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- 저자 : 오대주(Dae-Ju Oh) (검색결과 4 건)
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오대주 ( Oh Dae-ju ),현호봉 ( Hyun Ho-bong ),임태준 ( Lim Tae-joon ),윤선아 ( Yoon Seon-a ),함영민 ( Ham Young-min ),윤원종 ( Yoon Weon-jong ),양우삼 ( Yang Woo-sam ),정용환 ( Jung Yong-hwan ) 한국유기농업학회 2018 韓國有機農業學會誌 Vol.26 No.4
We analyzed the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) sequence of common buckwheat, Fagopyrum esculentum and tartary buckwheat, F. tataricum. The diversity of the nucleotides and haplotypes, Tajima’s D, and Fu’s Fs was analyzed and compared among the varieties of common buckwheat and tartary buckwheat. The diversity of nucleotides and haplotypes indicated that the buckwheat populations had undergone rapid population expansion but D and Fs did not support their expansion statistically. The phylogenetic analysis of ITS sequences did not clearly establish the phylogenetic relationships between the varieties of common buckwheat. The In/Del sequence of ITS-1 region could, therefore, be used as a DNA marker to distinguish raw or manufactured products derived from common buckwheat and tartary buckwheat.
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삼채의 조추출물과 유기용매 분획물에 대한 항산화 및 항염증 효과
이용범(Yong-Bum Lee),함영민(Young-Min Ham),윤선아(Seon-A Yoon),오대주(Dae-Ju Oh),송상목(Sang-Mok Song),홍인철(In-Choel Hong),이시택(Si Taek Lee),현호봉(Ho Bong Hyun),김창숙(Chang-Suk Kim),윤원종(Weon-Jong Yoon) 한국식품영양과학회 2017 한국식품영양과학회지 Vol.46 No.1
본 연구는 삼채의 조추출물과 유기용매 분획물들을 가지고 DPPH 라디칼 소거 활성에 의한 항산화 활성 검색 결과 디클로로메탄(CH2Cl2) 분획물과 에틸아세테이트(EtOAc) 분획물에서 라디칼 소거 활성을 나타냈으며, xanthine oxidase 억제 효과는 DPPH 활성 라디칼 소거 활성에서 제일 뛰어났던 에틸아세테이트 분획물에서, superoxide 소거 활성은 헥산(n-hexane) 분획물에서 활성이 나타났다. RAW 264.7 세포에 lipopolysaccharide로 자극을 주고 삼채 주정 추출물 및 유기용매 분획물들을 처리하여 확인해본 결과, 조추출물과 물 분획물을 제외한 나머지 유기용매 분획물에서 염증 유발 인자(NO, PGE2, iNOS, COX-2, IL-6 및 IL-1β) 생성억제 효과가 나타났으며, 그중 디클로로메탄 분획물과 에틸아세테이트 분획물에서 억제 효과를 확인할 수 있었다. 본 실험 결과 삼채 조추출물과 유기용매 분획물에서 항산화 효과 및 염증 유발 인자의 생성 억제 효과가 나타났으며, 이러한 결과 삼채에서 유효성분 추출을 통한 항산화, 항염증 물질의 연구 또는 예방하거나 치료할 수 있는 염증 억제 성분의 분리 및 그 작용기전 연구에 중요한 기초 자료가 될 것이라 생각한다. This study describes the preliminary evaluation of antioxidant and anti-inflammatory activities of Allium hookeri. A. hookeri was extracted using crude extract and then fractionated sequentially with n-hexane, CH2Cl2, EtOAc, and n-BuOH. To screen for antioxidant and anti-inflammatory agents effectively, we first examined the inhibitory effect of A. hookeri extracts on production of oxidant stresses (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl, xanthine oxidase, and superoxide). In addition, we examined the inhibitory effects of A. hookeri on production of pro-inflammatory factors (nitric oxide, prostaglandin E2, inducible nitric oxide synthase, and cyclooxygenase-2) in murine macrophage RAW 264.7 cells stimulated with lipopolysaccharide. Of the sequential solvent fractions of A. hookeri, EtOAc fractions showed decreased production of oxidant stresses, and CH2Cl2 and EtOAc fractions of A. hookeri inhibited production of pro-inflammatory factors. EtOAc fraction inhibited production of pro-inflammatory cytokines (interleukin-6 and -1β). These results suggest that A. hookeri has significant effects on oxidant stresses and pro-inflammatory factors and is a possible antioxidant and anti-inflammatory therapeutic and preventive material.
