꽃송이버섯 분말을 첨가한 옐로우 레이어 케이크의 품질특성

장우혁(Woo Hyuk Jang),유영복(Young-Bok Yoo),김병희(Byung Hee Kim),배송환(Song-Hwan Bae) 한국식품영양과학회 2013 한국식품영양과학회지 Vol.42 No.12

The aims of this study were to investigate the quality characteristics of yellow layer cake added with Sparassis crispa powder that were abundant in dietary fiber, and also to determine the most suitable amount of added S. crispa powder. Dried powder of S. crispa containing 61.8 g/100 g insoluble dietary fiber was added to the cake batter in Baker’s percentage of 1%, 2%, 4%, and 8%. Cake batter containing 1% and 2% S. crispa powder showed similar pH, specific gravity, and viscosity values to the batter without S. crispa powder (control). As the amount of added S. crispa power increased, the volume, specific volume, baking loss, and brightness (for both crust and crumb) of the cake containing the powder tended to decrease. A greater amount of added S. crispa powder resulted in a decrease in hardness, gumminess, and chewiness of the cake containing the powder and also reduced the changes in hardness of the cake during 8 days of storage. The sensory analysis showed that cake containing 2% S. crispa had several desirable kinds of sensory attributes, such as color, flavor, taste, and texture compared to the control; whereas an addition of more than 2% S. crispa deteriorated the sensory quality of the cake. These results suggest that the most suitable amount of added S. crispa powder for preparing yellow layer cake was 2% in Baker’s percentage.

상호작용 중요도 행렬을 이용한 단백질-단백질 상호작용 예측

장우혁(Woo-Hyuk Jang),정석훈(Suk-Hoon Jung),정휘성(Hwie-Sung Jung),현보라(Bora Hyun),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2009 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 Vol.36 No.10

최근 계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법 중, 단백질 쌍이 포함하고 있는 도메인들 사이의 관계에 중점을 둔 도메인 정보 기반 예측 기법들이 다양하게 제안되고 있다. 하지만, 다수의 도메인 쌍들이 상호작용에 기여하는 정도를 정밀하게 반영하는 계산 기법은 드문 실정이다. 본 논문에서는 단백질 상호작용에 있어 도메인 조합 쌍의 상호작용 영향력을 수치화하여 반영한 상호작용 중요도 행렬을 고안하고 이를 기반으로 한 단백질 상호작용 예측 시스템을 구현한다. 일반적인 도메인 조합 기법과 달리, 상호작용 중요도 행렬에서는 상호작용을 위한 도메인간의 협업 확률이 고려된 Weighted 도메인 조합과, 다수의 Weighted 도메인 조합 중 실제 상호작용 주체가 될 확률을 도메인 조합 쌍의 힘(Domain Combination Pair Power, DCPPW)으로 수치화한다. DIP과 IntAct에서 얻어온 S. cerevisiae의 단백질 상호작용 데이터와 Pfam-A 도메인 정보를 사용한 정확도 검증 결과, 평균 63%의 민감도와 94%의 특이도를 확인하였으며, 학습집단의 증가에 따른 안정적인 예측 정확도 향상을 보였다. 본 논문에서 구현한 예측 시스템과 학습 데이터는 웹(http://code.google.com/p/prespi)을 통하여 내려 받을 수 있다. Recently, among the computational methods of protein-protein interaction prediction, vast amounts of domain based methods originated from domain-domain relation consideration have been developed. However, it is true that multi domains collaboration is avowedly ignored because of computational complexity. In this paper, we implemented a protein interaction prediction system based the Interaction Significance matrix, which quantified an influence of domain combination pair on a protein interaction. Unlike conventional domain combination methods, IS matrix contains weighted domain combinations and domain combination pair power, which mean possibilities of domain collaboration and being the main body on a protein interaction. About 63% of sensitivity and 94% of specificity were measured when we use interaction data from DIP, IntAct and Pfam-A as a domain database. In addition, prediction accuracy gradually increased by growth of learning set size, The prediction software and learning data are currently available on the web site.

