Pathology and Translational Medicine Vol.35 No.3

유·초등학교 교과용도서 장애관련 내용 분석 : Focusing on the Views of Disability

권택환,김수연,박은영,이유훈 국립특수교육원 2003 연구보고서 Vol.- No.2

장애학생 통합교육의 성공적 실행은 특수교육뿐 만 아니라 교육 전반의 당면과제이자 목표이다. 장애학생이 일반학교에서 일반아동들과 물리적, 사회적, 그리고 교육과정적으로 통합이 이루어지기 위해서는 학교 교육과정이 모든 학생에게 반응적이어야 하며, 궁극적으로 일반교육의 재구조화가 촉진되어야 하기 때문이다. 이에 일반교사와 아동들의 장애에 대한 태도 및 인식의 개선은 필수 전제조건으로 지적되고 있다. 장애인에 대한 태도 및 인식 개선은 다양한 방법으로 접근할 수 있겠으나, 학생들이 매일의 학교 수업에서 접하는 교과서에 장애관련 내용이 어떠한 수준과 내용으로 수록되어 있는지 살펴보는 것은 간과되어서는 안 될 중요한 문제이다. 시대적으로 교과서의 역할과 기능은 변화되어 왔으나 학교 현장에서 교과서는 변함없이 교사와 학생에게 지대한 영향을 미치고 있다. 장애학생의 통합교육을 강조하는 현 교육정책 속에서 7차 교육과정의 교과서에는 특히 일반학생들의 장애인식 개선을 위하여 학년별, 교과별로 다양한 장애관련 내용을 담으려는 노력이 역력하므로 적합한 내용이 제시되어 있는지 분석하는 것은 꼭 필요한 일이나, 아직까지 교과서에 수록된 장애관련 내용을 분석한 연구는 없다. 이에 본 연구는 유치원 교육활동 지도자료와 초등학교 교과서에 수록된 장애관련 내용을 분석하고자 하였다. 분석 방법은 문헌 연구와 내용 분석으로 유치원 교육활동 지도자료 12권 과 초등학교 10개 교과(생활의 길잡이, 사회과 탐구, 실험 관찰 포함)의 교과서, 16개 시ㆍ도 우리들은 1학년 16권, 통합교과(바른생활, 슬기로운 생활, 즐거운 생활)에서 장애와 관련된 내용(장애관련 용어, 삽화, 인물, 시설, 소계 등)을 학년별, 교과별로 분류하였다. 분류한 내 용을 분석하기 위하여 공통주제어를 추출하였다. 먼저 2명의 연구자가 독립적으로 내용을 읽으면서 관련 주제어를 기록하였다. 각자 주제어를 기록한 뒤 연구자 협의를 통해 공통으로 기록한 주제어를 추출하고, 다르게 기록한 주제어는 합의를 거쳐 최종 분석 주제어를 도출하였다. 주제어는 다음 6가지이다 (1) 보조도구 및 편의시설, (2) 장애 체험 활동, (3) 장애인 묘사, (4) 직접적 정보 제공 및 접촉, (5) 개인의 차이 수용 및 인권 존중, (6) 장애 관련 인물. 유치원 교육활동 지도자료와 초등학교 교과서에 나타난 장애관련 용어와 삽화, 그리고 6가지 주제로 분석한 연구 결과를 요약하면 다음과 같다. 첫째, 장애관련 용어는 유치원 교육활동 지도자료에 가장 많이 수록되어 있었으며, 그 중에는 몇 가지 수정되어야 할 용어도 있었다(예, 장애 인형, 장애 그림, 정상인, 지체부자유자). 이에 반해 초등학교 1학년 교과서에는 직접적인 장애를 지칭하는 용어는 제시되어 있지 않고, 2학년부터 장애인이라는 용어가 명시되어 있다. 체육교과의 '장애물'과 실험관찰의 '앉은뱅이 저울'과 같이 교과교육 전문가와 함께 장애 인식 개선을 위해 용어 수정을 협의해야 할 필요성도 지적되었다. 둘째, 장애관련 삽화는 지체부자유와 시각장애인이 가장 많이 묘사되어 있었으며, 이들을 도와주는 방식은 주로 휠체어 밀기, 가방 들어 주기였다. 장애아동이 또래들과 수업 및 다양한 활동에 적극적으로 참여하며, 상호작용하는 모습의 삽화가 증가되는 것이 요구된다. 셋째, 주제별로 분석한 결과 교과서에 수록된 장애인들은 주로 장애로 인해 불편한 '처지'에 놓인 것으로 묘사되었으며, 일반인들은 이들의 어려움을 이해하여 도움을 제공해야 하는 것이 올바른 것으로 제시되어 있다. 장애인의 불편함을 이해하기 위하여 제시된 주요한 방법은 장애체험 활동이었다. 그리고 보조도구 및 편의시설의 확충을 사회복지 측면에서, 그러고 공정성의 확보 측면에서 장애인에게 제공되어야 할 중요한 지원의 하나인 것으로 명시되어 있었다. 장애를 직접적으로 제시하지는 않았지만 개인의 외모, 국적, 능력, 성별에 따른 차이를 수용하고 존중해야 함을 담고 있는 내용도 제시되어 있었다. 본 연구결과에 의하면 현재 유치원 교육활동 지도자료와 제 7차 교육과정의 교과서에는 장애관련 내용이 적지 않게 수록되어 있는 것으로 나타났다. 이는 통합교육이 확산되어 가는 현 시점에서 매우 고무적인 현상이라고 할 수 있다. 앞으로 본 연구결과를 바탕으로 올바르지 않은 용어와 삽화, 그리고 지문의 내용은 교과서 개정 시 고려되어야 할 것이다. 또한 실제 초등학교 교실 안에서 이루어지는 수업에서 장애이해 교육이 보다 효과적이며, 적합한 내용과 방법으로 이루어질 수 있도록 상세한 지도 방법이 '교사용 지도서' 에 안내되어야 할 것이다. The successful implementation of inclusive education is an urgent task not only for special education but also education in general. As is often suggested, teachers' and students' positive attitude and perception toward students with disabilities are crucial for this task. Particularly it is very important to analyze the way the textbooks depict disabilities. However, there is no research yet to be done about this subject. The purpose of this study is to analyze the textbook contents concerning disabilities. We employ literature review and content analysis as our research method. 12 instructional materials for the educational activities of kindergarten, 10 different subject textbooks of elementary school, the 16 first-grade textbooks of 16 cities and states (they have the same title, 'We are first-graders," but their contents differ), and the contents of subject-integrated texts concerning disabilities are classified according to grades and subjects. We devise six frameworks of analysis and analysis indicators are as follows: (1) assistive technology and convinience facilities (2) the simulation of disabilities (3) the description of disabilities (4) providing direct information on disabilities and direct contact with disabilities (5) the acceptance of individual differences and the respect for human rights (6) people with disabilities. The summary of our findings is as follows. First, contents concerning disabilities appear most frequently in instructional materials of kindergarten, and there are some words that need to be changed (e.g. a normal person and a physically handicapped person). It is also pointed out that word change would be considered in consultation with specific textbook specialists to foster positive perceptions about disabilities (e.g. "hindrance" in the textbook of physical education and "a crippled scale" in the textbook of experiment and observation). Second, person with visual impairment and person with physical disability appear predominantly in the illustrations depicting disabilities, and the major activities to aid these children are wheelchair-pulling and backpack-carrying. To increase illustrations that portray children with disabilities to participate actively in classroom activities as well as various non-classroom activities interacting with their peer children is required. Third, in the textbooks people with disability are mainly depicted as being put in an uncomfortable "situation," and as those who need help from others. In addition, they suggest the simulative experience of disability as the major way to understand the uncomfortable situation of disability. They also propose that the expansion of assistive technology and convinience facilities is considered one of the most important main support for disabilities. We can find in these textbooks that although they do not refer to disability directly, there are many contents that encourage the acceptance of individual differences (the difference of countenance, nationality, ability, and gender). In conclusion, we find out that current instructional materials for the educational activities of kindergarten and the elementary textbooks of 7th national curriculum contain a considerable amount of contents concerning disability. We regard this as very encouraging. When the textbook is revised, our study will help to choose more proper words, illustrations, and contents. We suggest that more detailed guidelines for understanding disability which help teachers to teach appropriate contents in a more effective and perceptive way in the classrooms of kindergarten and elementary school should be provided.

