고점도 다당류를 생산하는 갈근 내생균의 분리 및 특성

황경숙,최성현,한송이,Whang, Kyung-Sook,Choi, Seung-Hyun,Han, Song-Ih 한국미생물학회 2007 미생물학회지 Vol.43 No.4

식용 및 약용으로 광범위하게 이용되고 있는 갈근 내부조직으로부터 강한 점액성 물질을 생산하는 50개의 내생 균주를 분리하였다. 다당류의 수율이 높은 내생균주 HDN-14, TDG-3및 TNB-3 균주를 선발하여 이들이 생산하는 다당류의 구성당 조성을 분석한 결과 glucose ($45.6{\sim}63.1%$), maltose ($14.6{\sim}23.7%$) 및 fructose ($17.4{\sim}23.7%$)가 검출되었다. 이들 분리균주의 16S rDNA 염기서열(약 1,300bp)을 결정하여 계통학적 위치를 검토한 결좌, ${\grmma}$-Proteobacteria 그룹의 Pseudomonas 속에 속하는 균주임이 확인되었으며, HDN-14과 TNB-3 균주는 Pseudomonas $koreensis^T$, Pseudomonas $jessenii^T$와 $99.06{\sim}99.32%$의 상동성을 나타내었으며 TDG-3 균주는 Pseudomonas $plecoglossicida^T$, Pseudomonas $mosselii^T$, Pseudomonas $monteilii^T$와 $99.48{\sim}99.74%$ 상동성을 나타내었다. 이들 분리균주는 주요 균체지방산으로 $3OH-C_{10:0}$, $2OH-C_{12:0}$, $3OH-C_{12:0}$, $3OH-C_{12:0}$ 및 $3OH-C_{12:1}$가 검출되었으며, TDG-3 균주의 경우, 3-OH $C_{13:0}$, 3-OH $C_{14:0}$, 3-OH $C_{15:0}$ 및 3-OH $C_{16:0}$등 다양한 종류의 3-OH 지방산이 검출되어 기존의 Pseudomonas 종과 비교하여 매우 특징적인 성질을 나타내었다. Fifty endophytic bacteria, which produced slime around the colonies, were isolated from Pueraria roots. In particular, HDN-14, TDG-3, and TNB-3 strains, which appeared to be high viscosity producers, were selected. These strains produced high levels of polysaccharides in Puerara root medium extract. The purified polysaccharide was digested with 1N HCI and analyzed by HPLC, with glucose ($45.6{\sim}63.1%$), maltose ($14.6{\sim}23.7%$), and fructose ($17.4{\sim}23.7%$) detected as constitutive sugars. When determined by the homology relationship of the 16S rDNA sequence with the relative taxa, the HDN-14 and TNB-3 strains were closely ($99.06{\sim}99.32%$) related to the Pseudomonas $koreensis^T$ and Pseudomonas $jessenii^T$, while TDG-3 were closely ($99.48{\sim}99.74%$) related to Pseudomonas $plecoglossicida^T$, Pseudomonas $mosselii^T$, and Pseudomonas $monteilii^T$. The major cellular Pseudomonas acids are $3OH-C_{10:0}$, $2OH-C_{12:0}$, $3OH-C_{12:0}$, and $3OH-C_{12:1}$, with these strains being further differentiated in species belonging to the genus Pseudomonas.

축산폐기물의 퇴비화 과정중 미생물상의 변동

黃敬淑(Kyung-Sook Whang),張基運(Ki-Woon Chang) 한국토양비료학회 1996 한국토양비료학회지 Vol.29 No.3

송이 자생군락 토양 내 난배양성 세균군집의 계통학적 특성

김윤지,황경숙,Kim, Yun-Ji,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2007 미생물학회지 Vol.43 No.3

