Purification and Characterization of a Restriction Endonuclease Zan I from Zymomonas anaerobia

선대규,유욱준,Sun, Dae-Kyu,Yoo, Ook-Joon 생화학분자생물학회 1988 한국생화학회지 Vol.21 No.4

Zymomonas anaerobia (NCI B8227)로부터 type II 제한효소인 Zan I 을 순수 정제하여 그 특성에 대해 연구하였다. 정제된 효소를 0.1% SDS 존재하에서 10% polyacrylamide gel 전기영동을 수행한 결과 그 subunit의 분자량은 약 30,000임이 확인되었다. 제한효소 Zan I은 BstN I 및 EcoR II와 같은 인식부위를 가지고 있었으며 괄호속의 염기배열에서 화살표 후 표시한 위치를 절단하였다(5'-$CC{\uparrow}$ (AT)GG-3'). 이 제한효소의 반응을 위한 최적 온도는 $37^{\circ}C$였으며 dcm methylated $CH_3$ DNA (5'-CC(AT)GG-3')도 정상적으로 절단할 수 있다는 특성도 있음이 발견되었다. We described the purification and characterization of a sequence specific restriction endonuclease, Zan I, found from Zymomonas anaerobia (NCI B8227). The purified enzyme is essentially homogeneous and the subunit molecular weight is $30,000{\pm}1,000$ as judged by 10% polyacrylamide gel electrophoresis containing 0.1% SDS. The recognition sequence and the cleavage site (indicated by the arrow) were determined to be 5'-$CC{\uparrow}$ (AT)GG-3', the same sequence of BstN I and EcoR II. Zan I endonuclease is able to cleave dcm-methylated DNA and is maximally active at the temperature of $37^{\circ}C$.

Clostridium thermocellum 으로부터 새로운 제한효소 Cth Ⅱ의 분리

최강덕,유욱준 ( Kang Duk Choi,Ook Joon Yoo ) 생화학분자생물학회 1990 BMB Reports Vol.23 No.3

A new restriction enzyme has been isolated by DEAE-cellulose and Phosphocellulose columns from a thermophilic anaerobic bacterium, Clostridium thermocellum ATCC 27405. Following CthI, the second peak of sequence specific endonuclease activity was eluted from the Phosphocelluse column. The enzyme was designated as CthII. The recognition sequence of CthII was determined to be the dcm sequence, 5`-CC↑ (A/T) GG-3` and the cleavage site was indicated by the arrow. CthII endonuclease requires Mg^(2+) ion for its activity and is maximally active at a pH range from 8.0 to 9.0. CthII endonuclease is heat stable and has an optimum reaction temperature of 55℃. Like BstNI and ZanI this enzyme was able to cleave dcm-methylated DNA.

Clostridium thermocellum으로부터 새로운 제한효소 CthII의 분리

최강덕,유욱준,Choi, Kang-Duk,Yoo, Ook-Joon Korean Society for Biochemistry and Molecular Biol 1990 한국생화학회지 Vol.23 No.3

Clostridium thermocellum(ATCC 27405) 2g(wet weight)으로부터 새로운 type II 제한효소인 CthII를 분리하여, 그 효소의 생화학적 특성을 연구하였다. CthII는 DEAE-Cellulose와 Phosphocellulose chromatography를 통하여 분리하였다. 두번째 column인 Phosphocellulose column을 통해 나온 fraction들 중 이미 발견된 CthI peak보다 나중의 fraction들에서 이 효소가 발견되었다. CthII는 5'-CC${\uparrow}$ (A/T) GG-3'를 인식하며 화살표로 표시한 위치를 절단하는 효소임이 밝혀졌다. 이 효소의 반응을 위한 최적온도는 $55^{\circ}C$였으며, $Mg^{2+}$ 존재하에 pH 8과 pH 9 사이에서 최대활성을 보여주었다. 또한 이 효소는 NaCI이 없는 상태에서 정상적인 효소 활성을 보여주었고, NaCl 농도가 100 mM 이상일 때는 그 효소 활성이 감소됨을 관찰하였다. CthII는 BstNI과 ZanI과 같이 dcm-methylated DNA(5'-$C^{me}C$(A/T)GG-3')도 정상적으로 절단할 수 있는 특성도 있음이 발견되었다. A new restriction enzyme has been isolated by DEAE-cellulose and Phosphocellulose columns from a thermophilic anaerobic bacterium, Clostridium thermocellum ATCC 27405. Following CthI, the second peak of sequence specific endonuclease activity was eluted from the Phosphocelluse column. The enzyme was designated as CthII. The recognition sequence of CthII was determined to be the dcm sequence, 5'-CC${\uparrow}$ (A/T) GG-3' and the cleavage site was indicated by the arrow. CthII endonuclease requires $Mg^{2+}$ ion for its activity and is maximally active at a pH range from 8.0 to 9.0. CthII endonuclease is heat stable and has an optimum reaction temperature of $55^{\circ}C$. Like BstNI and ZanI this enzyme was able to cleave dcm-methylated DNA.