한국판 사건충격척도 수정판의 신뢰도 및 타당도 연구

은헌정,권태완,이선미,김태형,최말례,조수진 大韓神經精神醫學會 2005 신경정신의학 Vol.44 No.3

Objectives : The present study was conducted to explore the reliability and validity of the "Impact of Event Scale-RevisedKorean version" (IES-R-K). Methods : The subjects were college students who visited a college counseling center and patients who were admitted to a general hospital and two orthopedic local clinics.Those subjects who experienced catastrophic traumatic events were tested for CAPS, BDI, STAI-I, II, and MMPI-PTSD scale. Results : The range of correlations between item-total were .45 -.89. The coefficients of internal consistency were .69 -.83, of them were the Split-half reliability was .71 and the test-retest reliability was .89, all within expected ranges. Inter-corre-lations of IES-R-K, CAPS, BDI, STAI-I, II, and MMPI-PTSD scale were high. CAPS showed the highest correlation Coef-ficient. Factor analysis indicated 4 factors in IES-R ; avoidance, hyperarousal, intrusion, and sleep problem & numbness. IES-R-K can be a useful self-rating diagnostic instrument for PTSD symptoms to be a clinical concern by using 24/25 cutoff in total score. The partial PTSD cutoff score is 17/18. Conclusion : The IES-R-K was confirmed in it's reliability and validity. IES-R-K could be applied for screening of PTSD.

