dicA promoter DNA에 붙는 H-NS 단백질에 의한 dicA 유전자의 발현 조절

윤상훈,이연호,임헌만,Yun, Sang Hoon,Lee, Yonho,Lim, Heon M. 한국미생물학회 2019 미생물학회지 Vol.55 No.3

H-NS는 대장균에서 DNA 결합 단백질로 수많은 유전자의 발현에 영향을 주는 것으로 잘 알려져 있다. DicA 단백질은 dicF, dicB의 발현을 억제하여 대장균의 분열을 조절한다. dicA의 발현에 Cnu, H-NS의 관여 여부는 CnuK9E 돌연변이가 $37^{\circ}C$에서 dicA의 발현을 억제하여 대장균이 길게 자라는 현상을 일으키며 처음 알려졌다. 하지만 Cnu와 H-NS 두 단백질이 어떻게 dicA의 발현을 조절하는지에 대한 분자적인 기작 연구는 잘 되어있지 않다. 본 연구에서 H-NS가 dicA와 dicC 유전자의 프로모터 부근에 염기서열 특이적으로 결합하며, $37^{\circ}C$ 보다 $25^{\circ}C$에서 DNA 더 잘 결합하는 것을 확인하였다. 그리고 EMSA를 통해 Cnu는 H-NS의 DNA 결합의 oligomeric state를 변화시키는 방식으로 작용하는 것을 보여주었다. In vivo transcription assay와 real time PCR을 통해 H-NS가 제거된 대장균에서 dicA 프로모터 활성이 높아지고, 분열 초기 dicA의 발현이 조절 받지 못하고 증가하는 것으로 보아, H-NS는 dicA의 발현에 억제자로서 기능한다. H-NS binds to promoter DNA and works as a general transcription silencer. DicA protein, by binding to the promoter DNA of dicA, activates dicA expression and at the same time inhibits expression of dicF and dicB, thus, exerting cell division control in Escherichia coli. H-NS complexed with a nucleoid protein Cnu was known to be involved in dicA expression. However, the exact nature of H-NS binding to dicA promoter DNA and the consequences of H-NS binding in expression of dicA is not clear. In this study, we explored the DNA binding activity of H-NS on the promoter DNA of dicA and found that H-NS binding occurs exclusively to the dicA promoter DNA. We never observed, however, H-NS binding at the vicinity of the dicA promoter. Temperature dependent oligomerization of H-NS was observed during DNA binding and the Cnu protein enhances the oligomerization process of H-NS binding. In vivo measurement of dicA expression in an hns deleted strain showed that dicA expression increased. These results demonstrated that H-NS binds specifically to dicA promoter DNA and functions as a transcription silencer.

무선 센서 네트워크에서 동적 클러스터 유지 관리 방법을 이용한 에너지 효율적인 주기적 데이터 수집

윤상훈,조행래,Yun, SangHun,Cho, Haengrae 대한임베디드공학회 2010 대한임베디드공학회논문지 Vol.5 No.4

Wireless sensor networks (WSNs) are used to collect various data in environment monitoring applications. A spatial clustering may reduce energy consumption of data collection by partitioning the WSN into a set of spatial clusters with similar sensing data. For each cluster, only a few sensor nodes (samplers) report their sensing data to a base station (BS). The BS may predict the missed data of non-samplers using the spatial correlations between sensor nodes. ASAP is a representative data collection algorithm using the spatial clustering. It periodically reconstructs the entire network into new clusters to accommodate to the change of spatial correlations, which results in high message overhead. In this paper, we propose a new data collection algorithm, name EPDC (Energy-efficient Periodic Data Collection). Unlike ASAP, EPDC identifies a specific cluster consisting of many dissimilar sensor nodes. Then it reconstructs only the cluster into subclusters each of which includes strongly correlated sensor nodes. EPDC also tries to reduce the message overhead by incorporating a judicious probabilistic model transfer method. We evaluate the performance of EPDC and ASAP using a simulation model. The experiment results show that the performance improvement of EPDC is up to 84% compared to ASAP.

