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        유전자 알고리즘을 이용한 하플로타입 추론

        이시영(See Young Lee),한현구(Hyun Goo Han),김희철(Hee Chul Kim) 한국정보과학회 2006 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.33 No.5·6

        인간과 같은 2배체의 각 염색체는 부모로부터 물려받은 2벌의 복제로 이루어져 있다. 이들 각 복제에서 SNP(single nucleotide polymorphism) 서열 정보를 하플로타입이라 부른다. 인간의 하플로타입 지도를 완전히 찾는 것은 인간 지놈의 중요한 작업 중의 하나인데, 실험적인 방법으로 하플로타입을 직접 얻는 것은 시간이 많이 걸리고 비용이 많이 든다. 따라서 두 하플로타입 정보가 혼합된 지노타입의 샘플들로부터 하플로타입을 추론하는 것에 대하여 연구되어왔다. 이 논문에서는 지노타입들을 설명하는 최소 개수의 하플로타입들을 찾는 모델(최소 하플로타입 추론문제)에 근거하여, 유전자 알고리즘을 사용하여 하플로타입을 추론하는 새로운 접근 방법을 제시한다. 좋은 결과를 주는 것으로 알려진 HAPAR[1]와 이 논문에 제시한 알고리즘을 컴퓨터 실험에 의한 비교를 통하여, 입력이 클 때 이 논문의 알고리즘이 수행시간은 적게 걸리면서 정확성이 비슷함을 보인다. 또한 이 실험 결과를 최근에 제시된 방법인 PTG[2]와 비교한다. In diploid organisms like human, each chromosome consists of two copies. A haplotype is a SNP(single nucleotide polymorphism) sequence information from each copy. Finding the complete map of haplotypes in human population is one of the important issues in human genome. To obtain haplotypes via experimental methods is both time-consuming and expensive. Therefore, inference methods have been used to infer haplotyes from the genotype samples. In this paper, we propose a new approach using genetic algorithm to infer haplotypes, which is based on the model of finding the minimum number of haplotypes that explain the genotype samples. We show that by doing a computational experiment, our algorithm has the correctness similar to HAPAR[1] which is known to produce good results while the execution time of our algorithm is less than that of HAPAR as the input size is increased. The experimental result is also compared with the result by the recent method PTG[2].

      • KCI등재

        열가수분해-고액분리 결합 공정을 적용한 하수슬러지의 가용화

        이시영(See-Young Lee),한인섭(Ihn-Sup Han) 유기성자원학회 2021 유기물자원화 Vol.29 No.4

        본 연구는 하수슬러지의 가용화를 위해 열가수분해와 고액분리 공정을 결합하여 적용하였다. 열가수분해-고액분리 공정으로 전처리한 하수슬러지의 D10, D50와 D90은 각각 8.6, 59.2와 425.1 μm로, 열가수분해 단독 처리한 것에 비해 작게 나타났다. 분자량 분포 실험의 결과에 따르면, 열가수분해 단독 처리한 하수슬러지는 10-100kDa 구간의 비율이 가장 높게 나타났다. 반면에, 열가수분해-고액분리된 하수슬러지는 <1kDa 구간의 비율이 48.3%로 가장 높게 나타났다. 단독 열가수분해 처리한 하수슬러지는 10kDa 이상의 구간에서 DOC와 UVA254가 높게 나타났다. 반면에 열가수분해-고액분리한 하수슬러지는 <1kDa 구간의 DOC와 UVA254가 가장 높은 비율로 나타났다. 열가수분해-고액분리한 하수슬러지의 메탄 전환율은 0.287±0.015 L CH4/kg COD로 단독 처리한 것에 비해 1.7배 높게 나타났다. This study applied with pre-treatment combined with thermal hydrolysis and seperation for disintegration of sludge. As results of particle size distribution D10, D50 and D90 of thermal hydrolyzed and centrifuged sludge was 8.6, 59.2 and 425.1 μm, which are lower than those of thermal hydrolyzed. The molecular weight distribution results showed that the thermal hydrolyzed sludge showed the highest proportion in the 10-100kDa range. But, Sludge, treated with combined pre-treatment, showed the highest proportion <1kDa range. Results of DOC and UVA254 found that the organic matters of hydrolyzed sludge composed high molecular weight component above 10kDa. While, the organic matters of sludge, treated by combined pre-treatment, composed relarively low molecular weight below 1kDa. The specific methane yield of hydrolyzed and centrifuged sludge was higher 1.7 times than that of only hydrolyzed sludge.

