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Molecular Level Relationships of Purple Nonsulfur Bacteria and their Relatives
이상섭,윤병수,김재수,이현순,Lee, Sang-Seob,Yoon, Byoung-Su,Kim, Jae-Soo,Lee, Hyun-Soon The Microbiological Society of Korea 1994 미생물학회지 Vol.32 No.1
광합성 세균과 비광합성 세균에 속하는 종들 사이의 유연관계를 파악하기 위해 DNA 혼성화 방법을 실시하였다. 혼성화도는 종내 균주들 사이와 Rhodobacter capsulatus와 Rhodopseudomonas blastica 사이를(72-88%) 제외하고는 전체적으로 낮게 나타났다(2-35%). 광합성 세균 Rhodopseudommonas Palustris와 비광합성 세균 Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Bradyrhizobium japonicu, 사이의 D%는 광합성 세균 사이의 D%보다 약간 높게 나타났다(26-33%). Rhodopseudomonas blastica와 Rhodobacter capsulatus 사이의 D%는 72%로 유전적 유연관계가 매우 높은 것으로 나타났다. DNA-DNA hybridization by kinetic method was carried out between species of purple nonsulfur photosynthetic bacteria and nonphotosynthetic bacteria. The degrees of homology percent were shown to be low (2-35 D%) with the exception of high homology % (72-88 D%) for strains within a species and between Rhodobacter capsulatus and Rhodopseudomonas blastica. The D% between the purple nonsulfur photosynthetic bacteria, Rhodopseudomonas palustris, and nonphotosynthetic bacteria, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 or Bradyrhizobium japonicum were a little higher (26-33 D%) than the D% between any other photosynthetic bacteria. The homology % between Rhodopseudomonas blastica and Rhodobacter capsulatus was 72 D%, which showed genetic relationship.
축산물 잔류 sulfadimethoxine 검출용 ELISA kit 개발
김우택,김성희,윤병수,임윤규,Kim, Woo-taek,Kim, Seong-hee,Yoon, Byoung-su,Lim, Yoon-kyu 대한수의학회 2000 大韓獸醫學會誌 Vol.40 No.3
An enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) was developed to screen residues of sulfadimethoxine (SDM) in edible animal products. An indirect competitive ELISA was allowed to compete with rabbit anti-SDM for binding to a limited amount of SDM-gelatin conjugate and SDM in serum samples. Sera was diluted 20 times with phosphate buffered saline (PBS) and boiled for 5 minutes to destruct immunoglobulins of serum. Detection limit of this competitive ELISA for SDM was 0.1 ppb or less. Among eight sulfonamide analogues tested for specifity, only sulfamonomethoxine showed significant cross-reaction in the assay. The EC-50 value for sulfamonomethoxine was 3.5 ppm. Recovery of SDM in spiked serum samples between 100 ppb and 500 ppb ranged from 110.7% to 128.9%.
