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- 저자 : 노경태 ( Kyoung Tai No ) (검색결과 17 건)
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Theoretical Study of Hydration of Zeolite NaA
노경태,전무식,Kyoung Tai No,Mu Shik Jhon Korean Chemical Society 1979 대한화학회지 Vol.23 No.6
Zeolite NaA의 ${\alpha}$ cage에 있어서의 수화에너지와 그 위치를 결정하였다. Na(1)과 Na(2)사이의 site selectivity를 에너지 계산으로부터 결정하였는데 Na(1)이 Na(2)보다 선택성이 있는 것을 알 수 있었다. ${\alpha}$-Cage에 수화된 물들은 일그러진 정 12면체를 형성함을 알 수 있었다. Water(1), Water(2), Water(3)의 평균수화에너지는 각각 -29.847, -25.344, -15.888kcal/mole이다. 이 에너지 계산으로부터 얻어진 수화된 물들의 산소원자의 위치는 X선값과 잘 일치함을 보여준다. 또 수화된 정도에 따른 수화에너지의 그래프를 얻었다. 이 결과는 실험으로부터 얻어진 differential heat of sorption curve와 잘 일치함을 보여준다. ${\alpha}$ Cage 속에서의 유전상수는 3.5가 적합함을 알 수 있었다. Hydration scheme and hydration energy are determined in ${\alpha}$ cage of zeolite NaA. The selectivity between Na(1) and Na(2) is determined from energy calculation. The waters in ${\alpha}$ cage form a distorted dodecahedral cage. The average binding energies of water(1), water(2) and water(3) are -29.847, -25.344 and -15.888 kcal/mole respectively. The positions of oxygens of hydrated waters are in good agreement with the X-ray data. The heat of immersion curve is also obtained. This result is in good agreement with the differential heat of sorption curve obtained from differential thermal analysis. It is concluded that theoretical method provides considerable uses in the determination and understanding of the hydration and interaction energy of zeolites sorbate binding.
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Lattice Vibrational Calculation of Orthorhombic Hydrogne Chloride
노경태,전무식,No Kyoung Tai,Jaon Mu Shik Korean Chemical Society 1985 Bulletin of the Korean Chemical Society Vol.6 No.4
The lattice vibrational calculation of orthorhombic hydrogen chloride is performed using physically realistic potential function which can reproduce the X-ray structure and heat of sublimation of the low temperature phase. The polar coordinates representation is introduced in order to describe the intermolecular interactions in a molecular crystal. The splitting in internal modes is calculated as 49 $cm^{-1}$ and the other modes are in good agreement with experimental results.
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SVM 방법을 이용한 hERG 이온 채널 저해제 예측모델 개발
강신문,김한조,오원석,김선영,노경태,남기엽,Gang, Sin-Moon,Kim, Han-Jo,Oh, Won-Seok,Kim, Sun-Young,No, Kyoung-Tai,Nam, Ky-Youb 대한화학회 2009 대한화학회지 Vol.53 No.6
흡수, 분포, 대사, 배설 특성 및 독성을 예측하기 위한 효과적인 툴을 개발하는 것은 신약개발의 초기단계에서 NCE(new chemical entity)에 대한 가장 중요한 업무 중의 하나이다. 최근에 이런 시도중의 하나로서 ADME/T(absorption, distribution, metabolism, excretion, toxicity)관련 성질들의 예측에 support vector machine(SVM)을 이용하고 있다. 그리고 SVM은 ADME/T 성질들을 정확하게 예측하는데 많이 사용 되고 있다. 그러나 SVM 모델링에 두 가지 문제가 있다. 특성 선택(feature selection) 과 매개변수 설정(parameter setting)은 여전히 해결해야 할 과제이다. 이 두 가지 문제들은 SVM 분류의 효율성과 정확도에 결정적인 영향을 끼친다. 특히 특성 선택과 최적화된 SVM 변수의 설정은 서로 영향을 주기 때문에 동시에 다루어져야 한다. 여기서 우리는 genetic algorithm(GA) ? 특성 선택에 사용 ? 과 grid search(GS) method? 변수최적화에 사용 ? 두 가지를 통합하는 효과적인 해결책을 제시하였다. ADME/T관련 성질 중 하나인 심장부정맥을 야기시키는 hERG 이온채널 저해제 분류 모델이 여기서 제안된 GA-GS-SVM을 위해 할당되고 테스트 되었다. 1891개의 화합물을 가지는 트레이닝 셋으로 단일 모델 3개, 앙상블 모델 3개, 총 6개의 모델을 만들었고 175개의 외부 데이터를 테스트 셋으로 사용하여 검증하였다. 데이터의 불균형 문제를 해결하기 위하여 GA-GS-SVM 단일 모델에 의한 예측 정확도와 GA-GS-SVM 앙상블 모델 예측 정확도를 비교하였으며, 앙상블모델을 사용하여 예측의 정확도를 높일 수 있었다. Developing effective tools for predicting absorption, distribution, metabolism, excretion properties and toxicity (ADME/T) of new chemical entities in the early stage of drug design is one of the most important tasks in drug discovery and development today. As one of these attempts, support vector machines (SVM) has recently been exploited for the prediction of ADME/T related properties. However, two problems in SVM modeling, i.e. feature selection and parameters setting, are still far from solved. The two problems have been shown to be crucial to the efficiency and accuracy of SVM classification. In particular, the feature selection and optimal SVM parameters setting influence each other, which indicates that they should be dealt with simultaneously. In this account, we present an integrated practical solution, in which genetic-based algorithm (GA) is used for feature selection and grid search (GS) method for parameters optimization. hERG ion-channel inhibitor classification models of ADME/T related properties has been built for assessing and testing the proposed GA-GS-SVM. We generated 6 different models that are 3 different single models and 3 different ensemble models using training set - 1891 compounds and validated with external test set - 175 compounds. We compared single model with ensemble model to solve data imbalance problems. It was able to improve accuracy of prediction to use ensemble model.
