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- 저자 : Cheong Taejin (검색결과 14 건)
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RNA-Seq for Gene Expression Profiling of Human Necrotizing Enterocolitis: a Pilot Study
Jung, Kyuwhan,Koh, InSong,Kim, Jeong-Hyun,Cheong, Hyun Sub,Park, Taejin,Nam, So Hyun,Jung, Soo-Min,Sio, Cherry Ann,Kim, Su Yeong,Jung, Euiseok,Lee, Byoungkook,Kim, Hye-Rim,Shin, Eun,Jung, Sung-Eun,Cho The Korean Academy of Medical Sciences 2017 JOURNAL OF KOREAN MEDICAL SCIENCE Vol.32 No.5
<P>Necrotizing enterocolitis (NEC) characterized by inflammatory intestinal necrosis is a major cause of mortality and morbidity in newborns. Deep RNA sequencing (RNA-Seq) has recently emerged as a powerful technology enabling better quantification of gene expression than microarrays with a lower background signal. A total of 10 transcriptomes from 5 pairs of NEC lesions and adjacent normal tissues obtained from preterm infants with NEC were analyzed. As a result, a total of 65 genes (57 down-regulated and 8 up-regulated) revealed significantly different expression levels in the NEC lesion compared to the adjacent normal region, based on a significance at fold change ≥ 1.5 and <I>P</I> ≤ 0.05. The most significant gene, <I>DPF3</I> (<I>P</I> < 0.001), has recently been reported to have differential expressions in colon segments. Our gene ontology analysis between NEC lesion and adjacent normal tissues showed that down-regulated genes were included in nervous system development with the most significance (<I>P</I> = 9.3 × 10<SUP>−7</SUP>; <I>P<SUB>corr</SUB></I> = 0.0003). In further pathway analysis using Pathway Express based on the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database, genes involved in thyroid cancer and axon guidance were predicted to be associated with different expression (<I>P<SUB>corr</SUB></I> = 0.008 and 0.020, respectively). Although further replications using a larger sample size and functional evaluations are needed, our results suggest that altered gene expression and the genes' involved functional pathways and categories may provide insight into NEC development and aid in future research.</P>
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쇄설성 저어콘 지질연대학에서 다차원 척도분석법(MDS)의 효과적 적용: 경상분지 밀양소분지 남부 지역 사례연구
채용운(Yong-Un Chae),최태진(Taejin Choi),김정빈(Cheong-Bin Kim),김경수(Kyung Soo Kim),하수진(Sujin Ha),임현수(Hyoun Soo Lim) 대한지질학회 2021 대한지질학회 학술대회 Vol.2021 No.10
최근 분석기술 및 장비의 발달로 쇄설성 저어콘 지질연대학 연구가 매우 활발하게 이루어지고 있다. 이에 따라 쇄설성 저어콘 연대 자료들이 증가하고 있으며, 이는 빅데이터 기반의 다중 시료 연구로 이어진다. 한반도에서 가장 큰 백악기 경상분지에서도 다양한 층준과 지점들에서 쇄설성 저어콘 연대측정 연구가 지속적으로 수행되고 있다. 축적된 자료들의 객관적 해석을 위해 다양한 통계처리법들이 이용된다. 다차원 척도분석법(Multidimensional Scaling, MDS)도 다중 시료를 이용한 유사도 평가방법 중 하나로 주로 Kolmogorov-Smirnov 검정을 이용해 시료들 간 유사도를 거리로 표시한 직관적 도표로 보여주며, 쇄설성 저어콘 지질연대학에서 가장 많이 사용되는 통계적 기법 중 하나다. 최근에는 MDS가 다양한 지역의 쇄설성 저어콘 분석에 활용되고 있다. 연구 지역인 경상분지에서도 MDS를 적용한 연구가 수행되었지만, 지금까지 MDS를 활용한 퇴적물 기원지 연구 대부분은 분석한 모든 일치연대(concordant age populations)가 통계 처리에 이용되었다. 이는 연구자에 의한 별도의 처리과정이 없기 때문에 주관이 개입되지 않는 장점이 있다. 그러나 모든 일치연대를 MDS에 적용하는 것은 오히려 시각화된 결과의 복잡성을 증가시킬 수 있기 때문에 결과를 보다 명확하게 보여줄 수 있는 효율적인 적용 방안이 필요하다. 이번 연구에서는 밀양소분지 지역의 연대측정 자료들을 종합해 퇴적물의 기원지 변화와 방대한 쇄설성 저어콘 연대자료들의 유사도를 객관적이고 시각적으로 나타낼 수 있는 MSD 기법의 효율적인 적용 방안에 대해 토의하고자 한다. 연구결과는 지금까지 막연하게 제시되었던 경상분지 퇴적물 기원지 변화에 관한 보다 명확한 시공간적 변화과정을 제시함과 동시에 최근 축적된 쇄설성 저어콘 연대자료를 처리할 때 많이 이용되는 MDS 기법을 보다 효율적으로 사용할 수 있는 사례를 제시할 수 있을 것으로 보인다.
