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주홍돈(Hong Don Joo),박상옥(Sang Wook Park),장직현(Jik Hyun Chang) 한국정보과학회 1993 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.20 No.2
본 논문에서는 변형된 정렬 문제로서, 정렬의 대상이 되는 원소와 각 원소에 주어진 왼쪽 한계값이 정렬된 후의 그 원소가 위치할 수 있는 자리를 제한하는 정렬 문제를 생각한다. Heap을 이용하여 문제를 해결하는 O(nlogn)의 시간복잡도를 가지는 순차 알고리즘은 이미 알려져있다. 여기에서는 주어진 문제를 해결하는 3가지의 병렬 알고리즘을 제시한다. 먼저 순차 알고리즘에서 Heap을 병렬화하여 O(logn)의 프로세서를 가지고 O(n)시간에 해결하는 병렬 알고리즘과 Heap을 이용하지 않는 알고리즘으로 O(n²/logn)의 프로세서를 가지고 O(logn)시간에 해결하는 병렬 알고리즘과 O(n)의 프로세서를 가지고 O(log²n) 시간에 해결하는 병렬 알고리즘을 제시한다.
In vitro and In vivo Anti-Helicobacter pylori Activities of Centella asiatica Leaf Extract
Hong-Mei Zheng,Myung-Joo Choi,Jae Min Kim,Kye Wan Lee,Yu Hwa Park,Don Haeng Lee 한국식품영양과학회 2016 Preventive Nutrition and Food Science Vol.21 No.3
Helicobacter pylori infection is associated with an increased risk of developing upper gastrointestinal tract diseases. However, treatment failure is a major cause of concern mainly due to possible recurrence of infection, the side effects, and resistance to antibiotics. The aim of this study was to investigate the activities of Centella asiatica leaf extract (CAE) against H. pylori both in vitro and in vivo. The minimum inhibitory concentrations (MICs) against 55 clinically isolated strains of H. pylori were tested using an agar dilution method. The MICs of CAE ranged from 0.125 mg/mL to 8 mg/mL, effectiveness in inhibiting H. pylori growth was 2 mg/mL. The anti-H. pylori effects of CAE in vivo were also examined in H. pylori-infected C57BL/6 mice. CAE was orally administrated once daily for 3 weeks at doses of 50 mg/kg and 250 mg/kg. CAE at the 50 mg/kg dose significantly reduced H. pylori colonization in mice gastric mucosa. Our study provides novel insights into the therapeutic effects of CAE against H. pylori infection, and it suggests that CAE may be useful as an alternative therapy.
돼지의 UCP3 유전자의 단일염기서열 변이와 경제형질과의 연관성 분석
Jae-Don Oh(오재돈),Kun-Woo Lee(오건우),Il-Jung Jung(정일정),Gwang-Joo Jeon(전광주),Hak-Kyo Lee(이학교),Hong-Sik Kong(공홍식) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.1
Uncoupling protein (UCP) 3 유전자는 갈색지방세포의 미토콘드리아 내막에 존재하며 탈공역 산소(uncoupling oxygen)를 통해 ATP를 생산하는 것으로 알려져 있다. 이는 세포 내의 과다 에너지를 열로 발산시키는 기능을 하고 있다. 본 연구는 돼지의 UCP 3 유전자 내 missense mutation의 유전자형을 조사하고 경제형질과의 연관성을 분석하기 위하여 실시하였다. 돼지의 UCP3 유전자의 염기서열 분석을 통해 1405 bp 지역에서(accession number: AY739704) G염기가 A염기로 치환되는 변이를 확인하였다. 확인된 변이지역은 G가 A로 치환됨으로 인해 150번째 아미노산 서열이 glycine (GGG)에서 arginine (AGG)으로 바뀌는 missense mutation임을 확인하였다. 각 유전자형의 빈도는 0.164(GG), 0.587(GR) 그리고 0.249(RR)로 확인되었으며, 각 대립유전자의 빈도는 0.458(G)과 0.542(R)로 확인되었다. 