Zymomonas anaerobia 로부터 제한효소 Zan I 의 정제 및 촉매적 특성에 관한 연구

선대규,유욱준 ( Dae Kyu Sun,OOk Joon Yoo ) 생화학분자생물학회 1988 BMB Reports Vol.21 No.4

We described the purification and characterization of a sequence specific restriction endonuclease, Zan I, found from Zymomonas anaerobia (NCI B8227). The purified enzyme is essentially homogeneous and the subunit molecular weight is 30,000 ± 1,000 as judged by 10% polyacrylamide gel electrophoresis containing 0.1% SDS. The recognition sequence and the cleavage site (indicated by the arrow) were determined to be 5`-CCl (AT) GG-3`, the same sequence of BstN I and EcoR II. Zan I endonuclease is able to cleave dcm-methylated DNA and is maximally active at the temperature of 37℃.

Expression of Porcine Gastrin Gene in Mammalian Cells

원현주,박양숙,유욱준,노현모,Won, Hyune-Joo,Park, Yang-Suk,Yoo, Ook-Joon,Rho, Hyune-Mo Korean Society for Biochemistry and Molecular Biol 1991 한국생화학회지 Vol.24 No.1

펩타이드 호르몬의 하나로 알려진 가스트린은 위액 분비 촉진과 위점막 발달에 있어서 중요한 조절작용을 하는 것으로 알려져 왔다. 본 실험에서는 돼지의 가스트린 cDNA를 SV40 바이러스의 late promoter를 이용하여 원숭이 신장 세포에서 발현 가능토록 하기 위해서, SV40 late promoter를 갖는 유전자 운반체에 돼지의 가스트린 cDNA를 클로닝하여 COS-7 세포에 형질 전환 시켰으며, 형질 전환한지 3일(72시간) 후에 세포액과 배양액 각각에서 가스트린의 발현유무와 그 정도를 방사면역측정법으로 조사하였다. 가스트린은 COS-7 세포에서 발현되었으며, 대부분의 가스트린은 분비된 상태로 배양액에서 발견되었다. Gastrin, a polypeptide hormone produced in the gastrointestinal tract, regulates the secretion of gastric acid and stimulates the growth of the gastrointestinal mucosa. The porcine gastrin gene was cloned into the mammalian expression vector containing SV40 late promoter and transfected into COS-7 cells by calcium phosphate precipitation method. The presence of gastrin was measured by competitive radioimmunoassay in both cell extracts and culture media. Gastrin was predominantely detected in culture medium.

Bacillus sphaericus 1894 로 부터 새로운 제한효소 Bsp 1894Ⅰ의 분리 및 효소적 특성

류춘제,이청호,유욱준 ( Chun Jehi Ryu,Chung Ho Lee,Ook Joon Yoo ) 생화학분자생물학회 1989 BMB Reports Vol.22 No.4

A new restriction endonuclease, Bspl894I, has been isolated from Bacillus sphaericus 1894 (KCTC 1188), and its catalytic properties have been studied. This enzyme recognizes the DNA sequence 5`-G↓GNCC-3` and cleaves at the site as indicated by the arrow. Bsp1894I is an isoschizomer of AsuI, Sau96I, and Cfr13I. It shows maximum activity at a pH range between 6 and 7 in the presence of 10 MM MgCl₂. The optimum reaction temperature for Bsp1894I is 42℃. Unlike its isoschizomers, Bsp1894I does not require NaCl for optimum activity.