경쟁력 확보를 위한 중소기업의 정보화 추진방안 : T 산업의 사례를 중심으로

권태윤,김은수 경운대학교 산업기술연구소 1999 産業技術硏究論文誌 Vol.2 No.1

This information system review for a case T-Corporation was conducted by the Taegu-Kyungpook Regional SMBA. The three aspects of review are architecture-oriented, data-oriented and process-oriented reviews for consulting better information system planning (ISP) as well as building a methodological consideration of competitive advantages. In the final section of this paper, several critical success factors (CSFs) for a successful MIS integration were suggested and recommended.

정형외과 환자의 관여도에 따른 병원급식 만족도 분석

심은영,윤석권,홍완수 대한영양사협회 2004 대한영양사협회 학술지 Vol.10 No.2

The purposes of this study were to evaluate the quality of hospital food services in view of patients in orthopedic wards and accomplish the quality improvement in hospital foodservice operations. Quantitative questionnaires for patients containing foodservice satisfaction and demographic information were developed. A survey of 8 general hospitals was undertaken and detailed information was collected from 290 patients in orthopedic wards. The collected data were processed using the SAS PC 6.12 for descriptive analysis and t-test. In demographic information of patients, 32.6% was over 50 years old and 3 1% was hospitalized over 30 days. 80% of patients was taking normal diet. 47.7% and 47.9% of patients showed moderate appetite and moderate pain respectively. The overall satisfaction score for patients was 3.24 out of 5, showing slightly higher level than the average score(3.00). According to foodservice involvement scores of patients, they were divided into two groups which were high involved group and low involved group. Two groups showed significant differences in taste of meals, variety of menu, punctuality of meal times, temperature of meals and portion size. The foodservice involvement factor which affected significantly patient foodservice satisfaction was 'kindness of foodservice staff'.

일부 소규모 시계조립 사업장의 상지 누적외상성장애의 유병률

장은철,김현주,권영준,박시복,이수진,송재철 大韓産業醫學會 2000 대한직업환경의학회지 Vol.12 No.4

목적 : 단순 반복작업을 하는 시계조립 사업장 근로자를 대상으로 상지 누적외상성장애의 자각증상 유병률과 상지 누적외상성장애 유병률을 파악하고자 하였다. 방 법 : 인구학적 특성, 상지의 자각증상, 사회심리적 요인은 자가 설문지법으로, 인간공학적 특성은 점검표를 이용한 면담법으로 조사하였다. 상지의 자각증상 조사와 사회심리적 요인은 각각, N10SH (1993) 설문지와 Karasek(1979)의 Job strain model을 번역하여 조사하였다. 상지 누적외상성장애 판정은 의사가 작업 현장에서 직접 환자 면담과 이학적 검사를 수행한 후, 연구에서 규정한 증례정의에 의해 수행하였다. 수집된 자료는 x2 teat와 exact test로 단별량 분석을 하였고, 이중 의미있는 변수와 위험 인자로 알려진 변수들로 다중 로지스틱 회귀분석을 시행하였다. 결 과 : 대상자들의 자각증상 유병률은 54.2 %였고, 부위별로는 목 34.9 %, 손/손목 31.3 %, 어깨 30.1 %, 팔/팔꿈치 18.0 %순이었다. 상지 누적외상성장애의 유병률은 45.8 %였고, 근막동통증후군이 26명으로 가장 많았고, De Quervain씨 병 8명, 수부/전완부의 건염 및 건활막영 8명, 수근관 증후군 5명, 이두건염 5명, 척골 신경병증 5명, 내상과 염 4명, 외상과염 2명, 경추 디스크 질환 2명, 흥곽 출구 증후군 1명순으로 나타났다. 단변량 분석시 자각증상 유병률은 작업부서 중 완성 부에서, 상지 누적외상성장애 유병률은 여자와 완성 부에서 통계학적으로 유의하게 높았다. 다중 로지스틱 회귀분석 결과 완성부와 근무긴장도가 높은 군이 상지 누적외상 성장애와 통계학적으로 유의한 결과를 보였다. 결 론 : 이 연구에서 상지 누적외상성장애 유병률은 45.8 %으로서 저강도의 단순 반복작업을 하는 시계조립 사업장 근로자에서도 누적외상성장애의 위험이 있는 것으로 생각된다. 또한, 사회심리적 요인과 작업 부서별 공정 및 환경이 유병률에 영향을 미치는 주요 요인으로 생각되며, 향후 이들에 관한 다양한 연구가 진행되어야 할 것이다. 산업보건 현장에서는 시계조립 사업장과 같이 저 강도의 단순 반복작업을 위주로 하는 사업장에 대한 지속적인 관심과 각 사업장별 위험요인을 파악하여 적절한 예방 및 관리 대책을 세워야 할 것이다. Objectives : The prevalence of cumulative trauma disorders of upper extremities mons watch assembly workers in small-scaled industry was studied. Methods. In 83 workers at five watch assembly factories, symptoms and psychosocial questionnaire, ergonomic Interview, physical examination were conducted. Results : Prevalence of self-reported symptoms was 54.2% and neck 34.9%, wrist/hand 31.3%, shoulder 30.1%, elbow/arm 18.0% by anatomical site. Prevalence of cumulative trauma disorders was 45.8%. Most common disease was myofascial pain syndrome (31.3%). The other diseases were De Quervain disease (9.6%), tenosynovitis/tendinitis at wrist/hand (9.6%), bicipital tendinitis(6.0%), fat. epicondylitis(4.8%), meIn. epicondylitis(2.4%), and cervical disc disease(2.4%). As result of ergonomic interview, repetitiveness was 79(98.8%). There were no differences in the prevalence of self-reported symptoms and cumulative trauma disorders for age, sex, marital status, duration of work In the study, The significant factors of cumulative trauma disorders were occupational task and psychosocial stress in the study. The prevalence of cumulative trauma disorders in high strain group was hlgher (68.4%) than other three groups. The prevalence of self-reported symptoms and cumulative trauma disorders in assembly task was higher (70.0%, 64.0%) than other two tasks. Conclusions : Prevalence of self-reported symptoms was 54.2%, prevalence of cumulative trauma disorders was 45.8% in watch assembly workers. In this study, factor related to self-reported symptoms was occupational task and factors relaxed to cumulative trauma disorders were occupational task and psychosocial stress. This results suggest that differences of ergonomics and environment in occupational task cause differences of prevalence of self-reported symptoms and cumulatlve trauma disorders.

