SCOPML과 SCOPBrowser에 관한 연구

안건태,윤형석,황의윤,김진홍,이명준,Ahn, Geon-Tae,Yoon, Hyeong-Seok,Hwang, Eui-Yoon,Kim, Jin-Hong,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지D Vol.10 No.1

포스트지놈 시대에 있어서 가장 주된 연구는 단백질의 구조적 유사성이나 분류학적인 연관성을 밝히는 것이다. SCOP 단백질 구조 분류는 이러한 목적을 위한 대표적인 데이터베이스로서, 3차원 구조가 알려진 단백질에 대한 구조적 분류학적 관계에 대한 상세한 기술을 제공한다. 하지만, SCOP 데이터는 단순 텍스트 형식의 자료로만 제공되고 있어서 이를 이용한 다른 분석 도구나 자원을 개발할 경우 그 작업이 번거로우면서도 오류 발생의 소지가 높다. 따라서 이러한 데이터를 연주자들이 보다 효과적으로 이용할 수 있도록 표준화된 구조적인 형식으로 제공하는 것이 바람직하다. 이러한 요구를 충족시키기 위하여, 본 논문에서는 SCOP 데이터베이스에 대한 효율적인 검색을 지원하는 브라우징 도구인 SCOPBrowser를 구현하였다. SOPBrowser는 SCOP 사이트에서 제공되는 기본정보 및 단백질 구조 분류 정보에 대한 트리보기, 전체 단백질 도메인에 대한 검색, 특정 도메인에 대한 XML 내용 보기, 그리고 단백질 구조에 대한 유용한 통계 등 다양한 정보를 얻을 수 있다. The major challenge for post-genomic study is to identify structural similarity and relationships of proteins. SCOP (Structural Classification of Proteins) is a typical database for this purpose, providing a derailed description of the structural and functional relationships of the proteins whose three-dimensional structures have been determined. Unfortunately, since the SCOP data is only available as a plain text format, it is cumbersome and error-prone to develop tools and resources to utilize the data more effectively. To meet these researchers to utilize the data more effectively. To meet these requirements, we have developed an XML representation for the SCOP site, users of the tool, named, SCOPBrowser, for effective search of SCOP database. In addition to the information available from the SCOP site, users of the tool can obtain various information such as viewing the tree hierarchy of structure classification of proteins, searching into whole protein domains, showing XML contents of a specific domain, and some useful statistics about protein structures.

JACE 그룹통신시스템을 이용한 신뢰성있는 공유객체공간의 개발

안건태(Geon-Tae Ahn),문남두(Nam-Doo Moon),정현락(Hyun-Rak Jung),유양우(Yang-Woo Yu),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 1999 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.26 No.2Ⅲ

인터넷과 네트웍 기술의 급속한 성장에 따라 간단하고 효율적이며, 관리가 용이한 분산 어플리케이션의 필요성이 중대되었다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위하여 네트워크 상에 분산되어 있는 자원, 서비스 및 객체의 공유와 이들 사이의 통신을 일관된 방법으로 지원하는 튜플스페이스(Tuple space) 시스템들이 제안되었다. 그러나, 기존의 시스템들은 서버를 통한 중앙 집중적인 공유공간(shared space)구조를 가지고 있으므로 서버의 실패(crash)나 네트워크의 분할(partition)과 같은 전산망의 결함이 발생하였을 경우 지속적인 서비스를 제공할 수 없게 된다. 본 논문에서는 특정 목적에 따라 그룹화된 공유공간의 생성이 가능하고 객체를 관련노드에 중복(replication)해서 저장할 수 있는 튜플스페이스 시스템인 ObjectSpace의 설계 및 구현에 대하여 설명한다. ObjectSpace는 객체를 공유하기 위하여 공유공간에 객체를 저장하는 기능과 공유된 객체를 조회하는 기능을 제공한다. 중복된 객체들에 대하여 일관성을 유지하기 위하여 프로세스 그룹을 지원하는 JACE 그룹통신시스템을 하부구조를 사용하여 구현하였다.

