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Simple Sequence Repeat 마커를 이용한 감 수집계통 및 품종의 유연관계분석
박여옥,박두상,손지영,최성태,김성철,홍광표,박영훈 한국육종학회 2012 한국육종학회지 Vol.44 No.2
총 22개의 감 SSR primer set을 사용하여 주요 재배품종 17품종, 수집한 단감 변이개체 13종 등, 총 30개의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득한 469개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과, 30개의 품종 및 수집 계통들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 3개의 subcluster로, 제 2 cluster는 다시 2개의 subcluster를 형성하였다. 이는 수집 계통들이 기존 대조품종들과 서로 동일군으로 분포되고 있어 형태적으로 유사할 수 있고 근연되어 있지만, 유전자적 수준에서는 다른 조성을 가지고 있음을 보여준다. 평균 유사도의 값은 0.164 이였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.31)을 나타낸 것은 ‘차랑’과 ‘전천차랑’이였고, 가장 낮은 유사도 값(0.02)를 나타낸 것은 Ⅱ 그룹과 비교하여 Ⅰ 그룹에 속하는 ‘Rojo Brillante’였다. 본 연구에 사용된 22 SSR primer set을 통해, ‘차랑’과 ‘전천차랑’을 제외한 대조품종과 수집 계통간의 구별이 가능하여 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있을 것으로 판단된다. Genetic diversity among 30 accessions of persimmon (Diospyros kaki Thunb.) collection lines and cultivars was evaluated by using simple sequence repeat (SSR) markers. From 22 SSR primer sets, a total of 469 polymorphic markers were detected among 17 cultivars and 13 collection lines. Analysis of pair-wise genetic similarity coefficient (Nei-Li) and unweighed pair-group method with arithmetic averaging (UPGMA) clustering revealed two main clusters including three subclusters for clusterⅠ and two subclusters for clusterⅡ. The collection lines were classified into the same group with their check cultivars that showed similarities in phenotypic characteristics. However, these collection lines were clearly discriminated from check cultivars by marker genotypes. Genetic similarity co-efficiency was 0.164 in average and the highest (0.31) similarity was observed between ‘Jiro’ and ‘Maegawajiro’. The lowest similarity (0.02) was observed from ‘Rojo Brillante’ of clusterⅠin comparison to clusterⅡ. Except for ‘Jiro’ and ‘Maegawajiro’, it was possible to identify each cultivar and collection line based on the SSR fingerprints, suggesting that SSR markers can be useful for protecting intellectual property on newly developed cultivars.
박여옥,제희정,황지현,김성철,이용재,손병구,박영훈 경상대학교 농업생명과학연구원 2013 농업생명과학연구 Vol.47 No.1
In the present study, DNA marker that differentiates PCNA from other non-PCNA was developed by bulked segregant analysis (BSA) using RAPDs. DNA samples obtained from 30 PCNA and 32 non-PCNA persimmon cultivars were bulked depending on the types of astringency loss. Four-hundreds RAPD primers were screened on bulked DNA samples and a non-PCNA-specific PCR band was obtained from OPJ18 primer. For marker conversion of the RAPD to simple and robust PCR-based marker, non-PCNA linked PCR band was cloned and a sequence characterized amplified region (SCAR) marker J18SCAR-280 was designed based on sequence variations. In addition, genetic linkage of J18SCAR- 280 to PCNA trait was validated by evaluating‘Jamisi’(PVNA) x‘Taishu’ (PCNA) -derived progenies segregating for the astringency trait. Although further investigations based on larger segregating populations, our results implied that J18SCAR-280 can be useful for marker-assisted selection of the PCNA trait. 본 연구는 완전단감(PCNA)과 비완전단감(Non-PCNA)을 구별할 수 있는 분자표지의 개발을 위해 수행되었다. 총 400개 RAPD 프라이머를 이용하여, 28개 완전단감 품종과 32개 비완전단감 품종을 바탕으로 bulked segregant snalysis (BSA)를 수행하여 OPJ18 프라이머로부터 비완전단감군 특이적 RAPD 밴드를 찾아낼 수 있었다. 이 밴드는 PCR 클로닝과 염기서열분석을 통해 보다 분석이 간단하고 재현성이 높은 SCAR 마커(J18SCAR- 280)로 전환되었다. 또한, 불완전담감인‘태추’와 완전단감인‘자미시’간의 F1 분리집단을 이용하여 J18SCAR-280마커와 완전단감 형질간 유전적 연관성을 확인하였다. 향후 다양한 분리집단을 이용해 본 마커의 유용성 분석이 보다 정확히 이루어진다면 완전단감 품종개발을 위한 분자표지이용선발(MAS)이 가능할 것이다.