      • KCI등재

        중국 도시가계의 식품소비패턴의 지역적 차별성에 관한 연구

        이시영 ( See Young Lee ),박명숙 ( Myung Sook Park ) 한국경제통상학회 (구 한국경상학회, 한국국민경제학회) 2012 경제연구 Vol.30 No.1

        본 연구는 2004년부터 2009년까지 중국의 지역별 소비지출자료를 이용하여 중국 도시가계의 지역별 식품소비패턴을 분석한 것이다. 중국 도시가계의 식품에 대한 소비지출은 총 19개 품목으로 분류되어 있으나, 본 연구에서는 식품의 중요도와 상호연관성에 따라 ``곡류 및 두류``, ``육류``, ``수산물``, ``야채``와 ``과일`` 등의 5개 부문으로 분류하여 분석하였다. 본 연구의 방법론은 다음의 두 가지로 요약된다. 첫째, 중국 31개 지역의 6년간 지역별 식품소비지출에 대한 패널자료를 이용하여 군집분석을 실시하였다. 적정한 군집의 수는 pseudo-F와 CCC의 변화를 복합적으로 고려하여 결정하였다. 둘째, 군집에 따른 부문별 소비패턴의 이질성을 파악하기 위하여 도출된 군집을 더미변수로 포함하는 회귀모형을 추론하였다. 이 모형을 패널자료의 지역효과와 시간효과에 의해 모형의 절편이 가변적이라는 가정의 오차요인모형으로 추론하였다. 본고의 분석결과는 다음과 같다. 첫째, 6년간 중국 31개 지역의 식품소비패턴은 5개의 군집으로 분류되었다. 둘째, 일인당 실질가처분소득은 모든 부문별 식품소비지출을 결정하는 주요한 요인이며, 이의 증가는 모든 부문에서 지출을 증가시키는 것으로 나타났다. 그리고 일부 식품부문에서 군집에 따라 소득탄력성이 유의적 차이를 보이는 현상이 관찰되었다. 또한 일인당 실질가처분소득에 대한 부문별 식품의 실질소비지출의 변화율은 현저히 낮은 수준(부문에 따라 0.89∼4.12%)이어서 군집에 따른 부문별 식품소비가 대부분 소득비탄력적이었으나, 특정 군집에 속한 지역들의 일부 소비지출은 소득탄력적인 특성을 보였다. 셋째, 군집을 나타내는 더미변수들의 계수들이 유의적이라는 점은 군집에 따라 부문별 식품소비패턴이 차별적이라는 것을 의미한다. 따라서 이는 부문별 식품소비패턴을 결정하는 다수의 지역적 요인들이 존재한다는 것을 뜻한다. 본연구의 분석방법론과 결과는 중국의 지역별 식품소비패턴에 관한 연구에서 보다 정밀성을 높여줄 수 있으며, 중국관련 정책수립자와 식품무역업자 등에게 유용하게 활용될 수 있을 기대된다. This study addresses the difference of the regional food consumption patterns in the Chinese urban households using the panel data ``per capita annual consumption expenditure of urban households by region(2004-2009)``. The methodology of the paper is cluster analysis and regression model with constant slope coefficients and intercept that varies over the regions and time by panel data, which combine time series and cross-sectional data. The results are as follows; It is stated in this paper that 31 regions of China through 6 years are divided into five clusters having different food consumption patterns respectively, following to the observation of variations in pseudo-F and CCC as the number of clusters grows. In addition, it is detected that there exists a nearly consistent tendency that food consumption pattern of each regions varies as time progresses. This present study analyzes on the differences of sectoral food consumption patterns by clusters using the linear regression models with constant slope coefficients and intercept that varies over the regions and time with panel data. In addition, Lagrange multipliers of Breusch and Pagan on the models of 5 food sectors give us strong evidence for the varying-intercept regression models, and the values of Hausman statistic suggest that the error components model is more appropriate than the dummy variable model to analyze the regional consumption patterns of 5 food sectors in China. And, this paper shows that income elasticities of some clusters distinctly differ from the others in several food sectors. In conclusion, the research of this paper presents some logical reasons why it is very desirable that provinces in China are separated to some groups, so that the systematic grouping of food consumption patterns will improve the accuracy of the analysis in demand for food. Besides, these results of the study may suggest several points of interest for China-related food policy makers, planners and traders.

