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- 저자 : 이병욱(Bheong-Uk Lee) (검색결과 16 건)
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이병욱,최문섭,석지원,오계헌,Lee, Bheong-Uk,Choi, Moon-Seop,Seok, Ji-Won,Oh, Kye-Heon The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.4
이전 연구에서 우리는 RDX (hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine) 분해세균 Pseudomonas sp. HK-6에서 xenobiotic reductase B를 암호화하는 xenB 유전자의 돌연변이 균주를 이용하여 RDX 스트레스에 대한 xenB 유전자의 역할에 관하여 연구를 보고하였다[Lee et al. (2015) Curr. Microbiol. 70(1): 119-127]. 본 연구에서는 Pseudomonas sp. HK-6 xenA 돌연변이 균주로 연구 범위를 확대하여 RDX 스트레스 조건에서 세포반응과 프로테옴 프로필의 변화를 분석하였다. RDX 첨가 배지에서 xenA 돌연변이 균주는 야생균주와 비교하여 RDX를 약 2배 정도 느리게 분해하였으며, RDX 스트레스 하에서 xenA 돌연변이 균주의 생장률과 생존율은 야생균주와 비교하여 낮았다. RDX 스트레스에 의한 심한 형태적 손상이 xenA 돌연변이 균주의 세포 표면에 발생하는 것이 주사전자현미경을 통해서 확인되었다. RDX 스트레스 하에서 야생균주에서 발현된 충격단백질인 DnaK 및 GroEL의 양은 배양 초기 혹은 상대적으로 낮은 RDX 농도에서는 증가하였으나, 배양시간이 길어지거나 높은 RDX 농도에서는 다소 감소하였다. 그러나 xenA 돌연변이 균주에서는 DnaK와 GroEL의 발현양은 RDX 농도가 증가함에 따라 점차 감소되었다. RT-qPCR에 의해 측정된 야생균주에서 dnaA와 groEL의 전사 수준은 RDX 스트레스가 증가된 상태에서 잘 유지되었으나, xenA 돌연변이 균주에서는 점차 감소되어 결국에는 소멸되었다. RDX 스트레스에서 xenA의 돌연변이에 의한 프로테옴 프로필의 변화를 2-DE PAGE를 통해서 관찰한 결과에 따르면 27개 단백질이 감소하고 3개가 증가한 것으로 나타났다. 이들 결과로 보아, 정상적인 xenA 유전자는 RDX 스트레스 하에서 세포의 온전한 형태 유지와 효율적인 RDX 분해 과정을 수행하기 위해서 필요하다는 것을 의미하였다. Our previous research demonstrated the essential role of the xenB gene in stress response to RDX by using Pseudomonas sp. HK-6 xenB knockout. We have extended this work to examine the cellular responses and altered proteomic profiles of the HK-6 xenA knockout mutant under RDX stress. The xenA mutant degraded RDX about 2-fold more slowly and its growth and survival rates were several-fold lower than the wild-type HK-6 strain. SEM revealed more severe morphological damages on the surface of the xenA mutant cells under RDX stress. The wild-type cells expressed proportionally-increased two stress shock proteins, DnaK and GroEL from the initial incubation time point or the relatively low RDX concentrations, but slightly less expressed at prolonged incubation period or higher RDX. However the xenA mutant did not produced DnaK and GroEL as RDX concentrations were gradually increased. The wild-type cells well maintained transcription levels of dnaA and groEL under increased RDX stress while those in the xenA mutant were decreased and eventually disappeared. The altered proteome profiles of xenA mutant cells under RDX stress also observed so that the 27 down-regulated plus the 3 up-regulated expression proteins were detected in 2-DE PAGE. These all results indicated that the intact xenA gene is necessary for maintaining cell integrity under the xenobiotic stress as well as performing an efficient RDX degradation process.