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대륙붕 한일공동광구에 분포하는 제 3기 시추 시료 유기물의 지화학적 특성
이영주,윤혜수,정태진,곽영훈,오재호,Lee Youngjoo,Yun Hyesu,Cheong Taejin,Kwak Younghoon,Oh Jaeho 한국석유지질학회 1998 한국석유지질학회지 Vol.6 No.1
동중국해 분지의 북부에 위치한 한일 공동 광구 시추공 (JDZ V-1, V-3, VII-1 그리고 VII-2)제3기 퇴적물 내의 유기물의 특성을 파악하기 위해서 유기 지화학적 분석을 실시하였다 JDZ V-1, JDZ V-3 공 후기 마이오세 퇴적물의 유기물 함량은 분석 구간에서 대부분 $0.5\%$ 이하로 매우 낮으나 초기 마이오세 및 올리고세 층에서는 $0.6-0.8\%$로 일정한 함유량을 보인다. JDZ VII-1, JDZ VII-2시추공의 중기-후기 마이오세 퇴적층의 경우에는 유기물이 풍부해서 $20\%$에까지 이르는 것으로 나타났다. 이들 시추공 퇴적물이 JDZ V-1이나 V-3공의 그것에 비해 일부 구간에서 유기물의 함량이 매우 높은 것은 탄질 셰일이 분석된 것으로 퇴적 환경이 탄층이나 탄질 셰일의 발달에 적합했던 것으로 판단된다. JDZ시리즈 시추공 제3기 퇴적물에 포함된 케로젠은 주로 육상기원의 목질 및 탄질물이고 원소 분석 결과에서는 주로 타이프 III에 비교되는 것으로 나타났다. 유기물 함량에 비하여 석유 생성 잠재력 (S2)및 수소지수 (HI)가 낮은 것은 육상 유기물의 특성을 반영하는 것이다. 생물표기화합물 분석에 의하면, JDZ시추공의 제3기 퇴적물 내의 유기물은 육상 고등 식물에서 유래한 것들이 우세한 것으로 나타났고, 퇴적 당시의 조건은 산화 환경이어서 퇴적된 유기물의 보존에 적합치 않았던 것으로 해석된다. 지화학적 특성을 통해서 유추한 JDZ시추공의 유기물의 특성 및 퇴적환경은 하성 환경이 우세한 가운데 일시적인 호수, 혹은 늪지나 범람원이 형성을 나타내 기존 조구조 운동 연구 및 퇴적학적 연구 결과와 일치하고 있다. 유기물의 열 성숙 단계는 JDZ V-1 및 V-3 시추공의 총 심도 부근 (각각 3317 m, 3221 m)에서는 석유 생성 중간 단계에 도달했고, JDZ VII-1 및 VII-2공의 3600 m 하부층은 건성 가스 생성 단계에까지 도달한 것으로 나타났다. JDZ VII-1, VII-2 시추공의 3500 m 하위 구간의 올리고세 퇴적층에서 유기물 함량 및 수소 지수가 급격히 감소하는 것은 매몰 심도가 깊어지면서 유기물이 열 분해되어 이미 탄화수소를 생성한 것으로 해석된다. JDZ VII-1 및 VII-2 시추공의 가스징후 및 길소나이트 (gilsonite)는 탄화수소가 생성되어 이동한 흔적을 시사한다. Organic geochemical analyses were carried out in order to characterize organic matter (OM) in the sediments recovered from Korea/japan Joint Development Zone (JDZ V-1, V-3, VII-1 and VII-2) which is located in the northern end of the East China Sea Shelf Basin. Late Miocene sediments from the JDZ V-1 and V-3 wells generally contain less than $0.5\%$ of total organic carbon (TOC). However, early Miocene and Oligocene sediments show TOC values of $0.6-0.8\%$. Middle to late Miocene sediments are rich in TOC up to $20\%$ from JDZ VII-1 and JDZ VII-2 wells. The reason for this rich TOC might be attributed to the presence of coaly shales. Kerogens in the Tertiary sediments from the JDZ series wells are mainly composed of terrestrially