송이 자생군락 토양 내 세균군집의 정량적 평가를 수행한 결과 CFDA 형광염색법을 이용해 직접 계수된 생균수는 $7.4{\pm}1.19{\times}10^8{\sim}1.07{\pm}0.17{\times}10^9cells/g$ soil로 육즙영양배지(nutrient broth, NB)에서 배양된 생균수는 CFDA 계수치의 $5{\sim}8%$로 계수되었으며, $10^{-2}$으로 희석한 NB(DNB)배지에서는 $40{\sim}47%$의 계수치를 나타내었다. 이상의 결과로부터 송이 자생군락 토양내에는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non-culturable; VBNC)세균이 다수 존재해 있는 것으로 추정되었다. 송이 자생군락 토양내 세균군집의 계통학적 특성을 검토하기 위해 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA cluster 분석을 통하여 대표 clone의 16S rDNA 염기서열 분석을 수행하였다. 송이 자생군락 토양으로부터 구축된 총 115 clone은 31 ARDRA cluster로 분류되었으며, ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-$ Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria 그리고 Firmicutes의 6개 계통군이 확인되었다. 이들 계통군 중 약 85%가 Acidobacteria 계통군에 속하여 압도적인 우점군임이 확인되어 매우 독특한 계통학적 특성을 나타내었다. The CFDA (6-carboxyfluorescein diacetate) direct viable count method and plate count (PC) method using conventional nutrient broth (NB) medium and $10^{-2}$ diluted NB (DNB) medium were applied to samples collected from Mt. Yongdoo In Andong, in an effect to determine the number of living bacteria pine mushroom forest soil. The number of living bacteria determined via plate count in NB medium comprised $5{\sim}8%$ of the CFDA direct viable count, and the bacteria in the DNB medium comprised $40{\sim}47%$. This result indicated that viable but nonculturable (VBNC) bacteria existed in the pine mushroom forest soil at a high percentage. The phylogenetic characteristics of the VBNC bacterial populations in the samples of pine mushroom (Tricholoma matsutake) forest soil were analyzed via the direct extraction of DNA and 16S rDNA-ARDRA. The 115 clones from pine mushroom forest soil were clustered into 31 different RFLP phylotypes by ARDRA. Based on the 16S rDNA sequences, the 31 ARDRA clusters were classified into 6 phylogenetic groups: ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-Proteobacteria$, Acidobacteria, Actinobacteria and Firmicutes. Among these bacterial populations, approximately 85% were classified as members of phylum Acidobacteria. The Acidobacteria phylum was shown to exist abundantly in the pine mushroom forest soil.

무당벌레 소화기관으로부터 산성 단백질 분해효소를 생산하는 Staphylococcus sp. CB2-3의 분리 및 특성

김세종,황경숙,Kim, Se-Jong,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2011 미생물학회지 Vol.47 No.3

무당벌레 소화기관으로부터 단백질 분해 우수세균 6균주를 분리하였다. 단백질 분해세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 해석하여 계통학적 특성을 검토한 결과, Staphylococcus sciuri subsp. sciuri (3균주), Bacillus subtilis (1균주), Bacillus thuringiensis (2균주)로 확인되었다. 이들 균주 중 pH 5.0 배지에서 58.5 U/ml의 높은 효소 활성을 나타내는 Staphylococcus sp. CB2-3을 최종 선발하였다. 효소의 특성을 조사한 결과, pH 4.0-6.0에서 높은 활성을 나타내어 산성 단백질 분해효소임이 확인되었다. 효소의 최적 반응 온도는 $40^{\circ}C$ 이었으며, $30-50^{\circ}C$의 범위에서 80% 이상의 효소 활성을 유지하였다. Staphylococcus sp. CB2-3 균주의 생육과 효소 활성을 위한 최적의 배지성분을 조사하였다. 탄소원으로 0.5% 솔비톨을 첨가하였을 때 효소 활성이 2배로 증가되었으며, 질소원으로 0.5% 탈지유를 첨가한 경우 효소 활성이 2.5배 증가되는 것으로 나타났다. 무기염류로는 KCl, $K_2HPO_4$, $FeSO_4$를 첨가하였을 때 효소 활성이 가장 높은 반면에 2가 금속이온인 $Co^{2+}$, $Zn^{2+}$, $Mn^{2+}$, $Cu^{2+}$를 첨가하였을 때는 균의 성장과 효소 활성이 심하게 저해되는 것으로 나타났다. Six protein-degrading bacteria were isolated from digestive organ of Harmonia axyridis. These isolates were categorized as Staphylococcus sciuri subsp. sciuri (3 strains), Bacillus subtilis (1 strain), and Bacillus thuringiensis (2 strains) by 16S rRNA gene sequence analysis. The Staphylococcus sp. CB2-3 was selected as a protease-producing bacterium which showed the highest protease activity of 58.5 U/ml at the pH 5.0 medium. The optimal pH and temperature of protease activity were pH 5.0 and $40^{\circ}C$, respectively. This acid protease had a relatively high stability of 80% between $30-50^{\circ}C$ at broad temperature range. The opimal medium compositions of carbon, nitrogen and mineral source for cell growth and protease activity were investigated. When sorbitol (0.5%) was used as carbon source, enzyme activity was increased about 2 times than that of the basal medium. When skim milk (0.5%) was used as nitrogen source, activity was increased about 2.5 times than that of the control. Cell growth and enzyme activity were increased by mineral source such as KCl, $K_2HPO_4$, $FeSO_4$, but was completely inhibited by divalent ions such as $Co^{2+}$, $Zn^{2+}$, $Mn^{2+}$, $Cu^{2+}$.