개 gastrin 유전자의 클로닝과 exon - intron 의 제도

조혜련,강신애,유욱준,강창원 ( He Len Cho,Sin Ae Kang,Ook Joon Yoo,Chang Won Kang ) 생화학분자생물학회 1990 BMB Reports Vol.23 No.1

The canine gastin gene was isolated from a genomic library. Screening of about 500,000 recombinant phages was carried out by in situ plaque hybridization employing a canine gastrin cDNA clone as a probe. As a result two different genomic clones were obtained. These contain 13-kb and 15-kb genomic DNA fragments that share at least 11-kb DNA. Comparison of the determined genomic sequences with the cDNA sequence revealed the structure of three exons and two introns, which comprise 2.3 kb in total. It resembles the human gastrin gene structure. However, the canine intron I is only 1.7 kb long, about half the size of the human intron I.

A New Restriction Endonuclease, Bsp1894I, from Bacillus sphaericus 1894

류춘제,이청호,유욱준,Ryu, Chun-Jehi,Lee, Chung-Ho,Yoo, Ook-Joon 생화학분자생물학회 1989 한국생화학회지 Vol.22 No.4

새로운 제한효소 Bsp1894I을 Bacillus sphaericus 1894(KTCC 1188)로부터 분리하여 그 특성에 대해 연구하였다. Bsp18941은 5'-G${\downarrow}$GNCC-3'를 인식하고 화살표 부위를 절단하며 AsuI, Sau96I, Cfr13I 등과 isoschizomer임을 밝혔다. 또 이 효소는 10 mM $MgCl_2$ 존재하에서 pH 6과 pH 7에서 최대 활성을 보이며 최적온도는 $42^{\circ}C$이고, 위 isoschizomer 들과는 달리 NaCl이 없는 상태에서 정상적인 효소활성을 보여주었다. A new restriction endonuclease, Bsp1894I, has been isolated from Bacillus sphaericus 1894 (KCTC 1188), and its catalytic properties have been studied. This enzyme recognizes the DNA sequence5'-G${\downarrow}$GNCC-3' and cleaves at the site as indicated by the arrow. Bsp1894I is an isoschizomer of AsuI, Sau96I, and Cfr13I. It shows maximum activity at a pH range between 6 and 7 in the presence of 10 MM $MgCl_2$. The optimum reaction temperature for Bsp1894I is $42^{\circ}C$. Unlike its isoschizomers, Bsp1894I does not require NaCl for optimum activity.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A1 (Human Surfactant Protein-A1) 유전자 대립형질의 분포와 빈도

이경신,김영희,석정수,고정호,유욱준,이인규,오명호,배종우,Lee, Kyung Shin,Kim, Young Hee,Suk, Jung Su,Ko, Jung Ho,Yoo, Ook Joon,Lee, In Kyu,Oh, Myung Ho,Bae, Chong Woo 대한소아청소년과학회 2002 Clinical and Experimental Pediatrics (CEP) Vol.45 No.12

