Protein-Protein Interaction 에 세포 내 위치 정보를 활용한 단백질 신호전달 경로 추출 알고리즘 연구

조미경(Mi-Kyung Jo),김민경(Min-Kyung Kim),박현석(Hyun-Seok Park) 한국컴퓨터정보학회 2009 한국컴퓨터정보학회 학술발표논문집 Vol.16 No.2

단백질과 단백질의 상호작용은 최근 각광받고 있는 분야이다. 효모를 이용해 two-hybrid system의 실험으로 밝혀진 약 5,000여 개의 이스트 단백질의 위치정보를 이용하여 가중치를 부여고 단백질 신호 전달 경로 추출을 위한 LSPF 알고리즘을 최초로 제안 하였다. 세포 내 단백질 위치정보를 기반으로 제안한 LSPF 알고리즘에 의해 산출된 결과 중 의미적 상관도가 높은 것을 채택한 후 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 같은 신호전달 경로를 추출하는지 비교분석 하였다. 최초로 제안된 단백질 위치정보를 이용한 신호전달 경로 찾기 연구가 발전되면 다양한 유전적 질병의 원인을 파악할 수 있고 치료제 개발에 단서를 얻을 수 있는 초석이 될 수 있다. Intracellular signal transduction is achieved by protein-protein interaction. In this paper, we suggest performance algorithm based on Yeast protein-protein interaction and protein location information. We compare if pathways predicted with high valued weights indicate similar tendency with pathways provided in KEGG.

MAPK Hypotonic Shock의 Signaling Pathway에 대한 시뮬레이션

조미경(Mi-Kyung Jo),서정만(Jeong-Man Seo),박현석(Hyun-Seok Park) 한국컴퓨터정보학회 2009 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.14 No.5

Yeast를 이용하여 Two-Hybrid System 실험을 통해 밝혀진 단백질 상호작용 데이터에 단백질 위치 정보를 이용하여 가중치를 부여하고 단백질 신호 전달 경로를 추출하였다. 그 결과 중 MAPK Hypotonic Shock 기능의 데이터를 가지고 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 비교하여 어느 정도 일치하는지의 유사도를 측정하고 시뮬레이션 하였다. 이때 프로세스 실행 시간도 측정하여 제시하였다. 향후 연구를 발전시키면 다양한 유전적 질병의 원인과 치료제 개발의 단서를 제공할 수 도 있으며 더 나아가 신약 개발을 할 수 있다. We extracted protein signal delivery path from protein interaction data, using location information and weight of protein. We obtained the protein interaction data by experimenting in two-hybrid system using Yeast. We simulated function's data of Hypotonic Shock comparing to signal delivery path provided in KEGG from the results. We measured process running period as well. In future, this research can be key to discover the origin of various genetic diseases and develop treatment.

S. cerevisiae 단백질간 상호작용과 세포 내 위치 정보를 활용한 MAP Kinase 신호전달경로추출 및 예측을 위한 고성능 알고리즘 연구

조미경(Mi-Kyung Jo),김민경(Min-Kyung Kim),박현석(Hyun-Seok Park) 한국컴퓨터정보학회 2009 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.14 No.3

세포 내에서 일어나는 단백질 신호 전달 과정은 단백질간의 상호작용을 통해 수행되고 조절된다. Yeast 상호작용 정보와 녹색형광단백질(GFP)을 이용하여 밝혀진 약 5,000여 개의 Yeast 단백질 위치정보를 이용하여 가중치를 부여하고 신호 전달경로 추출 및 예측을 위한 고성능 LocSPF 알고리즘을 최초로 제안하였다. 가중치 알고리즘에 의해 산출된 결과 중 의미 상관도가 높은 것을 채택한 후 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 같은 신호전달 경로를 추출하는지 유사도 비교를 하였다. 한편 더 나아가 아직 실험을 통해 밝혀지지 않은 단백질 신호전달 경로를 예측하여 결과를 제시함으로써 본 연구를 통해서 알려지지 않은 새로운 신호전달 경로를 발견하거나 이전 경로에 참여하지 않은 단백질들을 발견할 수 있는 가능성을 제시 하였다. Intracellular signal transduction is achieved by protein-protein interaction. In this paper, we suggest high performance algorithm based on Yeast protein-protein interaction and protein location information. We compare if pathways predicted with high valued weights indicate similar tendency with pathways provided in KEGG. Furthermore, we suggest extracted results, which can imply a discovery of new signaling pathways that is yet proven through experiments. This will be a good basis for research to discover new protein signaling pathways and unknown functions of established proteins.

설계과목 프로그래밍 수업을 중심으로 루브릭 시스템 정착을 위한 연구

조미경(Mi-Kyung Jo),박현석(Hyun-Seok Park) 한국컴퓨터정보학회 2009 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.14 No.11