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Neurospora crassa rcm-1 돌연변이체의 특성
김상래,이병욱,Kim Sang-Rae,Lee Bheong-Uk 한국미생물학회 2005 미생물학회지 Vol.41 No.4
Neurospora crassa의 게놈 분석을 통하며 tetratricopeptide repeat (TPR) 부위를 보유할 것으로 추정되는 19중의 단배질을 찾아냈다. 이중에서 한 단백질은 Saccharomyces cerevisiae에서 다양한 유전자들의 공통 전사 억제인자로 알려진 Ssn6 단백질에 $60\%$ 이상의 유사도를 보였다. N. crassa의 RIP (repeat-induced point mutation) 과정을 통하여 생산된 돌연변이 균주들은 도두 느리게 성장하였는데, 4가지로 구분되는 돌연변이 표현형을 나타냈다. 첫 번째 돌연변이 표현형은 균사가 ropy돌연변이와 유사한 균사 모양으로 성장하고 밀도가 높아 보였고, 대분생포자는 yellow와 csp 표현형을 보였다. 두 번째 돌연변이형은 늦은 성장을 보였지만 대분생포자를 생산하였다. 세 번째는 매우 느린 균사 성장을 보였고 acon 표현형을 나타냈다. 마지막 돌연변이형은 거의 공기 중으로 균사를 뻗지 못하였으며 acon 표현형을 보였는데, rco-1 RIP 돌연변이체와 유사하였다. 돌연변이체들은 모두 male로서는 수정능을 보였지만 female로서는 교배가 불가능했으며 자낭각을 생산하지 못하였다. 이 결과들은 이 유전자가 N. crassa의 성장은 물론 무성생식 및 유성생식의 여러 과정에 관여함을 나타낸다. 염색체와 cDNA의 서열을 분식한 결과에 따르면, 유전자가 6개의 인트론을 보유하고 있고, 총917개의 아미노산으로 구성된 102kDa의 단백질을 암호화할 것으로 예상되었다. 이 유전자를 rcm-1 (regulation of conidiation and morphology)으로 명명하였다. Analysis of the complete genome of Neurospora crassa reveals that at least 19 proteins contain tetratricopeptide repeat (TPR) motifs. One of them shows over $60\%$ homology to Ssn6 of Saccharomyces cerevisiae, a universal repressor that mediates repression of genes involved in various cellular processes. Mutant strains generated by RIP (repeat-induced point mutation) process showed four distinctive vegetative growth patterns and slow growth in various rates. Firstly, a mutant showed denser mycelial growth, yellow, csp, and looked like ropy mutant. Secondly, slower growth, dense mycelial, and conidial phenotype. Thirdly, extremely slower growth and aconidial. And finally, flat, tittle aerial hyphae, acon, and similar with a rco-1 RIP mutant. They are all male-fertile, yet female-sterile and produced little or no perithecium. It seems that various phenotypes were occurred depending upon mostly likely, the degree of RIP. These results indicate that this gene may be involved in several cellular possess during vegetative growth, and asexual and sexual development. Therefore it is pleiotropic. Sequence analysis of cDNA shows that it encodes a putative 102 kDa protein composed of 917 amino acids, and has six introns. It is designated rcm-1 (regulation of conidiation and morphology).
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합성 유전자를 이용하여 Escherichia coli에서 백신 후보의 생산 혹은 진단용 항체의 개발을 위한 인간 rotavirus VP8<SUP>*</SUP> 부분 단백질의 발현
김상래(Sang-Rae Kim),이병욱(Bheong-Uk Lee) 한국생명과학회 2018 생명과학회지 Vol.28 No.4
인간 rotavirus는 영아에게 급성 설사를 일으키는 병원체의 하나이다. 본 연구에서는 Escherichia coli의 코돈 선호도를 따라서 인간 rotavirus A (serotype 1 strain WA)의 VP8<SUP>*</SUP> 단백질을 일부분 암호화하도록 인공적인 유전자를 합성하였다. 합성된 VP8<SUP>*</SUP> 유전자는 코돈을 번역틀에 일치시키고 클로닝이 용이하도록 하기 위한 NdeI 및 HindIII 제한효소 절단 부위와 친화적 정제를 위한 6-히스티딘 암호화 서열을 C-말단에 보유하고 있다. 합성된 VP8<SUP>*</SUP> DNA 절편을 pT7-7 발현 벡터에 삽입하여 E. coli BL21 (DE3)로 형질전환한 후에 최종 농도 0.05 mM IPTG로 생산을 유도한 결과 예상했던 대로 19.7-kDa 크기의 VP8<SUP>*</SUP> 단백질이 고농도로 발현되었다. SDS-PAGE에 전개된 단백질들을 대상으로 mouse anti-rotavirus capsid antibody를 사용한 Western blotting의 결과 ~20-kDa VP8<SUP>*</SUP> 단백질 밴드가 관찰되었다. 인공 Vp8<SUP>*</SUP> 단백질이 피하 주사된 토끼의 polyclonal antibody 혈장을 이용한 조사에서도 동일한 크기의 단백질 밴드를 확인할 수 있었다. 이는 합성된 유전자가 바이러스성 질환을 통제할 항원성 백신후보의 생산 혹은 진단용 항체를 개발하기 위한 쉽고 빠른 방법을 제공할 수 있다는 의미이다. Human rotavirus is a causative agent of acute diarrhea among children. The artificial gene encoding the truncated VP8<SUP>*</SUP> protein of human rotavirus A (serotype 1 strain WA) was synthesized according to the Escherichia coli codon preference. The synthetic VP8<SUP>*</SUP> gene also possessed the NdeI and HindIII restriction sites for the convenient in-frame cloning for translation and a 6-histidine tag at C-terminus for Ni+ affinity purification. Molecular weight of the truncated VP8<SUP>*</SUP> protein deduced from the nucleotide sequences of the artificial gene was a 19.7-kDa. This synthetic VP8<SUP>*</SUP> DNA fragment was inserted into the pT7-7 expression vector and transformed into E. coli BL21 (DE3). Transformants harboring the synthetic gene encoding the VP8<SUP>*</SUP> protein was induced by supplement of a final concentration of 0.05 mM ITPG at 20℃. Protein crude extract from the E. coli transformants was subjected to Western blotting with the mouse anti-rotavirus capsid antibody, showing ~20-kDa VP8<SUP>*</SUP> protein band. The truncated Vp8<SUP>*</SUP> protein band was also observed by Western blotting using the rabbit polyclonal antibody serum made against the truncated VP8<SUP>*</SUP> protein. This study suggested that the synthetic gene could be used as an easy way to produce the antigenic vaccine candidate for control of virus-associated diseases or to develop antibodies for diagnostic purpose.