단감 고농도 식초 생산시 숙성 용기 종류가 총산 함량 변화에 미치는 영향
박여옥,안광환,손지영,김태엽,김은경,윤혜숙 한국식품영양과학회 2021 한국식품영양과학회 학술대회발표집 Vol.2021 No.10
최근 식초 시장은 트렌드에 따라 지속적인 성장, 수출증가 등 변화가 일어나고 있다. 전통적인 발사믹 식초는 당도가 높은 포도를 가열하여 자연 발효하는 초화 과정과 다른 나무로 만들어진 시리즈의 통에서 숙성하면서 점차적인 농축 과정을 거치게 된다. 본 연구는 단감 고농도 식초 생산을 위하여 2010년도에 수확한 부유를 파쇄하여 알코올 발효와 초산발효를 하였다. 용기는 오크통과 장독으로 2018년 9월 3일부터 2021년 6월 14일까지 10, 50, 60, 100ℓ의 4단계, 용기별로 바테리를 만들어 숙성하였다. 총산 함량은 2018년 9월, 2019년 7월, 2020년 3월, 2020년 7월, 2021년 6월에 각각 조사하였다. 오크통 10ℓ 용기에 숙성한 경우, 감식초의 총산 6.14%에서 7.26%, 8.14%, 8.84%를 거쳐 최종적으로 10.06%이었다. 오크통 50, 60, 100ℓ 용기에서도 총산 함량은 시간이 지날수록 증가하는 경향을 보였다. 반면에 장독 10ℓ 용기에서 숙성한 경우, 감식초의 총산 6.02%에서 기간이 경과될수록 5.58%, 3.19%, 2.28%를 거쳐 최종적으로 1.55%이었다. 장독 50, 60, 100ℓ 용기의 총산 함량 변화도 장독 10 ℓ 용기에서와 같은 경향으로 감소하였다. 따라서 고농도 단감 식초를 제조할 경우, 숙성 용기로 오크통을 사용하면 시간이 지날수록 총산 함량이 점차 증가하여 적합하였지만, 장독은 시간이 지날수록 총산 함량이 2%까지 낮아져 숙성 용기로 부적합하다고 판단되었다.
단감 품종 판별을 위한 single nucleotide polymorphism 마커 적용 검정
박여옥(Yeo Ok Park),최성태(Seong-Tae Choi),손지영(Ji-Young Son),김은경(Eun-Gyeong Kim),안광환(Gwang-Hwan Ahn),박지혜(Ji Hae Park),정완규(Wan-Kyu Joung),장영호(Young Ho Jang),김동완(Dong Wan Kim) 한국생명과학회 2020 생명과학회지 Vol.30 No.7
최근 next-generation sequencing technology의 발달로 유전체 분석 사례는 증가하고 있으나, 단감에 있어 적용가능한 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 마커 및 적용 결과는 거의 없는 실정이다. 이에 우리나라 고유떫은감 5품종으로부터 개발된 SNP primer 들을 단감 품종에 적용하여 사용 가능성을 검증하고자 수행하였다. Jung 등에 의해 개발된 19개 SNP primer들의 PCR 조건을 확인 한 후 본 실험의 전기영동 방식으로는 분석이 매우 어려웠던 8개의 primer를 제외한 11개의 SNP primer들을 최종 선발하였다. 1, 2차 검증을 통해 최종 선발된 11개의 SNP primer 들을 76품종 및 계통(불완전단감 20, 완전단감 30, 완전떫은감 20, 불완전떫은감 6)에 적용한 결과 38품종 및 계통(불완전단감 8, 완전단감 18, 완전떫은감 9, 불완전떫은감 3품종)은 각 품종 및 계통 간 구분을 할 수가 없었다. 그러나 최종 선발된 11개의 SNP primer 들을 신품종에 적용한 결과만를 보면 ‘감누리’, ‘단누리’, ‘홍추’와 ‘자미시’, ‘미감조생’을 동시에 구분할 수 있어 단감 신품종 판별을 위한 특이적 마커로 사용될 수 있을 것으로 판단된다. The recent development of next-generation sequencing technology has enabled increased genomic analysis, but very few single nucleotide polymorphism (SNP) markers applicable to sweet persimmon (Diospyros kaki Thunb.) cultivars have been identified. In this study, SNP primers developed from five pollination-constant astringent (PCA) persimmons native to Korea were applied to discriminate between cultivars and verify their usability. The polymerase chain reactions of 19 SNP primers developed by Jung et al. were checked, with 11 primers finally selected. The other eight were very difficult to analyze in the agarose gel electrophoresis and QIAxcel Advanced System used in this experiment and were therefore excluded. The 11 SNP primers were applied through first and second verification to 76 cultivars and collection lines including 20 pollination-variant non-astringent (PVNA), 30 pollination- constant non-astringent (PCNA), 20 PCA, and six pollination-variant astringent (PVA). Of these, 38 were indistinguishable (eight PVNA, 18 PCNA, nine PCA, and three PVA). However, the results of applying the 11 SNP primers to new sweet persimmon cultivars, namely Gamnuri, Dannuri, Hongchoo, Jamisi, and Migamjosaeng, showed that they have the potential to be used as a unique marker for simultaneously determining between them.