돼지 UCP3의 G150R 유전자형과 경제형질 간의 연관성을 분석한 결과 등지방두께에 있어 유의적인 연관성이 검출되고 일당증체량과 90 kg 도달일령에서는 유의적인 값이 검출되지 않았다. Uncoupling protein (UCP) 3 has a number of proposed roles in the regulation of fatty acid metabolism. A number of polymorphisms in the human UCP3 gene have been identified, and the correlation with obesity related phenotypes evaluated. The objective of this study was to identify SNP in porcine UCP3 gene and to investigate the effect of the SNP on economic traits. The sequencing analysis method was used to identify nucleotide polymorphisms at position 1405 bp (Genebank accession No : AY739704) in porcine UCP3 gene. The SNP (G150R), located in the exon 3, changed the amino acid to glycine (GGG) from arginine (AGG). This G150R showed three genotypes - GG, GR and RR - by digestion with the restriction enzyme Sma Ⅰ using the PCR-RFLP method. The G150R showed significant effects only on back fat (P<0.05). Animals with the genotype GG had significantly higher back fat thickness (1.358 ㎝) than animals with the genotype GR (1.288 ㎝, P<0.05) and RR (1.286 ㎝, P<0.05). However, the genotypes had no significant association with ADG and days to 90㎏. According to results of this study, a G allele of the G150R was found to have a significant effect on back fat thickness. It will be possible to use SNP markers on selected pigs to improve backfat thickness, an important economic trait.
Enoxaparin Therapy for Arterial Thrombosis After Umbilical Cord Catheterization in Preterm Infants
Yoon-Joo Kim,Young Don Kim,Jae Hong Choi 대한신생아학회 2016 Neonatal medicine Vol.23 No.2
The incidence of symptomatic thrombosis of umbilical arterial catheterization is 1-3%. Therapeutic options may include: using heparin or low molecular weight heparin, using a thrombolytic agent, or surgical thrombectomy. However, there are insufficient data to recommend any one treatment over the others. Recently, enoxaparin, a low molecular weight heparin, has emerged as a drug of choice for the treatment of neonatal thrombosis due to pharmacologic stability over unfractionated heparin or thrombolytic agents. We report a case of successful treatment of aortic thrombosis after umbilical arterial catheterization with enoxaparin in preterm infants.
Microsatellite Marker를 활용한 한국 토종닭 품종의 유전적 다양성 및 유연관계 분석
서주희(Joo Hee Seo),오재돈(Jea-Don Oh),이준헌(Jun-Heon Lee),서동원(Dongwon Seo),공홍식(Hong Sik Kong) 한국가금학회 2015 韓國家禽學會誌 Vol.42 No.1
& & Microsatellite(MS) marker는 가축의 유전적 특성 및 계통간의 유연관계 분석에 있어 많이 이용되고 있는 분자유전학적 유전표지로 유전체 상에 널리 분포하고 있으며, 높은 변별력과 검출이 간편하다. 본 연구는 한협 8개 계통과 토종닭 순계 12 계통을 대상으로 27종 MS marker의 유전자형을 분석하고, 이를 기반으로 유전적 특성 및 계통간 유연관계를 구명함으로써 한협에서 생산되고 있는 토종닭 계통들의 유전적 배경이나 특성에 대한 기초자료를 제공하고자 실시하였다. 연구 결과, 27종 MS marker 분석 결과, 평균 11.7개의 대립유전자가 확인되었으며, Hexp와 PIC의 경우 MCW0288이 각각 0.688, 0.646으로 가장 낮았고, MCW0104가 0.881, 0.869로 가장 높게 확인되었으며, 집단별 Fis(f )값을 통해 한협 H 계통(HH)은 집단 내 개체 간 상관 정도가 가장 적은 것으로 확인되었다. 계통 간 유연관계를 분석한 결과, 전체 20계통 중 로드 아일랜드 레드 계통(NC와 ND)이 가장 가까운 것(0.175)으로 확인되었으며, 반면에 레그혼 F(NF)와 로드 아일랜드 레드 D(ND) 계통이 가장 먼 것(0.710)으로 확인되었다. MS marker의 효율성을 검증하기 위해 동일개체 출현확률(PI)을 분석한 결과, 전체 계통에 대한 동일개체 출현확률(PI)과 한협 8계통의 동일개체 출현확률(PI)은 27종의 MS marker를 사용하였을 경우, 각각 8.80×10<SUP>—83</SUP>, 3.87×10<SUP>—117</SUP>으로 확인되었다. 