단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법 (pp.284-288)

장우혁(Woo-Hyuk Jang),정석훈(Suk-Hoon Jung),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2009 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.15 No.4

단백질 상호작용의 예측 및 실험 결과가 대용량으로 배포되면서 바이오 정보 기술 연구자들은 생명체 내의 단백질 상호작용 네트워크를 구성하기 위해 노력하여 왔다. 일반적으로 대용량의 상호작용 데이터들은 많은 오류를 포함한다고 알려져 있으나, 최근 단백질의 물리 화학적 특성 및 구조를 기반으로 한 방법들이 실제 실험과 병행되어 고화질(High resolution)의 결과를 제공하게 되면서, 특정 종에 대한 단백질 상호작용 네트워크가 점차 완성되고 있다. 그러나, 단순 물리적 링크 수준의 단백질 상호작용 네트워크만으로는 특정 병원체의 발병 메커니즘 규명 등과 같은 응용분야의 활용에 한계가 있다. 본 논문에서는 실험을 통하여 보고된 신호 전달 경로(signaling transduction pathway)를 이용하여 단백질 기능 간의 관계를 방향성이 있는 그래프로 표현한 단백질 기능 흐름 모델을 제시한다. 제안하는 모델은 Gene Ontology에서 정의된 molecular function을 정점(vertex)으로 가지고 이들 사이의 관계를 간선(edge)으로 표현함으로써 특정 기능의 전이를 살펴볼수 있다. 이러한 기능 흐름 모델은 수 만개의 정점(vertex)으로 구성된 단백질 상호작용 네트워크에서 의미 있는 경로를 추출하는 데에 제약 혹은 참조 조건으로 사용될 수 있어 향후 활용도가 클 것으로 기대한다. 평가는 KEGG에서 제공되는 11개의 인간 신호 전달 경로 각각에 대하여 대상 경로를 제외한 나머지로부터 생성된 모델과의 크론바하 알파 계수(Cronbach’s alpha)를 측정하였고(α=0.67), 총 1023개의 흐름 중 α=0.6 이상의 신뢰도에 대하여 총 765개의 흐름을 가지는 기능 흐름 모델을 최종 구성하였다. With explosively growing PPI databases, the computational approach for a prediction and configuration of PPI network has been a big stream in the bioinformatics area. Recent researches gradually consider physicochemical properties of proteins and support high resolution results with integration of experimental results. With regard to current research trend, it is very close future to complete a PPI network configuration of each organism. However, direct applying the PPI network to real field is complicated problem because PPI network is only a set of co-expressive proteins or gene products, and its network link means simple physical binding rather than in-depth knowledge of biological process. In this paper, we suggest a protein functional flow model which is a directed network based on a protein functions’ relation of signaling transduction pathway. The vertex of the suggested model is a molecular function annotated by gene ontology, and the relations among the vertex are considered as edges. Thus, it is easy to trace a specific function’s transition, and it can be a constraint to extract a meaningful sub-path from whole PPI network. To evaluate the model, 11 functional flow models of Homo sapiens were built from KEGG, and Cronbach’s alpha values were measured (alpha=0.67). Among 1023 functional flows, 765 functional flows showed 0.6 or higher alpha values.

무기체계 부품국산화 정보의 온톨로지 구축방안 연구

장우혁(Woo Hyuk Jang) 한국멀티미디어학회 2015 멀티미디어학회논문지 Vol.18 No.7

Sensor Network에서의 개선된 망동기화 알고리즘

장우혁(Woo Hyuk Jang),권영미(Young Mi Kwon) 대한전자공학회 2008 電子工學會論文誌-TC (Telecommunications) Vol.45 No.9

Sensor network에서의 망동기화는 센서 노드들을 하나의 시각에 동기화시킴으로써, 센서 노들들이 수집해서 보내는 센서정보들이 의미있는 정보들이 되도록 돕는 망의 기본적인 요소이다. 센서 노드들이 망동기화 되어 있지 않으면, 센서 노드들이 보내오는 시각정보와 재난 감지 이벤트를 잘못 해석하여, 방향을 오판할 수 있고, 이를 통한 대응은 큰 재난으로 나타날 수도 있다. 배터리의 제약과 컴퓨팅 파워의 제약 등으로 인해 센서 노드에 들어가는 시각동기화 알고리즘은 복잡한 계산을 요구하지 않고, 많은 메시지를 발생시키지 않으면서 정확하게 동기화할 수 있어야 한다. 동기화의 오차를 줄이기 위해서는 동기화 할센서노드와 동기화 정보를 제공하는 참조노드(reference node)와의 홉 수가 적어야 한다. 이를 위해 망 내에 하나의 참조노드만 사용하는 것이 아니라, 여러 개의 참조노드를 사용하게 되는데, 이는 참조노드들 사이의 동기화를 맞추어야 하는 문제를 낳는다. 지금까지 망동기화를 위한 여러 알고리즘들이 제안되어 왔지만, 참조노드들끼리의 동기화 문제가 잘 고려되지 못하였다. 본 논문에서는 다수의 참조노드를 갖는 sensor network에서 센서 노드 자체의 동기 뿐 아니라, 참조노드들의 동기를 향상시켜 전체적인 망동기화를 개선시킬 수 있는 방안을 제시하였고, 이를 시뮬레이션을 통해 확인하였다. Time synchronization of nodes in sensor network synchronizes sensor nodes to one time clock. This is very essential in sensor networks so that the information collected and reported from the sensor nodes becomes meaningful. If sensor nodes are not synchronized, disaster report with time information can be wrong analyzed and this may lead to big calamity. With the limitation of battery and computing power, time synchronization algorithm imported in sensor nodes has to be as simple as it doesn't need big complexity, nor generates many synchronization messages. To reduce the synchronization error, hop count should be kept small between reference node to initiate synchronization and sensor nodes to be synchronized. Therefore, multiple reference nodes are used instead of single reference node. The use of multiple reference nodes introduce the requirement of synchronization among reference nodes in the network. Several algorithms have been proposed till now, but the synchronization among reference nodes are not well considered. This paper proposes improved time synchronization for sensor networks by synchronizing multiple reference nodes inside the network. Through simulation, we validated the effects of new algorithm.