송이 자실체 기저부 토양으로부터 항균활성을 가지는 KM1-15 균주의 분리 및 분류학적 특성

김윤지,황경숙,Kim, Yun-Ji,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2008 미생물학회지 Vol.44 No.1

송이 자실체 기저부 토양으로부터 분리한 268균주를 대상으로 식물병원성 곰팡이 7균주(Alternaria panax, Botrytis cinerea, Colletotrichum gloeosprioides, Fusarium oxysporum, Phytopthora capsici, Pythium ultimum, Rizoctonia solani)에 대해 항균활성을 검토한 결과 인삼점무늬병원균(Alternaria panax)과 인삼탄저병원균(Colletotrichum gloeosprioides)에 강한 항균활성을 나타내는 KM1-15 균주가 선발되었다. KM1-15 균주의 16S rDNA 염기서열(1,311 bp)을 결정하여 계통학적 위치를 검토한 결과, Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033)와 99.6%의 상동성을 나타내었다. API 50CHE Kit를 사용하여 당 분해능에 대해 Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033)와 비교 검토한 결과 KM1-15 균주는 L-arabinose, cellobiose, inulin, D-turanose 양성반응을 나타내는 생리학적 특성이 확인되었다. 주요 지방산으로는 15:0 anteiso (35.78%), 17:0 anteiso (17.97%)를 함유하였으며, 13:0 iso 3-OH, 14:0 iso3-OH, 15:0 iso 3-OH, 그리고 17:0 iso 3-OH와 같은 다양한 분지형 지방산을 함유하는 특성을 나타내었다. 퀴논종으로는 MK-7 (100%)을 가지고, G+C함량은 43.7%를 나타내었다. 또한 protein과 starch에 대한 가수분해능이 탁월하여 KM1-15 균주는 병해충 방제제 및 토양개량제로 매우 유용하게 활용될 것으로 사료된다. Two hundred and sixty-eight bacterial strains were isolated from pine mushroom (Tricholoma matsutake) basal soil. In the course of screening for antifungal activity against seven plant pathogenic fungi (Alternaria panax, Botrytis cinerea, Colletotrichum gloeosprioides, Fusarium oxysporum, Phytopthora capsici, Pythium ultimum, Rizoctonia solani) of isolates, strain KM1-15 showed strong antibiotic activity against Alternaria panax and Colletotrichum gloeosprioides. In determining its relationship on the basis of 16S rDNA sequence, KM1-15 strain was most closely related to Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033) (99.62%). When assayed with the API 50CHE Kit, unlike Bacillus koguryoae, it is positive for utilization of L-arabinose, cellobiose, inulin, and D-turanose. Results of cellular fatty acid analysis showed that major cellular fatty acids were 15:0 anteiso (35.78%) and 17:0 anteiso (17.97%). In particular, hydroxyl fatty acids such as 13:0 iso 3-OH, 14:0 iso 3-OH, 15:0 iso 3-OH, and 17:0 iso 3-OH were only restricted to strain KM1-15. DNA G+C content was 43.7 mol% and quinone system was MK-7 (100%) in strain KM1-15.