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그리드 환경을 위한 정형화된 웹 기반 데이터 검색 시스템
이상근,황석찬,최재영,노경태,Lee, Sang-keon,Hwang, Seog-chan,Choi, Jae-young,No, Kyoung-Tai 한국정보처리학회 2004 정보처리학회논문지 A Vol.11 No.1
데이터베이스에 저장되어 있는 데이터를 그리드 시스템에서 사용하기 위해서는 먼저 시스템에 필요한 데이터를 수집하여 데이터베이스나 파일 시스템에 저장한 후, 데이터베이스의 데이터 및 그 인덱스를 관리하는 전용의 모듈을 별도로 구현하고, 그리드 시스템에 연동시켜야 한다. 웹 기반의 데이터 검색 시스템을 구현하여 데이터베이스에 있는 데이터들을 그리드 시스템에서 바로 사용할 수 있다면, 전용의 데이터 모듈 없이 그리드 시스템에서 바로 데이터를 처리할 수 있으므로, 보다 효율적이고 사용하기 쉬우며, 데이터베이스의 변경에 유연하게 대처한 수 있을 것이다. 본 논문에서는 웹 기반 데이터베이스의 데이터를 바로 그리드 시스템과 연계시켜 사용한 수 있는 검색 시스템을 제안한다. 이 검색 시스템을 이용하여 버추얼 스크리닝 작업을 수행하는 바이오 그리드 시스템에 적용하여 UB Grid (Universal Bio Grid)를 구축하였다. 개발자는 웹에서 제공되는 데이터론 그리드 시스템에 통합시키기 위한 시간과 노력을 줄일 수 있었으며, 사용자는 보다 쉽게 효율적으로 UB Grid 시스템을 사용한 수 있었다. To interact database data with GRID system, implementation and installation of data manipulation module which manipulates database data and its index is required. Developing a search system searching data on web-based database, and integrating it with grid system, it is possible that searching data on web and use it directly on GRID system without independent data module. So, we can build easy and effective grid system, and the system could have more flexible architecture adapting data change. In this paper, we propose a searching system which interacting web-based database with GRID systems. We integrated the searching system with a bio god system which runs virtual screening jobs. As a result, UB Grid (Universal Bio Grid) is constructed. Developer could reduce time and effort required to integrate web data to GRID system, and user could use UB Grid system easily and effectively.
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최종선(Jongsun Choi),이상근(Sangkeon Lee),임재훈(Jaehoon Lim),최재영(Jaeyoung Choi),노경태(Kyoung Tai No),황석찬(Seogchan Hwang),이지수(Jysoo Lee) 한국정보과학회 2003 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.9 No.1
오늘날 사람들의 많은 관심을 끌고 있는 생명 공학 분야에서, 가상 검색은 컴퓨터에서 가상적으로 시뮬레이션을 수행함으로서 특정 질병에 관여하는 물질을 보다 빠르게 추출하여 신약을 설계하는 방법이다. 본 논문에서는 지역적으로 분산된 유휴 또는 전략적 자원을 이용하여 가상 검색을 효과적으로 수행할 수 있는 분산 시스템인 DVSF(Distributed Virtual Screening Facilities)를 소개한다. DVSF는 중소규모의 실험실이 가지고 있는 유휴 자원을 이용하여 최소한의 비용으로 효과적인 신약 개발을 위한 환경을 구성할 수 있도록 개발되었다. As one of a new generation of industries, biotechnology is currently spotlighted, and is creating new research and industrial areas that can be readily combined with information technology. Among them, virtual screening is a method for new drug design which uses computer simulation to virtually design active drug candidates for special disease. In this paper, we present a distributed system for virtual screening, called DVSF(Distributed Virtual Screening Facilities). DVSF is designed and developed to perform virtual screening efficiently on logically distributed idle or strategic resources in a small or medium scale laboratory.
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