CoDocs 문서관리시스템의 버전관리

안건태(Geon-Tae Ahn),김진홍(Jin-Hong Kim),한천용(Chun-Yong Han),정명희(Myung-Hee Jung),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2000 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.27 No.2Ⅱ

정보통신 분야에서의 최근의 기술적인 발전에 힘입어 인트라넷을 기반으로 한 조직내 업무를 자동화하고, 또한 정보 공유를 통해 생산성을 높이기 위하여 많은 정보시스템이 구축되고 있다. 이러한 정보시스템은 조직의 성격에 따라 유연성있게 변화하면서 기술문서 등 여러 가지 종류의 문서들을 효과적으로 관리할 수 있도록 지원하는 것이 바람직하다. CoDocs 시스템은 공동작업의 효과적인 지원을 위해 문서를 체계적으로 관리할 수 있는 웹 기반환경에서 구현된 문서관리 시스템이다. 본 논문에서는 CoDocs 시스템에서 구축된 문서정보조직을 기반으로 문서간의 연계성을 높이고 활용성을 증가시키기 위해 문서 버전관리기능을 설계 및 구현하였다. 버전관리는 각 문서의 버전을 저장하여 히스토리(history) 정보를 유지하고 관리하며, 문서간의 연관성을 부여하여 문서등록 및 검색 시 관련문서에 대한 참조기능을 제공한다.

귀납적 논리 프로그래밍을 이용한 단백질 구조 분류 기법

안건태(Geon-Tae Ahn),김진홍(Jin-Hong Kim),윤형석(Hyeong-Seok Yoon),박양수(Yang-Su Park),이명준(Myung-Joon Lee) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.1A

정보의 급속한 확산과 더불어 체계적이고 효율적으로 정보를 분류하고 활용할 수 있는 방법에 대한 연구의 필요성이 증대되고 있다. 생물정보에 있어서도 기존에 축적된 많은 정보 뿐 만 아니라 새로 밝혀지는 정보들을 자동적으로 분류하고 재활용하는 방법의 일환으로 귀납적 논리 프로그래밍을 적용한 방법론이 채택되고 있다. 본 논문에서는 귀납적 논리 프로그래밍을 이용하여 단백질 구조 분류 데이터베이스를 생성하고 이를 기반으로 단백질 폴더에 내재된 공통의 규칙들을 발견하고, 새로운 단백질에 적용하여 구조를 예측할 수 있는 방법론에 대하여 기술한다.

효과적인 협업지원을 위한 Jabber 메시징 시스템의 확장

이근웅,안건태,황의윤,김진홍,이명준,Lee, Keon-Woong,Ahn, Geon-Tae,Hwang, Eui-Yoon,Kim, Jin-Hong,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지D Vol.10 No.7

The BioPlace system is a web-based collaborative system which offers effective exchange of information and research activities among the genomic researchers. BioPlace supports collaborative works among the related group members through Personal Workspces and Team Workspces which are virtual spaces on the web. Jabber is an open messaging system based on XML, giving an efficient way of developing messaging services by providing various functionality for real-time communication and interoperability with other foreign messaging systems. In this paper, we have designed additional Jabber XML protocol to extend Jabber messaging system to be used as real-time communication methods on the BioPlace collaborative system. Also, according to the protocol, we have developed both the extended Jabber server and the BioPlace messenger client. BioPlace 시스템은 유전체 관련 연구자들의 효과적인 정보교환과 연구 활동을 지원하기 위한 웹 기반 협업지원 시스템이다. Bioplace 시스템은 웹상의 가상공간인 개인작업장과 팀작업장을 통하여 그룹 멤버들간의 협업을 지원하고 있다. Jabber 메시징 시스템은 XML 기반의 개방형 메시징 시스템으로서 실시간 의사소통을 지원하기 위한 다양한 기능과 타 메시징 시스템과의 연동을 제공하고 있어서 능률적인 메시징 서비스의 개발을 지원한다. 본 논문에서는 Jabber 실시간 메시징 시스템을 확장하여 BioPlace 협업지원 시스템에서 실시간 의사소통 수단으로 사용될 수 있도록 Jabber XML 프로토콜을 설계하였다. 또한, 개발된 프로토콜을 기반으로 확장된 Jabber 서버와 BioPlace 메신저 클라이언트 시스템을 개발하였다.