따라서 본 연구는 토종닭 시장에서 높은 점유율을 보유한 한협의 실용계 계통의 유전적 배경과 특성 분석을 통해 향후 소비자의 요구에 부합하는 토종닭의 개량 및 실용계 계통의 개발을 위한 기초자료로 유용하게 활용될 것으로 기대된다. & & In this study, genotyping was executed by using 27 microsatellite markers for genetic diversity of 469 Korean Native Chickens [20 population, each population is 24 samples but Hanhyup A line is 13 samples). in total 469 samples were collected from National Institute of Animal Science (Korean Native Chicken (NR, NY, NG, NL and NW), Ogye (NO), Leghorn F,K (NF and NK), Black and Brown cormish (NH and NS), Rhode Island Red C, D (NC and ND), Total is 12 populations] and Hanhyup [H line (HH), F line (HF), G line (HG), V line (HV), S line (HS), W line (HW), Y line (HY), A line (HA), total is 8 populations]. [The allele number were observed 5 (ADL0268) to 20 (MCW0127) each markers. Observed heterozygostiy (Hobs), expected heterozygosity (Hexp), polymorphism Information Content (PIC) were observed 0.359 to 0.677, 0.668 to 0.881 and 0.646 to 0.869, respectively. Using these markers, the calculated the heterozygote deficit within chicken line (Fis) value each population from mean 0.117. Phylogenetic tree showing the genetic relationship among 20 population using standard genetic distance calculated from 27 microsatellite markers. genetic distances revealed the closest (0.175) between NC and ND. on the other hand, Farthest genetic distances (0.710) revealed between NF and HV. STRUCTURE analysis and Principal Components Analysis (PCA) showed that results of similar phylogenetic tree. The expected probability of identity values on random individuals (Total population and only Hanhyup line) was estimated at 8.80×10<SUP>—83</SUP> and 3.87×10<SUP>—117</SUP>, respectively. In conclusion, This study shows the useful data that be utilized as a basic data of Korean Native Chicken breeding and development for commercial chicken industry to meet the consumer’s demand.
Lee, Joo-Hee,Hong, Ja-Bin,Hong, Sang-Bin,Choi, Min-Seon,Jeong, Ki-Yong,Park, Hyoung-Joon,Hwang, Duk-Ju,Lee, Seung-Don,Ra, Dong-Soo,Heu, Sung-Gi The Korean Society of Plant Pathology 2008 Plant Pathology Journal Vol.24 No.2
Plant-cell-wall-degrading enzymes (PCWDEs) of Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum are the key virulence factor in pathogenesis of soft rot disease of vegetables. The production of PCWDEs is controlled in a cell density dependent manner to avoid the premature production of PCWDEs and subsequent activation of plant defense. N-oxoacyl-homoserine lactone (OHL) is essential for quorum sensing in the soft rot pathogen and the expI gene is responsible for OHL production. The ExpI homolog isolated from P. carotovorum subsp. carotovorum SL940 had 94% identity with ExpI of E. carotovora subsp. carotovora scc3193 and 74% identity with Carl of E. carotovora subsp. atroseptica. The transgenic plants that express exp I uner the control of CaMV35S promoter were able to produce diffusible OHL. Transgenic plants producing OHL were very resistant to the infection of P. carotovorum subsp. carotovorum. Since the PR1 gene was strongly induced and NPR1 and NPR4 were induced weakly in transgenic plants compared to the wild type, salicylic acid-dependent pathways is likely involved in the resistance to the soft rot pathogen P. carotovorum subsp. carotovorum in ExpI transgenic plants.