사용종료매립지 환경현황 및 사후관리대책

김은호,박진식,김정권,안종수,성낙창,김수생,박출재 동아대학교 환경문제연구소 1996 硏究報告 Vol.19 No.1

In this study, we can be obtained the following conclusions about the present environmental conditons and the post management of the expired landfill. 1. The component ration in paper, vinyl·plastic and leather·rubber of combustible amounts to much more than others. In the future, decompositions will be delayed considerably, due to these. 2. Except heavy metals in leachate, each of analysis value change considerably, but are equal to the component of general leachate. 3. The soils of lower part in landfill do not differ greatly from surrouding soils. soil pollutions with heavy metals in general domestic waste proved to be concerned greatly. 4. All of landfill facilites are poor in enviromental, and the post management is rearly controlled, so the proper countmeasure preparation is urgent.

Benzo(a)pyrene에 의해 유도된 간기능장해에 미치는 자근 추출액의 영향

윤수홍,박은주,오관현,정영건,권오진 효성여자대학교 부설 한국환경위생연구소 1993 환경위생연구 Vol.3 No.1

민간에서 주로 사용되는 약용식물들 중 간독성 의 발현 저해 및 간기능 보호 효과가 우수한약물을 찾아 임상적인 약효를 밝혀보고자 하는 실험과정으로 탄소화합물의 불완전 연소및 열분해에 의해 생성되는 간장해 물질인 benzo(a)pyrene으로 유도한 rats의 간독성발현에 미치는 자근 수침액의 예방 및 치료 효과를 실험한 결과 자근 수침액의 투여는B(a)P 투여로 현저하게 증가된 혈청 및 간장의 AST, ALT, LDH, ALP 활성을 유의성있게 감소시켰고 B(a)P 투여로 증가한 혈청 total cholestelof 및 phospholipid 함량 역시감소시킬 수 있었으나 그 효과는 현저하지 않았다. 즉, 자근 수침액의 투여는 B(a)P에의한 간독성 발현을 유의성 있게 감소시켰으며 그 효과는 전처리가 후처리에 비해 우수하였다. The present study was undertaken to compare the phamacologicalactivities of crude Lithospermi Radix reported with the clinical uses in the orientalmedicine. Crude Lithospermi Radix uesd for the treatment of burn, eczema,blister, diuretic, scarlet fever and septicemia as antipyretic, antidotic and antiph-logistics. Therefore we tested the effects of Lithospermi Radix water extracton the liver-protective activities in the rats. The results obtained from enzymeassay, measurement of serum and liver alanine aspartate aminotransferase(ALT,AST) and lipid composition indicated that Lithospermi Radix water extract sho-wed significant liver-protective activities against benzo(a)pyrene-induced hepato-toxicity.