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최문호,강승호,임형석,Choi, Mun-Ho,Kang, Seung-Ho,Lim, Hyeong-Seok 한국정보통신학회 2013 한국정보통신학회논문지 Vol.17 No.7
인간의 한쪽 염색체상에 나타나는 SNP의 서열인 일배체형을 식별해내면 효과적인 유전질병 연관검사를 할 수 있다. 일배체형 추론문제란 특정 집단의 유전자형 집합으로부터 집단에 속한 각 개체의 유전자형을 설명할 수 있는 일배체형 집합을 도출해내는 것을 말한다. 본 논문에서는 검약기반 일배체형 추론 문제에 대해 최종 결과에 기여하지 않는 일배체형 집합을 후보군에서 제외함으로써 일배체형 추론과정에서 탐색해야 할 후보 일배체형의 개수를 줄이는 사전처리 알고리즘을 제시한다. 제시된 알고리즘은 기존의 사전처리 알고리즘에 비해 매우 빠르게 수행되며, 제시된 사전처리 알고리즘의 결과를 적용한 일배체형 추론은 대다수의 경우에 최적해를 산출하고, 최적해를 산출하지 않는 경우에도 최적해의 일배체형 개수와 크게 차이나지 않음을 실험을 통해서 보인다. The identification of haplotypes, which encode SNPs in a single chromosome, makes it possible to perform a haplotype-based association test with diseases. Given a set of genotypes from a population, the process of recovering the haplotypes that explain the genotypes is called haplotype inference. We propose a new preprocessing algorithm for the haplotype inference by pure parsimony (HIPP). The proposed algorithm excludes a large amount of redundant candidate haplotypes by detecting some groups of haplotypes that are dispensable for optimal solutions. For the well-known synthetic and biological data, the experimental results of our method show that our method run much faster than other preprocessing methods. After applying our preprocessing results, the numbers of haplotypes of HIPP solvers are equal to or slightly larger than that of optimal solutions.
개선된 분기한정 알고리즘을 이용한 인간 유전체의 일배체형 조합문제 해결
최문호 ( Mun Ho Choi ),강승호 ( Seung Ho Kang ),임형석 ( Hyeong Seok Lim ) 한국정보처리학회 2013 정보처리학회논문지. 소프트웨어 및 데이터 공학 Vol.2 No.10
The identification of haplotypes, which encode SNPs in a single chromosome, makes it possible to perform haplotype-based association tests with diseases. Minimum Error Correction model, one of models to computationally assemble a pair of haplotypes for a given organism from Single Nucleotide Polymorphism fragments, has been known to be NP-hard even for gapless cases. In the previous work, an improved branch and bound algorithm was suggested and showed that it is more efficient than naive branch and bound algorithm by performing experiments for Apis mellifera (honeybee) data set. In this paper, to show the extensibility of the algorithm to other organisms we apply the improved branch and bound algorithm to the human data set and confirm the efficiency of the algorithm.
DNA칩의 Probe 선정을 위한 빠른 전처리 알고리즘
강승호(Seung-Ho Kang),최문호(Mun-Ho Choi),정인선(In-Seon Jeong),임형석(Hyeong-Seok Lim) 한국정보과학회 2006 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.33 No.2A
DNA칩의 성능은 칩을 구성하는 probe에 의해 결정된다. 좋은 probe는 homogeneity, sensitivity, specificity와 같은 속성을 갖추어야 한다. 이중 specificity는 probe의 특정 유전자에 대한 선별적 결합 능력을 나타내는 것으로 이를 계산하는데 가장 많은 시간이 요구된다. 본 논문은 유전자의 개별 후보 probe들에 대한 선정 작업을 실행하기 전에 q-gram을 이용하여 비교가 필요한 유전자들만을 전체 유전자의 길이가 n인 경우 O( ¼<SUP>q</SUP> n²)의 시간에 선별하는 전처리 알고리즘을 제안한다. 그리고 제안한 알고리즘을 사용함으로써 기존 방법들보다 빠른 probe 선정이 가능함을 실제 데이터를 사용하여 보인다
신뢰도를 가진 SNP 단편들과 유전자형으로부터 일배체형 조합
강승호(Seung-Ho Kang),정인선(In-Seon Jeong),최문호(Mun-Ho Choi),임형석(Hyeong-Seok Lim) 한국정보과학회 2008 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.35 No.11·12
Minimum Letter Flips(MLF) 모델과 Weighted Minimum Letter Flips(WMLF) 모델은 일배체형 조합문제(haplotype assembly problem)를 해결하기 위한 모델들이다. 그러나 MLF 모델이나 WMLF 모델은 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 단편들에 손실과 오류가 적은 경우에만 효과적이다. 본 논문은 WMLF모델의 개선을 목적으로 유전자형 정보를 추가한 WMLF/GI 모델과 문제를 제시한다. 새로 제시한 문제가 NP-hard임을 증명하고, 정확성이 높고 효율적인 문제 해결을 위해 유전자 알고리즘을 설계한다. 실험 결과를 통해 새로운 모델이 기존의 모델들에 비해 SNP 단편들에 손실과 오류가 많은 경우에도 높은 정확성을 가짐과 유전자형 정보가 유전자 알고리즘의 수렴속도를 크게 개선함을 보인다. The Minimum Letter Flips (MLF) model and the Weighted Minimum Letter Flips (WMLF) model are for solving the haplotype assembly problem. But these two models are effective only when the error rate in SNP fragments is low. In this paper, we first establish a new computational model that employs the related genotype information as an improvement of the WMLF model and show its NP-hardness, and then propose an efficient genetic algorithm to solve the haplotype assembly problem. The results of experiments on random data set and a real data set indicate that the introduction of genotype information to the WMLF model is quite effective in improving the reconstruction rate especially when the error rate in SNP fragments is high. And the results also show that genotype information increases the convergence speed of the genetic algorithm.
추건이,최문호 仁荷大學校 스포츠科學硏究所 1999 論文集 Vol.11 No.-
This study divided the actual conditions of teaching management for physical education into five fields; 1) the pursuit for the goals of physical education, 2) teachers' leadership behavior, 3) process, method, and skill of physical education, 4) learners' activities, 5) safe and sanity environment. And I randomly sampled 245 physical education teachers working in the middle and high schools in Inchon to investigate the realities of teaching management according to their demographic variations. I translated and used Bucher's questionnaire "the evaluating standards of physical education teachers' teaching program". The questionnaire were composed with 10 questions on each level, totally 50, which classified the physical education in the middle and high schools into five levels. The surveyed items were processed by SPSSX program and the conclusions are as below. 1. The safe and hygiene environment in the level of the realities of teaching management was the most insufficient in the middle and high schools.(66.87percents) 2. There were no differences among sex, career, academic background in the level of the realities of teaching management. 3. The physical education teachers in the high schools showed lowlier than in the middle schools in the all five levels.(less than 70 percents)