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NA-Seq를 이용한 제주산 메밀의 발아초기 전사체 프로파일 분석
한송이(Song-I Han),정성진(Sung Jin Chung),오대주(Dae-Ju Oh),정용환(Yong-Hwan Jung),김찬식(Chan-Shick Kim),김재훈(Jae-hoon Kim) 한국산학기술학회 2018 한국산학기술학회논문지 Vol.19 No.1
본 연구에서는 메밀의 발아초기에 발현되는 전사체의 다양한 정보 수집을 위해 양절메밀과 대관 3-3호의 RNA를 추출하여 전사체 분석을 수행하였다. 제주산 양절메밀과 대관3-3호의 종자 및 발아 후 12, 24, 36시간별로 total RNA를 추출하고, llumina Hiseq 2000 플랫폼을 사용하여 시퀀싱 하였다. SolexaQA package의 DynamicTrim과 LengthsORT 프로그램으로 이용하여 raw 데이터 분석을 실시한 후, 어셈블리(assembly)와 annotation을 수행하였다. RNA-seq raw 데이터로부터 약 84.2%, 81.5%에 해당하는 16.5Gb, 16.2Gb의 transcriptome 데이터를 확보하였다. 47Mb에 해당하는 43,494개의 대표적인 전사체(representative transcripts)를 확보하였고, 그 중에서 annotation DB와 서열 유사도를 갖는 서열은 23,165개로 확인되었다. 메밀의 representative transcripts 유전자의 유전자 온톨로지(gene ontology) 분석결과, biological process는 metabolic process (49.49%)에서, cellular components는 cell (46.12%)에서, molecular function은 catalyltic activity (80.43%)에서 유전자가 많이 분포되어 있는 것을 확인하였다. 종자의 발아에 관련된 gibberellin receptor GID1C의 경우에는 양절메밀, 대관 3-3호의 발현양이 모두 시간이 지남에 따라 증가되는 것을 확인할 수 있었으며, gibberellin 20-oxidase1의 경우에는 양절메밀에서는 발아 후 12 시간이내에 증가되었으나, 대관 3-3호에서는 36시간까지 유전자 발현양 증가하는 것을 확인할 수 있었다. 이러한 제주산 메밀의 발아초기 단계별 전사체 분석 데이터는 종간의 기능적, 형태학적 차이를 일으키는 메커니즘 규명에 도움을 줄 것으로 사료된다. In this study, transcriptome analysis was conducted to collect various information from Fagopyrum esculentum and Fagopyrum tataricum during the early germination stage. Total RNA was extracted from the seeds and at 12, 24, and 36 hrs after germination of Jeju native Fagopyrum esculentum and Fagopyrum tataricum and sequenced using the Illumina Hiseq 2000 platform. Raw data analysis was conducted using the Dynamic Trim and Lengths ORT programs in the SolexaQA package, and assembly and annotation were performed. Based on RNA-seq raw data, we obtained 16.5 Gb and 16.2 Gb of transcriptome data corresponding to about 84.2% and 81.5% of raw data, respectively. De novo assembly and annotation revealed 43,494 representative transcripts corresponding to 47.5Mb. Among them, 23,165 sequences were shown to have similar sequences with annotation DB. Moreover, Gene Ontology (GO) analysis of buckwheat representative transcripts confirmed that the gene is involved in metabolic processes (49.49%) of biological processes, as well as cell function (46.12%) in metabolic process, and catalytic activity (80.43%) in molecular function In the case of gibberellin receptor GID1C, which is related to germination of seeds, the expression levels increased with time after germination in both F. esculentum and F. tataricum. The expression levels of gibberellin 20-oxidase 1 were increased within 12 hrs of gemination in F. esculentum but continuously until 36 hrs in F. tataricum. This buckwheat transcriptome profile analysis of the early germination stage will help to identify the mechanism causing functional and morphological differences between species.
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