대나무 산림토양으로부터 수집한 Streptomyces 속 방선균의 계통학적 다양성

이효진,황경숙,Lee, Hyo-Jin,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2010 미생물학회지 Vol.46 No.3

국내 자생하는 왕대, 분죽, 조릿대, 호마죽과 같은 다양한 대나무 산림토양의 낙엽층, 부식층, 근권토양 내 방선균 밀도 측정 결과, $2.7{\times}10^6-2.7{\times}10^8$ CFU/g로 계수되었으며, 특히 조릿대 낙엽층 내에는 $2.7{\times}10^8$ CFU/g의 매우 높은 밀도로 분포하였다. 본 연구에서는 대나무림 낙엽층으로부터 100균주, 부식층으로부터 70균주 그리고 근권토양으로부터 160균주로 총 330균주의 방선균을 수집하였다. 이들 분리된 균주들의 기균사, 기중균사 및 색소형성 등을 관찰한 결과 36개 방선균 군집으로 분류되었다. 각 그룹으로부터 대표 방선균 50균주를 선발하여 16S rRNA 유전자 염기서열을 해석하고 계통학적 위치를 검토한 결과, 94%가 Streptomyces 속에 속하였으며, cluster I (2균주), II (35균주), III (6균주), 그리고 IV (7균주)에 속하는 특징을 나타내었다. 대나무 산림토양으로부터 수집된 Streptomyces 속 방선균 50균주를 Shannon-Wiener법에 의해 다양성 지수를 산출한 결과, 대나무림 낙엽층으로부터 수집된 방선균의 다양도는 3.33으로 부식층과 근권토양 보다 높게 나타났으며, 근권토양으로부터 수집된 방선균의 88%가 cluster II에 속하는 특징을 나타내었다. 본 연구에서 수집한 방선균을 Botrytis cinerea, Xanthomonas campestris 그리고 Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria에 대해 항균활성능을 검토한 결과, 각 74균주, 16균주, 25균주 그리고 24균주가 항균활성능을 나타내었다. To investigate a quantitative evaluation of the actinobacteria, we have collected samples from various kinds of bamboo forest soil. Each different layers contained $2.7{\times}10^6-2.7{\times}10^8$ CFU/g of actinobacteria which was the highest in litter layers of Sasa boreali forest soil. We obtained 330 actinobacteria from different layers of bamboo forest soil; litter (100 strains), humus (70 strains), and rhizosphere soil (160 strains). Based on the colony morphology (aerial mycelium, substrate mycelium, and soluble pigment), isolates were divided into thirty-six groups and we selected 50 representative isolates. 16S rRNA gene sequence analysis showed Streptomyces was major actinobacteria (94%) and they were categorized as cluster I (2 strains), II (35 strains), III (6 strains), and IV (7 strains), respectively. The diversity index of 50 Streptomyces collected from the bamboo forest soil was calculated with the Shannon-Wiener method. Bamboo litter showed higher diversity index level of 3.33 than that of humus and rhizosphere soil. Also, antibiotic activities of our isolates were investigated against Botrytis cinerea, Xanthomonas campestris, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, and Bacillus cereus and found in 74, 16, 25, and 24 strains, respectively.

항진균활성 violacein 색소를 생산하는 Collimonas sp. DEC-B5 균주의 분리 및 특성

이예림,황경숙,Lee, Ye-Rim,Mitchell, Robert J.,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2016 미생물학회지 Vol.52 No.2