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이병욱 고신대학교 자연과학연구소 2010 고신대학교 자연과학연구소 논문집 Vol.18 No.-
Since the human genome projects, the enormous amounts of the human genetic information have been being produced. As results, the newly emerging fields such as genomics and proteomics as well as the traditional molecular genetics and biochemistry has been more extensively and intensively being studied. It is thought that these studies will provide the ways of treating today ’s incurable diseases including many genetic disorders, cancer etc. There, however are also social, cultural and religious issues and concerns in these new fields. 1n this review, the human genome projects itself will be explained, and then the new academic branches derived from it will be introduced. Finally, social ethics problems caused by these newly developing techniques will be discussed from a christian point of view 인간 유전체 프로젝트가 완료된 이후에 순수 유전학 빛 생화학 연구가 더욱 복잡한 양상을 보이며 확장이 되고 있으며, 동시에 방대한 유전체 정보를 기반으로 하는 유전체학 및 단백질체학 등 새로운 학문분야가 활발하게 연구되는 중이다. 이런 연구들은 인류의 난치병으로 남아 있는 유전병들은 비롯하여 암 등의 많은 난치병들을 치료할 수 있는 방법을 제시할 수 있을 것으로 평가되고 있다. 하지만 이런 정보들이 개인과 사회에 미칠 윤리적 문제에 대한 많은 걱정과 논쟁이 있음도 부인할 수가 없다. 본 총설에서는 유전체 프로젝트에 대한 설명과 함께, 이로부터 파급된 현재의 기술 동향과 함께 사회 윤리적 문제점을 기술하고, 이에 의해서 얻어진 결과들에 대해서 기독교적인 관점에서 고찰해 보았다
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Pseudomonas sp. 균주의 glutathione synthetase와 glutathione-S-transferase 결여 균주의 조립 및 특성
이병욱 고신대학교보건과학연구소 2016 보건과학연구소보 Vol.- No.-
Pseudomonas sp. 균주의 glutathione synthetase와 glutathione-S-transferase 결여 균주의 조립 및 특성
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해수, 토양 및 갯벌로부터 Myxococcus sp. 균주의 분리
이병욱 고신대학교보건과학연구소 2016 보건과학연구소보 Vol.- No.-
해수, 토양 및 갯벌로부터 Myxococcus sp. 균주의 분리
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비듬 원인 진균인 Malassezia furfur에 대한 녹차가루 및 녹차 추출액의 살균 효과
이병욱 고신대학교보건과학연구소 2016 보건과학연구소보 Vol.- No.-
비듬 원인 진균인 Malassezia furfur에 대한 녹차가루 및 녹차 추출액의 살균 효과
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Pseudomonas syringae ice nucleating protein 유전자의 yeast에서의 발현
김은정,이병욱 고신대학교 자연과학연구소 2002 고신대학교 자연과학연구소 논문집 Vol.11 No.-
Gram 음성 세균인 Pseudomonas syringae로부터 INP (ice nucleating protein)를 코딩하는 inaZ 유전자를 PCR로 클로닝하여 메탄올 자화효모균들인 Pichia pastoris 및 Hansenula polymorpha에서 각각 AOX promoter와 MOX promoter를 이용하여 발현하였다. INP 앞에 S. cerevisiae의 α-factor의 signal peptide 서열을 삽입하여 분비를 유도하였다. 발현 결과 P. pastoris의 세포 내에서 크기가 132 kDa인 INP가 고농도로 발현되었고, 수율을 낮았지만 세포 밖으로 분비된 INP도 확인할 수 있었다.
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