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MCL 알고리즘을 이용한 단백질 표면의 바인딩 영역 분석 기법
정광수,유기진,정용제,류근호,Jung, Kwang-Su,Yu, Ki-Jin,Chung, Yong-Je,Ryu, Keun-Ho 한국정보처리학회 2007 정보처리학회논문지D Vol.14 No.7
단백질은 다른 물질과의 결합하여 기능을 수행하기 때문에 활성 사이트가 유사한 단백질은 유사한 기능을 가진다. 따라서 단백질의 바인딩 영역을 식별함으로써 단백질의 기능을 추론할 수 있다. 이 논문은 MCL (Markov Cluster) 알고리즘을 이용하여 단백질의 바인딩 영역을 추출하는 새로운 방법을 제시한다. 이를 위하여 단백질의 표면 잔기 거리를 나타내는 distance matrix를 생성하고, 여기에 MCL 프로세스를 적용한다. 제시한 방법을 평가하기 위해 Catalytic Site Atlas (CSA) 데이터를 사용하였다. CSA 데이터 (94개의 단일 체인 단백질)를 이용한 실험 결과, 알고리즘은 91개 단백질의 활성 사이트 주변의 바인딩 영역을 검출하였다. 이 논문은 단백질 활성 사이트를 분석하기 위한 새로운 기하학적 특징을 제시하였고, 활성 사이트와 관련이 없는 잔기를 제거함으로써 단백질 표면의 분석의 시간을 줄일 수 있는 장점이 있다. Proteins combine with other materials to achieve their function and have similar function if their active sites are similar. Thus we can infer the function of protein by identifying the binding area of proteins. This paper suggests the novel method to select binding area of protein using MCL (Markov Cluster) algorithm. We construct the distance matrix from surface residues distance on protein. Then this distance matrix is transformed to connectivity matrix for applying MCL process. We adopted Catalytic Site Atlas (CSA) data to evaluate the proposed method. In the experimental result using CSA data (94 selected single chain proteins), our algorithm detects the 91 (97%) binding area near by active site of each protein. We introduced a new geometrical features and this mainly contributes to reduce the time to analyze the protein by selecting the residues near by active site.
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정광수 한국과학철학회 1999 과학철학 Vol.2 No.1
해킹은 과학적 실재론에 대한 '최선의 설명으로의 추리'에 기초를 두고 있는 전통적 논중에 반대하고, 약간의 이론적 대상들에 대한 실험에서의 조작가능성에 근거하여 대상 실재론을 정당화한다. 그렇지만 레이너와 피어슨은 해킹의 정당화도 역시 '최선의 설명으로의 추리'에 의존하지 않을 수 없다고 비판한다. 필자는 해킹의 대상 실재론에 대한 정당화와 그들의 비판을 자세히 검토한 다음 해킹의 정당화는 '최선의 설명으로의 추리'에 의존하지 않는다는 것을 밝힐 것이다. I. Hacking raised an objection to the traditional argument for scientific realism based on Inference to the Best Explanation. And he has justified, based on Experimental Manipulability of a good many theoretical entities, scientific realism about entities. R. Reiner and R. Pierson, however, have objected that Hacking also cannot help depending on the idea of Inference to the Best Explanation for his justification of scientific realism about entities. 1 lay out Hacking's argument for Entity Realism and critically examine their objection to Hacking's justification of Entity Realism; and I show that Hacking's justification need not depend on IBE. 1 conclude that Hacking correctly, avoiding reliance on Inference to the Best Explanation, justified scientific realism about entities.
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정광수 한국과학철학회 2009 과학철학 Vol.12 No.2
I will analyze imagination and creativity of both science and art; and, based on the features, will advocate the commensurability of science with art. However, I will contrast the features of science with those of art using the concepts of logical possibility and empirical possibility, etc., either. And, contrasting truth that is the intended value of scientific activity and its outcome beauty that is the intended value of artistic activity of its outcome, I will maintain the limit of the commensurablity of science with art. 과학과 예술이 ‘상상력’과 ‘창의성’이라는 공통적 특징을 바탕으로 ‘공약가능’하다는 것을 깊이 있게 분석, 주장할 것이다. 그렇지만 과학과 예술 각각이 갖는 그 특징의 대조적 측면을 ‘논리적 가능성’, ‘경험적 가능성’ 개념 등을 토대로 밝힐 것이다. 아울러 과학과 예술행위의 지향가치, ‘진리성’, ‘미’ 그리고 각각의 결과물이 갖는 대조적 측면을 세밀히 분석함으로써 과학과 예술이 갖는 그 공약가능성의 ‘한계’를 주장할 것이다.