Forty-nine pigments were extracted from the collections of 106 pigment producing bacteria from the plant rhizosphere soil. Antibacterial activity test was performed in the subjects of the extracted pigments with plant pathogenic bacteria including Xanthomonas axonopodis and Xanthomonas campestris, and with plant pathogenic fungi including Botrytis cinerea, Colletotrichum acutatum, and Fusarium oxysporum. The yellow pigment by Chryseobacterium sp. RBR9 and the red pigment by of Methylobacterium sp. RI13 showed the antibacterial activities against Xanthomonas axonopodis and Xanthomonas campestris. The violet pigment by Collimonas sp. DEC-B5 showed the antibacterial activity as well as the antifungal activities against Botrytis cinerea and Fusarium oxysporum. Especially, the violet pigment inhibited the growth of Botrytis cinerea more than 65% at MIC $20{\mu}M$. Upon the HPLC analysis result for the isolation of pigment with antifungal activity, violacein (91.6%) and deoxyviolacein (8.4%) were isolated for the pigment by Collimonas sp. DEC-B5. The production amount of the pigment was increased more than 10 times higher when D-mannitol 1.5% and yeast extract 0.2% were added as the nitrogen source to SCB medium. This study suggests that produced violacein by Collimonas sp. DEC-B5 will be effective to control strawberry gray-mold rot fungi by its preventive activity. 식물 근권 토양으로부터 색소생성 균주 106균주를 수집하여 색소 생성능이 우수한 균주로부터 노란색(33개), 주황색(12개), 분홍색, 빨간색, 갈색 그리고 보라색 총 49개의 세균색소를 추출하였다. 식물병원균에 대한 항균활성능이 우수한 색소를 선발하기 위하여 고추점무늬병원균(Xanthomonas axonopodis), 흑마병원균(Xanthomonas campestris)과 딸기잿빛곰팡이병원균(Botrytis cinerea), 고추탄저병원균(Colletotrichum acutatum), 그리고 시들음병원균(Fusarium oxysporum)을 대상으로 항균활성 검정을 수행하였다. 색소생성 Chryseobacterium sp. RBR9 균주가 생산하는 노란색 색소와 Methylobacterium sp. RI13 균주가 생산하는 빨간색 색소는 X. axonopodis와 X. campestris에 항세균 활성을 나타내었다. 차나무 토양으로부터 분리된 Collimonas sp. DEC-B5가 생산하는 보라색 색소는 항세균 활성과 더불어 B. cinerea와 Colletotrichum acutatum에 항진균활성을 나타내었다. 특히, 보라색 색소는 최소저해 농도 $20{\mu}M$에서 B. cinerea를 65% 이상 생육 저해하였다. 항진균활성 보라색 색소를 HPLC 분석한 결과, violacein (91.6%)와 deoxyviolacein(8.4%)으로 동정되었다. 보라색 색소 violacein의 생산량은 SCB 배지에서 $43.2{\mu}M$이었고 D-mannitol 1.5%, yeast extract 0.2%를 첨가한 경우 $431.6{\mu}M$로 약 10배 높은 색소 생성량을 나타내었다. 본 연구에서 분리된 Collimonas sp. DEC-B5가 생산하는 violacein 색소는 딸기잿빛곰팡이병원균 방제제로 활용 가능성이 확인되었다.

무당벌레(Harmonia axyridis ) 장내세균의 특성 및 Staphylococcus spp. 장내세균이 무당벌레의 발육에 미치는 영향

문청원,김기광,황경숙,서미자,윤영남,유용만,Moon, Chung-Woun,Kim, Ki-Kwang,Whang, Kyung-Sook,Seo, Mi-Ja,Youn, Young-Nam,Yu, Yong-Man 한국응용곤충학회 2011 한국응용곤충학회지 Vol.50 No.2

포식성 곤충인 무당벌레(Harmonia axyridis)의 소화기관 내에 서식하고 있는 장내세균을 순수 분리하여 계통학적 특성을 밝히고 이들 장내세균이 무당벌레의 발육에 미치는 영향을 검토하였다. 시험곤충은 전북 김제(JK), 충남 금산(CK) 그리고 충남대학교 곤충생리실험실(CI)의 무당벌레 개체군을 사용하였다. 무당벌레의 소화기관에서 장내세균 34균주를 순수분리하고 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석하여 총 4개의 계통군으로 분류하였다. 무당벌레 소화기관에서 분리된 전체 분리균주의 약 70%가 Bacillus속과 Staphylococcus속을 포함하는 계통군이었으며, 시험 무당벌레 소화기관으로부터 공통적으로 분리되는 특징을 보였다. 분리된 장내세균 중 대표세균 18균주를 대상으로 항생제에 대한 감수성 조사를 수행한 결과, ofloxacin과 penicillin이 장내세균의 모두에게 증식을 저해하는 항생제 내성을 나타내어 시험약제로 선택하였다. 무당벌레의 먹이인 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)과 무테두리진딧물(Lipaphis eryimi)에 ofloxacin 과 penicillin을 직접 처리하여 무당벌레를 사육하면서 번데기무게, 유충기간, 성충의 산란력, 부화율 등 생리적 특성을 항생제 무처리구와 비교한 결과 낮게 나타났다. 각 무당벌레 소화기관으로부터 공통적으로 분리된 대표 장내세균 Staphylococcus saprophyticus 가 무당벌레의 발육에 미치는 영향을 조사한 결과 S. saprophyticus의 부재 시 유충기간이 길어졌으며 번데기의 무게 그리고 성충의 산란력은 감소하였다. Enterobacteria were isolated in the gut of the predacious multicolored Asian ladybird beetle, Harmonia axyridis, and their effects to the development of H. axyridis were examined. Populations of H. axyridis in this experiment were collected from Kimjae at Cheonbuk province (JK population), Geumsan at Chungnam province (CK population) and laboratory population at Laboratory of Insect Physiology in Chungnam National University, Daejeon. Thirty-four enterobacteria isolates were purified and isolated from the digestive tract of H. axyridis, and a total of 4 strains were classified into group by analysis of 16S rRNA gene sequences. About 70% of total isolates were phylogenetic groups of Bacillus genus and Staphylococcus genus, and they were commonly separated from the digestive tract of H. axyridis. After investigating their susceptibility against antibiotics with 18 representative enterobacteria isolates, ofloxacin and penicillin were selected for examination in this study of their ability to inhibit the growth of all of isolates. In order to remove the enterobacteria from the aphids, ofloxacin and penicillin were given to the green peach aphid, Myzus persicae, and the turnip aphid, Lipaphis erysimi. These aphids were provided to H. axyridis as prey. The weight of pupa, developmental periods of each larval instar, the number of eggs and their hatching ratio of H. axyridis with treatment aphids were lower compared with non-treatment aphids. Staphylococcus saprophyticus is a representative enterobacteria and commonly isolated from the digestive tract of H. axyridis. In the absence of S. saprophyticus, the developmental periods of each larval instar increased; however, the weights of pupa, the number of eggs, and their hatching ratio decreased.

