종양세포의 생포생존율과 DNA회복능력에 대한 인삼단백분획의 영향

김미경 梨花女子大學校 大學院 1991 국내석사

DNA 회복기작에 특이적인 chromatin remodeling factor에 관한 연구

이경은 울산대학교 대학원 2002 국내석사

진핵 세포의 genome은 DNA로만 단순하게 구성되어 있지 않고 복잡하고 조직적인 단백질-DNA 복합체인 chromatin으로 이루어져 있다. Chromatin의 가장 작은 단위인 nucleosom은 8개의 histone 단백질에 145 base pairs의 DNA가 감겨져 있으며, nucleosome의 규칙적인 반복으로 chromatin이라는 실타래 구조를 형성하고 있다. 따라서 진핵 세포의 여러 가지 DNA transaction(transcription, replication, recombination, repair)에 대한 실질적인 기질은 chromatin이라고 볼 수 있고, chromatin의 구조는 이런 transaction의 조절과 효율성에 영향을 미치는 중요한 요소라고 볼 수 있다. Broad한 범위의 DNA damage를 repair 할 수 있는 것 중의 하나인 NER과정에서 Chromatin remodeling을 필요로 하고 있기 때문에 repair에 specific한 chromatin remodeling factor를 찾기 위해 reconstituted nucleosome과 chromatin immunoprecipitation을 이용하여 실험을 수행하고 있다. Eukaryotic DNA is packaged with histones and other accessory proteins into chromatin. A nucleosome is the fundamental repeating unit of chromatin and constitutes the first order of DNA compaction in the nucleus. A nucleosome consists of two structurally differents parts, the core particle and the linker. The nucleosome core particle consists of about 145bp of DNA wrapped around the histone octamer. Packaging of DNA into the nucleosome has strong negative effects on essentially all DNA transaction, including replication, recombination, repair and transcription. Nucleotide excision repair (NER) is one of the best-studied pathways of DNA repair. NER is capable of eliminating a broad range of structurally unrelated bulky lesions from DNA. Thus, NER requires extensive involvement of large multiprotein complexes with relatively large streches of DNA. To investigate repair specific chromatin remodeling factor, we performed chromatin immunoprecipitation in vivo and reconstituted nucleosome in vitro.

자외선에 의한 DNA절제회복에 미치는 알킬화제의 억제효과 : Inhibitory effects of alkylating agents on ultraviolet light induced DNA excision repair

홍승환 서울대학교 대학원 1981 국내박사

DNA중합요소α의존DNA회복에 미치는 3-Aminobenzamide의 영향에 관한 연구

변미경 서울대학교 1986 국내석사

Aspergillus nidulans에 있어서 DNA손상회복에 대한 관련유전자들의 기능에 관하여

채순기 서울大學校 1986 국내석사

The cloning and characterization of uvsH from Aspergillus nidulans : Aspergillus nidulans에서 uvsH 유전자의 클로닝과 특성에 관한 연구

윤진호 Seoul National University 1995 국내박사

암수동체 점박이송사리(Rivulus marmoratus)에서 적응유사성 DNA 회복에 의한 알킬화제 기인적 갑상선종양 생성의 억제

장화형 한양대학교 1992 국내박사

Single cell gel electrophoresis (SCGE/Comet) assay에 대한 통계적 분석 방법 및 소프트웨어 개발

박수정 연세대학교 대학원 2001 국내석사

연구의 목적은 Comet assay에서 DNA 손상을 측정하는 여러 가지 측정치를 비교하여 통계적 성질을 만족하는 측정치를 제시하고, DNA 손상정도를 측정하는 수치로써 제안된 DNA 회복계수(repair parameter)를 구하는 프로그램을 SAS/AF와 SCL 언어를 이용하여 개발하는 것이다. 히스토그램, 상자 그림, 정규확률 그림의 방법을 사용한 결과, tail moment에 log를 취한 값이 가장 정당성을 가진다는 결론을 얻었다. 또한 DNA 회복계수(repair parameter)를 구하는 과정의 불편함을 해소하기 위해 SAS/AF와 SCL언어를 사용하여 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램은 자료입력과 모형적합, 결과물 제공 등을 간단한 클릭만으로 쉽게 사용할 수 있도록 만들었다. The goals of this thesis are to present a statistical analysis for the single cell gel electrophoresis assay(SCGE/Comet) data and to develop the software to help the calculation of the DNA repair parameter through the SAS/AF and SCL language. According to the statistical analysis results about the measurements of Comet assay data, the log transformation of the measurement 'tail moment' is the most powerful measurement for Comet assay. And this software development is designed user friendly. Not only the expert but the beginner can calculate the DNA repair parameter using this software.