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한국과 중국 민법상 일상가사대리권에 관한 비교법적 고찰
정광수 강원대학교 비교법학연구소 2022 江原法學 Vol.66 No.-
The paper discusses differences and their implications between daily housework agency system of Korea Civil Code(§§827①, 832) and China Civil Code(§1060①). That is, through the investigation of the evolution and present situation of daily housework agency, the paper discusses the theory and entity of daily housework agency as well as the problems to be solved in the future. It especially seeks for the inspiration from Korean legislation and precedents, and explores improvement plans. Also the paper consists of six chapters as follows. Chapter One studies the theoretical background and the basis of the daily housework agency. China Civil Code was established in May 2020, 70 years after the founding of the people's Republic of China. According to China Civil Code, the matrimonial property system is composed of three parts: matrimonial common property system, individual property system, and contractual property system. Korea Civil Code sets the matrimonial property system formulates separation of property regime as the legal property system. So korean daily housework agency contrasts with Chinese daily housework agency system Chinas legal property system which is characterized by common Ownership. It contrasts with China's legal property system which is characterized by common Ownership. So korean daily housework agency contrasts with Chinese daily housework agency system. Chapter Two studies the theoretical background and the basis of the daily housework agency. The legal systems of the joint marital debts in Korea and China are explored in a comparative context. Chapter Three investigates and discusses characters of China and Korea’daily housework agency systems. Chapter Four discusses the problems and improvements of China and Korea’daily housework agency systems and representational agent systems. Chapter Five discusses daily housework agency and solidarity responsibility. Finally Chapter Six makes a conclusive discussion on the differences between daily housework agency system of China and Korea in the two countries from the perspective of comparative law. 본 논문은 한국 민법(제827조 제1항, 제832조)과 중국 민법(제1060조 제1항)상 부부 일방이 제3자와 일상가사대리권의 범위 내에서 또는 일상가사의 범위를 넘어서 행사한 경우 즉, 각각의 경우 법률행위 당사자와 부부 타방에게 발생하는 법률효과와 관련하여 존재하는 차이점과 시사점을 한국과 중국의 학설 및 판례를 토대로 비교법적 시각에서 검토하고 논의하였다. 그리고 본 논문의 구성은 먼저 이와 같은 비교법적 시각에서 서론으로서 문제제기를 하고 본론에서는 한국과 중국의 학설 및 판례의 태도를 토대로 하여 일상가사의 의의와 범위, 일상가사대리권의 성격 및 일상가사대리권과 표현대리 인정문제 나아가 일상가사에 관한 채무에 대한 부부의 연대책임을 고찰하였다. 그리고 결론으로 한국과 중국 양국이 서로 다른 법정재산제를 선택하고 있지만, 재산분할, 일상가사대리권 등의 제도적 측면에서 비슷한 점과 차이점을 고찰하였다. 즉, 한국은 법정재산제인 부부별산제를 취하고 있지만, 예컨대 부부와 자녀의 공동생활을 위하여 생활에 필요한 물건들의 취득행위, 또는 월세지급, 자녀의 교육비나 병원비 등 일상가사에 관련한 부부 어느 한쪽이 지는 채무에 대하여는 부부가 연대책임을 지게 된다. 그러나 일상가사대리권에 관한 한국 민법 규정의 일반적이고 추상적인 규정의 해석을 판례에 통해서 그 때 그 때 맡길 것이 아니라, 적어도 일상가사의 의의 및 범위 등에 관해서는 명문 규정을 두어서 일상가사대리권의 행사와 관련하여 발생하는 법률분쟁과 관련하여 보다 합리적으로 해결될 수 있도록 일상가사대리권에 관한 현행 민법 규정의 개정을 통해서 일상가사대리권의 행사와 관련하여 발생하는 법률분쟁을 입법적으로 해결할 수 있기를 제안하였다. 이에 반하여 중국은 법정재산제인 부부혼인공동재산제를 취하고 있지만, 통상 가정에서 개인이 갖게 되는 재산이 거의 없기 때문에 일단 부부 일방이 제3자와의 거래에서 발생한 채무에 대해서 부부공동채무로 인정받지 못하면 거의 상환할 능력이 없기 때문에 채권자의 이익을 침해할 우려가 있다. 따라서 최근 발전하는 중국의 사회문화와 경제현실을 고려하여 한국과 달리 전통적인 일상가사의 범위를 벗어나고 있다. 그러므로 중국의 재판 실무에서도 이러한 현실적 변화가 받아들여져서 일상가사의 범위를 좀 더 넓게 인정해야 할 것이다.
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