기간 및 환경에 통제를 받는 수동적인 초중등교육과정을 마치고 자율과 책임이 수반되는 대학교육으로 전환은 매우 혼란스러울 수밖에 없다. 이때 대학교육은 정형화된 교과과정의 주입식 반복 교육에서 벗어나 적성의 적합성과 창의적이고 주도적인 학습을 전개할 수 있도록 교육시스템 제반이 구축되어 있어야 한다. 예로 공과대학 프로그래밍 교과는 가르치는 교수의 교육방식에 따라 학습자들의 교육성과는 매우 밀접한 상관관계를 갖게 된다. 과거 이론위주의 수업방식에서 실습 중심으로의 교육전환은 좋은 성과를 거둘 수 있다. 또한 창의적이고 자기주도적 학습을 활발하게 계발할 수 있도록 인지 중심의 교수주체평가제에서 수행중심 평가제 도입의 필요성이 대두됨에 따라 이를 위해 루브릭(Rublic) 시스템을 적용하였다. 평가항목 및 평가기준 그리고 평가점수 등의 평가지침이 공개된 상태에서 모든 학습자 또는 다수로 구성된 교수평가를 피드백 하는 방식이다. 시스템적용 후 학습자의 학업성취도(GPA: Grade Point Average)가 향상되었는지 공인된 설문을 통해 알아보고 향상되었다면 시스템 정착을 위해 앞으로 어떠한 노력이 필요한지를 살펴보았다. It is inevitable for college students to be confused when they first face university education, which requires them to be self-reliant and responsible, after finishing their course of education, which is passive under control of period and environment, in primary, middle, and high schools. Introduction to college courses, which require students to be subjective and responsible, to be taken after chronically and environmentally controlled primary and secondary education, are but confusing. In this stage, college education should provide ground for educational system so that students can escape from repetitively enforced way of studying of fixed curriculums and study creatively and subjectively while befitting each individual's aptitude. For instance, in programming classes in engineering school, students scholastic achievements are closely interrelated with the professor's educational principles. A change in method of education, from one previously focused on theoretical contents to one centered on practices and experiments, can reap good results. Also, as the need arose for introduction of practice-focused evaluation system, from recognition-centered professor evaluating system to enablement of actively developing creative and self-reliant way of learning, we applied the Rublic System. It is a feedback system that all or most students become the evaluators, of which the indicators of evaluation such as category, standard, and score are public. We have looked into whether or not there has been an improvement in GPAs of students, and if there exists an improvement then what efforts should be made to solidify the system.

비체중 및 체용적지수와 피부두겹 두께로 산출한 체지방율과의 비교 관찰 - 30 및 40 대 성인 남녀를 대상으로 -

박희명(Hi Myung Park),원경화(Kyung Hwa Won),김종석(Jong Suk Kim),김성국(Sung Kook Kim),조미경(Mi Kyung Jo),김항재(Hang Jae Kim),김보완(Bo Wan Kim) 대한내과학회 1991 대한내과학회지 Vol.40 No.4

To evaluate the validity of relative body weight (RBW), body mass index (BMI), and percentage of body fat (%BF) estimated by skinfold-thickness in assessing obesity, comparison of prevalence of overweight assessed by each of these indices was made in 177 men and 148 women aged from 30 to 49 years. The correlation of %BF with RBW and BMI was also studied. The prevalence of overweight assessed by %BF was some- what higher in women and lower in men than those by RBW or BMI. The correlation of %BF with RBW and BMI, as a whole, was significantly high in both sexes with the correlation coefficients of approximately 0.7, reconfirming that these indices are clinically useful. Nonetheless, the correlation of %BF with RBW and BMI was unexpectedly low in those with % BF of more than 20 in men and less than 25 in women. This suggests that both RBW and BMI may be inadequate indices in the assessmant of overweight in those with body weight markedly deviated from the general mean.

자외선에 의한 피부 염증 반응 : C57BL mouse의 귀부종 반응

여운철(Un Cheol Yeo),김기호(Ki Ho Kim),조미경(Mi Kyung Jo),전환표(Hwan Pyo Jeon),이주흥(Joo Heung Ree),이애영(Ai Young Lee),윤재일(Jai Il Youn) 대한피부과학회 1989 대한피부과학회지 Vol.27 No.6

This study was undertaken to investigate the change of ear swelling response (ESR) of the mice according to repetitive ultraviolet radiation. 100mJ/crn of UVB was irradiated daily for 4 weeks, and a total of 25 C57BL mice were used as subjects. The results were as follows : 1. After 1 day, 2 days and 3 days irradiation of UVB, ESR reached 21.3+1.5, 22.3+1.1 and 24.3+1.6 respectively with increasing tendency, but there was no statistical significance (Wilcoxon rank sum test p: 0.05). 2. ESR reached at maximum, 78.0+1.8, after 1 week(p<0.01), thereafter ESR decreased gradually with reparative process. 3. Inspite of continued irradiation, ESR decreased gradually after 2 weeks. After 2 weeks, 3 weeks and 4 weeks irradiation, ESR decreased to 51.6+11.8, 45.1+ 3.3 and 42.8-+6.8 respectively, but, there were still increment of ESR (p(0.01).

고단백식이 Streptozotocin-당뇨병 백서의 신혈류동태와 신장 Kallikrein에 미치는 영향

김성국,조미경,김수동,김신우,김보완 대한내과학회 1992 대한내과학회지 Vol.42 No.2

To evaluate the effects of dietary protein on renal hemodynamics and renal kallikrein in diabetes mellitus, glomerular filtration rate (GFR) and renal plasma flow (RPF), along with renal tissue levels and urinary excre-tion of kallikrein were measured in strepozotoisn (STZ)-diabetic rats fed 25% ro 50% protein diet for 4 weeks. GFR and RPF were significantly increased in 50% protein fed STZ-diabetic rats compared to 25% protein fed one. Urinary excretion of active kallikrein and pro-kallikrein were tended to increase persistantly in 50% protein fed STZ-diabetic rats versus 25% protein fed one but renal tissue level of active kallikrein was significantly higher in 25% protein fed STZ-diabetic rats. Thess data suggest that high dietary protein can alter renal hemodynamics in STZ-diabetic rats, which may be associated with change in urinary excretion and activation rate of prokallikrein.