인간 및 초파리 단백질을 대상으로 한 도메인 조합 기반 단백질-단백질 상호작용 예측 기법 검증

장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han),김홍숙(Hong-Soog Kim),이성독(Sung-Doke Lee) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.2

도메인 조합 기반의 단백질-단백질 상호작용 예측 기법(DCPPIP)은 효모 단백질에 대하여 뛰어난 정확도를 보여준다. 그러나 다른 종에서의 예측 정확도 및 기법의 유효성은 아직까지 검증되지 않고 있다. 본 논문에서는, 초파리 및 인간 단백질을 이용한 예측 정확도 검증 및 이종간의 상호작용 예측 실험의 결과를 기술한다. 초파리와 인간 단백질의 실험에서는 각각 10,351개와 2,345개의 상호작용 단백질 쌍이 사용되었다. 초파리와 인간의 상호작용 단백질 쌍 중 80%와 20%를 각각 학습집단 및 실험집단으로 사용하였으며, 상호작용이 없는 단백질 쌍의 학습집단은 1배에서 5배까지 변화시키면서 예측 정확도를 관찰하였다. 정확도는 실험집단중 학습집단과 도메인이 완전히 혹은 부분적으로 겹치는 쌍들에 대하여 계산하였다.이 결과 초파리에서는 약 77%의 민감도와 92%의 특이도가 확인되었고, 인간 단백질에 대하여는 약 96%의 민감도와 95%의 특이도를 보여주었다. 이종간의 상호작용 예측 실험은 효모, 초파리, 효모+초파리에 해당하는 학습집단 각각을 바탕으로 Human, Mouse, H. pylori, E. coli, C. elegans 등의 단백질 상호작용 예측을 수행하였다. 실험 결과 학습집단의 도메인이 실험집단의 도메인과 많이 겹칠 수록 높은 정확도를 보여주었으며, 도메인 집단간의 유사도를 나타내기 위해 고안한 Domain Overlapping Rate(DOR) 는 상호작용 예측 정확도의 중요한 요소임을 찾아내었다.

맞벌이 가정의 형제가 있는 학령기 아동을 대상으로 한 그룹 감각통합 프로그램이 정서와 적응에 미치는 영향

장우혁(Woo-Hyuk Jang),이선화(Sun-Hwa Lee),장아인(Ah-In Jang),한승현(Seung-Hyeon Han),최세림(Se-Lim Choi) 한국디지털콘텐츠학회 2019 한국디지털콘텐츠학회논문지 Vol.20 No.7

단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법 (pp.35-36)

장우혁(Woo-Hyuk Jang),정석훈(Suk-Hoon Jung),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2008 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.35 No.2

전자파 흡수 구조용 니켈이 무전해 도금된 유리섬유/에폭시의 전자기 물성에 고온다습 및 염수분무 환경이 미치는 영향

장민수(Min-Su Jang),최재훈(Jae-Hun Choi),장우혁(Woo-Hyuk Jang),남영우(Youngwoo Nam),김천곤(Chun-Gon Kim) 항공우주시스템공학회 2019 항공우주시스템공학회 학술대회 발표집 Vol.2019 No.11

연관성 규칙을 이용한 보존된 도메인 조합의 추출

정석훈(Suk Hoon Jung),장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2008 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.35 No.2