난분해성 케라틴 단백질을 함유하는 닭 우모 분해세균의 분리 및 특성

김세종,조천휘,황경숙,Kim, Se-Jong,Cho, Chun-Hwi,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2010 미생물학회지 Vol.46 No.1

양계장 부산물 시료로부터 우모 분해세균 31균주를 분리하였다. 수집된 우모 분해세균에 대해 16S rRNA 염기서열을 해석하여 계통학적 특성을 검토한 결과, Firmicutes (21균주), ${\gamma}$-proteobacteria (4균주), Actinobacteria (4균주) 그리고 Bacteroidetes (2균주) 계통군에 속하는 다양한 세균이 확보되었다. 우모 분해세균 중 우모 분해율이 75-90% 이상인 우수균주 Chryseobacterium sp. FBF-7, Stenotrophomonas maltophilia FBS-4 그리고 Lysinibacillus sp. FBW-3를 최종 선발하였다. 이들 균주를 이용한 생물학적 분해법과 Ca(OH)2를 이용한 화학적 분해법에 의해 추출된 아미노산의 특성을 비교한 결과, Chryseobacterium sp. FBF-7에 의해 추출된 총 아미노산 함량이 1661.6 ${\mu}mol$/ml로 선발 균주 중 가장 높게 나타났으며, 화학적 분해법에 의해 추출된 총 아미노산 함량과 유사하였다. Chryseobacterium sp. FBF-7에 의해 생성된 필수 아미노산 함유량은 619.3 ${\mu}mol$/ml로 총 아미노산의 37%를 함유하였으며, 화학적 분해법에 의한 경우, 596.9 ${\mu}mol$/ml의 필수 아미노산을 생산하여 총 아미노산 함유량의 32%를 차지하는 것으로 나타났다. Chryseobacterium sp. FBF-7에 의해 추출된 아미노산의 조성을 검토한 결과, valine, glutamic acid, aspartic acid, glycine 그리고 proline이 주요 아미노산이었으며, 특히 aspartic acid, threonine, serine, cysteine 그리고 tyrosine이 화학적 추출법보다 더 높게 추출되는 특징을 나타내었다. Thirty-one chicken feather-degrading bacteria were isolated from wasted feather, compost and wastewater in a chicken farm. These isolates were categorized as Firmicutes (21 strains), ${\gamma}$-proteobacteria (4 strains), Actinobacteria (4 strains), and Bacteroidetes (2 strains) by 16S rRNA gene sequence analysis. We examined the feather-degrading isolates for degradation in the 2% of chicken feather meal. The strain Chryseobacterium sp. FBF-7, Stenotrophomonas maltophilia FBS-4, and Lysinibacillus sp. FBW-3 were selected as a keratinolytic protein degrading bacteria which showed the highest feather degradation of 75-90%. The characteristics of amino acids extracted from chicken feather meal by using keratinolytic protein degrading isolates and chemical method with $Ca(OH)_2$ were analyzed. Total amino acid content of strain Chryseobacterium sp. FBF-7 was 1,661.6 ${\mu}mol$/ml, which was the highest and it was similar with chemical method. And essential amino acid content of total amino acid was thirty-seven percent (619.3 ${\mu}mol$/ml) and 596.9 ${\mu}mol$/ml for keratinolytic protein degrading isolates and chemical method, respectively. The major amino acids were valine, glutamic acid, aspartic acid, glycine, and proline by the strain Chryseobacterium sp. FBF-7 and especially, higher contents of aspartic acid, threonine, serine, cysteine, and tyrosine were detected compared with chemical method.