      • KCI등재

        하수슬러지 혐기성 소화 효율 향상을 위한 열가수분해-고액분리 결합 공정

        이시영(See-Young Lee),한인섭(Ihn-Sup Han) 유기성자원학회 2021 유기물자원화 Vol.29 No.4

        본 연구는 혐기성 소화의 전처리로써 열가수분해와 고액분리가 결합된 공정의 성능을 평가하였다. 탈수케이크는 열가수분해를 통해 가용화되며, 이후 고액분리를 수행한다. 고액 분리된 액상은 혐기성 소화에 기질로써 이용되고 고형물은 열가수분해로 회수된다. 열가수분해의 가용화율(COD 기준)은 45.1-49.3%이며 고액분리와 결합한 공정은 76.1-77.6%로 나타났다. Dual-pool two-step model을 통해 도출된 메탄 발생 특성을 살펴보면 고액 분리된 액상의 전체 분해 가능한 물질 중 분해가 빠른 물질의 비(a)는 0.891-0.911로 열가수분해된 시료에 비해 높게 나타났다. 반면에 분해가 빠른 물질의 반응 속도(kF)는 유사하게 나타났다. 이를 통해 열가수분해와 고액분리가 결합한 공정은 열가수분해를 통해 분해가 빠른 물질을 생성하고, 고액분리를 통해 선별하는 것으로 나타났다. The purpose of this study was to evaluate the performance of novel process with thermal hydrolysis and separation as pre-treatment of anaerobic digestion (AD). The dewatered sludge was pre-treated using THP, and then separated. The separated liquid used as substrate for AD and separated solid was returned on THP(Thermal Hydrolysis Process). The degree of disintegration (DD, based on COD) using only THP found 45.1-49.3%. The DD using THP+separation found 76.1-77.6%, which was higher than only THP. As result from dual-pool two-step model, the ratio of rapidly degradable substrate to total degradable substrate found 0.891-0.911 in separated liquid, which was higher than only THP. However, the rapidly degradable substrate reaction constant (kF) of only THP and THP+separation were similar. This results found that dewatered sludge was disintegrated by THP, and then rapidly degradable substrate of hydrolyzed sludge was sorted by separation.

      • 유전자 알고리즘을 이용한 하플로타입 추론

        이시영 ( See Young Lee ),김희철 ( Hee-chul Kim ) 한국정보처리학회 2004 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.11 No.1

        사람들 사이에는 DNA 서열의 변이로 인한 유전적 차이가 있으며, 가끔 이러한 차이가 유전 질병의 원인이 되기도 한다. 일반적으로 DNA에서 가장 잘 알려진 변이가 바로 SNP(Single Nucleotide Polymorphism : 스닙)이다. SNP는 보통 블록단위로 유전되어지며 한쪽 부모로부터 유전되어진 SNP 블록을 SNP 하플로타입이라고 부른다. 생물학 실험을 통하여 추출되어진 결과물은 부모로부터 유전되어진 대립 유전자가 혼합되어진 지노타입(genotype)의 정보이다. 지노타입은 직관적으로 정확한 SNP 하플로타입을 추정하기가 힘들고, 생물학 실험을 통하여 하플로타입(haplotype)을 분석하는데 많은 비용이 들기때문에, 이를 컴퓨터 계산을 통하여 추론하는 연구가 Clark[1]에 의해서 제안되어진 이후 활발하게 진행되고 있다. 본 논문에서는 하플로타입을 효과적으로 추론하기 위해 유전자 알고리즘을 이용한 새로운 방법을 설명하고, 실험 결과를 기존의 연구 결과와 비교 분석한다.

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