효모의 DNA 회복유전자인 RAD50의 인간 Homologue에 대한 Molecular cloning 및 그 특성에 관한 연구

김평남 전남대학교 대학원 1997 국내박사

RAD50 유전자는 효모에 있는 수종의 재조합 회복유전자중의 하나로서 X선 조사 및 methyl methane sulfonate (MMS)에 의한 DNA 손상의 회복이나 감수분열시 염색체의 재조합에 필요하다. 최근 RAD50 유전자의 생쥐 homologue가 보고되었으며 구조적으로 N-terminal과 C-terminal에서 공통적인 아미노산을 가진다. MMS에 민감한 rad50 돌연변이 효모에 생쥐 homologue를 발현시키면 MMS에 저항성을 나타내어(complementation) 생쥐 RAD50 유전자가 DNA 회복기능에 관여하고 있음이 시사되었다. 본 연구에서는 RAD50 유전자의 인간 homologue를 cloning하고 염기 서열을 분석하였으며 이 유전자의 특성을 조사하였다. 인간 RAD50 cDNA clone (4.4 kb)의 염기 서열을 분석한 결과 효모나 생쥐에서와 같이 1312개의 아미노산(154 kDa)으로 구성되며 생쥐 RAD50 단백과는 92%의 homology를 나타내었다. Northern 분석을 시행한 결과 RAD50 유전자가 여러조직에 다양하게 분포되고 있으며 특히 심장, 췌장 및 근조직에 높게 발현되고 있음이 관찰되었다. 효모, 생쥐 및 인간 RAD50 유전자의 아미노산 서열을 비교한 결과 N-terminal에서 효모와 생쥐와는 각각 60% 및 97%의, C-termin리에서는 각각 65% 및 99%의 homology를 보였으며 특히 N-terminal의 ATP binding domain은 세 유전자간에 잘 보존되어 있었다. (A/G-X-X-X-X-G-K-S/T, ATP binding domain loop의 공통구조; G-M-N-G-S-G-K-T, 효모; G-P-N-G-A-G-K-T, 생쥐, 인간). Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) 분석결과 N-terminal 부위에서 alternative splicing에 의해 ATP binding domain이 결손된 단백(138 kDa)이 각종 암조직에서 발현되고 있음이 관찰되었다. 효모 RAD50 유전자의 경우 ATP binding domain이 결손된 돌연변이종은 DNA 회복 기능을 상실하는 것으로 보고되어 있어서 인간에서도 ATP binding domain이 없는 단백은 정상 단백과는 다른 기능을 가지고 있음이 시사되었다. In Saccharomyces cerevisiae, RAD50 is one of several recombinational repair genes that are required for mitotic repair of DNA damage induced by X-ray- and methyl methane sulfonate(MMS) and for meiotic recombination. RAD50 is distinct from other RAD genes in the recombinational repair group (RAD51, 52, 54 and 57) with respect to its roles in meiosis and in DNA repair. Recently a murine homologue of RAD50 has been reported. It has homology with the yeast RAD50 in amino acid level at the N-terminal and C-terminal sites. Expression of the mouse RAD50 cDNA rescued the MMS-sensitive phenotype in rad50 mutant yeast (complementation), indicating that murine homologue might be involved in the DNA repair process. Sequence analyses of human cDNA clone (4.4 kb) revealed that it encoded a protein comprising 1312 amino acids like those of yeast and mouse, with a deduced molecular mass of 154 kDa and has 92% of homology to mouse RAD50 protein. Northern blot analyses demonstrated widespread RAD50 gene expression in various tissues but the RAD50 gene was highly expressed in heart, pancreas and skeletal muscle. Comparison of human amino acid sequences with yeast and mouse identified two regions of homology, exhibited 60% and 97% sequence identity in the N-terminal region, respectively whereas 65% and 99% sequence identity in the C-terninal region. Especially the loop motif of ATP binding domain located in N-terminal region was well conserved among them (A/G-X-X-X-X-G-K-S/T, consensus sequence; G-M-N-G-S-G-K-T, in yeast; G-P-N-G-A-G-K-T, in mouse and human). Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) analyses identified an alternative splicing at the N-terminal region which altered ATP binding domain in the deduced amino acid structure of the RAD50 protein(138 kDa) expressed in various human cancer tissue. The importance of the ATP binding domain to RAD50 function is underscored by the observation that amino acid substitutions within the loop motif completely abrogate the functional DNA repair activity of yeast RAD50. These observations suggest that mutant proteins which do not posses have the ATP binding domain might have a different role in DNA repair process compared with wild RAD50 protein.

哺乳動物細胞에서 Bleomycin에 의한 染色體異常과 DNA 回復에 미치는 Aphidicolin의 影響

오규선 東亞大學校 大學院 1986 국내석사

The present study has been undertaken to determine the effect of Aphidicolin (APC) on chromosome aberrations, unscheduled DNA synthesis and DNA single-strand breaks induced by Bleomycin (BLM) in cultured chinese hamster ovary (CHO)-Kl cells. The inverstigation was also aimed to elucidate the relationship between chromosome aberrations and DNA repair. The results obtained were as follows : 1. The rates of cell survival were reduced according to increment of BLM concentration. 2. The frequency of chromosome aberrations induced by BLM was dose dependent and decreased according to post-incubation time 3. The Post-treatment with APC exhibited synergistic effect on BLM-induced chromosome aberrations. The cells treated APC were not induced chromosome aberrations. 4. In the BLM treated groups, the quantitative analysis of unscheduled DNA synthesis determined by the average number of grains per cell showed that the grains were increased up to 40 ㎍/ml BLM and then reached almost plateau thereafter. The percentage of unscheduled DNA synthesis did not significantly change in the group treated with BLM plus APC as compared with the group post-incubated after BLM treatment. 5. Alkaline elution profile of BLM treatment showed dose dependent increment of DNA single-strand breaks. DNA single strand breaks induced by BLM decreased according to post-incubation time. 6. The single treatment with APC did not affect DNA single-strand breaks. DNA single-strand bleaks induced by combined treatment with BLM plus APC was similar to post-incubation group after BLM treatment. The above results suggest that BLM induced cell killing, chromosme aberrations, unscheduled DNA synthesis and DNA single-strand breaks. APC enhance the rate of chromosome aberrations induced by BLM although it is not DNA damaging agent. The present results suggest that DNA repair mechanist, is not necessary involved in the formations of chromosome aberrations.