16S rDNA-ARDRA법을 이용한 소나무림과 상수리나무림 토양 내 VBNC 세균군집의 계통학적 특성 비교

한송이,김윤지,황경숙,Han Song-Ih,Kim Youn-Ji,Whang Kyung-Sook 한국미생물학회 2006 미생물학회지 Vol.42 No.2

직접 생균수 측정법(DVC)과 평판계수법(PC)을 이용하여 소나무림과 상수리나무림 토양에 분포하는 세균군집의 정량적 평가를 실시한 결과, DVC법에 의해 계수된 생균수에 대해 평판법에 의해 계수된 생균수 1% 미만으로 나타났다. 이상의 결과로부터 산림토양 내에 평판배양법으로는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non culturable; VBNC) 세균이 99% 이상 존재해 있는 것으로 판단되었다. 이들 VBNC 세균의 군집구조 해석을 위하여 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA 분석을 통하여 계통학적 특성을 검토하였다. 소나무림과 삼수리나무림 토양으로부터 각각 111 clones, 108 clones을 획득하고 HaeIII 절편양상에 따라 30 groups과 26 groups의 ARDRA group으로 분류하였다. 각 ARDRA group으로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA 염기서 열을 결정한 결과, 소나무림 토양의 경우 ${\alpha}$-proteobacteria (12 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (3 clones), ${\delta}$-proteobncteria (1clone), Flexibacter/Cytophaga (1 clone), Actinobacteria (4 clones), Acidobacteria (4 clones), 그리고 Planctomycetes (5 clone)의 7개의 계통군이 확인되었으며, 상수리나무림 토양에서는 ${\alpha}$-proteobacteria (4 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (2 clones), Actinobacteria (10 clones), Acidobacteria (8 clones), Planctomycetes (1 clone), 그리고 Verrucomicrobia (1clone)로 6개의 다양한 계통군이 확인되었다. 이상, 소나무림과 상수리나무림 토양 내에 존재하는 99% 이상의 VBNC 세균군집의 대부분은 미배양성 혹은 미동정균으로 계통학적으로 다양한 미지의 미생물로 구성되어 있음이 확인되었다. In this study was performed to analyze quantitatively the number of viable but non-culturable bacteria in the Pine and Quercus forest soil by improved direct viable count (DVC) and plate count (PC) methods. The number of living bacteria of Pine and Quercus forest soil by PC method were less then 1% of DVC method. This result showed that viable but non-culturable (VBNC) bacteria existed in the forest soil with high percentage. Diversity and structure of VBNC bacterial populations in forest soil were analyzed by direct extracting of DNA and 16S rDNA-ARDRA from Pine and Quercus forest soil. Each of them obtained 111 clones and 108 clones from Pine and Quercus forest soil. Thirty different RFLP types were detected from Pine forest soil and twenty-six different RFLP types were detected from Quercus forest soil by HeaIII. From ARDRA groups, dominant clones were selected for determining their phylogenetic characteristics based on 16S rDNA sequence. Based on the 16S rDNA sequences, dominant clones from ARDRA groups of Pine forest soil were classified into 7 major phylogenetic groups ${\alpha}$-proteobacteria (12 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (3 clones), ${\delta}$-proteobacteria (1 clone), Flexibacter/Cytophaga (1 clone), Actinobacteria (4 clones), Acidobacteria (4 clones), Planctomycetes (5 clones). Also, dominant clones from ARDRA groups of Quercus forest soil were classified into 6 major phylogenetic groups : ${\alpha}$-proteobacte,ia (4clones), ${\gamma}$-proteobacteria (2 clones), Actinobacteria (10 clones), Acidobacteria (8 clones), Planctomycetes (1 clone), and Verrucomicobia (1 clone). Result of phylogeneric analysis of microbial community from Pine and Quercus forest soils were mostly confirmed at uncultured or unidentified bacteria, VBNC bacteria of over 99% existent in forest soil were confirmed variable composition of unknown micro-organism.