사용자탐방- 군산대학교 윤준원 교수

윤상훈,Yun, Sang-Hun 한국과학기술정보연구원 2000 지식정보인프라 Vol.2 No.-

우리 연구소가 보유하고 있는 슈퍼컴퓨터 사용량 중에서 절대적 우위를 점하고 있는 유체 분야의 방대한 데이터 처리, 빠른 결과 처리를 요구하고 있다. 초고속정보망기술지원실에서 수행하고 있는 초고응용기술지원사업이 1998년도에 시작되었는데 유체분야에서의 전문가로서 3차년도까지 함께 일하고 있는 군산대 윤준원교수 연구실을 찾아보았다.

저소비전력 PDP를 위한 보호막 재료 기술

윤상훈,최학년,김용석,Yun, Sang-Hun,Choe, Hak-Nyeon,Kim, Yong-Seok 한국정보디스플레이학회 2010 인포메이션 디스플레이 Vol.11 No.3

대용량 플래시 메모리를 위한 임베디드 텍스트 인덱스 시스템

윤상훈(Sang-Hun Yun),조행래(Haeng-Rae Cho) 한국컴퓨터정보학회 2009 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.14 No.6

플래시 메모리는 비휘발성이고 저전력으로 동작하며 가볍고 내구성이 강하다. 이러한 특성으로 휴대용 멀티미디어 재생기(PMP)와 같은 모바일 컴퓨팅 환경에서의 저장 장치로 많이 사용되고 있다. 대용량의 플래시 메모리를 저장 장치로 가진 모바일 기기들은 비디오/오디오/사진등과 같은 다양한 종류의 멀티미디어 데이터를 저장하고 재생한다. 모바일 컴퓨팅 장치를 위한 기존의 인덱스 시스템은 노래 가사와 같은 텍스트 형태의 정보 검색에 비효육적이다. 본 논문에서는 대용량 플래시 메모리 기반 임베디드 텍스트 인덱스(Embedded Text Index: EMTEX) 시스템을 제안한다. EMTEX는 먼저 임베디드 시스템을 고려한 압축 알고리즘을 사용하며, 텍스트 인덱스가 구성된 필드에 삽입 및 삭제시 인덱스에 즉시 반영된다. 뿐만 아니라, 플래시 메모리의 특성을 고려한 효율적인 삽입, 삭제, 재구성 기능을 수행하며, DBMS의 상위 계층에서 독립적으로 동작한다는 장점을 갖는다. 제안한 시스템의 성능 평가를 위해 다양한 환경에서 실험을 수행하였다. 그 결과 EMTEX는 임베디드 환경에서 Oracle Text나 FT3와 같은 기존의 인덱스 시스템보다 더 좋은 성능을 보여주었다. Flash memory has the advantages of nonvolatile, low power consumption, light weight, and high endurance. This enables the flash memory to be utilized as a storage of mobile computing device such as PMP(Portable Multimedia Player). Potable device with a mass flash memory can store various multimedia data such as video, audio, or image. Typical index systems for mobile computer are inefficient to search a form of text like lyric or title. In this paper, we propose a new text index system, named EMTEX(Embedded Text Index). EMTEX has the following salient features. First, it uses a compression algorithm for embedded system. Second, if a new insert or delete operation is executed on the base table. EMTEX updates the text index immediately. Third, EMTEX considers the characteristics of flash memory to design insert, delete, and rebuild operations on the text index. Finally, EMTEX is executed as an upper layer of DBMS. Therefore, it is independent of the underlying DBMS. We evaluate the performance of EMTEX. The Experiment results show that EMTEX can outperform th conventional index systems such as Oracle Text and FT3.