웹데브를 지원하는 닷넷 기반의 탐색기 개발

정혜영,안건태,박양수,이명준,Jung, Hye-Young,Ahn, Geon-Tae,Park, Yang-Soo,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2004 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.11 No.5

WebDAV(Web-based Distributed Authoring and Versioning, RFC 2518)는 인터넷을 통하여 원거리에 위치한 다수의 그룹들간의 협업을 지원하기 위한 프로토콜이다. 웹데브(WebDAV)는 웹 통신 프로토콜인 HTTP/1.1의 확장으로 인터넷을 통하여 다양한 콘텐츠의 비동기적인 협업을 지원하기 위한 표준 하부구조를 제공한다. 웹데브 클라이언트는 이러한 명세를 지원하는 웹데브 서버와 HTTP 요청을 통하여 서버 자원에 대한 변경 및 수정 작업을 수행하게 된다. 따라서 클라이언트는 뛰어난 동시성 제어와 속성 관리를 통하여 자원의 저작과 버전관리의 기능을 제공하는 것이 바람직하다. 본 논문에서는 유용성을 높이기 위하여 윈도즈 탐색기와 유사한 사용자 인터페이스를 가진 닷넷 기반의 웹데브 클라이언트를 개발하였다. 개발된 웹데브 클라이언트는 서버의 자원에 대한 저작 응용 프로그램의 실행과 적절한 잠금 제어를 지원한다. 또한, 프로세스 감시를 통하여 사용자에 의한 자원의 변경이 완료되었을 때 서버 자원에 대한 자동 갱신을 지원한다. 본 웹데브 클라이언트는 C# 언어로 개발된 닷넷 기반의 응용 프로그램으로 닷넷 기반구조를 지원하는 모든 플랫폼에서 실행된다. WebDAV is a protocol to support collaboration among one or more groups in geographically distant locations through the internet. WebDAV extends the web communication protocol HTTP/1.1 to provide a standard infrastructure for .supporting asynchronous collaboration for various contents across the internet. A WebDAV client uses HTTP requests to perform a renewal and update action to the resources in WebDAY servers. So, it is desirable that the client supports the ability of authoring and version management with a good concurrency control and property management. In this paper, to enhance usability, we developed a .NET-based WebDAV client with a user interface similar to the Windows Explorer. The developed WebDAV client supports easy launching of the authoring application and appropriate lock control for the server resources. In addition, through the functionality of process monitoring, it supports automatic update of the server resources when the modification of the resources are completed by the user. The WebDAY client is a .NET-based application written in the C# language, running on any platform supporting a .NET framework.

그룹통신을 이용한 견고한 LDAP 서버

문남두,안건태,박양수,이명준,Moon, Nam-Doo,Ahn, Geon-Tae,Park, Yang-Soo,Lee, Myung-Joon 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.10 No.2

LDAP(Lightweight Directory Access Protocol) 디렉토리 서비스는 인터넷이나 인트라넷 등 네트워크 상에 있는 파일이나 장치들과 같은 자원의 위치를 찾을 수 있도록 정보를 제공한다. LDAP는 인터넷에서 표준 디렉토리 서비스 구조로 폭넓게 받아들여지고 있으므로, 다수의 LDAP 서버들 사이에 디렉토리 정보를 중복하여 유지함으로써 특정 서버와의 네트워크 단절(Partition)과 같은 결함이 발생되는 상황에서도 투명하고 지속적으로 서비스를 제공하는 것이 바람직하다. 본 논문에서는 JACE 그룹통신 시스템의 프로세스 그룹으로 동작하는 견고한 LDAP 서버 시스템과 자바 응용 프로그램에서 서비스를 사용할 수 있도록 그룹통신을 이용하는 LDAP 서비스 제공자의 설계와 구현에 대하여 기술한다. LDAP (Lightweight Directory Access Protocol) Directory Service provides information for locating resources like files and devices over the network such as Internet or Intranet. Since LDAP is widely accepted as one of the standard directory service structure for the Internet, it is desirable that a group of LDAP servers works transparently and continuously even if the related network partitions temporally, through maintaining replicated directory information among those LDAP servers. In this paper, we describe the design and implementation of a robust LDAP sewer, which runs as a process group in JACE group communication system, and the associated LDAP service provider which enables Java applications to use the developed LDAP directory service.