초고속 이단계 PCR에 의한 Shiga 독소 타입 1의 신속 검출법
김일욱,강민희,권순환,조성학,윤병수,Kim, Il-Wook,Kang, Min-Hee,Kwon, Soon-Hwan,Cho, Seung-Hak,Yoon, Byoung-Su 한국미생물학회 2008 미생물학회지 Vol.44 No.3
Shiga 독소 생성 대장균(Shiga toxin-producing Escherichia coli; STEC)을 가장 빠르게 검출할 수 있는 초고속 이단계 PCR 방법을 개발하였다. 검색 대상 유전자는 STEC에서 생성되는 Shiga 독소(Shiga toxin; Stx)를 암호화하고 있는 유전자 stx1이며, 1쌍의 stx 유전자 특이 primer를 사용하여 검출을 수행하였다. 초고속 PCR (Ultra-rapid PCR)은 microchip 기반의 6 ${\mu}l$ PCR 용량의 Real-time PCR을 사용하고, PCR 회전의 각 단계 중 혼성과 중합을 한 단계로 하였을 뿐 아니라, 각 단계의 적용시간을 각 1초, 3초(해리, 혼성/중합)가 되게 극단적으로 줄여, 검사소요시간을 최소화하였다. 35회전의 PCR 진단에 사용된 시간은 6분38초였으며, 용융온도분석에서 stx1 특이 유전자가 검출되었음을 확인하는 데까지 총 7분 28초가 소요되었다. 또한 민감도 측정에서 $3{\times}10^0$ CFU/reaction까지 성공적으로 검출 가능함이 확인되었고, 용융온도분석에서 이 증폭산물은 일정한 $81.42{\pm}0.34^{\circ}C$의 용융온도를 갖는 것으로 확인되었다. 이 검사법을 다양한 STEC 균주들에게 적용하여 그 성능을 검증하였으며, 이로써 본 초고속 이단계 PCR 방법은 Shiga 독소 생성 대장균의 초신속 검출에 바로 적용될 수 있을 것으로 기대한다. Rapid detection-method for Shiga toxin type 1 that was produced from Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) was developed by two-step ultra-rapid real-time (URRT) PCR. The specific primers were deduced from 80 bp stable region of stx type 1 (stxl) gene among various informations of STEC strains. URRT PCR is a microchip-based real-time PCR using 6 ${\mu}l$ of reaction volume with extremely short denaturation step and annealing/extension step (1 sec, 3 sec, respectively) in each cycle of PCR. Using the stx1-specific URRT PCR, 35 cycled PCR were finished in time of 6 min and 38 see, also measured 7 min and 28 see including melting temperature (Tm) analysis. The detection-limit of stxl-specific URRT-PCR was estimated until 3 colony forming units / PCR with products with stable Tm at $81.42{\pm}0.34^{\circ}C$. In the applications to various STEC strains and contaminated genomic DNAs, stx1-specific URRT-PCR were tested and shown that it would be expected an useful method for the rapid detection of stx1-coded STEC strains.
김정구,노지나,박동석,윤병수,Kim, Jeong-Gu,No, Ji-Na,Park, Dong-Suk,Yoon, Byoung-Su 한국미생물학회 2011 미생물학회지 Vol.47 No.2
Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (PCC)는 세균성 무름병균으로 주로 감자, 양배추 등의 식물에서 질병을 일으킨다. 본 연구에서는 현장에서 신속하게 진단하기 위해 loop-mediated isothermal amplification법을 이용하여 1시간 내에 등온에서 검출 가능한 진단법을 개발하였으며, 이를 PCC-LAMP법이라 명명하였다. PCC의 lytic murein transglycolase 유전자를 특이적으로 증폭시키는 4개의 프라이머를 제작하였으며 최적 온도가 $61^{\circ}C$임을 확인하고 최적 조건을 확립하였다. 최적 조건을 바탕으로 4개의 프라이머가 $1{\times}10^3$ copies까지 검출하는 민감성을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 개발된 PCC-LAMP법은 특이성 검사를 통해 PCC만이 특이적으로 검출됨을 확인하였으며, 이는 실제 시료에서도 적용 가능함을 확인하였다. PCC-LAMP법을 통하여 PCC를 신속하고 정확하게 검출함으로써 현장에서 유용하게 적용될 수 있을 것으로 사료된다. Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum is the causative agent of soft rot in crops such as potato and cabbages. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a simple DNA amplification method, as well as isothermal PCR technique. In this study, a new method for the rapid detection of Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum was developed using LAMP that named PCC-LAMP. Based on lytic murein transglycolase gene of Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, a set of four primers for LAMP was designed. The optimal PCC-LAMP reaction temperature was established at $61^{\circ}C$. Under standard conditions, PCC-LAMP amplified $1{\times}10^3$ copies of clone PCC-pBX437 per reaction. Further, this method can also assay directly by SYBR Green I without electrophoresis. Amplification was not detected for five other bacterial species. In conclusion, PCC-LAMP may be a useful method for the detection Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum in the field.