derived woody organic matter. Elemental analyses indicate that OM from these wells can be compared to type III. Low hydrocarbon potential and hydrogen index reflect the type of OM. According to the biomarker analyses, the input of the terrestrial OM is prevalent. Oxidizing condition is also indicated by Pristane/Phytane ratio. Samples from the JDZ V-1 and V-3 wells obtain maturities equivalent to the oil generation zone around total depth, and organic matter below 3600 m from JDZ VII-1 and VII-2 wells reached dry gas generation stage. Oligocene sediments below 3500 m in the JDZ VII-1 and JDZ VII-2 wells may have generated limited amount of hydrocarbons, showing a progressive decrease in hydrogen index with depth, due to thermal degradation with increased burial. Gas shows and finely disseminated gilsonite may indicate the generation and migration of the hydrocarbons.
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고흥지역 백악기 두원층 퇴적물의 기원지: 전기 백악기 저어콘들의 새로운 공급기작
채용운(Yong-Un Chae),하수진(Sujin Ha),최태진(Taejin Choi),김정빈(Cheong-Bin Kim),김경수(Kyung Soo Kim),임현수(Hyoun Soo Lim) 대한지질학회 2021 대한지질학회 학술대회 Vol.2021 No.10
전라남도 고흥지역 북부에는 전기 백악기에 퇴적된 두원층이 북북동-남남서 방향으로 길이 약 15 km, 너비 약 5 km로 길게 분포한다. 두원층은 선캄브리아 시대 지리산편마암복합체를 부정합으로 충적선상지에서 망상하천으로 전이되는 환경에서 퇴적되었다(Cho, 2000). 퇴적시기는 두원층 하부에서 약 123 Ma로 보고되었고, 시층서적으로 경상분지 낙동층과 대비된다(Chae et al ., 2019). 두원층을 구성하는 퇴적물의 기원지에 관해서는 Cho (2000)에 의한 고유향 분석을 통해 대체로 서쪽에서 동쪽 방향으로 우세하다고 보고되었으나 기원지 범위(분포)에 관한 자료는 전무하다. 이번 연구에서는 두원층 퇴적물의 기원지와 공급기작을 밝히기 위해 두원층의 다양한 위치에서 5개 사암시료를 채취 후 쇄설성 저어콘의 형태학적 특징 분석과 LA-MC-ICP-MS U-Pb 절대연령을 측정했다. 시료 당 100점을 분석해 총 495개의 유효분석점을 얻었고, 저어콘들의 연대는 선캄브리아 시대 약 73%, 고생대 약 2%, 중생대 약 25%의 비중으로 나타났다. 이들 중 백악기 저어콘들을 제외한 나머지 저어콘들은 대부분 두원층 분포지역의 북서 또는 서쪽에 위치하는 영남육괴와 옥천대 남서부지역에서 유래되었음을 알 수 있었다. 백악기 저어콘들은 총 16개로 전체의 약 3%이며, 연령의 범위는 약 127-118 Ma로 나타났다. 이 기간은 저각섭입하는 해양판으로 인해 한반도 내 마그마 활동 휴지기로 알려진 시기와 일치한다. 그러나 동일시기의 중국 동부지역에서는 활발한 화성활동으로 인해 화산활동 또한 활발했고 지금과 마찬가지로 편서풍이 우세했기에 상대적으로 동부에 위치한 현재의 한반도 지역에 화산분출물을 공급했을 가능성이 있다. 또한 백악기 저어콘들이 다른 지질시대의 저어콘들에 비해 크기가 작다는 점 그리고 한반도 내 마그마 휴지기와 일치하는 연령을 나타내는 백악기 쇄설성 저어콘 εHf (t)값의 범위가 북중국지괴의 값과 잘 일치한다는 점들도 위 가능성을 지지한다.