목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A1의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법: 2002년 1월부터 2002년 4월까지 순천향대학교 천안병원, 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 100명을 대상으로 하여, SP-A1 유전자의 대립 형질을 위해 시발체(primer) 765/787, 767/768, 788/21를 이용하여 증폭 시킨 후 19, 50, 62, 133, 219 위치의 nucleotide를 알아보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여 (PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동 하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기 서열의 차이에 의하여, 6A, $6A^2$, $6A^3$, $6A^4$, $6A^8$, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{14}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$ 등의 16개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A1 중 $6A^3$ 45%, $6A^2$ 21%의 분포를 보였고, $6A^4$, $6A^8$, $6A^{14}$도 1% 이상의 분포를 보였다. 이외에도 6A, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$의 대립형질이 6%의 분포를 보였으며, SP-A1의 Genotype은 $6A^26A^3$, $6A^36A^4$, $6A^36A^3$, $6A^26A^4$ 등이 88% 이상의 빈도를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $6A^3$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 그러나 우리나라에 많은 빈도를 보이는 $6A^3$는 다른 대립형질에 비해 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보여 숙주 반응에 중요하게 작용하는 SP-A의 혈청 내 농도가 적을 것으로 추측되어, 감염에 노출 될 위험이 많으므로 우리나라에서는 스테로이드 치료에 있어서 많은 연구가 있어야겠다. Purpose : We evaluated allele frequencies and distribution of surfactant protein A1(SP-A1) in Korean neonates in order to estimate prevalence of RDS to find out new SP-A alleles, and to establish new steroid therapy. Methods : Genomic DNA was extracted from 100 neonates and served as a template in PCR for genotype analysis. SP-A gene-specific amplications and gene-specific allele determinations were performed using PCR-RFLP methods. Results : The distribution for the alleles of the SP-A1 gene in the study population were 6A, $6A^2$, $6A^3$, $6A^4$, $6A^8$, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{14}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$. The specific frequencies for the alleles of the SP-A1 gene in the study population were : $6A^2=21%$, $6A^3=45%$, $6A^4=11%$, $6A^8=9%$, $6A^{14}=8%$. Conclusion : The frequency of $6A^3$ was higher than the other SP-A1 alleles in Korean neonates. This finding suggests that the prevalence of RDS in Korea may be low compared with other countries. However, this finding also suggests that Korean neonates have a high risk of infection.

Isolation and Sequence Analysis of a Gene Encoding Human Serine tRNA

홍효정,최은화,유승현,유욱준,Hong, Hyo-Jeong,Choi, Eun-Hwa,Yoo, Seung-Hyun,Yoo, Ook-Joon Korean Society for Biochemistry and Molecular Biol 1987 한국생화학회지 Vol.20 No.2

사랑의 유전자 library로 부터 serine tRNA 유전자를 갖는 서로 다른 5개의 $\lambda$-phage 클론들을 분리하였다. 그 중 한개의 클론 ($\lambda$ St 1B)을 선택하여 유전자의 염기배열을 분석하였다. 이 클론은 그 insert내에 1.1 kb Eco RI 절편을 갖고 있었으며, 이 절편에 tRNA 유전자가 포함되어 있음을 southern blot hybridization과 dot blot hybridization에 의하여 알았다. 이 절편의 염기배열을 결정한 결과, 여기에 포함되어 있는 serine tRNA 유전자는 82개의 nucleotide들로 구성되어 있었고, anticodon 서열은 5'-AGA-3' 이었으며, intervening sequence는 갖고 있지 않았음을 알게되었다. 또한 유전자 내에는 promoter로 작용하는 두 군데의 보존된 염기배열들을 갖고 있었으며, 3' 인접부위에서는 RNA polymerase III에 의한 전사의 종결부위 (TTTTT)가 발견되였다. 한편, 이 유전자는 쥐의 간세포로 부터 분리한 serine $tRNA_{IGA}$와 그 염기배열이 같았고, 이미 보고된 한 개의 사람 serine $tRNA_{UGA}$유전자와는 anticodon의 5' 말단염기만이 달랐다. 이 결과는 포유동물의 serine tRNA 유전자들의 염기배열이 진화적으로 잘 보전되어 있음을 암시한다. Five different $\lambda$-phage clones which carry human serine tRNA genes were isolated from a human gene library. One of the clones ($\lambda$ St 1B) was selected for sequence analysis. Among the Eco RI digests of the phage DNA, a 1.1 kb fragment was shown to carry a tRNA gene by southern blot and dot blot hybridizations. Nucleotide sequence analysis of the fragment revealed the presence of a 82 bp serine $tRNA_{AGA}$ gene. The tRNA gene does not have intervening sequences nor does it encode the 3'-terminal CCA sequence found in mature tRNAs. As in other eucaryotic tRNA genes, the structural gene contains a characteristic internal split promoter sequence, and he 3'-flanking region as a typical RNA polymerase III termination site of five consecutive T residues. The sequence of this gene is homologous to that of a rat liver serine $tRNA_{IGA}$. In addition, it differs only in one position at 5' terminal nucleotide of anticodon from a previously sequenced human serine tRNA gene. This suggests that mammalian serine tRNA genes are highly conserved.