효과적인 분산저작을 지원하는 리눅스 WebDAV 클라이언트의 개발

신원준,안건태,정혜영,이명준,Shin Won-Joon,Ahn Geon-Tae,Jung Hye-Young,Lee Myung-Joon 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.13 No.4

웹데브(WebDAV)는 HTTP/1.1을 확장한 웹 통신 프로토콜로서 인터넷을 통하여 다양한 콘텐츠의 비동기적인 협업저작을 지원하기 위한 표준 하부구조를 제공한다. 현재 웹데브 명세를 지원하는 저작 응용프로그램으로 Microsoft office 제품군, Photoshop, Dreamweaver 등이 있으며, 웹데브 기능이 응용프로그램에 통합되어 동작된다. 이 방법은 웹데브 자원에 대한 분산저작을 효과적으로 지원하지만 각각의 응용프로그램이 웹데브 기능을 독자적으로 지원해 주어야 하는 단점을 가지고 있다. 본 논문에서는 웹데브 명세를 지원하지 않는 저작도구들이 원거리 분산저작 작업을 효과적으로 수행할 수 있도록 리녹스 KDE 기반의 웹데브 클라이언트인 DAView를 개발하였다. DAView는 웹데브 서버 자원에 대한 GUI 환경을 제공하며 DAVExplorer와 같은 웹데브 파일탐색기와 유사한 구조를 가진다. 본 클라이언트는 기존의 웹데브 파일탐색기와는 달리 서버자원에 관련된 저작도구의 자동구동과 함께 자동화된 잠금관리를 지원한다. WebDAV is a protocol which supports web-based distributed authoring and versioning, providing a standard infrastructure for asynchronous collaboration on various contents through the Internet. Current WebDAV-enabled authoring applications that support WebDAV, such as Microsoft office, Photoshop, or Dreamweaver, work by integrating WebDAV capabilities into the application. While this approach provides solid support for collaborative authoring, it has a drawback that each of the applications needs to support WebDAV capabilities in its own way. We developed a WebDAV client named DAView running on Linux KDE, which enables WebDAV-unaware authoring tools to have effective remote authoring capabilities. DAView provides a GUI view of a WebDAV server, similar to existing WebDAV-enabled file managers such as DAVExplorer. Unique among WebDAV file managers, it also provides the ability to launch the authoring application associated to a WebDAV server resource, automatically managing the locks on the resource.

DavSUDP: 웹데브 사용자 정의 속성의 활성화를 위한 단순 프로토콜

정혜영,안건태,유양우,박양수,이명준,Jung Hye-Young,Ahn Geon-Tae,Yu Yang-Woo,Park Yang-Soo,Lee Myung-Joon 한국정보처리학회 2005 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.11 No.1