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이영주,정태진,김진석,김학주,윤혜수,곽영훈,Lee Youngjoo,Cheong Taejin,Kim Jinseok,Kim Hagju,Yun Hyesu,Kwak Younghoon 한국석유지질학회 1998 한국석유지질학회지 Vol.6 No.1
포항 지역의 지하수에 녹아있는 수용성 탄화수소 가스의 지화학적 특성을 파악하기 위해서 지하수를 채취하여 지하수의 성분, 추출된 가스의 함량, 탄화수소 가스의 성분 및 탄소 동위원소 분석을 실시하였다. 지하수들로부터 추출된 총 가스의 함량은 최소 27.0 ml/l, 최대 50.1 ml/l이다. 추출된 가스 중 탄화수소 성분은 메탄 $(CH_4)$이 27 ppm에서 376,420 ppm까지 나타났고 에탄 $(C_2H_6)$ 성분도 일부 시료에서 19 ppm에서 127 ppm까지 검출되었다. 지하수로부터 추출된 총 가스의 함량은 대수층 및 주변 지질에 따른 변화는 없었던 반면, 총 탄화수소의 함량은 대수층 및 주변 지질과 관련이 있는 것으로 나타났다. 즉, 대수층이 제3기층이거나 제3기 퇴적층의 두께가 두꺼운 곳에서 시추된 공의 지하수에서 탄화 수소 가스의 함량이 높은 경향을 보인다 지하수에 녹아있는 탄화수소의 함량과 지하수의 총 고형물 (T-solids)성분이 비례하는 것으로 보아 탄화수소 성분은 제3기층의 지층수에 녹아있었던 것으로 생각한다. 지하수에서 추출된 총 탄화수소 가스 중 메탄 성분은 $99.9\%$ 이상을 차지하고, 메탄 가스의 탄소 동위원소 비 $({\delta}C^{13})$는 $-73.1\%_{\circ}$에서 $-43.22\%_{\circ}$ 까지의 범위를 나타내는 것으로 보아 포항 지역 수용성 가스는 저온, 무산소 환경에서 메탄 생성 박테리아의 작용에 의해서 생성된 생물기원 가스로 해석된다. Chemical components of water, chemical and isotopic compositions of extractable gases were analyzed to characterize the properties of the natural gases which are dissolved in ground water in the Pohang area. Amount of total extracted gases ranges from 27 ml/l to 50.1 ml/l. Hydrocarbon gases are composed of methane ($27{\~}376,420 ppm$) and ethane ($19{\~}127 ppm$). Amount of total hydrocarbon gases is related to the lithology and geological factors around the reservoir. Quantity of hydrocarbon gases tends to increase in the Tertiary reservoirs and in the reservoirs where the Tertiary formations are thick enough. According to the relationship between hydrocarbon gases and total solids in the ground water, it is believed that the hydrocarbon gases were dissolved in the Tertiary formation water. Based on the methane content ($>99.9\%$) and isotopic composition (${\delta}C^{13};-73.1\%_{\circ}{\~}-43.22\%_{\circ}$), we interpret the gases to be of predominantly biogenic origin which were generated by the methanogenic bacterial processes under the low temperature and anoxic conditions.
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