SNS 서비스유형을 조절변수로 한 사용자만족도의 구조모형

윤상훈 ( Sang Hun Yun ),김근형 ( Keun Hyung Kim ),오성렬 ( Sung Ryoel Oh ) 한국정보시스템학회 2012 情報시스템硏究 Vol.21 No.3

The first purpose of this paper is to identify factors having an effect on the user satisfaction of the SNS(Social Network Services) users and to examine causal relationships among those factors. The second is to examine how the causal relationships between the factors could be changed in the service types in SNS, which would be divided into web based SNS and mobile SNS. For achieving the purposes, we established the research model and hypotheses based on Information Success and Technology Acceptance Model. The characteristics of the SNS users consist of Individual Innovation and Social Influence while the characteristics of the SNS system consist of Information Quality and System Quality. The hypotheses were verified by analyzing data, which was collected from survey research on users of the SNS, with AMOS 18.0 statistical package. As a result, the first, we observed that more important the SNS users would consider the social relation, more useful they would recognize the function of SNS. The second, we observed that faster and easier the users could obtain hourly information in diversity, more useful they would recognize the function of SNS. The third, we observed that more innovative the mobile SNS users would become, more negative they would consider the usefulness of SNS. The fourth, we observed that more important the web based SNS users would consider the social relation, more negative they would consider the usefulness of SNS.

무선 센서 네트워크에서 순간 질의 처리 방법

윤상훈(Sanghun Yun),조행래(Haengrae Cho) 한국통신학회 2007 韓國通信學會論文誌 Vol.32 No.11B

최근 무선 통신과 전자 기기의 발전으로 초소형이고 고성능이며 저렴한 센서 노드 개발이 가능해졌다. 무선 센서 네트워크(Wireless Sensor Networks: WSN)는 환경 감지 및 데이터 처리를 할 수 있으며 무선 통신이 가능한 많은 센서 노드들로 구성된다. 본 논문은 WSN에서 사용자의 질의들을 처리하기 위한 복합 질의 처리(Hybrid Query Processing: HQP) 알고리즘을 제안한다. 연속 질의만을 고려한 기존 연구와는 달리, HQP는 연속 질의(continuous query)와 순간 질의(ad-hoc query)를 모두 지원한다. 구체적으로, HQP는 앞서 실행된 연속 질의의 실행 결과로 각 센서 노드에 캐싱된 데이터를 이용하여 순간 질의의 실행에 사용되는 에너지 소비를 줄일 수 있도록 한다. 뿐만 아니라 질의 결과의 정확도와 소비된 에너지 수준 사이에서 적절한 trade-off를 제공한다. 다양한 WSN 환경에서 모의실험을 수행하여 HQP의 성능을 분석한다. Recent advances in wireless communications and electronics have enabled the development of low-cost, low-power, multi-functional sensors. A typical wireless sensor network (WSN) consists of a large number of sensor nodes that can measure and process data while communicating through wireless channels. In this paper, we propose a hybrid query processing (HQP) algorithm for user queries submitted to the WSN. Unlike previous algorithms that consider continuous queries only, HQP supports both continuous queries and ad-hoc queries. Specially, HQP tries to reduce energy consumption of ad-hoc queries by using query results cached at each sensor node which are created during the execution of the previous continuous query. HQP can also exploit a trade-off between energy consumption and data accuracy. We evaluate the performance of HQP under a variety of WSN configurations.

웨이블릿 변환과 서포트 벡터 머신을 이용한 심전도 분류

윤상훈(Sanghun Yun),강원석(Won-Seok Kang) 한국HCI학회 2013 한국HCI학회 학술대회 Vol.2013 No.1

무선 센서 네트워크에서 확률 캐시를 이용한 에너지 효율적인 데이터 수집 방법

윤상훈(Sanghun Yun),형해송(Xing Hai Song),조행래(Haengrae Cho) 한국통신학회 2009 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2009 No.6

교통 및 도로특성을 고려한 적정옵셋 산정에 관한 연구

윤상훈(Yun, Sang-Hun),김기혁 대한교통학회 2010 대한교통학회 학술대회지 Vol.62 No.-