웹데브(WebDAV)는 HTTP/1.1의 확장된 프로토콜로서 인터넷을 통하여 분산된 저작과 버전관리를 지원한다. 웹데브의 주요 기능인 속성관리는 저장소의 역할과 함께 자원의 추가 정보를 관리하고 활용할 수 있는 장점을 가지고 있다. 지금까지 대부분의 웹데브를 지원하는 응용 시스템은 속성 관리 기능의 활용보다는 단순 저장소의 역할로 웹데브를 사용하고 있다. 그러나 협업 지원 시스템과 같은 웹데브 기반의 고급 응용 프로그램을 개발하기 위해서는 웹데브 사용자 정의 속성의 설계와 활용이 매우 중요하다. 본 논문에서는 웹데브 사용자 정의 속성을 정의한 XML 형식의 환경 설정 속성과 그 처리 수행 절차를 기술한 DavSUDP(WebDAV Simple User-defined Property Definition Protocol) 프로토콜을 제안한다. DavSUDP는 웹데브 기반의 응용 시스템을 개발하는데 있어서 웹데브 서버가 사용자 정의 속성을 효과적으로 관리할 수 있게 하여준다. 이를 보이기 위하여 아파치의 $mod{\_}dav$ 모듈이 DavSUDP를 지원하도록 확장하였으며, 이를 이용하여 iPlace 협업 지원 시스템의 공개작업장을 개발하였다. WebDAV extends the web communication protocol HTTP/1.1 to provide a distributed authoring and versioning across the Internet. A property management, the principal ability of WebDAV, has many advantages for managing and utilizing additional information of server resources as well as supports a role of storage. Most WebDAV Application systems currently available are using WebDAV for providing simple storage space, not for the functionality of property management. However, to develop an advanced application such as a collaborative system based on WebDAV, it is very important to design and utilize user-defined WebDAV properties. In this paper, we propose DavSUDP(WebDAV Simple User-defined Property Definition Protocol) that describes XML-based configurations representing WebDAV user-defined properties and their processing steps. DavSUDP enables WebDAV servers to effectively manage user-defined properties in developing WebDAV-based applications. To show this, we extended the Apache mod_dav module to support DavSVDP and developed the OpenSpace in the iPlace collaborative system using the extended Apache web server.

WebDAV 기반의 효과적인 공개 작업장 지원

박희종,김동호,안건태,이명준,Park Hee-Jong,Kim Dong-Ho,Ahn Geon-Tae,Lee Myung-Joon 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지 C : 정보통신,정보보안 Vol.13 No.2

WebDAV is an IETF standard protocol, which is an extended version of HTTP 1.1, supporting asynchronous collaborative authoring of various contents on the web. Recently, to precisely control access to the resources on a WebDAY server, the WebDAV Access Control Protocol was published. This protocol helps developers to implement advanced server functionalities in a convenient way by providing various control methods to the resources on the WebDAV server. Based on the WebDAV access control protocol, we developed Open Workspaces, which systematically support exchanging and sharing data for general visitors. An Open Workspace can be supplied as a Download-Only Open Workspace, an Upload-Only Open Workspace, or an Upload-Download Open Workspace. Any registered user can create these workspaces without bothering the system administrator. To support the Open Workspaces, we extended the Slide WebDAV server and the DAVExplorer WebDAV client, which are being used popularly. WebDAV는 HTTP1.1을 확장한 프로토콜로서 웹상의 다양한 콘텐츠에 대한 비동기적인 협업저작을 지원하는 IETF 표준 프로토콜이다. 최근 WebDAV 서버 상의 자원에 대한 접근 제어를 체계적으로 지원해 주는 WebDAV 접근제어 프로토콜이 발표되었다. WebDAV 접근제어 프로토콜은 WebDAV 서버 자원에 대하여 다양한 제어 기법들을 지원해 줌으로써 고급의 서버기능을 용이하게 구현할 수 있도록 지원한다. 본 논문에서는 WebDAV 접근제어 프로토콜 기반으로 일반적인 방문자들 간의 자료 교환이나 공유를 체계적으로 지원하는 공개작업장의 개발에 대하여 기술한다. 공개작업장은 자료제공 공개작엉장(Download-Only Open Workspace), 자료제출 공개작업장(Upload-Only Open Workspace), 일반 공개작업장(Upload-Download Open Workspace) 등의 세가지 유형이 지원되며 시스템에 등록된 사용자는 누구나 시스템 관리자를 통하지 않고도 자유롭게 공개작업장을 생성할 수 있다. 이러한 공개작업장의 지원을 위하여 널리 사용되는 Slide WebDAY 서버와 DAVExplorer WebDAV 클라이언트를 확장하였다.